法人が登記のオンライン申請やe-Tax・eLTAXでの電子申告、企業間の電子契約を行う場面では、「商業登記電子証明書」が必要になることがあります。会社の代表者にとっての電子的な実印にあたる証明書ですが、どこで・いくらで・どうやって取得するのか、名前だけでは分かりにくいのも実情です。
2026年7月21日には、クラウド上で署名鍵を管理する新しい「リモート署名」方式の運用も始まりました。従来のファイル形式（ローカル署名）と2つの方式が併存するため、これから取得する場合はどちらを選ぶべきかも判断のポイントになります。
本記事では、商業登記電子証明書の定義と使いどころ、取得の流れ、証明期間ごとの手数料の最新額、そしてリモート署名とローカル署名の違いと選び方までを整理します。取得に着手する前の判断材料としてご活用ください。
目次
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商業登記電子証明書とは
商業登記電子証明書は、電子文書の作成者が誰であるか（本人確認）と、その文書が改ざんされていないことを証明するための電子証明書です。会社の代表者などが電子文書に付与する、いわば法人にとっての電子的な実印にあたります。発行するのは法務省の電子認証登記所で、商業登記の情報にもとづいて登記官が発行します。
商業登記電子証明書は、電子文書の作成者の本人確認や改ざん防止のために用いられる証明書で、● 行政手続のオンライン申請 ● 企業間の電子契約 などに利用することができます。
出典：商業登記電子証明書｜法務省
個人が使うマイナンバーカードの電子証明書とは別に、法人（会社）としての電子署名に用いる点が特徴です。個人の証明書との違いは、後半のマイナンバーカード等との違いの項目で詳しく整理します。
出典・参考資料（1件）
商業登記電子証明書は何に使える？（用途）
ここからは、商業登記電子証明書を実際に利用できる主な場面を整理します。法人がオンラインで行う各種の手続きで、本人確認と改ざん防止のための電子署名に使えます。
- 商業・法人登記のオンライン申請：役員変更や本店移転などの登記申請を、登記所に出向かずにオンラインで行う際の電子署名に使えます。
- e-Tax（国税の電子申告・納税）：法人税や消費税などの電子申告・電子納税で、法人としての電子署名に利用できます。
- eLTAX（地方税の電子申告）：地方税の電子申告でも、利用可能な電子証明書のひとつとして商業登記電子証明書が認められています。
- その他の行政手続のオンライン申請：社会保険・労働保険など、電子署名を求めるさまざまな行政手続で利用できます。
- 企業間の電子契約：法人としての電子署名を付与する用途にも利用できます。
eLTAXの公式案内では、利用できる電子証明書として「『商業登記に基礎を置く電子認証制度』に基づく電子証明書（法務省が運営する『商業登記認証局』が発行するもの）」が挙げられています。国税・地方税のいずれの電子申告でも使える点が、法人にとっての利便性につながります。
ただし、電子申告を税理士に依頼している場合は注意が必要です。eLTAXの案内では、申告書等の作成・送信を税理士に依頼している納税者は、自社の電子証明書は不要とされています（税理士が自らの電子証明書で署名するため）。自社で申告・登記を電子的に行う予定がなく税理士に任せているだけなら、取得の要否をまず確認しておくと無駄がありません。
出典・参考資料（3件）
商業登記電子証明書の取得方法・取得の流れ
従来のファイル形式（ローカル署名）で取得する場合の流れを、手順に沿って解説します。会社側で専用ソフトを使ってファイルを作成し、管轄の登記所へ申請するのが基本の流れです。申請の窓口は管轄の登記所で、証明書の発行処理は電子認証登記所が担います。
- 専用ソフトを入手する：法務省が無償で提供する「商業登記電子認証ソフト」をダウンロードし、パソコンにインストールします。
- 申請に必要なファイルを作成する：専用ソフトで「鍵ペアファイル」と「証明書発行申請ファイル」を作成します。
- 登記所へ申請し、手数料を納付する：管轄の登記所へ申請書と申請ファイルを提出し、証明期間に応じた手数料を納付します。手続きが済むと「電子証明書発行確認票」が交付されます。
- 証明書をダウンロードする：申請時に使った専用ソフトを使い、インターネット経由で電子認証登記所から電子証明書を取得（ダウンロード）します。
取得に必要なもの（商業登記電子認証ソフト）
ファイル形式の取得では、法務省が提供する専用ソフト「商業登記電子認証ソフト」が必要です。公式サイトのダウンロードページから無償で入手できます。
法務省が提供する専用ソフトウェア「商業登記電子認証ソフト」は、ダウンロードページから無償でダウンロードすることができます。
出典：ファイル形式の商業登記電子証明書の取得方法｜法務省
この専用ソフトの動作環境はWindowsに限られ、Macには対応していません（Windows 8.1・10・11）。ファイル形式で取得する場合は、Windowsが使えるパソコンをあらかじめ用意しておきます。特別な機材は不要ですが、鍵ペアファイルや証明書を保存・持ち運ぶ記録媒体（フォルダやUSBメモリなど）を用意しておくと管理しやすくなります。
申請ファイルの作成時には、次のパスワード・暗証コードを自分で決めて入力します。用途が異なるため、それぞれ控えておきましょう。
- 鍵ペアファイルパスワード：証明書を発行するために使うパスワードです。発行後は使いません。
- 電子証明書パスワード：発行後、実際に電子申請や電子署名を行うたびに入力する重要なパスワードです。忘れると署名ができなくなり、登記所でも開示できません。
- 使用休止届出用暗証コード：有効期間中に証明書の使用を一時的に休止（停止）する届出をする際に必要なコードです。
書面申請とオンライン申請の違い
発行申請は、登記所の窓口や郵送で行う書面申請と、来所せずに請求できるオンライン申請の2通りがあります。来所の負担を抑えたい場合はオンライン申請が便利です。オンライン申請（登記・供託オンライン申請システム）の利用時間は、平日は8時30分から23時、土日祝日は8時30分から18時まで（12月29日〜1月3日の年末年始を除く）です。この時間外は申請できない点に注意しましょう。
取得までにかかる期間は、公式には日数が明示されていません。時間がかかるのは主に事前準備（専用ソフトの用意や鍵ペア・申請ファイルの作成）で、証明書自体は申請後に専用ソフトでダウンロードして受け取ります。申告や登記の期限がある場合は、準備期間を見込んで早めに着手することをおすすめします。
出典・参考資料（2件）
商業登記電子証明書の手数料（証明期間別の全一覧）
手数料は、証明書の有効期間である「証明期間」に応じて決まります。令和7年（2025年）4月に手数料が引き下げられており、現在は次の金額です。証明期間が長いほど1か月あたりの単価は割安になります。
| 証明期間 | 1か月 | 3か月 | 6か月 | 9か月 | 12か月 | 15か月 | 18か月 | 21か月 | 24か月 | 27か月 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 手数料 | 500円 | 1,100円 | 2,000円 | 2,900円 | 3,800円 | 4,700円 | 5,600円 | 6,500円 | 7,400円 | 8,300円 |
証明期間別の発行手数料（令和7年4月引下げ後・2026年9月時点）
比較サイトなどでは引下げ前の旧料金（1,300円〜9,300円）が残っている場合があります。納付額を間違えないよう、金額は法務省の最新の案内で確認してください。
出典・参考資料（1件）
有効期間（証明期間）の選び方と更新
証明書の有効期間は「証明期間」として、1か月または3か月から27か月までの範囲で選べます。3か月刻みで設定できるため、利用頻度に合わせて選ぶのがポイントです。
商業登記に基づく電子認証制度の電子証明書は、１か月、又は３か月から２７か月までの間で、証明期間を選択することができます。
出典：ファイル形式の商業登記電子証明書の取得方法｜法務省
登記申請や電子申告を頻繁に行う会社は長めの期間を選ぶと更新の手間を減らせます。一方、まず試したい場合や利用頻度が読めない場合は、短めの期間から始める選び方もあります。
証明書の更新方法
証明期間が満了すると証明書は使えなくなります。継続して利用する場合は、有効期限が切れる前に、あらためて証明期間を選んで新規取得と同じ手順で発行申請を行います。
なお、商号・本店・代表者などの変更登記にともなって証明書が使えなくなった場合は、一定の条件のもとで手数料不要の再発行を申請できる仕組みもあります。変更登記を予定している場合は、あわせて確認しておくことをおすすめします。
出典・参考資料（2件）
リモート署名とローカル署名の違い・どちらを選ぶべきか
2026年7月21日から、商業登記電子証明書に新しい「リモート署名」方式の運用が始まりました。従来のファイル形式（ローカル署名）に加えて選べるようになった方式で、署名鍵の保管場所や署名に必要なものが異なります。まずは両者の違いを整理します。
| 比較項目 | 運用 | 必要な証明書 | 署名鍵の保管場所 | 署名に必要なもの | 署名の場所 | 主なメリット |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ローカル署名（ファイル形式） | 従来から利用可能 | 従来のファイル形式の証明書を使用 | 利用者のパソコン内にファイルとして保管 | 商業登記電子認証ソフト（無償） | ソフトを入れたパソコンでの操作が前提 | 従来どおりの手順で利用できる |
| リモート署名 | 2026年7月21日に運用開始 | リモート署名用の証明書をあらためて取得（既存のファイル形式証明書はそのままでは使えない） | 厳重に管理されたクラウド上のハードウェアに保管 | GビズIDアカウント、GビズIDアプリを入れたスマートフォン、インターネット環境、商業登記リモート署名ドライバソフト（無償） | スマートフォンを使い、どこからでも署名可能 | 鍵の複製ができずセキュリティが向上し、管理をブラウザで行え負担が軽い |
リモート署名とローカル署名の主な違い（2026年9月時点）
リモート署名では、署名鍵がパソコンではなくクラウド上のハードウェアに保管され、スマートフォンのGビズIDアプリを使ってオンラインで署名できます。デジタル庁は、この方式のメリットを次のように説明しています。
署名鍵は、利用者のPCに電子証明書ファイルとしてファイル形式で保管される形から、厳重に管理されたクラウド上のハードウェアに保管されるようになり、セキュリティが向上します。
出典：商業登記電子証明書のリモート署名について｜デジタル庁
どちらを選ぶかは、利用環境に応じて決めます。スマートフォンから場所を選ばず署名したい、鍵の保管や管理の負担を軽くしたい場合はリモート署名が向きます。GビズIDの取得を含めた新しい準備を避け、これまでどおりパソコンで完結させたい場合は、従来のローカル署名を続ける選択もできます。
ローカル署名には、パソコン内にファイルとして鍵を保管するファイル形式のほかに、鍵と証明書をICカードに格納するICカード形式（法人認証カードなど、民間の認証事業者が提供）もあります。リモート署名の導入後も従来方式が廃止されるわけではなく、ファイル形式・ICカード形式ともに引き続き利用できます。
ただし、これから新しく取得する場合は注意点があります。ファイル形式で使う法務省の商業登記電子認証ソフトは、2027年3月末でサポートが終了する予定と案内されています（終了後は再発行などに用途が限られ、動作保証もなくなります）。今後を見据えるなら、リモート署名への移行も含めて検討しておくとよいでしょう。
リモート署名で取得・利用する場合の流れ
リモート署名を選ぶ場合は、リモート署名用の電子証明書をあらためて取得します。GビズID（法人向けの共通認証ID）の取得が前提で、既存のファイル形式の証明書はローカル署名用として有効期限まで使えますが、リモート署名にそのまま使うことはできません。取得後は、ローカル署名と同じくe-Tax・eLTAX・登記のオンライン申請などに利用できます。
- 証明書を取得する：商業登記電子認証ポータルにGビズIDでログインし、鍵ペア申請ファイルを作成して管轄の登記所へ申請します。交付されたシリアル番号を入力して証明書を取得します。
- 署名する：オンライン手続のシステムで署名対象のファイルを選び、表示された認可コードをスマートフォンのGビズIDアプリに入力すると署名が完了します。
証明書の発行手数料は、方式にかかわらず証明期間に応じて決まります（前掲の手数料表）。リモート署名の利用にあたって、商業登記リモート署名ドライバソフトやGビズIDの取得に費用はかかりません。
出典・参考資料（6件）
既存のファイル形式証明書は使い続けられるか
すでにローカル署名方式（ファイル形式）の証明書を持っている場合、リモート署名の導入後も、その有効期限までは引き続き利用できます。今すぐ新方式へ切り替える必要はなく、2つの方式は併存します。国税庁のe-Taxの案内でも、この点が明記されています。
出典・参考資料（3件）
マイナンバーカード等との違いと電子契約サービスの使い分け
商業登記電子証明書は法人（会社）としての電子署名に用いる証明書で、個人が使うマイナンバーカードの電子証明書（公的個人認証サービス電子証明書）とは発行主体も対象も異なります。登記のオンライン申請では、申請書の署名に使える電子証明書として、商業登記電子証明書やマイナンバーカードなど、法務省が定める限られた電子証明書が挙げられています。
登記申請での「申請書」と「添付書面」の使い分け
ここで実務上よく問われるのが、民間の電子契約サービス（クラウドサインや電子印鑑GMOサインなど）で登記申請ができるのか、という点です。結論として、民間の電子署名サービスが使えるのは登記申請の「添付書面」であり、申請書そのものの署名には使えません。法務省の案内では、添付書面に使える電子証明書が定められ、それ以外は使えないとされています。
申請書に添付すべき電磁的記録には、当該電磁的記録に記録された情報の作成者によって電子署名がされたことを確認するため、次のとおり電子証明書を記録しなければなりません。また、これら以外の電子証明書を用いて電子署名をすることはできません。
出典：商業・法人登記の申請書の添付書面を電磁的記録で作成している場合について｜法務省
この添付書面に使える電子証明書として、法務省の案内には商業登記電子証明書や公的個人認証サービス電子証明書とあわせて、民間の電子契約サービスであるクラウドサイン（弁護士ドットコム株式会社）や電子印鑑GMOサイン（GMOグローバルサイン・ホールディングス株式会社）などが具体的に挙げられています。
つまり、登記の申請書本体は公的な電子証明書で署名し、契約書などの添付書面は民間の電子契約サービスで署名する、という使い分け（ハイブリッド運用）が可能です。
出典・参考資料（3件）
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取得・管理や日常の契約締結の手間を減らすには
前述のとおり、登記申請の添付書面や日常の企業間契約は、民間の電子契約サービスで署名・締結できます。証明書の取得・管理や紙の契約のやり取りに手間を感じている場合、こうしたサービスを使うと、契約書の作成から署名・保管までをオンラインで完結でき、印刷・押印・郵送の負担を減らせます。
ここでは、法務省の案内で添付書面用の電子契約サービスとして挙げられている代表的な2サービスを紹介します。より多くのサービスを比較したい場合は、次の記事で各社の料金・署名タイプ・機能を横並びで確認したうえで、自社に合う一社を選べます。
| サービス名 | クラウドサイン | 電子印鑑GMOサイン |
|---|---|---|
| 提供会社 | 弁護士ドットコム株式会社 | GMOグローバルサイン・ホールディングス株式会社 |
| 電子署名タイプ | 立会人型（標準） 当事者型（マイナンバーカード署名） | 立会人型・当事者型 （ハイブリッド署名可） |
| 無料プラン | あり （月2件まで・1ユーザー） | あり （月5件まで・1ユーザー・立会人型のみ） |
| 有料プラン最安月額 | 11,000円（税抜・Lightプラン） | 8,800円（税抜・ライトプラン、年間契約） |
| 送信料 | 220円/件（税抜） | 立会人型100円/件・当事者型300円/件（いずれも税抜） |
| 電子帳簿保存法対応 | 対応 （認定タイムスタンプ標準付与） | 対応 （JIIMA認証取得） |
| 導入実績 | 導入250万社以上 累計送信4,000万件超 | 導入350万社以上 累計送信5,000万件超 |
| 詳細情報 | 公式資料を見る | 公式資料を見る |
1. クラウドサイン（弁護士ドットコム株式会社）
クラウドサインは、書類のアップロード・送信から電子署名・タイムスタンプの付与、契約書の保管・検索までをオンラインで完結できる電子契約サービスです。標準の署名方式は事業者署名型（立会人型）で、認証局での本人確認が不要なため導入のハードルが低いのが特徴です。2023年からは、マイナンバーカードの電子証明書を使って契約当事者自身が署名する当事者署名型の「マイナンバーカード署名」にも対応しています。
導入社数は250万社以上、累計送信件数は4,000万件を超えます（いずれも2024年度の公式サイト記載）。月2件まで送信できる無料のフリープランがあり、まず試してから導入を判断できます。有料プランはLightが月額11,000円（税抜）からで、送信は1件あたり220円（税抜）です（2026年8月時点、公式料金ページ）。
2. 電子印鑑GMOサイン（GMOグローバルサイン・ホールディングス株式会社）
GMOインターネットグループのGMOグローバルサイン・ホールディングスが手がける電子印鑑GMOサインは、契約書の作成・レビュー・締結・管理までを1つのプラットフォームで完結できます。立会人型（契約印タイプ）と当事者型（実印タイプ）の両方に対応し、両者を組み合わせた「ハイブリッド署名」も利用できるため、相手先や契約の性質に応じて署名方式を使い分けられます。
公式サイトによると導入は350万社以上、累計送信件数は5,000万件を超えます。月5件まで送信できる「お試しフリープラン」があり、有料プランは最安のライトプランが年間契約で月額8,800円（税抜）からです。送信料は立会人型（契約印タイプ）が1件100円（税抜）、当事者型（実印タイプ）が1件300円（税抜）です（2026年8月時点、公式料金ページ）。
まとめ
商業登記電子証明書は、法人がオンラインで行う登記申請やe-Tax・eLTAXでの電子申告、企業間の電子契約に使える、会社にとっての電子的な実印です。従来のファイル形式（ローカル署名）は商業登記電子認証ソフトを使って取得でき、手数料は令和7年4月の引下げ後、証明期間に応じて500円から8,300円です。
2026年7月21日にはクラウドで鍵を管理するリモート署名が始まり、従来方式と併存しています。既存のファイル形式証明書は有効期限まで使えるため、利用環境に合わせて方式を選べます。日常の契約業務や登記申請の添付書面は民間の電子契約サービスでも署名でき、手間を減らす手段として検討する価値があります。
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よくある質問（FAQ）
Q. 商業登記電子証明書とは何ですか？
A. 商業登記電子証明書とは、法人にとっての電子的な実印にあたり、電子文書の作成者が誰かの本人確認と、その文書が改ざんされていないことを証明する電子証明書です。発行するのは法務省の電子認証登記所（登記官）で、登記のオンライン申請、e-Tax・eLTAXでの電子申告、企業間の電子契約などに利用できます。
出典・参考資料（1件）
Q. 商業登記電子証明書はどこで取得できますか？
A. 商業登記電子証明書は、法務省の電子認証登記所（法務局）に発行申請して取得します。従来のファイル形式（ローカル署名）では、法務省が無償提供する「商業登記電子認証ソフト」で申請ファイルを作成し、管轄の登記所へ書面またはオンラインで申請します。手数料を納付すると発行確認票が交付され、専用ソフトを使ってインターネット経由で証明書をダウンロードできます。
Q. 商業登記電子証明書の手数料はいくらですか？
A. 商業登記電子証明書の手数料は、証明期間に応じて500円（1か月）から8,300円（27か月）までの範囲で決まります。令和7年（2025年）4月に引き下げられており、比較サイトなどに残る旧料金（1,300〜9,300円）ではありません。納付額を間違えないよう、金額は法務省の最新の案内で確認してください。
出典・参考資料（1件）
Q. 商業登記電子証明書のリモート署名とローカル署名は何が違い、どちらを選べばよいですか？
A. 両者の違いは署名鍵の保管場所で、ローカル署名は自分のパソコン内にファイルとして鍵を保管し、リモート署名（2026年7月21日運用開始）はクラウド上のハードウェアに鍵を保管します。スマートフォンから場所を選ばず署名したい、鍵の管理負担を軽くしたい場合はリモート署名が向きます。GビズIDなど新しい準備を避け、これまでどおりパソコンで完結させたい場合はローカル署名を続ける選択もできます。
Q. 商業登記電子証明書のリモート署名を使うにはGビズIDが必要ですか？
A. リモート署名を利用する場合はGビズIDアカウントが必要です。加えて、GビズIDアプリを入れたスマートフォン、インターネット環境、無償の「商業登記リモート署名ドライバソフト」を準備します。従来のローカル署名（ファイル形式）ではGビズIDは不要で、商業登記電子認証ソフトがあれば署名できます。
Q. すでに持っているファイル形式（ローカル署名）の商業登記電子証明書は今後も使えますか？
A. 既存のファイル形式（ローカル署名）の証明書は、リモート署名の運用開始後も有効期限まで引き続き利用できます。2つの方式は併存するため、今すぐ新方式へ切り替える必要はありません。国税庁のe-Taxの案内でも同様に示されています。
出典・参考資料（1件）
Q. 商業登記電子証明書の有効期間（証明期間）はどのくらいですか？
A. 商業登記電子証明書の有効期間は「証明期間」として、1か月、または3か月から27か月までの間で3か月刻みで選べます。登記申請や電子申告を頻繁に行う会社は長めの期間を選ぶと更新の手間を減らせ、利用頻度が読めない場合は短めの期間から始める選び方もあります。
Q. 商業登記電子証明書の更新はどうすればよいですか？
A. 商業登記電子証明書に自動更新はなく、証明期間が満了する前に、あらためて証明期間を選んで新規取得と同じ手順で発行申請します。なお商号・本店・代表者などの変更登記にともなって証明書が使えなくなった場合は、一定の条件のもとで手数料不要の再発行を申請できる仕組みもあります。
Q. 商業登記電子証明書はe-Tax・eLTAXの電子申告で使えますか？
A. 商業登記電子証明書は、e-Tax（国税）とeLTAX（地方税）のいずれの電子申告でも、法人としての電子署名に利用できます。法人税・消費税などの国税と地方税の申告を同じ証明書で行える点が、法人にとっての利便性につながります。
出典・参考資料（2件）
Q. 商業登記電子証明書とマイナンバーカードの電子証明書は何が違いますか？
A. 商業登記電子証明書は法人（会社の代表者）としての電子署名に用いる証明書で、個人が使うマイナンバーカードの電子証明書（公的個人認証サービス）とは発行主体も対象も異なります。登記のオンライン申請では、申請書の署名に使える証明書として、商業登記電子証明書やマイナンバーカードなど法務省が定める限られた証明書が認められています。
Q. クラウドサインなどの民間の電子契約サービスで登記申請はできますか？
A. 民間の電子契約サービスが使えるのは登記申請の「添付書面」のみで、申請書そのものの署名には使えません。申請書本体は商業登記電子証明書やマイナンバーカードなど法務省が定める証明書で署名し、契約書などの添付書面は民間サービスで署名する、という使い分け（ハイブリッド運用）が可能です。
出典・参考資料（1件）
Q. 商業登記電子証明書の取得にはどのくらいの日数がかかりますか？
A. 公式に日数は明示されておらず、時間がかかるのは主に事前準備の部分です。専用ソフトの用意や鍵ペア・申請ファイルの作成、リモート署名ならGビズIDの取得に時間を要し、証明書自体は申請後にダウンロードで受け取ります。申告や登記の期限がある場合は、準備期間を見込んで早めに着手しましょう。
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マネックス証券 フィナンシャル・インテリジェンス部 暗号資産アナリスト
松嶋真倫
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