電子帳簿保存法はデメリットしかない？メリットと導入のポイントを徹底解説

電子帳簿保存法への対応、「正直メリットがなくデメリットしかないのでは？」と感じていませんか。

2024年からはメールやWeb上でやり取りした請求書など電子取引データの保存が完全に義務化され、対応を避けられない状況になりました。（参照：国税庁「電子帳簿保存法」）

しかし、初めはシステム導入や社内ルール整備の負担が大きくても、長期的に見れば事務作業の効率化やコスト削減など多くのメリットが得られます。

また、対応を怠れば税務上の指摘や青色申告の承認取消しといった深刻なリスクも生じかねません。

本記事では、電子帳簿保存法のデメリットとメリットを整理し、無理なく効率的に対応する方法を解説します。電子帳簿保存法対応の悩みを解消し、法令順守と業務効率化を両立させるヒントをぜひ掴んでください。

電子帳簿保存法とは何か？義務化された背景と基本概要

電子帳簿保存法とは、税務関連の帳簿や書類を電子データで保存することを認める法律です。1998年に施行され、当初は紙での保存が原則でしたが、一定の要件を満たせば電子保存が可能となりました。

この法律には「電子帳簿等保存」「スキャナ保存」「電子取引」の3区分があり、2022年・2024年の改正で運用が大きく変わりました。

特に2024年1月からは、電子取引で受け取った請求書・領収書を紙に印刷せず、電子データのまま保存することが全事業者に義務化されています。これまで認められていた紙保存の経過措置は終了し、現在はシステム等を用いた電子保存が必須です。

そのため、メールやWebで受領した請求書等は、「対応するかどうか」ではなく「どう対応するか」が問われる段階に入っています。電子保存を怠ると、税務調査での指摘や青色申告の承認取消しといったリスクもあるため、ほとんどの企業にとって避けて通れない対応といえるでしょう。

電子帳簿保存法が「デメリットしかない」「めんどくさい」と言われる3つの理由

電子帳簿保存法について調べると、「手間が増える」「コストばかりかかる」「正直メリットが分からない」といった否定的な意見を目にすることがあります。特に中小企業や少人数体制の経理現場では、「デメリットしかない制度」と感じてしまうケースも少なくありません。

なぜ電子帳簿保存法は、ここまでネガティブに捉えられがちなのでしょうか。背景には、導入初期に集中する負担やわかりにくさがあります。ここでは、多くの事業者が電子帳簿保存法を「デメリットだ」と感じてしまう主な理由を3つ解説します。

デメリット1：導入・運用コストの負担が大きい

最も多く挙げられるのが、コスト面の負担です。電子帳簿保存法に対応するには、法的要件を満たすシステムの導入や、既存システムの改修が必要になります。

例えば、

• タイムスタンプ機能
• 検索要件（日付・金額・取引先など）を満たす管理機能

といった要件に対応したソフトを導入する場合、初期費用で数十万円以上、さらに月額の運用コストが発生することもあります。

加えて、システムを導入すれば終わりではありません。実務で使いこなすための社内教育や運用ルール整備も必要です。経理担当者への研修、マニュアル作成、場合によっては専門知識を持つ人材の確保など、見えにくいコストも積み重なります。

特に人員や予算に余裕のない企業ほど、「これだけ投資して本当に見合うのか？」と疑問を感じやすく、「割に合わない」という印象を持ちがちです。

デメリット2：法的要件が複雑でわかりづらい

次に挙げられるのが、制度そのもののわかりにくさです。電子帳簿保存法では、電子データ保存にあたって主に「真実性の確保」と「可視性の確保」という2つの要件を満たす必要があります。

具体的には、

• 真実性の確保：
  • データの改ざんを防ぐため、タイムスタンプの付与や訂正・削除履歴の保存が必要
• 可視性の確保：
  • 保存したデータを速やかに確認でき、日付・金額・取引先などで検索できる状態で管理する必要

といった技術的・実務的な条件が求められます。

これらを自社だけで正確に理解し、要件を満たす運用を構築するのは簡単ではありません。「結局、何をどこまでやればOKなのか分からない」「調べるほど難しく感じる」という声が多いのも事実です。

さらに、電子帳簿保存法は度重なる法改正が行われてきました。2022年の施行時には猶予措置が設けられ、2024年には一部要件の緩和が実施されるなど、制度が変化してきた経緯もあります。こうした変更に都度対応しなければならない点も、「ルールが複雑すぎる」と感じられる要因となっています。

デメリット3：既存の業務フローを大きく変える必要がある

3つ目は、社内業務フローの変更負担です。長年、紙中心で経理業務を行ってきた企業にとって、電子保存への移行は単なる保存方法の変更ではありません。業務そのものを見直す必要があります。

例えば、

• 紙の領収書に押印してファイリングする
• 書類をキャビネットで管理する

といった従来のやり方から、

• スキャンして電子保存
• システム上で検索・確認

という流れに変えることになります。この変化に対し、「今まで問題なく回っていたのに…」という心理的な抵抗が生まれるのは自然なことです。特にベテラン社員ほど負担を感じやすい傾向があります。

また、取引先との関係でも課題が生じます。自社は電子化していても、取引先が紙文化のままだと、結局は紙と電子の二重管理が発生します。完全なペーパーレスが社会全体で実現していない現状では、当面この煩雑さを感じる企業も少なくありません。

このように、電子帳簿保存法は導入初期に負担が集中しやすいため、「デメリットしかない」と感じられがちです。しかし、これらの多くは短期的・過渡期の課題に過ぎません。

次章では、電子帳簿保存法に対応することで得られる本当のメリットや、デメリットを最小限に抑える考え方について解説します。

電子帳簿保存法で得られる主なメリット

電子帳簿保存法にはデメリットだけでなく、たくさんのメリットも存在します。紙保存では得られなかった業務効率化やコスト削減、さらにリスク低減の効果など、長期的に見ればメリットの方が大きいケースも少なくありません。ここでは代表的なメリットを紹介します。

メリット1：必要な書類をすぐ検索・閲覧でき、業務効率が向上

電子データで書類を保存する最大のメリットは、必要な情報を瞬時に検索できることです。紙のファイルから目的の書類を探すのに数分～数時間かかっていた作業が、電子化すれば日付や取引先名、金額などで検索して数秒で発見できます。

例えば税務調査で「○年○月○日の○○社との取引に関する請求書を出してください」と求められた際も、キーワード検索ですぐ画面に表示できれば調査官への対応もスムーズです。

日常業務でも経費見直しや取引分析のために特定条件の書類を抽出するといった複雑な検索が一瞬で可能になるため、経営判断のスピードアップにもつながります。

メリット2：紙の紛失・劣化リスクが減り重要データを安全に保管できる

日本は地震や水害など災害の多い国です。紙の証憑類を長期間保管していると、火災や水漏れで重要書類が消失してしまうリスクが常につきまといます。また紙は経年劣化で文字が薄くなったり、カビや害虫の被害で判読不能になる恐れもあります。

電子データであれば、クラウドストレージ等にバックアップを取っておくことで物理的な災害からデータを守ることができます。仮に社内サーバーが故障してもクラウド上に副本があればすぐ復旧可能ですし、タイムスタンプを付与したデータは劣化せず7年・10年後でも鮮明な状態で保管できます。

適切なバックアップ体制を整えることでシステム障害時にもデータ復旧ができ、事業継続性も高まります。紙では避けられない紛失・劣化リスクを軽減できるのは大きなメリットです。

メリット3：税務調査対応がスムーズになり信頼性も向上

電子帳簿保存法の要件に沿ってデータ保存を行っておけば、税務調査時の対応負担が軽減されます。調査官から求められた証憑をすぐ検索・提示できるため、調査にかかる日数自体が短縮される可能性があります。紙書類を山から掘り出す必要がなく、調査官を待たせる時間も減らせるので、結果的に効率的な調査対応が可能です。

さらにタイムスタンプ付与や訂正履歴の保存によってデータの信頼性（真実性）が担保されていれば、「この書類は改ざんされていないか？」と疑われにくくなります。電子データの状態で保存していること自体、書類の正当性を客観的に証明しやすくなると言えるでしょう。

その他のメリット：コスト削減やテレワーク推進効果も

電子保存への移行は、他にも様々な効果をもたらします。例えば、

• 紙や印刷・郵送コストの削減
  • 紙代、プリンタのインク代、郵送費、保管ファイルや倉庫代など、紙運用には多くのコストが伴います。電子化によりこれらの経費を大幅に圧縮できます
• 保管スペースの節約
  • オフィスの書庫や倉庫に積み上がっていた大量の紙ファイルを処分でき、オフィススペースを有効活用できます
• テレワークへの対応
  • 書類がオンラインで確認できれば在宅勤務でも経理処理が可能になります。紙が社内にあるため出社しないとできなかった作業が減り、柔軟な働き方に繋がります

このように電子帳簿保存法対応は単なる法令順守に留まらず、業務全体のデジタル化（DX）を推進する契機にもなり得るのです。

電子帳簿保存法に違反した場合のリスクと罰則

「メリットは分かったが、対応しなかったら実際どうなるのか？」という疑問を持つ方も多いでしょう。結論として、電子帳簿保存法を無視し続けることはおすすめできません。法的な罰則だけでなく、経営・業務面でのリスクも無視できないためです。

青色申告の承認取消しのリスク

最大のリスクは、青色申告の承認取消しです。電子帳簿保存法で求められる保存要件を満たさない場合、税務署長の判断で青色申告が取り消される可能性があります。

例えば、電子取引で受領した請求書PDFを紙で保存している場合（2024年以降は原則不可）、税務調査で指摘されると重大なマイナス評価となります。青色申告が取り消されれば、65万円控除や欠損金の繰越控除が使えなくなり、実質的な増税につながります。保存方法のミスだけで不利になる点には注意が必要です。

重加算税が課される可能性

悪質なケースでは、重加算税の加重措置が適用される可能性もあります。電子取引データの改ざんや意図的な不保存による不正が認定された場合、通常35％の重加算税に10％が上乗せ（最大45％）されます。

うっかりミスですぐに適用されるものではありませんが、故意と判断されれば非常に重いペナルティとなるため、軽視はできません。

100万円以下の過料（罰金）

帳簿書類を適切に保存しない場合、会社法上の過料（100万円以下）が科される可能性もあります。実例は多くありませんが、法令違反の事実自体が企業の信用低下につながります。取引先や金融機関からの評価に悪影響を及ぼす点は見逃せません。

取引機会・ビジネスチャンスの損失

未対応による影響は法的リスクだけではありません。電子請求書や電子保存が前提の取引が増える中、「紙対応しかできない」企業は敬遠されがちです。

新規取引時に電子対応状況を確認される場面も増えており、対応遅れは競争力低下に直結します。結果として、取引機会を失うリスクが高まります。

経理業務の非効率化とミスの温床

紙中心の運用を続ける限り、検索や管理に手間がかかり、人的ミスも減りません。書類探しや転記作業に時間を取られ、本来注力すべき分析や改善業務に手が回らなくなります。

電子帳簿保存法に対応しないという選択は、非効率な業務体制を固定化する選択でもあります。DXが進む中、対応の遅れは将来的な競争力の差につながりかねません。

電子帳簿保存法をスムーズに導入するための5つのステップ

電子帳簿保存法のデメリットや違反リスクを最小限に抑え、メリットを最大限に活かすには、場当たり的ではなく段階的に対応を進めることが重要です。ここでは、電子帳簿保存法対応をスムーズに進めるための5つのステップを解説します。

ステップ1：現状把握（取引経路と書類の洗い出し）

まずは、自社の現状を正確に把握することから始めましょう。具体的には、電子的に受領・送付している請求書や領収書がどの程度あるのか、取引経路や書類の種類を洗い出します。電子取引の割合が高い企業ほど早急な対応が必要ですし、現時点では少なくても、将来的な増加を見据えて準備しておくことが重要です。

ステップ2：ツール選定（自社に合うシステム比較）

次に、電子帳簿保存法に対応するためのシステムやツールを検討します。導入・運用コストと、それによって得られる業務効率化の効果を比較し、バランスを見極めましょう。初期費用だけで判断せず、紙運用にかかっていた人件費や保管コストなども含めて、中長期的な視点でROIを評価することが大切です。

ステップ3：ルール整備（社内規程の作成・更新）

ツールを導入するだけでは十分ではありません。新しい運用に合わせて、社内規程や業務フローを整備しましょう。どの書類を、どの方法で、どのタイミングで保存するのかを明確にし、ルールとして文書化します。これにより、属人化や運用のばらつきを防ぐことができます。

ステップ4：周知・教育（現場への操作研修）

ルールを作ったら、現場への周知と教育が不可欠です。経理担当者だけでなく、実際に書類を扱う社員に対して、操作方法や注意点を共有しましょう。研修や簡単なマニュアルを用意することで、現場の理解と協力が得られ、電子保存の定着がスムーズになります。

ステップ5：運用開始（段階的な完全移行）

最後に、段階的に運用を開始します。最初からすべてを電子化しようとせず、まずは電子取引データの保存から始め、問題点を洗い出しながら対応範囲を広げていくのがおすすめです。一部部署で試行し、成功事例をもとに全社展開することで、無理のない完全移行が実現します。

これら5つのステップに沿って準備を進めれば、「デメリットしかない」「めんどくさい」と感じていた電子帳簿保存法対応も、業務効率化と内部統制強化につながる前向きな取り組みへと変えていくことができるでしょう。

電子帳簿保存法対応に役立つサービスを比較しよう

電子帳簿保存法への対応を成功させるには、適切なITサービスを選んで活用することが重要です。専用のクラウドサービスや会計ソフトを導入すれば、煩雑な要件対応をシステム側に任せられるため社内負担を大幅に減らせます。

しかし市場には多くのサービスがあり、「どれを選べばいいのか分からない」という声も少なくありません。そこで活用したいのが複数サービスを比較検討できるプラットフォームです。

MCB FinTechカタログは金融領域の様々な法人向けソリューションを比較できる法人向けサイトです。電子帳簿保存法対応のシステムも多数掲載されており、気になるサービスの資料をまとめて請求できます。機能や料金、導入事例などを一括で取り寄せて比較できるため、自社に最適なソリューションを効率よく見極められます。

例えば「領収書のスキャナ保存が簡単にできるツール」や「今使っている会計ソフトと連携しやすいサービス」など、重視ポイントに合わせて候補を探すことができます。各サービスの専門家による解説記事も掲載されているため、初めての導入でも安心して検討を進められるでしょう。

電子帳簿保存法対応は導入して終わりではなく、今後も改正に合わせたアップデートが求められます。その点、クラウドサービスなら常に最新の法令対応にアップデートされるため、自社で逐一追従する手間が省けます。

MCB FinTechカタログを活用して、ぜひ貴社に最適な電子帳簿保存法対応サービスを見つけてください。必要な資料を取り寄せて比較することで、安心してデジタル化への一歩を踏み出せるはずです。

よくある質問（FAQ）

Q1. 電子帳簿保存法はどんな企業に適用されますか？

A1. 基本的に全ての企業・団体、および個人事業主が対象です。従来は電子保存を行う際に税務署への事前申請が必要でしたが、現在は申請不要で誰でも電子保存が可能になりました。特に2024年以降、メールやWeb発行の請求書など電子取引を1件でも行う企業は対応必須と考えてください。中小企業やフリーランスであっても例外ではありません。

Q2. 電子帳簿保存法の対象となる書類には何がありますか？

A2. 大きく3種類あります。1つ目は「国税関係帳簿」で、仕訳帳や総勘定元帳など決算に関わる帳簿類を指します（パソコン等で作成したものが対象）。2つ目は「国税関係書類」で、取引先から受領した請求書・領収書・契約書・見積書などの証憑書類です。3つ目が「電子取引のデータ」で、PDF請求書やWeb上で受け取った注文書などがこれに該当します。

これらは電子帳簿保存法に従い電子データで保存する必要があります。なお、手書きの帳簿や紙で受領した領収書の原本などは電子保存の対象外です（紙で保管して問題ありません）。しかしそうした紙書類も、一定の要件（解像度やスキャナ保存の期限など）を満たせばスキャンして電子データ化することが認められています。

Q3. 紙の請求書や領収書はスキャンして電子保存しないといけませんか？

A3. いいえ、紙で受け取った書類を必ず電子化する必要はありません。電子帳簿保存法で義務化されたのは、電子的に授受したデータ（電子取引）の電子保存です。紙の請求書・領収書については、これまでどおり紙の原本を保存すれば法律上問題ありません。

ただし紙のままだと検索・共有の手間がかかるため、可能であればスキャナ保存制度を活用して電子化することが推奨されます。その際は所定の要件（受領後概ね2ヶ月以内のスキャン、タイムスタンプ付与など）を守れば、紙原本を廃棄しデータ保存することも認められています。

Q4. 電子帳簿保存法に対応しないとどんな罰則がありますか？

A4. 電子帳簿保存法違反に直接の罰金規定はありませんが、税法や会社法でのペナルティを受ける可能性があります。例えば電子取引データを紙で保存していた場合、悪質と判断されれば青色申告の承認取消しにつながる恐れがあります。承認が取り消されると欠損金の繰越控除など大きな税務上の不利益を被ります。

また、意図的な違反が発覚した際には通常の重加算税にさらに10%の加重税が上乗せされる規定も整備されています（不正隠蔽があった場合）。さらに帳簿書類の適切な保存は会社法上の義務でもあるため、違反が明らかな場合100万円以下の過料が科される可能性もあります。法令違反は企業信用の低下にも直結しますから、罰則云々以前にきちんと対応する意義は大きいでしょう。

Q5. 電子帳簿保存法が「意味不明、めんどくさい」と感じます。楽に対応する方法はありますか？

A5. 電子帳簿保存法が意味不明に感じる場合は、無理に制度を理解しようとせず、対応済みのクラウドサービスを使うのが近道です。会計ソフトや経費精算ツールの多くは、タイムスタンプ付与や検索要件などを自動で満たしてくれます。

担当者は書類をアップロードするだけで済むため、複雑な要件を意識する必要がありません。「意味不明」と感じる負担を、仕組みで解消できます。

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