Shopify運用代行おすすめ21選を比較｜業務範囲・費用相場・タイプ別の選び方を解説

Shopifyでストアを立ち上げたものの、商品登録やページ更新、広告の運用、問い合わせ対応まで手が回らない。売上を伸ばしたいのに社内にEC運営の専任者がいない。こうした状況で選択肢に上がるのが、日々の運営業務を代わりに担ってもらう「Shopify運用代行」です。

ただ、いざ探し始めると、運用代行を掲げる会社は数十社が並び、月額の費用も数万円から50万円超まで大きく開いています。構築（制作）だけを請け負う会社、集客に強い会社、テーマ開発などの技術面に特化した会社、海外販売に強い会社が入り混じり、自社が何を・どこまで任せたいのかによって適した相手が変わります。

本記事では、Shopifyストアの運営業務を継続的に代行する会社21社を、依頼したい支援内容の4タイプに分けて比較します。あわせて、依頼できる業務範囲、月額の費用相場と料金体系、自社に合う会社の選び方を整理しました。依頼先を絞り込むための判断材料としてご活用ください。

また、自社の状況に合わせて最適なサービスを最短で見つけられるよう、「30秒で終わる選定診断ツール」をご用意しています。ぜひこちらもご活用ください。

本記事の対象範囲

本記事で取り上げるのは、Shopifyで構築した自社EC・D2C（自社で直接消費者に販売する形態）ストアの運営業務を、継続的に代行・支援する会社です。商品登録やページ更新、受注・カスタマーサポート、広告・集客、データ分析による改善までを、月額の運用プランや運営代行サービスとして提供している会社21社を比較します。

本記事は、Shopifyストアの継続運用を代行・支援する会社を対象としています。新規構築（制作）だけを請け負い公開後の継続運用サービスを持たない会社や、楽天市場・Amazonなどモール専業の会社は含みません。料金や実績は2026年9月時点の各社公表内容にもとづき、金額が非公開のものは「要問い合わせ」と記載しています。

運営業務を外部に任せるという方向性がまだ固まっていない場合や、Shopifyに限らずEC全体の運用委託先を広く比べたい場合は、プラットフォームを問わない運用代行の全体像から確認したほうが結果的に近道になることもあります。楽天やAmazon、自社ECまで含めた運用代行会社を横断で比較し、費用相場や選び方を整理した以下の記事もご参照ください。

Shopify運用代行とは？制作代行・コンサル・自社運用との違い

ここでは、Shopify運用代行がどのようなサービスなのかを、隣接する依頼形態と比べながら整理します。言葉が似ているため混同されがちですが、任せられる範囲と関わり方が異なります。

Shopify運用代行とは、公開後のストア運営（商品登録・ページ更新・受注処理・顧客対応・広告や集客・売上分析と改善）を、事業者に代わって継続的に担うサービスです。多くは月額制で、任せる業務範囲に応じて料金が決まります。運営を「動かし続ける」ことに主眼があり、単発の作業ではなく毎月の運営サイクルに伴走する点が特徴です。

これに対して制作代行（構築代行）は、ストアの立ち上げやデザイン・機能のカスタマイズが中心で、納品で区切りがつきます。コンサルティングは施策の助言や戦略設計が主で、実作業は自社に残ることが多い形態です。運用代行は実際の運営作業までまとめて引き受ける点で両者と分かれます。制作から運用まで一貫対応する会社も多く、その場合は構築後そのまま運用へ移行できます。

自社運用との違いは、社内の人手とノウハウをどこまで割けるかにあります。自社で運営すれば費用は抑えられますが、Shopifyのアプリ選定や広告運用、越境対応といった専門領域まで一人で担うのは負担が大きく、担当者の異動で運営が止まるリスクもあります。運用代行は、この専門性と人手を外部から補う選択肢と位置づけられます。

Shopify運用代行に依頼できる業務範囲

ここからは、Shopify運用代行に実際に任せられる業務を、運営の流れに沿って解説します。会社によって対応範囲は異なるため、自社が任せたい業務が含まれるかを確認する土台にしてください。

サイト更新・商品管理は、運用代行の中心となる業務です。商品ページの登録・修正、在庫や価格の更新、季節やキャンペーンに合わせたバナー・特集ページの制作までを、あらかじめ決めた頻度で継続的に行います。日々の細かな更新作業から解放されることが、外注の直接的な効果になります。

集客・マーケティング支援は、売上を伸ばすための業務です。Google広告やMeta広告などの運用、SEO・コンテンツ制作、メルマガやLINE・SNSを使った顧客への再アプローチ（CRM施策）が含まれます。広告費とは別に運用手数料がかかるのが一般的で、成果報酬型を組み合わせる会社もあります。

受注・カスタマーサポート、物流連携は、注文が入ったあとの業務です。受注処理や問い合わせ・返品対応を代行する会社や、倉庫での出荷（フルフィルメント）まで含めてワンストップで担う会社もあります。バックオフィスの人手が足りない事業者にとって、運営を止めないための支えになります。

アプリ導入・カスタマイズ、データ分析・改善提案は、ストアを育てるための業務です。Shopifyの拡張機能であるアプリの選定・導入や、テーマの改修といった技術面の対応に加え、アクセス・売上データを分析して次の施策を提案し、定例ミーティングや月次レポートで共有する形が一般的です。どこまでを定額に含め、どこからを追加費用とするかは会社ごとに分かれます。

自社運用・運用代行・制作代行・個人外注の使い分け

運営を外部に頼るといっても、任せ方にはいくつかの選択肢があります。ここでは、自社運用・運用代行会社・制作代行・個人外注（クラウドソーシング）の向き不向きを対照し、自社に合う依頼形態を判断できるようにします。

自社運用は、社内にEC運営の担当者とノウハウがあり、外部費用を抑えたい場合に向きます。運営の判断を素早く回せる一方、広告運用や越境対応など専門領域が増えるほど負担が大きくなり、担当者一人に依存すると異動・退職で運営が止まるリスクを抱えます。

運用代行会社は、運営業務をまとめて継続的に任せたい場合に向きます。複数の専門人材がチームで対応するため、集客・CS・分析まで一定の品質で回せますが、月額費用が発生し、会社との情報共有や意思決定のやり取りは自社に残ります。本記事で比較する依頼先はこの形態です。

制作代行は、まず構築・リニューアルを済ませたい段階に向く形態で、公開後の継続運用は範囲外か別契約になります。個人外注（フリーランス）は特定の作業（バナー制作や商品登録など）を低予算で切り出したい場合に向きますが、対応範囲が個人のスキルに左右され、集客からCSまでの一気通貫の運営は任せにくくなります。運営全体を継続的に任せたいなら運用代行会社、決まった作業だけ切り出したいなら個人外注、が目安です。

Shopify運用代行の費用相場（月額・料金体系・フェーズ別）

費用は依頼先を選ぶうえで欠かせない判断材料です。ここでは、月額の相場観と料金体系の種類、ストアのフェーズによる費用の変わり方を整理します。金額は各社が公式に開示している料金をもとにした目安で、任せる業務範囲によって上下します。

月額費用の相場は、任せる範囲でおおむね次のように分かれます。保守・軽微な更新中心の軽めの委託は月額数万円から、商品更新・受注対応・広告運用まで含む標準的な運用代行は月額15万〜30万円程度、集客・グロース支援まで含む委託は月額30万〜50万円以上が目安です。実際に月額3万円台の保守から、運用・グロースで月30万〜80万円規模まで、各社が公式に料金を示しています。

料金体系は大きく3つに分かれます。業務量に応じて定額を支払う月額固定型、売上の一定割合を支払う成果報酬型（売上の数%が目安）、両者を組み合わせたハイブリッド型です。運用代行会社の多くは月額固定型か個別見積もりを基本とし、成果報酬は広告運用など一部の業務で用いられます。

広告運用を含む場合は、広告費とは別に「広告費の15〜20%」といった運用手数料がかかるのが一般的です。見積もりを比べるときは、定額に何が含まれ、何が追加費用になるかまで確認しましょう。

費用はストアのフェーズによっても変わります。立ち上げ期は構築や初期設定の費用が先行し、運営が軌道に乗る成長期は集客・広告に配分が移り、売上が安定する段階では改善提案や戦略設計の比重が高まります。同じ「運用代行」でも、自社が今どの段階にいて何に課題があるかで、適した料金体系と月額の水準は異なります。

Shopify運用代行を利用するメリット・デメリット

外注を決める前に、得られる価値と引き受ける制約の両面を押さえておくと、依頼後のミスマッチを避けられます。ここでは実務上の影響としてメリットとデメリットを整理します。

メリットは、専門人材のノウハウを社内に抱えずに使える点にあります。広告運用やアプリ活用、越境対応といった領域ごとの専門性を必要な分だけ確保でき、担当者の採用・育成にかかる時間とコストを抑えられます。日々の更新作業を任せることで、自社は商品企画や仕入れといった本業に集中でき、客観的な視点から売上の課題を見つけてもらえることも期待できます。

一方でデメリットもあります。月額費用が継続的に発生し、任せきりにすると運営ノウハウが社内に蓄積しにくくなります。施策の実行に自社と代行会社のあいだで確認のやり取りが必要になり、意思決定のスピードが自社運営より落ちる場面もあります。サービスの品質は会社によって差があるため、契約前に対応範囲と体制を見極めることが欠かせません。これらは、次章で解説する選び方と連携の工夫である程度まで抑えられます。

自社に合うShopify運用代行の選び方

ここからは、依頼先を絞り込むための考え方を、「自社の課題を整理する→比較の軸で候補を評価する→依頼前に準備し、注意点を押さえる」の順で解説します。まず自社の状況を言葉にすることが、数多い候補から適切な相手を選ぶ出発点になります。

まず自社の課題・フェーズを整理する

運用代行を比べる前に、自社が何に困っているかをはっきりさせておくと、見るべき会社のタイプが絞れます。「更新や受注対応の人手が足りない」のか、「アクセスはあるのに売上が伸びない（集客・改善の課題）」のか、「テーマの改修やアプリ連携など技術面で行き詰まっている」のか、「海外にも販売したい」のかで、適した支援は変わります。

あわせて、ストアが立ち上げ期・成長期・安定期のどの段階にあるかも整理しておきます。課題と段階を言葉にできれば、この後の比較軸を自社に当てはめやすくなり、記事後半の診断ツールでも自社に近いタイプを特定しやすくなります。

比較で見るべき5つのポイント

課題を整理したら、候補となる会社を次の5つの観点で見比べていきます。すべてを満点で満たす会社を探すのではなく、自社の課題に直結する観点を優先して評価するのがコツです。

サポート範囲の広さ・対応スピード

任せたい業務が対応範囲に含まれているかを、最初に確認しておきましょう。更新作業だけを頼みたいのか、集客・CS・分析まで一括で任せたいのかによって選ぶ会社は変わり、範囲が広い会社ほど月額も上がります。

加えて、依頼から対応までのスピードや、急な相談にどこまで柔軟に動いてもらえるかも、日々の運営では効いてきます。契約前に、対応範囲と依頼フロー・レスポンスの目安を具体的に確認しておくと、依頼後のずれを防げます。

料金体系と費用対効果

月額固定型・成果報酬型・ハイブリッド型のどれが自社に合うかを見極めます。売上が読みにくい立ち上げ期は固定型で費用を管理しやすく、売上拡大に賭けたい段階は成果報酬型が噛み合う、といった相性があります。総額の安さだけでなく、定額に含まれる業務範囲と、広告費・追加作業といった別途費用まで並べて比べると、実質的な費用対効果が見えてきます。

Shopifyパートナー認定・自社業界への理解

Shopifyの知見の裏づけとして、公式のパートナー認定を確認する方法があります。かつての「Shopify Experts」という認定名は現在は使われておらず、認定パートナーは公式のパートナーディレクトリで確認する形に変わっています。

As of October 2023, the Shopify Partner Directory has replaced the Shopify Experts Marketplace.

出典：Partner Directory｜Shopify Help Center

パートナーディレクトリでは、実績に応じてSelect・Plus・Premier・Platinumといった階層が設けられ、上位ほどShopifyにもたらした売上やマーチャント獲得の実績が大きい区分とされています。ただしこの階層は、その会社がふだん扱う事業規模の違いを表すもので、制作物や運用の品質を直接保証するものではありません。

認定の有無は技術力や実績の一つの目安になりますが、認定がなくても自社の課題に的確に応えられる会社は存在します。認定ランクだけで判断せず、自社の業界・商材への理解や、近い規模・業種の支援実績があるかを合わせて見ると、提案の精度を見極めやすくなります。

越境EC・Shopify Plus など将来の拡張への対応

今は国内販売が中心でも、海外販売や大規模化を視野に入れるなら、その拡張に対応できる会社かを確認すると後の乗り換えを避けられます。Shopifyには多言語・多通貨の海外販売を単一ストアで管理する「Shopify Markets」や、大規模・多店舗・B2B・ヘッドレス（表示と機能を分離する構成）に対応する上位プラン「Shopify Plus」があり、これらの運用実績を持つ会社かが判断材料になります。

越境ECを狙うなら海外SEOや現地向け広告の運用経験、Shopify Plusでの拡張を見据えるなら大規模ストアの構築・運用経験を、実績で確認しておきましょう。

出典・参考資料（2件）

• 参考資料：Shopify Plus｜Shopify
• 参考資料：Shopify Markets｜Shopify

「丸投げ」にせずノウハウを残せる連携体制

運用代行でよくある失敗が、任せきりにした結果、社内に運営ノウハウが何も残らない状態です。これを避けるには、定例ミーティングや月次レポートで施策の意図と結果を共有してくれるか、判断の材料を自社にも渡してくれるか、といった連携の仕組みを契約前に確認しておくことが有効です。

将来的に運営の一部を内製へ戻す可能性があるなら、その移行を見据えた知識の引き継ぎに応じてもらえるかも見ておきます。代行会社を「作業の外注先」ではなく「二人三脚で運営を回すパートナー」として選ぶ視点が、長く付き合ううえでのミスマッチを減らします。

依頼前に準備しておくこと

見積もりや提案の精度は、依頼側の準備で大きく変わります。問い合わせの前に、任せたい業務範囲、現状の売上や課題、目標とする数値、予算と希望する期間を整理しておくと、各社の提案を同じ土俵で比べやすくなります。

あわせて、Shopify管理画面の権限やアクセス情報をどう共有するか、社内の誰が窓口になるかを決めておくと、契約後の立ち上がりがスムーズになります。準備した情報を各社に同じ形で伝えることが、比較検討の質を左右します。

失敗を避けるための注意点

最後に、契約前に確認しておきたい注意点を押さえます。委託範囲の線引きが曖昧なまま契約すると、「これは範囲外です」といった行き違いが後から生じやすくなります。契約書やプラン内容で、含まれる業務と追加費用の条件を明文化しておきましょう。

また、多くの会社は最低契約期間（3〜6ヶ月程度）を設けています。EC運営の施策は成果が出るまで数ヶ月かかることが多いためですが、解約条件やデータの引き継ぎ方法もあわせて確認しておくと、万一の乗り換え時に困りません。目標とする数値（KPI）を設けずに運用を始めると成果を評価できないため、依頼時に成果の測り方を合意しておくことも大切です。

自社がどのタイプに適しているかの判断が難しい場合でも、状況に合わせて最適なサービスを最短で見つけられるように、「30秒で終わる選定診断ツール」を以下にご用意しています。ぜひこちらもご活用ください。

【比較表】タイプ別Shopify運用代行

ここからは、自社の課題や要件に合わせて客観的に比較・選定できるよう、Shopify運用代行21社を4つのタイプ別に分類し、月額費用・料金体系・対応業務・Shopifyパートナー認定・越境EC/Shopify Plus対応・最低契約期間を一覧で紹介します。

総合支援型の比較表

※各社公式サイト（2026年9月時点）にもとづく整理です。●＝公式に対応を明示、－＝公式サイトで明示を確認できず。料金は各社の公表内容にもとづく目安で、非公開は「要問い合わせ」と表記。

集客・マーケティング特化型の比較表

※凡例（●＝公式に対応を明示／－＝公式サイトで明示を確認できず）・料金表記・出典・時点は最初の比較表と同じ。

制作・カスタマイズ特化型の比較表

※凡例（●＝公式に対応を明示／－＝公式サイトで明示を確認できず）・料金表記・出典・時点は最初の比較表と同じ。

越境EC対応型の比較表

※凡例（●＝公式に対応を明示／－＝公式サイトで明示を確認できず）・料金表記・出典・時点は最初の比較表と同じ。

タイプ別おすすめのShopify運用代行

ここからは、各社を4つのタイプ別に紹介します。任せたい支援内容に合わせて、自社に近いタイプから読み進めてください。各社の業務範囲・料金の開示状況・Shopifyパートナー認定・実績を整理しています。

総合支援型（戦略から運用までワンストップで任せたい）

構築から日々の運営、集客、受注・CS、場合によっては物流まで、幅広い業務をまとめて任せられるタイプです。社内のEC運営リソースが限られ、運営全体を継続的に委ねたい事業者に向きます。

1. コマースメディア株式会社

コマースメディア株式会社は、2016年設立のネットショップ総合支援企業です。代表の井澤孝宏氏は楽天市場のコンサルタントを経て自社ECを年商10億円規模に育てた経歴を持ち、モール運営代行と自社EC構築の両輪でEC事業を支援しています。

Shopifyでは2017年にShopify Expertsを国内3社目で取得し、2022年にShopify Plus Partner、2025年にはShopify Premier Partnerへと認定を段階的に積み上げてきました。自社EC構築ではカスタマイズやアプリ連携、SEOまで対応します。

日々の運営面では、商品ページ制作・商品登録、広告運営代行、メルマガ配信、在庫管理、注文管理・カスタマーサポート、月例レポートまでを業務範囲に含みます。料金は個別見積もりで、公式サイトに金額の記載はなく要問い合わせです。

2. トランスコスモス株式会社

コールセンター・BPO・デジタルマーケティングを中核とする東証プライム上場企業が、EC領域で展開しているのがトランスコスモスの「ECワンストップサービス」です。戦略立案からサイト構築、運用、フルフィルメントまでを一括で担う体制を敷いています。

Shopify・Shopify Plusでの構築に加え、店長業務代行や広告・SNS運用、受発注・在庫管理、自社物流倉庫での梱包・配送、電話・メールでのカスタマーサポートまでを統合提供できる点が特徴です。中核事業であるBPO・コールセンター機能をEC運用に組み込めることが、制作専業の会社との違いになります。

Shopify公式パートナーディレクトリではPremier tierに掲載され、2022年には「Shopify Plus Partner of the Year」を受賞しています。大規模開発や複数店舗展開の企業を主な対象とし、初期費用ゼロでのスモールスタートが可能と案内していますが、月額料金は非公開で要問い合わせです。公式ディレクトリでは国際展開・越境ECへの対応も掲げています。

3. アートトレーディング株式会社

Shopifyでの新規構築と既存サイトからの移行を軸に、運営代行やフルフィルメントまでを一連で担うのがアートトレーディング株式会社です。1996年設立で、会社概要では事業内容を「ECサイト制作、管理、運営代行、物流」と掲げています。

料金は予算規模に応じて段階を分けており、新規構築の通常プランは100万円（税抜）から、運営代行プランは30万円（税抜）からと公式サイトに明示しています。月額の継続支援としては、2024年3月に始めた「ARTパートナーズクラブ」を月額22,000円（税込）で用意しています。

ARTパートナーズクラブでは、グループチャットを通じた月3時間以内の相談対応やShopify操作マニュアルの提供を受けられます。所沢に自社フルフィルメントセンターを持ち、受注から出荷、カスタマーサポートまで内製でカバーできる点も強みです。Shopify公式パートナーディレクトリではPlus tierと表記され、越境EC対応も公式Shopifyサービスの業務範囲に含みます。

4. 株式会社Roseau Pensant

株式会社Roseau Pensantが提供するのは、Shopifyストアの構築・リニューアルから運用代行、広告・SNS運用、CRM/MA導入、物流設計までを一気通貫で手がけるEC支援です。構築後の売上改善や日々の運用まで含めて任せられる体制を訴求しています。

継続支援の料金は、運用改善サポートが月5万円から、サイト運用代行が月10万円（月16時間想定）からと公式LPに明示されています。運用代行では商品登録・在庫管理・顧客対応に加え、広告・SNS・メルマガの運用代行までを対象としています。

新規構築は100万円からのミニマムプランなど3段階の料金を公開しています。Shopify公式パートナーディレクトリにはService partnerとして掲載され、シューズブランドPATRICKのShopify移行では、公式事例でCVR22%増・メルマガ経由収益328%増という成果を挙げています。

5. 株式会社これから

自社ネットショップの売上アップ支援を主軸とするのが、2012年設立・従業員218名（2025年4月時点）の株式会社これからです。Shopify・Shopify Plusでの新規構築やカート移行を、公開後の集客・運用まで含めて支援しています。

構築後は、Facebook・InstagramなどのWeb広告運用、SEO・コンテンツマーケティング、メルマガや公式LINEを使ったリピーター育成までを一体で提供します。月次レポートと定例MTGによる運用フォローを設けている点が特徴です。

2022年7月にShopify JapanからShopify Plus Partnerの認定を受け、公式パートナーディレクトリにも掲載されています。Shopify支援実績は420件（2012年1月〜2025年1月、制作・集客・コンサル等の合算）と公表しています。料金は見積もり制で、公式サイトに金額の記載はなく要問い合わせです。

6. 株式会社アプロ総研

「人の手で、EC運営を動かす会社」を掲げる株式会社アプロ総研は、大阪市を拠点とするEC運営支援会社です。Shopifyや自社ECの構築・運営代行に加え、Amazon・楽天・Yahoo!ショッピングなどのモール運営代行、受注処理・カスタマーサポート代行を提供しています。

初めてECに取り組む事業者向けに「はじめてEC」ブランドを用意し、月額16,500円（税込）の「はじめてECまるごとプラン」からShopifyストアの立ち上げと保守サポートを始められます。相談無料、月2回のウェビナー、年1回の無料コンサルが含まれます。

保守を単体で依頼する「shopify保守」プランは月額33,000円（税込）で、ドメイン設定や有料テーマ選定などをオプションで追加できます。より大規模なEC運営代行は月額8万円からの時間単位プランとして提供し、商品登録やSNS施策、メルマガ配信までを代行します。

集客・マーケティング特化型（広告・SEO・CRMで売上を伸ばしたい）

広告運用・SEO・CRM施策など、売上を伸ばす集客領域に強みを持つタイプです。ストアは動いているが「アクセスや売上が伸び悩んでいる」という課題を抱える事業者に向きます。

7. サヴァリ株式会社

2007年設立のサヴァリ株式会社は、EC・D2C運営代行を主力とするEC支援会社です。Shopifyを含む自社ECとモール（楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピング）の双方に対応し、Shopifyストアでは商品登録・商品管理などのバックエンド業務を起点に、広告運用・サイト制作・越境EC支援までをまとめて任せられます。

集客面では、モール内広告（楽天RPP等）の運用や楽天SEO、SNS・PR、動画制作までを運営代行の中で担い、月次の分析レポートを提出します。関与度に応じて、戦略助言が中心のECコンサルティングは月額15万円〜、集客・制作・CRMのコースを選べるプレミアムプランは月額30万円〜、フルサポートプランは月額50万円〜という3段階の料金を公式に開示しています（2026年9月時点、年間契約が基本）。

元大手ECモール出身者や大型店舗の店長経験者がEC実務経験者として運営を担当すると訴求しており、複数モールと自社ECを横断して集客まで任せたい事業者が候補にできる会社です。

8. 株式会社ハックルベリー

「定期購買」をはじめとする自社Shopifyアプリの開発を中核に、株式会社ハックルベリーはEC事業者向けの総合支援を手がけています。事業企画・戦略設計からストア構築、集客・広告運用、CRM・リピート施策までをワンストップで提供する体制を掲げ、2017年10月に設立された会社です。

強みはリピート施策にあります。自社開発の定期購買アプリは、KlaviyoやソーシャルPLUSといったCRMツールと連携し、配送周期の設定・継続割引・マイページでの商品変更やスキップ・解約に対応します。eギフト対応の「All in gift」やTikTok Shop連携の「CoreLink」など、集客・販促に関わるアプリも自社で提供しています。

Shopifyパートナー最上位のShopify Platinum Partners認定を保有し、公式「Shopify Partner of the Year」アプリ開発部門を2021年・2024年に受賞しています。EC構築はShopify Plusにも対応します。

構築・運用支援の料金は要問い合わせ、定期購買アプリはアプリストア課金（STANDARD月額49ドル／ENTERPRISE月額299ドル、2026年9月時点）です。

9. 株式会社Rabo

株式会社Raboは、リスティング広告・SNS広告の運用を本業とするデジタルマーケティング会社です。その一環としてShopify特化のECサイト構築・運用代行を展開しており、Google広告・Yahoo!広告・TikTok広告の認定パートナーとして、広告運用と構築を一社で担える点を訴求しています。2015年5月設立。

集客面では、SEO対策や、メール・SMSマーケティングツールのKlaviyoを使った集客設計に対応します。Shopifyの構築実績を持つ制作会社に与えられるShopify Select Partner（2026年8月3日時点で国内32社の1社、旧Shopify Expert）に選定されており、日テレホールディングスやカルチュア・エンターテインメントグループの構築実績を公式に開示しています。

月額サポートは3段階で、操作サポートと集客・広告の相談を含む初期0円プランが月額29,800円〜、システム保守・機能追加の提案を加えたベーシックプランが月額50,000円〜、管理画面の操作代行まで含むエンタープライズプランが月額200,000円〜です（2026年8月時点、いずれもShopify本体の利用料とは別）。

制作・カスタマイズ特化型（テーマ開発・アプリ・Shopify Plus対応で作り込みたい）

テーマ開発やアプリ実装、Shopify Plusでの拡張など、技術面の作り込みに強みを持つタイプです。標準機能では実現できない要件があり、運用と並行して継続的な改修・保守を任せたい事業者に向きます。

10. プレイビット（株式会社プレイビット）

Shopifyに特化し、ECサイトの新規構築から他カートやASPからの移行、運用、コンサルティングまでを手がける制作会社です。2018年の設立以降、自社で運営するEC専門メディア「PLAYBIT MAGAZINE」でShopifyの活用ノウハウを発信してきました。

Shopify公式のパートナーディレクトリでは「Select Partner」として掲載されています（2026年8月時点）。テーマのカスタマイズや外部システムとのアプリ連携に対応し、制作後は技術トラブル対応・運用アドバイス・機能アップデート対応を含む継続サポートプランを用意しています。

料金は個別見積もり方式で、公式サイトに価格表の掲載はありません。まずは無料相談で対応範囲を詰めていく流れになります。

11. フルバランス（株式会社フルバランス）

2017年のShopify日本市場参入を機に事業ドメインをShopifyへ集中させ、Shopify（Plus）を中心にECサイトの設計・構築・運用・グロース支援を提供しています。2025年10月には、公式が「国内の公式パートナーの最上位ランク」と説明する「Shopify Platinum Partner」への昇格を発表しました。2026年7月には株式会社アピリッツの100%子会社となっています。

Shopify PlusによるエンタープライズEC構築を軸に、ERP・WMS・POS・CRM・会計システムとのAPI連携、多言語・多通貨対応、卸売価格設定などのB2B特化構築に対応します。STORES・BASE・EC-CUBE・Magentoなど14種類以上のプラットフォームからの移行実績を公式に挙げており、標準的な移行期間は約3ヶ月としています。

保守・運用サポートは月額プランの金額を公式に開示しており、Starter 5万円/月・Basic 10万円/月・Standard 20万円/月・Enterprise 80万円/月の4段階で、規定工数を超えた分は1時間あたり1万円の追加対応です。新規構築・リプレイスの費用は要問い合わせとなっています。

12. セルフプラス（株式会社セルフプラス）

Shopify構築と「Shopify運用代行」を別々のサービスとして掲げ、月額契約による継続的な運用受託を独立したサービスラインとして提供しています。運用代行の専用ページでは、日々の更新・受注・問い合わせに追われて改善に手が回らないEC担当者に代わって実務を引き受ける、と説明しています。

プランは業務範囲に応じた3段階です。保守プラン 月額30,000円〜（テーマ・アプリの更新や不具合の一次対応）、運用プラン 月額300,000円〜（商品登録・バナー更新・キャンペーン設定と月次レポートを追加）、グロースプラン 月額500,000円〜（GA4等のデータ分析とA/Bテスト実装まで）で、いずれも税別・個別見積もり制です。最低契約期間を設ける場合があるとしています。

運用チームに構築エンジニアが含まれるため「提案はできるが実装できない」がない、と公式に説明している点が特徴です。月次の定例ミーティングで数値を確認し、次の施策を提案する流れが標準に組み込まれています。Shopify公式パートナーディレクトリでは「Plus Partner」として掲載されています。

13. R6B（株式会社R6B）

Shopifyのデザイン・開発を主軸に、Klaviyoを用いたマーケティングオートメーション、越境ECのビジネス開発までを提供するShopify専業のエージェンシーです。2019年設立で、東京・世田谷の本社に加えて米国拠点（R6B America Inc.）を持ちます。

2025年1月に最上位ランク「Shopify Platinum Partner」認定を当時国内で唯一取得したと発表し、同時にKlaviyo Platinum Advisor認定も取得しました。2025年12月には「Shopify Partner Award 2025 – Japan」で「Enterprise Partner of the Year 2025」を受賞しています。

実績として、TSIホールディングスグループの30以上のアパレルブランドの公式ストア基盤をShopify Plusに統合し、「mix.tokyo」を開発開始から6ヶ月でローンチした事例を公表しています。B2B領域ではTeifi Digital社と提携した「Teifi B2B for Shopify」でERP統合やセルフサービス購買に対応します。料金は要問い合わせです。

14. BiNDec（株式会社ウェブライフ）

「BiNDec（バインドイーシー）」は、株式会社ウェブライフがコーポレートサイトとは別の専用サイトで展開する、Shopifyの構築・運用支援ブランドです。前身のウェブライフジャパンが2007年からShopifyによるEC構築を始めており、3社合併を経て2022年に現社名となりました。

2025年10月には、5ティアの最上位にあたる「Shopify Platinum Partner」の認定を発表し、Shopify公式パートナーディレクトリでもPlatinumと表示されています。認定理由として400以上のストア構築実績や業種別の最適化ノウハウが挙げられています。

新規構築・移行に加え、テーマカスタマイズ、自社開発のShopifyアプリ、基幹システム連携によるOMO、BtoB EC、越境ECに対応し、アパレル・コスメ・食品など業種特化型の構築を手がけます。料金は初期費用・月額とも公表がなく、EC規模やページ数などに応じた個別見積もりです。

15. UnReact（株式会社UnReact）

ShopifyとNext.jsを組み合わせた高速なヘッドレスコマースの構築を前面に打ち出す開発会社です。2020年に九州大学発のベンチャーとして設立され、福岡を拠点に7名（役員・正社員）の体制で事業を展開しています。

Liquidを用いたゼロからのストア構築やテーマの高度カスタマイズ、Next.jsによるフルスクラッチのヘッドレスコマース、Shopifyアプリ開発の3系統が主力です。Shopify App Store上では開発者アカウント「UnReact Inc.」として162個以上のアプリを公開しています（2026年8月時点）。

ストア公開後の保守・運用は「Shopify顧問」として提供し、基本プランは月額33,000円（税込）から。ビデオ会議やノーコード改修、Liquidコーディングをオプションで追加できます。ストア構築（ヘッドレスコマース含む）の料金は公式ページに金額の記載がなく、要問い合わせです。

16. ARCHETYP Commerce（株式会社アーキタイプ）

2007年設立で、Webのコンサル・戦略立案からサイト制作、アプリ開発までを手がける株式会社アーキタイプ（従業員28名・2025年1月時点）が、Shopify支援を「ARCHETYP Commerce」として提供しています。公式パートナーディレクトリには「Select Partner」として掲載されています（自社サイトでは「Shopify Experts認定パートナー」と自称）。

新規構築・既存サイトのリニューアル・運用改善に対応し、デザインはテンプレートを活かした部分改修からフルスクラッチのオリジナル制作まで幅があります。Shopify Plusにも対応し、大規模な商品構成や複雑な業務要件を守備範囲に挙げています。

構築後は「EC運用ディレクター」による継続的な運用サポートに加え、広告運用やコンテンツマーケティングなどのマーケティング支援も提供領域としています。料金は公式サービスページに金額の記載がなく、問い合わせフォームからの相談が窓口です。

越境EC対応型（海外販売・多言語/多通貨に対応したい）

海外向け販売や多言語・多通貨対応に強みを持つタイプです。国内にとどまらず越境ECで販路を広げたい事業者や、海外SEO・現地向け広告まで一貫して任せたい事業者に向きます。

海外展開そのものを最優先に考えているなら、Shopifyに限らず越境EC全般の代行会社を、構築・運営代行・特化型といった支援の形から比べておくと選択肢が広がります。越境ECならではの費用相場や選び方を整理した以下の記事も判断材料になります。

17. AnyMind Group（AnyMind Group株式会社）

AnyMind Group株式会社が「ブランドコマース事業」の一部として展開する、EC/D2C領域のワンストップ支援サービスです。ブランドの設計・企画から生産管理、ECサイト構築・運用、マーケティング、物流までを自社プラットフォームで一貫して担い、Shopifyでの構築・運用支援もこの一環として提供しています。

公式パートナーディレクトリではPremier Partnerに区分され、2024年11月には新設の「Rising Star Partner of the Year」を初代受賞しています。越境ECでは現地チームによる翻訳・広告制作や多言語・多通貨対応を備え、APAC中心に16地域以上でShopify Plusのプロジェクト実績があります。

料金は個別見積もりで、公式サイトに初期費用・月額の記載はありません。2016年にシンガポールで創業し、2023年3月に東証グロース市場へ上場したグループが運営母体です。

18. 世界へボカン（世界へボカン株式会社）

世界へボカン株式会社は、英語圏向けの越境EC・海外Webマーケティングに特化したエージェンシーです。Shopifyでの越境ECサイト構築を軸に、海外SEO、コンテンツマーケティング、英語圏向けの運用型広告、英語BtoBサイト制作までを手がけます。

米国・オーストラリア・フランス・中国・日本など多国籍のスタッフが在籍し、FAQでも英語圏向けを専門領域と明示しています。Shopify Partners Directoryには2018年1月から登録があります。

公式サイトで金額が示されているのは構築フェーズで、Shopify越境ECサイトの制作・構築費用は300万円〜、制作期間は4ヶ月〜です。公開後は海外SEO・運用型広告・SNS運用の継続支援に対応し、運用の費用は個別見積もりとなります。案件実績は、FAQで500社以上、海外進出プロジェクトについては「10年間で300社以上」と、参照ページによって集計範囲の異なる件数が記載されています。

19. 飛躍（株式会社飛躍）

株式会社飛躍は、Shopifyの構築・カスタマイズと、多言語越境ECサイトの構築・運営代行を手がける制作会社です。2017年のShopify日本上陸初期からのパートナーで、東京・京都の2拠点で事業を展開しています。

Shopify公式パートナーディレクトリではPremier Partnerとして掲載され、評価は79件のレビューで5.0です。公式サイトでは、300を超えるオンラインストアの構築実績と、100を超える越境EC支援実績を挙げています。

運用面では「グロースハックサポート」として、コーチング・伴走・代行の3つの型を用意し、代行型では受注・在庫処理やカスタマーサポート、データ分析、広告・SNS運用までを引き受けます。アジア・中国市場向けのSHOPLINE、CRM領域のDotdigitalとも提携しています。料金は公式サイトでは非公開で、個別見積もりとなります。

20. GO RIDE（株式会社GO RIDE）

株式会社GO RIDE（米国法人名 GO RIDE Republic, INC.）は、横浜とロサンゼルスに拠点を置き、日本から北米市場への越境ECを支援するデジタルエージェンシーです。Shopify Plusを含むサイト構築・運用保守を中核に、多言語ローカライズや広告・SNS運用まで手がけます。

Shopify Partners DirectoryではPlus Tier Partnerと表示され、2021年11月に「Cross Border Agency Partner of the Year」（Partner of the Year 2021 Japan）を受賞しています。越境EC支援では、Webサイト開発に加え国際配送や関税・通関の相談、現地市場のトレンド分析まで一括対応します。

定期購入アプリ「GO SUB」や商品比較アプリ「Search & co」を自社開発している点も特徴です。料金は要問い合わせで、公式サイトに料金表の掲載はありません。

21. GMOグローバルEC（GMOグローバルEC株式会社）

GMOグローバルEC株式会社（旧ジェイグラブ株式会社）は、越境EC支援を手がける会社で、Shopify向けにサポート専用ページを設けています。公式ページは「構築サポート」「集客サポート」「運用サポート」の3本柱で構成され、構築後の運用フェーズまでを支援対象に含めています。

運用サポートでは、受注・発送のサポートやFAQサイトの提供、個別相談を通じた運用課題の解決を掲げています。構築サポートの伴走プランは、コーチング型の「ベーシック・サポート」と、担当者がプロモーション・受注/在庫処理・出荷・返品・カスタマーサポートまで代行する「アドバンス・サポート」の2種類で、これらはShopify・Adobe Commerce・WooCommerce共通のプランです。

Shopify社の認定パートナー「Shopify Experts」を保有し、自社の越境ECメディア「JAPANCRAZE」やeBay連携による送客を集客支援に組み込んでいます。料金はいずれのプランも公式サイトでは非公開で、初期費用・月額とも要問い合わせです。

まとめ

Shopify運用代行は、日々の更新から集客・CS・分析までを継続的に任せ、社内の人手と専門性を外から補うサービスです。会社ごとに対応範囲と料金体系が異なるため、まず自社の課題とフェーズを言葉にし、任せたい業務・料金体系・Shopifyの知見・将来の拡張性・連携のしやすさという観点で候補を絞り込むのが近道になります。

本記事で紹介した21社は、総合支援・集客特化・技術特化・越境EC対応のいずれかに強みを持ちます。比較表で対応範囲と費用を並べ、気になった会社は資料請求や問い合わせで詳細を確かめることで、自社に合う依頼先が見えてきます。

よくある質問（FAQ）

Q. Shopify運用代行とは何ですか？

A. Shopify運用代行とは、Shopifyで構築したストアの公開後の運営業務（商品登録・ページ更新・受注やCS・広告や集客・分析改善）を、事業者に代わって継続的に担うサービスです。多くは月額制で、任せる業務範囲に応じて料金が決まります。単発の作業ではなく毎月の運営サイクルに伴走する点が、立ち上げで区切りがつく制作代行や、助言が中心のコンサルティングとの違いです。

Q. Shopify運用代行と制作代行（構築代行）の違いは何ですか？

A. Shopify運用代行は公開後の日々の運営（更新・集客・CS・改善）を継続的に代行するサービスで、制作代行（構築代行）はストアの立ち上げやデザイン・機能のカスタマイズを行い、納品で区切りがつくサービスという違いがあります。運用代行は「動かし続ける」ことに主眼があり、制作代行は「作って納める」ことが中心です。制作から運用まで一貫対応する会社も多くあります。

Q. Shopify運用代行の費用相場は月額どのくらいですか？

A. Shopify運用代行の月額費用は、保守・軽微な更新中心の軽めの委託で月数万円から、商品更新・受注対応・広告運用まで含む標準的な運用で月15万〜30万円程度、集客・グロース支援まで含めると月30万〜50万円以上が目安です。料金体系は月額固定型・成果報酬型・ハイブリッド型に分かれ、広告運用を含む場合は広告費とは別に「広告費の15〜20%」の運用手数料がかかるのが一般的です。

Q. Shopify運用代行にはどのタイミングで依頼すべきですか？

A. Shopify運用代行は、ストアを立ち上げたものの何から手を付ければよいか分からないときや、運用は始めたが人手不足・売上の伸び悩みで改善に手が回らなくなったタイミングが依頼の目安です。EC運営の施策は成果が出るまで数ヶ月かかることが多いため、繁忙期やリニューアルを控えるなど社内の負荷が高まる前に相談しておくと、立ち上がりがスムーズになります。

Q. Shopify運用代行に依頼すると、自社でやることはなくなりますか？

A. Shopify運用代行に任せても、商品情報の提供や施策の意思決定、ブランド方針の共有といった作業は自社に残り、完全な丸投げにはなりません。運用代行は作業の外注先というより、二人三脚で運営を回すパートナーです。むしろ定例ミーティングや月次レポートで施策の意図と結果を共有し、判断材料を自社にも渡してくれる会社を選ぶと、社内に運営ノウハウが蓄積しやすくなります。

Q. Shopify運用代行は保守や一部の業務だけでも依頼できますか？

A. Shopify運用代行は、テーマ・アプリの更新や不具合対応といった保守だけ、あるいは商品登録や広告運用だけ、といった一部業務に絞った依頼も可能です。会社によっては月額数万円の保守プランを用意しており、自社で導入済みのアプリの調査・対応に応じる会社もあります。任せたい業務を切り分けて伝えると、過不足のないプランを見積もってもらいやすくなります。

Q. Shopify運用代行に契約期間の縛りはありますか？

A. Shopify運用代行の多くは、最低契約期間として3〜6ヶ月程度を設けています（6ヶ月〜1年を目安とする会社もあります）。EC運営の施策は成果が出るまで一定の時間がかかるためですが、月単位の短期契約に対応する会社もあります。契約前に、最低契約期間とあわせて解約条件も確認しておきましょう。

Q. Shopify運用代行を途中で解約・変更する場合、データは引き継げますか？

A. Shopify運用代行は途中での解約や他社への乗り換えが可能ですが、円滑に移行するには、管理画面の権限や広告アカウント、顧客データ、施策の履歴の引き継ぎ方法を事前に取り決めておくことが欠かせません。契約時に、解約手順とデータ・ノウハウの引き継ぎ範囲まで明文化しておくと、乗り換えや運営の内製化に切り替える際に困りません。

Q. Shopify運用代行と個人（フリーランス）への外注は何が違いますか？

A. Shopify運用代行（会社）は複数の専門人材がチームで集客・CS・分析まで一定の品質で継続対応できるのに対し、個人（フリーランス）への外注は特定の作業を低予算で切り出せる反面、対応範囲が個人のスキルに左右される点が違いです。「運営全体を継続的に任せたい」なら運用代行会社、「バナー制作や商品登録など決まった作業だけ切り出したい」なら個人外注、という切り分けが目安になります。

Q. Shopify運用代行はShopify Plusの運用にも対応できますか？

A. Shopify運用代行がShopify Plusに対応できるかは会社によって分かれ、大規模・多店舗運営やB2B・ヘッドレス構成に対応する上位プラン「Shopify Plus」の運用実績を持つ会社かを事前に確認する必要があります。大規模化を見据えるなら、Shopify Plus Partner認定や大規模ストアの構築・運用実績を確認すると、後の乗り換えを避けられます。

Q. Shopify運用代行は越境EC（多言語・多通貨）に対応できますか？

A. Shopify運用代行の中には、多言語・多通貨での海外販売を単一ストアで管理する公式機能「Shopify Markets」を使った越境ECの運用に対応する会社もありますが、対応可否は会社ごとに異なります。越境ECを狙うなら、海外SEOや現地向け広告の運用経験、越境物流への対応実績を持つ会社かを実績で確認するのが安全です。

Q. Shopify運用代行は認定パートナーでないと安心して任せられませんか？

A. 認定パートナーであることは技術力・実績の一つの目安になりますが、認定がなくても自社の課題に的確に応えられる会社は存在します。かつての「Shopify Experts」という認定名は2023年10月以降使われず、認定は公式のパートナーディレクトリで確認する形に変わりました。認定ランクだけで判断せず、自社の業界・商材への理解や近い規模・業種の支援実績も合わせて見極めましょう。

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