オンライン決済の手数料はいくら？決済手段別の料率と初期費用・月額まで実額で解説

オンライン決済を導入するとき、多くの事業者が最初に気にするのが「1回の売上ごとに、結局どれくらい手数料を引かれるのか」という点です。手数料は売上から自動的に差し引かれる固定的なコストで、料率が数%違うだけで年間の利益が大きく変わります。

しかし、手数料率は決済手段によって幅があり、さらに同じクレジットカード決済でもサービスによって料率が異なります。初期費用や月額費用、振込手数料といった手数料以外のコストも積み上がるため、決済手数料率だけを見て契約すると、あとで想定より高くつくこともあります。

この記事では、決済手段ごとの手数料率の相場を一覧で示したうえで、主要なオンライン決済サービスの公開料率を横並びで比較します。手数料以外にかかる費用や、手数料が決まる仕組み・抑える方法、消費税や上乗せ請求といった実務上の疑問まで、オンライン決済の手数料を判断するために必要な情報をまとめました。

決済手段別の手数料率の相場一覧

まず、オンライン決済でよく使われる決済手段ごとの手数料率の相場を一覧にまとめます。手数料率は決済手段によって大きく異なり、同じ手段でもサービスや契約条件によって変動します。ここでは目安となる相場を示し、具体的なサービス別の実額はこのあとの比較表で確認できます。

※各社公開料率および大手決済代行会社の公開情報に基づく相場（2026年8月時点）。実際の料率は契約条件により異なります。

出典・参考資料（3件）

• 参考資料：クレジットカード決済手数料（決済手段別の料率を公開）｜KOMOJU
• 参考資料：キャッシュレス決済手数料｜Square
• 参考資料：料金｜Stripe

クレジットカード決済は多くのオンライン取引で中心的に使われる手段で、オンライン決済サービスの公開料率はおおむね2%台半ば〜3.6%に収まります。一方、キャリア決済や後払い決済は、事業者が負う未回収リスクや対象商材の性質から相場が高めになる傾向があります。

コンビニ決済や銀行振込には料率型と1件あたり固定額型があり、単価の低い商材を多く扱う場合は固定額型のほうが割高になりやすい点にも注意が必要です。自社で扱う決済手段の組み合わせによって、実質的な手数料負担は変わってきます。

1万円の売上で手数料はいくら？手取り額のイメージ

手数料率を金額に置き換えると、負担の大きさがつかみやすくなります。ここでは1万円の商品が1件売れた場合に、クレジットカード決済の手数料率別で手元にいくら残るかを示します。

※決済手数料のみで計算した概算です。実際には振込手数料やトランザクション費用が別途かかる場合があります。

1件あたりの差はわずかに見えても、取引件数が積み重なると差は大きくなります。たとえば月間1,000件・平均単価1万円なら、料率が0.5%違うだけで月5万円、年間60万円の差が生まれます。だからこそ、決済手段ごとの相場だけでなく、次のサービス別の実額まで確認することが大切です。

主要オンライン決済サービスの手数料を比較

ここからは、主要なオンライン決済サービスの手数料を横並びで比較します。クレジットカード決済手数料を中心に、初期費用・月額費用・入金サイクルまで並べました。料率を公開しているサービスは実額を、公式に公開していないサービスは「要問い合わせ」としています。

※上記は各社公式公開情報に基づく（2026年8月時点）。実際の料率は契約条件により異なります。本比較はクレジットカード決済手数料を中心にしています。コンビニ・QRコード決済など決済手段ごとの料率は、前掲の決済手段別の相場一覧または各社公式ページをご確認ください。

同じクレジットカード決済でも、サービスによって料率や料金体系が異なります。料率が非公開のサービスは、加盟店審査を経て個別に条件を提示する方式が多く、自社の売上規模や業種によって提示される料率が変わります。

公式サイトでは料率を個別見積もりとしつつ、取引条件によっては具体的な料率を提示するサービスもあります（一例は後掲の個別紹介を参照）。気になるサービスは資料請求や見積もりで自社条件での料率を確認するのが確実です。

決済手数料以外にかかる費用の内訳

オンライン決済のコストは、決済手数料だけではありません。契約前に決済手数料率だけで比較すると、導入後に初期費用や月額費用、振込手数料などで想定より負担が増えることがあります。ここでは決済手数料以外の主な費目と相場を整理します。

費目ごとの相場

決済手数料以外にかかる主な費用は、次の5つです。サービスによって発生する費目・金額は異なり、初期費用や月額費用が無料のサービスもあります。

※大手決済代行会社の公開情報に基づく相場（2026年8月時点）。実際の費目・金額は各社の料金体系により異なります。

特に見落としやすいのが振込手数料です。決済手数料が安くても、入金のたびに振込手数料がかかると、少額決済が多いビジネスでは実質的な負担が上がります。決済手数料率とあわせて、こうした費目の有無まで含めた実質コストで比較することが重要です。

料金体系は大きく2タイプ

オンライン決済サービスの料金体系は、大きく2つのタイプに分かれます。自社の売上規模や取引件数によって、どちらが有利かが変わります。

• 初期費用＋月額費用型：初期費用や月額固定費がかかる代わりに、決済手数料率が低めに設定される傾向があります。取引件数・売上金額が多い事業者ほど、固定費を上回るメリットが出やすいタイプです。
• 決済手数料のみ型：初期費用・月額費用が無料で、決済手数料だけがかかります。売上に応じた費用しか発生しないため、これから始める事業者や取引量が小さいうちは負担を抑えやすいタイプです。

取引量が少ないうちは決済手数料のみ型で始め、売上が伸びて固定費を上回るメリットが見込めるようになったら初期費用＋月額費用型に切り替える、という考え方もあります。自社の現在の取引規模と今後の見通しの両方で判断するとよいでしょう。

手数料の運用で知っておきたいこと

手数料の金額を把握したうえで、実務で疑問になりやすい2つの論点を見ていきます。決済手数料の消費税の扱いと、手数料分を顧客に上乗せ請求できるかどうかです。

決済手数料に消費税はかかる？

クレジットカードの加盟店手数料そのものは、消費税の非課税取引にあたります。国税庁は、加盟店が信販会社（カード会社）へ支払う手数料について、次のように示しています。

信販会社が加盟店から譲り受ける債権の額（100）と加盟店への支払額（90）との差額（10）は、消費税法施行令第10条第3項第8号に該当し、非課税となります。

出典：質疑応答事例（消費税）「クレジット手数料」｜国税庁

ただし、この見解が対象とするのは、加盟店がカード会社へ直接支払う手数料（債権譲渡の差額）です。オンライン決済の多くは決済代行会社を経由しており、決済代行会社へ支払う手数料の消費税の扱いは、契約形態によって異なる場合があります。自社の会計処理を確定する際は、契約内容にもとづいて顧問税理士や決済代行会社に確認することをおすすめします。

手数料分を顧客に上乗せ請求できる？

決済手数料の負担を減らそうと、カード決済の顧客にだけ手数料分を上乗せして請求する（現金客より高くする）ことは、一般にカード会社の加盟店規約で禁止されています。たとえば三井住友カードの通信販売（EC）向け加盟店規約には、次の定めがあります。

加盟店は、有効なカードで申込みを行った会員に対して、商品の販売代金ならびにサービス提供代金について手数料等を上乗せする等現金客と異なる代金の請求をすること、およびカードの円滑な使用を妨げる何らの制限をも加えないものとします。

出典：三井住友カード加盟店規約（通信販売［含ＥＣ］用）第6条第6項

この禁止は法律による全面的な規制ではなく、カード会社と結ぶ加盟店規約（契約上の義務）にもとづくものです。国民生活センターも、加盟店が消費者にカード手数料を負担させることは加盟店契約の規約で禁止されている場合がある、と説明しています。手数料負担は上乗せ請求で顧客に転嫁するのではなく、料率の低いサービスを選ぶ・料金体系を見直すといった方法で抑えるのが基本です。

出典・参考資料（1件）

• 出典：クレジットカード利用時に手数料を請求された｜国民生活センター

手数料はどう決まる？抑える方法

同じサービスでも、事業者によって提示される手数料率は変わります。仕組みを理解しておくと、料率が高いのか妥当なのかを判断でき、抑える打ち手も見えてきます。

手数料が決まる仕組み

決済手数料率は、一般に加盟店審査を経て、事業者ごとに個別に決まります。料率に影響する主な要素は次のとおりです。

• 取扱高（売上規模）：取扱高が大きいほど料率が下がる傾向があります。実際に、段階的な料金プランを設けているサービスや、一定の取扱高を条件に優遇料率を適用するサービスがあります。
• 業種・商材：業種によって料率が変わることがあります。優遇料率を設ける業種がある一方、デジタルコンテンツなど一部の商材では料率が高めに設定される例もあります。
• 加盟店審査：各社とも加盟店審査を経て、事業内容やリスクに応じて料率・プランを決定します。料率が非公開のサービスで「要問い合わせ」となっているのは、この個別審査を前提としているためです。

※料率が決まる仕組みは、各社公開料金ページに見られる段階料金・業種別条件（取扱高・業種による料率差）にもとづく一般的な傾向です（2026年8月時点）。

料率が業態や売上規模でどう変わるかは、決済代行会社ごとの運用に表れます。オンライン決済サービス「Paysys（ペイシス）」を提供する株式会社ペイメントフォーは、料率を決める要素について次のように説明しています。

手数料を抑える方法

手数料を抑えるには、契約前の選び方と、運用のなかでの見直しの両面があります。運用面では次の打ち手が有効です。

• 取扱高が増えたら料率の見直しを相談する：取扱高で料率が下がる仕組みのため、売上が伸びた段階で決済代行会社に料率の見直しや上位プランへの変更を相談すると、料率を下げられる場合があります。
• 料金体系を売上規模に合わせて見直す：前述の2つの料金体系のうち、現在の取引量に合わない型のまま使っていると割高になります。取引量が増えたタイミングで、初期費用＋月額費用型への切り替えが有利にならないか見直します。
• 決済手段の構成を見直す：料率の高い決済手段に売上が偏っている場合、料率の低い決済手段を用意して顧客の選択肢を広げることで、全体の平均手数料を下げられることがあります。

手数料で損をしないサービスの選び方

ここでは、手数料の観点にしぼった契約前の見極め方を整理します。機能やセキュリティまで含めた総合的な選び方は、後述の関連記事もあわせて確認してください。手数料で損をしないために押さえたいのは、次の3点です。

• 料率が公開されているか、非公開かを確認する：公開されているサービスは自社で試算しやすく、非公開のサービスは加盟店審査を経て個別料率が提示されます。非公開の場合は、資料請求や見積もりで自社条件での料率を早めに確認しておくと安心です。
• 決済手数料だけでなく実質コストで比べる：決済手数料率が低くても、初期費用・月額費用・振込手数料まで含めると総額が逆転することがあります。自社の想定取引件数・平均単価で、費目を合算した実質コストを試算して比べるのが確実です。
• 入金サイクルを確認する：売上が口座に入金されるまでの期間はサービスによって異なります。オンライン決済では月1〜2回の入金が一般的ですが、翌営業日や週次で入金されるサービスもあります。入金サイクルが長いと資金繰りに影響するため、料率とあわせて入金サイクルの条件も見ておくとよいでしょう。

料率だけでなく、対応できる決済手段や機能、実店舗併用・EC・サブスクといった販売形態ごとの向き不向きまで含めて総合的にサービスを選びたい場合は、次の記事で主要なオンライン決済システムをタイプ別に比較しています。

また、そもそも決済代行会社という選択肢をどう選ぶか——BtoBの掛け払いやサブスクの継続課金など、自社の取引形態に合った代行会社の選び方を詳しく知りたい場合は、次の記事が参考になります。

手数料で選びたいオンライン決済サービス

手数料や料金体系の面で選択肢になりやすいオンライン決済サービスを紹介します。それぞれ料金の考え方や強みが異なるため、自社の取引規模や決済手段の構成に合わせて検討してください。

1. Paysys（ペイシス）（株式会社ペイメントフォー）

Paysys（ペイシス）は、システム開発なしでも導入できるURL型・フォーム型のオンライン決済サービスです。専用のフォームや決済用URLを発行して使えるため、自社サイトの改修を最小限に抑えて決済を始められます。

BtoB取引に向けた専用プランを用意しているのが特徴で、初期費用を抑えて導入できる案内もあります。決済手数料率は公式サイトでは個別見積もりとされているため、自社の取引条件での料率は資料請求や問い合わせで確認するのが確実です。

料率は契約条件で変わるため、他社からの切り替えで手数料が下がることもあります。株式会社ペイメントフォーは、他社から切り替えた事例について次のように述べています。

2. サブスクペイ（株式会社ROBOT PAYMENT）

月額課金や定期購入を軸にしたビジネスと相性がよいのが、株式会社ROBOT PAYMENTが提供するサブスクペイです。クレジットカード決済に加えて口座振替や銀行振込、コンビニ決済にも対応し、継続課金モデルのビジネスに必要な決済まわりを一元管理できます。

クレジットカード決済手数料は2.5%〜で、決済1件あたりのトランザクション費用は7円です。カードの有効期限切れによる決済失敗を防ぐ仕組みなど、継続課金の未回収を減らす機能を備えている点も、サブスクリプション事業者にとって有力な選択肢となります。初期費用・月額費用は個別見積もりのため、詳細は資料で確認してください。

3. Square（スクエア）（Square株式会社）

料金体系のわかりやすさで選ばれているのが、Square（スクエア）です。初期費用・月額費用が無料で、決済手数料だけで使えます。オンライン決済（eコマース・API連携）の手数料は3.6%と公開されているため、導入前にコストを試算しやすいのが利点です。

振込手数料が無料で、三井住友銀行・みずほ銀行の口座なら決済の翌営業日に入金される点も、資金繰りを重視する事業者に適しています。対面決済とオンライン決済を1つのアカウントで併用できるため、実店舗とネット販売の両方を手がける事業者にも向いています。

まとめ

オンライン決済の手数料は、決済手段によって相場が異なり、同じクレジットカード決済でもサービスや契約条件によって料率が変わります。オンラインの主要サービスの公開料率はおおむね3%台に収まりますが、初期費用・月額費用・振込手数料まで含めた実質コストで比べることが大切です。

料率が非公開のサービスは加盟店審査を経て個別に料率が決まるため、自社の売上規模・業種での正確な料率は、資料請求や見積もりで確認するのが確実です。まずは気になるサービスの資料を取り寄せ、実質コストと入金サイクルを見比べて、自社の採算に合う決済サービスを選んでください。

よくある質問（FAQ）

Q. 決済手数料とは何ですか？

A. 決済手数料とは、クレジットカードやQRコードなどのオンライン決済で商品が売れるたびに、決済代行会社やカード会社へ支払う手数料です。

一般的には売上金額に対する料率（○%）で計算され、売上から自動的に差し引かれます。料率は決済手段やサービスによって異なり、オンラインのクレジットカード決済ではおおむね3%台が相場です。

Q. オンライン決済のクレジットカード決済手数料の相場は何%ですか？

A. オンライン決済のクレジットカード決済手数料は、おおむね3%台（2%台半ば〜3.6%程度）が相場です。

ただし同じクレジットカード決済でも、サービスや契約条件によって料率は変わり、取扱高が大きいほど下がる傾向があります。コンビニ決済・QRコード決済・後払いなど、決済手段ごとの相場は本文の一覧表で確認できます。

Q. オンライン決済では決済手数料以外にどんな費用がかかりますか？

A. オンライン決済では、決済手数料のほかに初期費用・月額費用・トランザクション費用・振込手数料・取消処理手数料などがかかることがあります。

これらの費目はサービスによって有無や金額が異なり、初期費用や月額費用が無料のサービスもあります。特に見落としやすいのが振込手数料で、決済手数料が安くても入金のたびにかかると、少額決済が多いビジネスでは実質的な負担が上がります。決済手数料率だけでなく、費目を合算した実質コストで比較することが大切です。

Q. オンライン決済は個人事業主でも導入できますか？料率は法人と変わりますか？

A. オンライン決済は個人事業主でも導入できます。ただし料率は法人・個人で一律に決まるわけではなく、加盟店審査を通じて事業内容や取扱高に応じて個別に決まります。

開業して間もない場合や取引量が小さいうちは、初期費用・月額費用が無料で決済手数料だけがかかる「決済手数料のみ型」が始めやすい選択肢です。取扱高が増えた段階で、料率の見直しを決済代行会社に相談できる場合もあります。

Q. オンライン決済の決済手数料は、どの勘定科目で仕訳すればいいですか？

A. オンライン決済の決済手数料は、一般的に「支払手数料」の勘定科目で費用計上します。

売上金から手数料が差し引かれて入金される場合は、売上高を総額で計上したうえで、差し引かれた手数料を支払手数料として計上するのが基本的な考え方です。具体的な処理は契約形態や自社の会計方針によって異なるため、確定にあたっては顧問税理士に確認することをおすすめします。

Q. 料率が非公開（要問い合わせ）のオンライン決済サービスは、どうやって料率を確認すればいいですか？

A. 料率が非公開のオンライン決済サービスは、資料請求や見積もり依頼を通じて、自社の条件での料率を確認します。

料率を公開していないサービスの多くは、加盟店審査を経て売上規模や業種ごとに個別の料率を提示する方式をとっています。そのため一般的な相場だけでは自社の実際の負担を判断できません。気になるサービスは早めに問い合わせて、自社条件での料率と料金体系を取り寄せるのが確実です。

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