EC運用代行の選び方｜一括・特定業務・システム型の違いと費用相場・選定軸を解説

「受注や出荷、問い合わせ対応に一日が終わってしまい、売上を伸ばす施策まで手が回らない」

「広告もSNSも試したのに思うように売上が伸びず、どこにテコ入れすべきか分からない」

自社ECやモール店舗を運営していると、日々の業務に追われるうちに、改善に充てる時間も専門人材も足りないという壁に突き当たります。その解決策のひとつがEC運用代行です。

ただ、いざ調べ始めると「どの会社が良いか」の前に「そもそも、どう任せるのが自社に合うのか」で迷う方が少なくありません。運用まるごとを任せる方法もあれば、特定の業務だけを部分委託する方法、人手ではなくシステムで効率化する方法もあり、選択肢の幅が広いためです。

この記事では、EC運用代行を「依頼のしかた（タイプ）」で3つに整理し、それぞれが向いている企業・任せられる範囲・費用感を具体的に解説します。費用相場と料金体系、失敗しない選び方、課題別の活用事例まで押さえたうえで、自社に合う依頼先を見極められる状態を目指します。

「自社にはどのタイプが合うのか」を手早く知りたい場合は、本文内の選定診断ツールもご利用ください。いくつかの質問に答えるだけで、合う任せ方と候補サービスの当たりがつきます。

EC運用代行（EC運営代行）とは？

EC運用代行とは、ネットショップやモール店舗の運営業務を、事業者に代わって外部の専門会社が代行・支援するサービスです。戦略設計から商品登録・ページ制作、広告・集客、受注・顧客対応、物流までの全部または一部を任せられるため、社内のリソースや専門知識が足りない企業でも、EC事業を継続的に回しやすくなります。

背景には、EC市場そのものの拡大があります。経済産業省の調査によると、2024年のBtoC-EC（消費者向け電子商取引）の市場規模は26.1兆円に達し、物販分野のEC化率（物販の商取引に占めるEC取引の割合）は9.8%まで上昇しました。市場が伸びるほど運営業務は複雑になり、専門人材の不足を外部委託で補う動きが広がっています。

• 出典：令和6年度電子商取引に関する市場調査｜経済産業省

ここからは、まず混同しやすい「運用代行」と「運営代行」という言葉の違いを整理します。

EC運用代行とEC運営代行の違い

「EC運用代行」と「EC運営代行」は、明確な定義の差があるわけではなく、多くの会社がほぼ同じ意味で使っています。あえてニュアンスを分けるなら、「運用」は広告運用やSEO、SNSといった売上を伸ばすための施策寄り、「運営」は受注処理や在庫管理、顧客対応といった店舗を回すオペレーション寄りを指すことがあります。

ただし実際のサービス内容は会社ごとに幅があり、言葉の違いだけで対応範囲は判断できません。呼び方にこだわるよりも、後述する「どの業務を任せられるか」「どのタイプの依頼のしかたか」で見極めるのが現実的です。本記事では両者をまとめて「EC運用代行」と表記します。

EC運用代行に依頼できる業務範囲

ここからは、EC運用代行に任せられる業務を俯瞰します。自社のどこが手薄かを照らし合わせることで、次に解説するタイプ選びの前提が見えてきます。

EC運用の業務は、大きく次のように分かれます。会社によって得意な領域が異なり、すべてを一社で担うところもあれば、特定の工程だけを請け負うところもあります。

• 戦略設計・コンサルティング：出店計画、商品・価格戦略、売上目標の設計など、運営の方針づくり
• 制作（サイト・ページ）：商品ページ、特集ページ、バナーなどの制作・更新
• ささげ業務：撮影（さつえい）・採寸（さいすん）・原稿（げんこう）作成という、商品登録に必要な素材づくり
• 広告・集客（マーケティング）：モール内広告やリスティング広告の運用、SEO、SNS施策
• 受注・顧客対応（カスタマーサポート）：注文処理、問い合わせ・クレーム対応、レビュー管理
• 物流・発送（フルフィルメント）：入出庫、在庫管理、梱包・発送の代行

これらをまるごと任せるのか、手薄な業務だけを切り出して任せるのか。その判断が、次のタイプ選びの起点になります。

EC運用代行の3つのタイプ

EC運用代行は、依頼のしかた（どう任せるか）で大きく3つのタイプに分けられます。「どの会社が良いか」を比べる前に、自社の課題にはどのタイプが合うのかを掴むことが、後悔しない依頼への近道です。まずは全体像を整理します。

それぞれのタイプについて、向いている企業・任せられる範囲・費用感を順に見ていきます。実際には、システム開発を得意とする会社やコンサルティング会社、人的リソースを提供する会社がタイプをまたいで混在しており、1社が複数のタイプを兼ねることもあります。

①一括代行・グロース支援型

向いている企業：社内にEC専任の担当者がいない、あるいは日々の運営で手一杯で売上拡大の施策まで手が回らない企業です。運営の方針づくりから施策の実行までを外部に委ね、事業成長のパートナーとして伴走してほしいケースに適しています。

任せられる範囲：戦略設計、ページ制作、広告・集客、受注・顧客対応、物流までを一気通貫で任せられます。会社によっては、売上目標をともに設定し、施策の効果を検証しながら改善を回す「グロース支援」まで踏み込みます。

費用感：包括的に任せる分、月額30万円以上が目安になります（料金体系の詳細は後述します）。

②特定業務・スポット支援型

向いている企業：EC運営の体制はあるものの、撮影や商品登録、受注処理、広告運用など、特定の業務だけが回りきらない企業です。繁忙期だけ、あるいはリニューアル時だけといったスポット依頼にも向いています。

任せられる範囲：ささげ業務、ページ制作、広告運用、カスタマーサポート、物流など、切り出したい業務単位で委託します。Amazonなど特定のモールに絞って運用そのものを任せるのも、この型の一例です。小規模・単発であれば、クラウドソーシングを通じてフリーランスに依頼する選択肢もあります。

費用感：委託する業務の範囲に応じて、月額5万円程度からと幅があります。必要な部分だけに絞れるため、一括代行より費用を抑えやすいのが特徴です。

③システム・ツール提供型

向いている企業：運営そのものは社内で続けたいものの、受注処理や在庫管理の手間を減らし、少人数でも回せる体制をつくりたい企業です。「人に任せる」のではなく「仕組みで効率化する」という選択肢にあたります。

任せられる範囲：複数モールの受注・在庫・出荷を一元管理するシステムや、EC構築・運用を支えるツールの提供が中心です。人手による代行と組み合わせて、業務量を根本から圧縮する使い方もできます。

費用感：システム利用料として月額数万円程度からが目安で、代行に人手を頼むより低コストで始めやすい傾向があります。外注すべきか、システムで内製効率化すべきかの判断は、後述のメリット・デメリットで詳しく整理します。

自社にどのタイプが合うかは、いくつかの質問に答えるだけで確認できます。下記の診断で、合う任せ方と候補サービスの当たりをつけてみてください。

EC運用代行の費用相場と料金体系

ここからは、費用の桁感と料金体系を整理します。EC運用代行の費用は「どの料金体系か」「どこまでの業務を任せるか」「事業規模がどのくらいか」で大きく変わります。まず課金の仕組みから見ていきます。

3つの料金体系（月額固定型・成果報酬型・複合型）

料金体系は、大きく次の3つに分かれます。どれが有利かは、売上規模や依頼する業務によって変わります。

• 月額固定型：毎月一定額を支払う体系です。業務範囲があらかじめ決まり、費用が読みやすいのが利点です。相場は、一部の業務だけを委託する場合で月額5万〜10万円程度、包括的に委託する場合で月額30万〜50万円程度が目安です。
• 成果報酬型：売上（または広告経由の売上）に対して一定割合を支払う体系です。割合は会社や委託範囲によって幅があり、売上の数%〜十数%程度が目安（たとえばAmazon運用で売上の1〜6%、フル運営代行で15%前後など）です。初期費用を抑えて始めやすい一方、売上が伸びるほど支払額も増えます。
• 複合型：月額固定＋成果連動を組み合わせる体系です。月額20万〜50万円程度に、売上または広告費の一定割合を上乗せする形が多く、安定運用と成果連動のバランスを取れます。

このほか、契約開始時に初期費用として10万〜30万円程度がかかる場合があります。上記はあくまで一般的な相場であり、実際の金額は各社の料金体系や委託範囲によって異なります。

業務範囲別の費用相場

同じ相場を、今度は「どの業務を任せるか」という切り口で見てみます。任せる業務が広がるほど費用は上がります。

• 戦略・コンサルティング：月額10万〜30万円程度
• 広告・マーケティング運用：月額5万〜20万円程度（別途、広告費が必要）
• ささげ業務（撮影・採寸・原稿）：1商品あたり数千円程度から（撮影点数や採寸・原稿の有無で変動）
• 受注・カスタマーサポート：月額5万〜15万円程度
• 物流・発送：月額1万〜3万円程度（別途、保管費や配送費が必要）

事業規模別の費用相場

同じ相場を、もうひとつの切り口である「事業規模（月商）」で見ると、包括的に委託した場合の目安は次のようになります。売上が大きいほど扱う業務量が増え、費用も上がる傾向です。

• 小規模（月商100万円以下）：月額5万〜15万円程度
• 中規模（月商100万〜500万円）：月額15万〜30万円程度
• 大規模（月商500万円以上）：月額30万円以上

費用を抑えるポイント

費用を抑えたい場合は、次の工夫が有効です。いずれも「任せる範囲を必要な分だけに絞る」という発想が軸になります。

• 複数社から相見積もりを取り、料金体系と対応範囲を比較する
• すべてを任せるのではなく、手薄な業務だけに委託範囲を絞る（②特定業務・スポット支援型の活用）
• 定型業務はシステム・ツールで効率化し、人手に頼る部分を減らす（③システム・ツール提供型の活用）
• 小規模・単発の作業は、フリーランスへの依頼も選択肢に入れる

各社の実際の料金は、料金体系や委託範囲によって幅があります。料金を公式に公開している会社もあり、その目安は下記の比較表・サービス紹介で確認できます。

EC運用代行に依頼するメリット・デメリット

外注を判断するうえで、便益と注意点の両方を押さえておきます。まずメリットです。

• 本業・コア業務に集中できる：運営実務を任せることで、商品開発や仕入れなど自社にしかできない業務に時間を割けます。
• 採用・教育コストを抑えられる：EC人材を採用・育成する負担を負わずに、必要な専門性を確保できます。
• 専門知識・ノウハウを活用できる：モールの最新仕様や広告運用の知見を持つプロに任せることで、施策の質を担保しやすくなります。

一方で、注意すべきデメリットもあります。

• 費用がかかる：委託範囲によっては月額数十万円規模の固定費になり、費用対効果の見極めが必要です。
• 社内にノウハウが蓄積しにくい：任せきりにすると、運営知識が社内に残らず、将来の内製化が難しくなります。
• コミュニケーションの手間が生じる：認識のズレを防ぐため、方針共有や進捗確認の連携が欠かせません。

外注すべきか、システム・ツールで内製効率化すべきか

「どの会社を選ぶか」の前に検討したいのが、そもそも人手に外注すべきか、それともシステム・ツールで内製の効率を上げるべきか、という判断です。両者はコスト構造も社内への影響も異なります。

専門的な施策（広告運用や戦略設計など）や、社内にノウハウがない業務は、外注してプロの知見を借りるほうが成果につながりやすい領域です。一方、受注処理や在庫管理といった定型的な作業は、一元管理システムなどのツールで自動化するほうが、月額数万円規模で済み、社内に運用ノウハウも残ります。

実際には、定型業務はシステムで効率化し、専門業務だけを外注するという組み合わせが、コストと成果のバランスを取りやすい選び方になります。自社の課題が「人手不足」なのか「専門性不足」なのかを見極めることが、判断の起点です。

失敗しないEC運用代行の選び方（選定軸）

外注する前提が固まったら、依頼先を見極める選定軸を確認します。次の観点を自社の状況に当てはめて比較すると、ミスマッチを避けやすくなります。

対応範囲が自社の課題と合っているか。まず、手薄な業務をカバーできるかを確認します。運営全体を任せたいのに特定業務専門の会社を選んだり、逆に一部だけ頼みたいのに包括契約しか用意されていなかったりすると、費用や成果にズレが生じます。前段で整理した3つのタイプのどれに近いかを起点に、対応範囲を照合します。

自社の販売チャネル・商材に強いか。楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピング・Qoo10・自社ECなど、モールごとに運用の勘所は異なります。自社が主戦場とするチャネルでの実績があるか、扱う商材ジャンルの経験があるかは、成果を左右する要素です。

料金体系が自社の売上規模に見合うか。売上がまだ小さい段階では、固定費の重い包括契約より、成果報酬型や部分委託のほうがリスクを抑えられます。逆に売上が安定していれば、月額固定型で施策量を確保するほうが伸ばしやすい場合もあります。料金体系と自社のフェーズの相性を見ます。

支援体制とコミュニケーションが取れるか。専任担当がつくか、報告や打ち合わせの頻度はどうか、施策の意図を共有できるかを確認します。委託後は二人三脚で進めるため、認識をすり合わせられる相手かどうかが、継続的な成果に直結します。

【課題別】EC運用代行の活用パターン

ここからは、どんな課題の企業がどのタイプを選び、何が変わったのかを、代表的なパターンで紹介します。自社に近い状況を探す手がかりにしてください。

専任がおらず運営が回らない → 一括代行・グロース支援型

月商が数百万円規模に伸びる一方、EC専任者を置けず、経営者や他部署の担当が片手間で運営していた企業のケースです。売上を伸ばす施策まで手が回らないのが悩みでした。

戦略設計から広告・受注・物流までを一括代行に委ねると（包括委託の目安は月30万〜50万円程度）、日々の運営から解放され、商品開発など自社の強みに集中できます。運営方針の立案と改善まで任せられ、施策の量と質を確保しやすくなります。

特定の業務だけが逼迫している → 特定業務・スポット支援型

運営体制はあるものの、商品点数の増加で撮影・商品登録（ささげ業務）が追いつかない、あるいは繁忙期の受注対応が回らない、といった企業のケースです。

逼迫した業務だけを切り出して委託すると（ささげ業務は1商品数千円〜、受注・カスタマーサポートは月5万〜15万円程度が目安）、既存体制を変えずにボトルネックを解消できます。必要な範囲に絞る分、費用も抑えやすくなります。

少人数で複数モールを回したい → システム・ツール提供型

複数モールに出店し、受注・在庫管理の二重入力や在庫のズレ、それに伴う欠品・過剰在庫に悩む企業のケースです。

受注・在庫・出荷を一元管理するシステムを導入すると（利用料は月数万円規模から）、手作業を自動化し、少人数のまま運営を回せます。人手による代行より低コストで始めやすく、運用ノウハウが社内に残る点も利点です。

自社に合うタイプの当たりをつけたら、上記の診断や下記の比較表で具体的なサービスを絞り込んでみてください。

【比較表】タイプ別EC運用代行サービス比較

ここからは、主要なEC運用代行サービスを3つのタイプ別に比較します。対応モールや料金体系、得意領域を横並びで確認し、自社に合う候補を絞り込んでください。

①一括代行・グロース支援型の比較

一括代行は委託範囲によって費用が変わるため、料金を公開している会社は限られ、多くは要問い合わせです。公開している会社は費用の目安を掲載しています。

※上記は一般的な傾向です。実際の対応可否・料金は各社情報をご確認ください。

②特定業務・スポット支援型の比較

※上記は一般的な傾向です。実際の対応可否・料金は各社情報をご確認ください。

③システム・ツール提供型の比較

※上記は一般的な傾向です。実際の対応可否・料金は各社情報をご確認ください。

タイプ別・主要EC運用代行サービスの紹介

比較表で気になったサービスの詳細を、タイプごとに紹介します。それぞれの得意領域や対応範囲を確認し、資料請求や相談の候補を見つけてください。

①一括代行・グロース支援型のサービス

運営全体を任せ、売上成長まで伴走してほしい企業に向くサービスです。

1. Limelight（Qoo10運用代行）（Limelight株式会社）

Limelight株式会社が運営する、ECモール「Qoo10」を専業領域とする出店・運用代行サービスです。複数モールを扱う総合代行とは異なり、Qoo10一本に絞った運用ノウハウを持つ点が位置づけの軸となっています。Qoo10は若年層向けのコスメ・ファッション商材が主力で、こうしたジャンルを扱う事業者と相性のよいモールです。

新規出店時のアカウント開設・商品登録から、運用代行・広告運用、インフルエンサーやSNSを使った外部施策までを単一窓口で任せられます。Qoo10最大級のセール「メガ割」やイベントへの対応も業務範囲に含まれます。

料金を公式に開示している点も特徴で、店舗立ち上げは月額5万円〜、運用代行は月額25万円〜（固定型）または月額15万円〜＋売上の10%（成果報酬型）から選べます。転売対策・インフルエンサー施策・クリエイティブ制作は別途見積もりとなるため、正確な費用は問い合わせで確認してください。

2. いつも EC運営代行（株式会社いつも）

EC・D2C支援を本業とする東証グロース上場企業（証券コード7694）が運営するEC運営代行です。EC戦略の立案からサイト構築・運営、デジタルマーケティング、フルフィルメントまでを自社内でカバーします。

対応範囲は幅広く、楽天市場やAmazon、自社EC、TikTok Shopなど多様なチャネルに対応します。幅広い運営代行から商品登録・メルマガ対応のみといった部分委託まで、委託範囲を要望に応じて変更できる構成で、運用メンバーとECコンサルタントが連携して施策の提案から効果検証までを担います。

料金は委託範囲に応じた個別見積もり方式で、初期費用が発生します。月額を含む具体的な金額は公式サイトに掲載がないため、要問い合わせです。

3. サヴァリ EC運営代行（サヴァリ株式会社）

商品登録・商品管理といったバックエンド業務の代行を起点に、EC運営を幅広く支援する会社です。楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピングの三大モールを中心に、自社ECにも対応します。

バックエンド業務を軸に、サイト制作・広告運用・SNS/PR・動画制作・ECコンサルティング・越境EC支援まで、必要に応じて委託範囲を広げられます。元大手ECモール出身者やネットショップ店長経験者など、EC実務の経験者が運営を担当すると説明しています。

料金は委託範囲に応じた個別対応で、公式サイトに料金表の掲載はありません。無料相談の窓口が用意されています。

4. アートトレーディング EC運営代行（アートトレーディング株式会社）

東京・池袋を拠点に、Shopifyを使ったECサイト制作から運営代行、物流までを一連で手がける会社です。Shopifyエキスパート認定を保有し、自社ECと楽天市場を主軸に支援します。

埼玉県所沢市に自社のフルフィルメントセンターを保有し、受注から出荷、カスタマーサポートまでを自社内でカバーできる点が特徴です。楽天市場向けには「本気の楽天伴走支援」を専門メニューとして用意し、コンサル・戦略立案から日々の運用までを担います。

料金は委託範囲に応じた個別見積もりで、公式サイトに料金表の掲載はありません。無料見積もりの窓口から相談できます。

5. ジャグー EC運営支援（ジャグー株式会社）

コンサルティングの提案にとどまらず運用実務まで代行する「実行伴走型」を掲げるEC支援会社です。楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピング・Qoo10・TikTok Shopの各モールと自社ECを対象にします。

売上成長戦略の立案から戦術設計、モール広告運用、ページ制作、データ分析までを一貫して支援すると訴求しています。各モールのアルゴリズムに関する知見を強みに挙げている点が特徴です。

2020年設立で、従業員数は32名（2026年3月時点）です。料金は公式サイトで開示されておらず、要問い合わせとなります。

6. これから（株式会社これから）

自社ECサイト・D2Cのマーケティング支援に特化した会社です。ネットショップ制作を起点に、広告運用・集客・CRM設計・分析までを一任できる体制を掲げています。

Shopify Plus Partners認定を持ち、幅広いCMSに対応したサイト制作に加え、自社開発の集客・広告自動化ツール「BuzzEC」「AdSIST」を運用支援と組み合わせて提供します。モール運用よりも自社EC・D2Cの集客・制作が主軸である点は、依頼前に確認しておきたいところです。

2012年設立で、従業員数は218名（2025年4月時点）です。料金は公式サイトで開示されておらず、要問い合わせです。

7. コマースメディア（コマースメディア株式会社）

代表の井澤孝宏氏が楽天市場のコンサルタント出身で、自社ECを年商10億円規模に育てた経歴を持つEC支援会社です。楽天運営代行を得意とし、自社ECからモールまでワンストップで対応します。

楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピングをはじめ、ZOZOTOWNや越境ECまで幅広いモールに対応します。Shopify Premier Partner認定を持ち、モール依存からの脱却（自社EC化）の支援にも強みを置きます。商品ページ制作・登録、RPP広告運用、在庫管理、注文管理・カスタマーサポート、月例レポートまでを業務範囲に含みます。

2016年設立で、従業員数は70名です。料金は公式サイトに記載がなく、要問い合わせとなります。

8. ワンプルーフ EC運営代行（株式会社ワンプルーフ）

楽天市場やYahoo!ショッピングを主軸に、モール型ECの運営代行を提供する会社です。楽天・Yahoo!ショッピング・Amazon・au PAYマーケット・Qoo10に対応する「ECトータルソリューション」を掲げ、Yahoo!ショッピングのコマースパートナーにも登録されています。

販売戦略の策定や月次レポート作成といったコンサルティングと、モール内SEO対策・画像/バナー制作・メルマガ配信・広告運用・商品登録といった実務作業を、ディレクターを窓口に一貫して委託できる体制を訴求しています。

料金は公式の運営代行ページでは非開示で、要問い合わせです。作業単価ではなく売上・利益への貢献を重視した料金設定と説明しています。

9. Roseau Pensant（株式会社Roseau Pensant）

デジタルマーケティングのコンサルティング会社が、EC・SNSオペレーション専門チームで運用代行を提供するサービスです。戦略策定からモール出店支援、ささげ業務、商品登録、受発注・物流、カスタマーサポートまでを一気通貫で対応します。

自社EC・楽天市場・Amazon・ZOZOTOWN・Yahoo!ショッピング・Qoo10・Shopify・EC-CUBEに対応し、撮影・デザインの経験を活かしたファッション・アパレル領域の運用を強みに挙げています。

料金の目安を公式サービスページで公開しており、運用改善プランが月5万円〜、運用代行プラン（月16時間稼働想定）が月10万円〜、フルフィルメントプランが月5万円〜です。商品登録500円〜、バナーデザイン15,000円〜といったスポット対応も用意されています（いずれも公式サービスページ記載、税区分の明示なし）。

10. ECマーケティング（ECマーケティング株式会社）

広告運用・SEO・CRMといった販促・マーケティング領域を中心に、EC売上の向上を支援する会社です。集客・接客・追客・制作の各工程をカバーする運用代行/コンサル型のサービスです。

自社開発のCRMツール「Trace Hack」やフィード生成ツール「ECMフィード」を運用支援に組み込む点が特徴です。従来のSEOに加え、生成AIを意識したLLMO/AEO対策への対応も掲げています。物流・受注処理といったバックエンド作業の代行は主軸ではありません。

2010年設立で、資本金は1,000万円です。料金は公式サイトに記載がなく、要問い合わせとなります。

11. トゥルーコンサルティング（トゥルーコンサルティング株式会社）

EC・通販領域に特化した経営コンサルティング会社が手がける運営代行です。代表の萱沼真吾氏は船井総合研究所で通販・ECグループのトップを務めた経歴を持ち、中小メーカー・中小企業向けの価格帯を掲げています。

自社EC・楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピング・Qoo10などの国内モールに加え、越境ECやDM・TV・コール通販といったオフラインチャネルまで相談できます。撮影・商品登録・サイト制作・広告運用・受発注・CRM運営など、業務を幅広くカバーします。

料金は公式サイトに明示されており、総合的な運用支援は初期費用0円・月額18万円〜、楽天市場運営代行は初期費用0円・月額15万円〜です（いずれも商材・月商規模により変動）。別途、広告運用費が広告費の0〜20%発生する場合があります。

12. そばに（株式会社そばに）

Amazonの運用代行・コンサルティングを中核事業とする会社です。Amazonストア/ベンダーアカウントの運用から広告運用、商品ページ・画像の制作、海外Amazonへの越境支援までを、Amazon起点で一貫して手がけます。

コンサルタント・エンジニアに元/現役のAmazonセラー経験者が含まれると説明し、Amazon Ads認定パートナーなどのプラットフォーム認定を取得しています。Shopifyによる自社EC支援にも対応します。1995年設立で、本社を大阪・吹田に置き、東京・福岡にも拠点があります。

Amazon向けの主要サービスは料金を公式サイトに開示しており、アカウント運用代行は初期費用0円・売上の1〜6%（FBA利用時、最低運用手数料20万円/月・契約12ヶ月）、コンサルティングは月額10万円〜です（いずれも税別）。楽天市場向けは専用の料金メニューがなく、要問い合わせとなります。

②特定業務・スポット支援型のサービス

物流やカスタマーサポート、広告など、特定の業務だけを切り出して任せたい企業に向くサービスです。

13. 関通（株式会社関通）

物流専業として30年以上の実績を持つ会社が、EC物流（発送）代行と受注管理代行を手がけるサービスです。倉庫内のピッキング・検品・梱包・発送と、受注処理・配送振り分け・ギフト/熨斗対応といった実務作業の代行を主軸としています。

受注管理では月間10万件以上の処理に対応し、受注処理のミス率0.008%を掲げます。独自開発のチェックリストシステム「アニー」と365日の対応体制で品質を管理し、楽天・Amazon・PayPayモールなど複数モールに対応します。持株会社の関通ホールディングスは東証グロース市場に上場しています（証券コード9326）。

受注管理代行・物流代行の料金は公式サイトに記載がなく、要問い合わせです。別途、固定費0円・最短2週間での導入を掲げるパッケージ型の物流サービス「GAOW」も用意されています。

14. スクロール360（株式会社スクロール３６０）

物流（発送）代行を主軸に、受注代行やEC運営代行（BPO）まで幅広い業務を請け負うサービスです。商品データ作成（ささげ）から在庫管理、メルマガ・バナー制作まで、70種類以上の業務範囲を掲げています。運営元は通販事業を60年以上手がけるスクロールグループの一員です。

健康食品・サプリ・化粧品・アパレルなど幅広い商材と各種許認可に対応し、誤出荷率0.0016%以下を掲げます。北海道・関東・東海・関西の全国4地区に物流センターを構えています。

物流（発送）代行はライトプランで初期費用3万円〜、出荷料金はポストイン399円〜・60サイズ580円〜などと公開されています。一方、EC運営代行（BPO）の料金は個別見積もりのため、要問い合わせとなります。

15. しるし（しるし株式会社）

Amazonというチャネルに絞って運用を任せたい場合の選択肢です。しるしは、AmazonをはじめとするECモール運用代行を主軸に、売上目標の設定から戦略立案・実行までを一気通貫で支援します。事例はAmazon運用が中心で、楽天市場・Yahoo!・Qoo10にも対応するとしています。

運用マネージャーによる伴走支援と、いわゆる「丸投げ」型の運用を掲げます。特許を取得した検知システムを用いた不正転売対策や、D2C・広告のノウハウを組み込んだ運用が特徴です。2021年設立で、本社を東京・恵比寿に置いています。

運用代行LPでは、運用代行プランが月額30万円〜、広告運用プランが月額10万円〜、転売対策プランが月額5万円〜と記載され、初期費用は特殊なケースを除いて原則かからないとしています。完全成果報酬での運用も可能とされますが、これらはランディングページ記載の情報のため、最新の料金は公式への確認が必要です。

16. 売れるネット広告社（売れるネット広告社株式会社）

こちらは物流や受注処理まで含むフルのEC運用代行ではなく、D2C（単品リピート通販）のネット広告・販促だけを切り出して委託する選択肢です。ネット広告のレスポンス最大化やLP制作、申込フォーム、CRM（フォローメール・LINE・SMS）を中心に手がけます。

中核となるのは、ランディングページに特化したクラウドサービス「売れるD2Cつくーる」です。2,600回以上のA/Bテスト結果を蓄積し、検証データに基づくLP・広告制作を掲げます。物流・受注処理・ささげといったバックエンド作業の代行は対象外です。

運営元は東証グロース市場に上場するグループ（証券コード9235）で、2025年1月にホールディングス体制へ移行しています。「売れるD2Cつくーる」の初期費用・月額などの料金は公式サイトに記載がなく、要問い合わせです。

③システム・ツール提供型のサービス

人手の代行ではなく、運用を効率化するシステム・ツールで内製の生産性を高めたい企業に向くサービスです。

17. ネクストエンジン（NE株式会社）

受注・在庫・商品登録・出荷指示・売上分析といったEC運営の業務を、楽天・Yahoo!・Amazon・自社ECなど複数チャネルまたいで1画面に集約する、EC一元管理クラウド「ネクストエンジン」です。2008年に提供が始まり、現在はNE株式会社が運営しています。

人手で運営を委託するのではなく、ツールを導入して複数モールの受注・在庫を内製のまま効率化する選択肢です。料金は受注件数に応じた従量課金で、店舗の処理量に合わせて使えます。

同社はこのSaaSに加え、コンサルや運営代行、広告運用（5万円から）といった有人の支援メニューも別途提供しています。ただしこれらはツールとは別契約で、料金は要問い合わせです。

18. makeshop byGMO（GMOメイクショップ株式会社）

自社でECサイトを構築・運営するためのASP型カートシステム「makeshop」を提供する、GMOインターネットグループのGMOメイクショップ株式会社です。ツールを使って自社でネットショップを立ち上げ、運営したい企業に向く選択肢です。

内製で進めたい企業はmakeshopでの構築が起点になりますが、同社は運営代行「EC運営代行 byGMO」（2019年9月開始）も別途持ちます。制作・集客・商品撮影/登録・顧客対応から物流（保管〜出荷〜検品〜梱包）まで一気通貫で任せることもできます。

運営代行は成果報酬型で、料率は初年度18%〜・2年目以降15%〜と公式に示されています（売上規模・業務範囲で変動）。運営代行自体の初期費用は無料ですが、条件により初期構築費・固定費がかかる場合があります。makeshop（ASP）の利用料は別途です。

19. 飛躍（株式会社飛躍）

Shopify Plus パートナーとして、Shopifyを軸にしたECサイトの構築・カスタマイズを手がける株式会社飛躍です。2017年設立で、フロントエンドからShopify APIを使ったバックエンド開発、既存カートからの移行まで対応します。

運営代行の役務提供にとどまらず、Shopify向けの自社開発アプリを持つ点がシステム・ツール型としての特徴です。実店舗のPOS「スマレジ」とShopifyの在庫・顧客・商品情報などを同期する連携アプリや、複数の出品者が同一ストアに出品するマーケットプレイス型ECを実現するアプリを提供します。

EC構築・運営代行の料金は公式サイトに記載がなく、要問い合わせです。スマレジ連携アプリのみ料金が公開されており、月額はLightが$39・Basicが$290・Premiumが$995、初期費用30万円〜（別途スマレジ側の月額1,100円）となっています。

まとめ

EC運用代行を選ぶうえで大切なのは、「どの会社が良いか」の前に「自社の課題にはどう任せるのが合うか」を掴むことです。運営全体を任せたいなら一括代行・グロース支援型、特定業務だけを補いたいなら特定業務・スポット支援型、内製を続けつつ効率化したいならシステム・ツール提供型が起点になります。

そのうえで、対応範囲・販売チャネルとの相性・料金体系・支援体制という選定軸を自社に当てはめれば、ミスマッチを避けて依頼先を絞り込めます。費用は料金体系と委託範囲で変わるため、複数社の相見積もりで比較するのが確実です。

気になる会社が見つかったら、各社の公式サイトで対応範囲や費用を確認し、比べてみてください。

よくある質問（FAQ）

Q. EC運用代行とは何ですか？

A. EC運用代行とは、ネットショップやモール店舗の運営業務を、事業者に代わって外部の専門会社が代行・支援するサービスです。戦略設計・商品登録・ページ制作・広告・受注対応・物流などの全部または一部を任せられるため、社内に専門人材やリソースがなくても、EC事業を継続的に回しやすくなります。

Q. EC運用代行とEC運営代行に違いはありますか？

A. EC運用代行とEC運営代行は、明確な定義の差はなく、多くの会社がほぼ同じ意味で使っています。あえて分けるなら「運用」は広告・SEO・SNSなど売上を伸ばす施策寄り、「運営」は受注・在庫・顧客対応など店舗を回すオペレーション寄りを指すことがありますが、実際の対応範囲は会社ごとに幅があります。呼び方にこだわるより「どの業務を任せられるか」で見極めるのが現実的です。

Q. EC運用代行の費用相場はどのくらいですか？

A. EC運用代行の費用は、特定業務の部分委託で月額5万〜10万円程度、包括的な委託で月額30万〜50万円程度が目安です。料金体系は月額固定型・成果報酬型（売上の数%〜十数%程度で委託範囲により幅がある）・複合型の3つに分かれ、任せる業務範囲や事業規模で変動します。別途、初期費用として10万〜30万円程度がかかる場合もあります。上記は一般的な相場のため、実際の金額は各社にご確認ください。

Q. EC運用代行の費用を抑えるにはどうすればよいですか？

A. EC運用代行の費用は、任せる範囲を必要な業務だけに絞ることで抑えられます。すべてを一括で委託せず手薄な業務だけを部分委託する、定型業務はシステム・ツールで効率化して人手を減らす、小規模・単発の作業はフリーランスへ依頼する、といった工夫が有効です。あわせて複数社から相見積もりを取り、料金体系と対応範囲を比較することも欠かせません。

Q. EC運用代行は個人事業主や小規模事業者でも依頼できますか？

A. EC運用代行は、個人事業主や小規模事業者でも依頼できます。一部の会社は法人のみを契約対象とする場合がありますが、特定業務だけを部分委託できるサービスや、クラウドソーシングを通じてフリーランスに小規模・単発で依頼する選択肢もあり、予算や規模に応じて任せ方を調整できます。まずは手薄な業務を切り出して小さく始めるのが現実的です。

Q. EC運用代行を選ぶときは何を基準にすればよいですか？

A. EC運用代行は、「対応範囲が自社の課題と合っているか」「販売チャネル・商材に強いか」「料金体系が売上規模に見合うか」「支援体制とコミュニケーションが取れるか」の4つを基準に選ぶのがおすすめです。最初から特定の1社に絞り込むより、自社の課題がどのタイプ（一括代行／特定業務・スポット／システム・ツール）に近いかを起点に複数社を比較すると、ミスマッチを避けやすくなります。

Q. EC運用代行と構築代行・ECコンサルは何が違いますか？

A. EC運用代行と構築代行・ECコンサルは、担う役割の範囲が異なります。構築代行はサイトやモール店舗の「立ち上げ・制作」を担い、ECコンサルは「戦略や施策の助言」が中心で実務は自社に残ります。

これに対しEC運用代行は、立ち上げ後の日々の運営実務（受注・広告・制作・物流など）そのものを継続的に代行する点が特徴です。実際には一社がこれらを兼ねることも多いため、名称よりも対応範囲で見極めるのが確実です。

Q. BASEやSTORESなどの無料ASPカートでもEC運用代行を利用できますか？

A. BASEやSTORESなどの無料ASPカートでも、EC運用代行を利用できます。ページ制作・商品登録・広告運用・受注対応といった業務は、利用しているカートの種類を問わず委託できることが多いためです。ただし会社によって対応できるカートや得意な領域が異なるため、自社が使うカートでの実績があるかを事前に確認しておくと安心です。

Q. EC運用代行に依頼して成果が出るまで、どのくらいの期間がかかりますか？

A. EC運用代行の成果は、施策の内容によって現れる時期が異なり、数ヶ月単位で見込むのが一般的です。受注代行や物流代行のように委託直後から負担軽減の効果が出るものもあれば、広告運用・SEO・売上拡大のような施策は成果が安定するまで一定の期間を要します。短期だけで判断せず、目標と検証のタイミングを事前に代行会社とすり合わせておくことが大切です。

Q. EC運用代行の契約形態や契約期間はどうなっていますか？

A. EC運用代行の契約形態や契約期間は、会社やプランによって異なります。月額固定型では数ヶ月単位の最低契約期間を設ける場合があり、スポット依頼や成果報酬型では単発・都度の契約が可能なこともあります。解約条件や更新のルールも会社ごとに違うため、契約前に期間の縛りや途中解約の可否を確認しておくと、後々のミスマッチを防げます。

Q. EC運用代行に外注するのと、システム・ツールで内製効率化するのはどちらがよいですか？

A. EC運用代行への外注とシステム・ツールでの内製効率化は、自社の課題が「専門性の不足」か「人手の不足」かで使い分けるのがおすすめです。

広告運用や戦略設計などノウハウが要る業務はプロに外注し、受注・在庫管理などの定型業務は一元管理システムで自動化するのが基本です。両者を組み合わせる方法も有効です。

EC運用代行の料金・資料を一括チェック

気になるEC運用代行の会社へは、上記の紹介から各社の公式サイトで問い合わせ・資料請求ができます。あわせてMCB FinTechカタログでは、決済・バックオフィスなどEC運営を支える関連ソリューションの資料も無料で入手できます。

MCB FinTechカタログに掲載しませんか？

MCB FinTechカタログでは、掲載企業様を募集しています。マネックスグループの金融実務ノウハウを活かした独自の評価軸と検索設計により、導入検討者が最適なサービスを効率的に発見できる法人向け比較プラットフォームです。掲載後は管理画面から料金表や導入事例を随時更新でき、常に最新の情報を訴求可能。まずは下記フォームより、お気軽にお問い合わせください。