従業員の給与から住民税を天引き（特別徴収）し始めたものの、預かった税金を「いつまでに・どこへ・どうやって」納めればよいのか、手が止まっていませんか。
結論から言うと、特別徴収した住民税の納期限は徴収した月の翌月10日で、納め方は大きく「納入書での窓口納付」と「eLTAX（地方税共通納税システム）での電子納付」の2通りです。手元に届いた納入書をそのまま金融機関へ持ち込むこともできますし、eLTAXならオフィスのパソコンから電子納付できます。
本記事では、2つの納付経路を比較表で一望したうえで、それぞれの具体的な手順・納期限・納期の特例（従業員が少ない事業者向けの年2回納付）・従業員の入退職時の扱い・納め遅れたときの延滞金までを整理します。記事の後半では、毎月の納付事務そのものを軽くする方法にも触れます。
自社のケースに当てはめながら、今月の住民税をどの経路で納めるか判断できるようにしていきましょう。
目次
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住民税（特別徴収）の納付期限は徴収した月の翌月10日まで
まず押さえるべきは納期限です。特別徴収した個人住民税は、給与から徴収した月の翌月10日までに、従業員が住む市区町村へ納入します。これは地方税法で定められた特別徴収義務者の義務です。
前条の特別徴収義務者は、〔中略〕それぞれ給与の支払をする際毎月徴収し、その徴収した月の翌月の十日までに、これを当該市町村に納入する義務を負う。
出典：地方税法 第321条の5第1項｜e-Gov法令検索
たとえば6月支給分の給与から天引きした住民税は、7月10日までに納入します。納期限を過ぎると延滞金の対象になるため、毎月の納付を止めないことが基本です。
納期限が土日祝と重なるときは翌営業日
10日が金融機関の休業日にあたる場合は、その翌営業日が納期限になります。大田区も「納期限は給与を支払った月の翌月10日です。（金融機関が休日の場合はその翌日）」と案内しています。カレンダー上の10日にとらわれず、直前の営業日までに準備を済ませておくと安心です。
特別徴収の全体の流れ（給与支払報告書から納付まで）
納付は年間サイクルの一部です。全体像を押さえておくと、毎月の作業の位置づけが分かります。
- 1月31日までに、前年の給与について給与支払報告書を従業員が住む市区町村へ提出する
- 5月ごろに市区町村から特別徴収税額の決定通知が届く（納める税額が確定する）
- 6月から翌年5月までの12回に分けて、毎月の給与から住民税を天引きする
- 天引きした月の翌月10日までに、市区町村へ納入する
そもそも住民税の特別徴収とは（納める側＝特別徴収義務者のおさらい）
特別徴収とは、事業主が従業員に代わって毎月の給与から住民税を天引きし、市区町村へ納入する仕組みです。地方税法は、所得税を源泉徴収している事業主を、市区町村の条例で特別徴収義務者として指定すると定めています。
市町村は、〔中略〕所得税法第百八十三条の規定により給与の支払をする際所得税を徴収して納付する義務がある者を当該市町村の条例により特別徴収義務者として指定し、これに徴収させなければならない。
出典：地方税法 第321条の4第1項｜e-Gov法令検索
給与から所得税を天引きしている事業者は、原則として住民税も特別徴収する立場にあります。運用は自治体によって差があり、たとえば東京都と都内全62区市町村では、平成29年度から原則としてすべての事業主を特別徴収義務者に指定しています。自社が対象かどうかは、市区町村から届く通知や案内で確認できます。
出典・参考資料（2件）
- 出典：地方税法 第321条の4・第321条の5｜e-Gov法令検索（https://laws.e-gov.go.jp/law/325AC0000000226）
- 出典：給与所得者（サラリーマン）の方を対象とした特別徴収｜大田区（https://www.city.ota.tokyo.jp/seikatsu/zeikin/nouzei/kyuyosyotokusya.html）
住民税（特別徴収）の納付経路を比較｜納入書とeLTAX
納め方は、大きく「手元の納入書で金融機関・窓口に納める方法」と「eLTAX（地方税共通納税システム）で電子的に納める方法」の2経路に分かれます。eLTAXのなかでは、ダイレクト納付・インターネットバンキング・ATM（ペイジー）・クレジットカードといった支払手段を選べます。
このほか、納入書に統一QRコード（eL-QR）が印字されていれば、スマホアプリなどで読み取って納付することもできます。まずは経路ごとの特徴を一覧で比べてみましょう。
| 納入書で金融機関・窓口に納付 | eLTAX ダイレクト納付 | eLTAX インターネットバンキング／ATM（ペイジー） | eLTAX クレジットカード | eL-QR（納付書の統一QRコード） | |
|---|---|---|---|---|---|
| 必要なもの | 自治体から届いた納入書 | eLTAXの利用届出と口座の事前登録 | eLTAXで発行した納付情報と、対応するネットバンキング／ペイジー | eLTAXで発行した納付情報とクレジットカード | eL-QRが印字された納付書と、スマホアプリまたは地方税お支払サイト |
| 手数料 | かからない（窓口持参） | 振替のための手数料はかからない | 利用する金融機関により手数料がかかる場合がある | 納付額に応じたシステム利用料（F-REGI 公金支払い）がかかる | 選んだ決済手段による |
| 向いているケース | 手元の納入書ですぐ納めたい／電子納付の準備をしていない | 毎月の納付を口座振替で自動化・電子化したい | 普段使う金融機関の電子チャネルで納めたい | カード払いにまとめたい | 納付書のQRコードから手軽に納めたい |
本記事は2026年9月時点の情報です。手数料や納入書の様式・納付先は自治体や金融機関により異なるため、お手元の通知書と各自治体・eLTAXの案内をご確認ください。
納入書とeLTAX、どちらを選べばよいか
判断の軸はシンプルです。毎月の納付を手作業で確実に済ませたい、電子化の準備がまだ整っていない、という場合は、届いた納入書での窓口納付が最短です。一方、毎月の納付をできるだけ自動化・省力化したい場合はeLTAXが向いています。特にダイレクト納付は、事前に登録した口座から振り替える方式で振替手数料がかからず、納付期日の指定もできます。
住民税は従業員が住む市区町村ごとに納めるため、従業員の居住地が分かれていると納付先も複数になります。複数の市区町村へ納める事業者ほど、電子納付でまとめて手続きできるメリットが大きくなります。初めて電子納付を使うなら、振替手数料がかからないダイレクト納付が基本の選択肢です。まずは当面を納入書でしのぎつつ、eLTAXの利用届出を並行して進める移行の仕方も現実的です。
納入書で金融機関・窓口から納付する手順
市区町村から届く納入書を使えば、特別な準備なしにすぐ納付できます。ここからは、納入書での納め方を具体的に見ていきます。
納入書は、市区町村が特別徴収税額の決定通知とあわせて送付します。記載された税額を確認し、納期限（翌月10日）までに納付窓口へ持参して納付します。主な納付先は次のとおりですが、取り扱う金融機関の範囲は自治体によって異なります。
納付額は決定通知にもとづいてあらかじめ印字されているのが一般的で、通常は自分で金額を書き込む必要はありません。従業員の入退職などで納付額が変わる月は、記載内容の訂正方法を各自治体に確認してください。納付後は控えを保管しておきましょう。
- 市区町村の役所・出張所の窓口
- 指定金融機関・公金収納取扱店
- ゆうちょ銀行・郵便局（対応範囲は自治体により異なる）
たとえば江東区は、納入書での納付先を次のように案内しています。
（1）江東区役所・各出張所（2）特別区指定金融機関（区役所内派出所を含む）・特別区公金収納取扱店（3）東京都・山梨県及び関東各県所在のゆうちょ銀行・郵便局
出典：特別徴収の納入について｜江東区
このように納付先は自治体ごとに定められているため、お手元の納入書と各自治体の案内で、対応する金融機関や窓口を必ず確認してください。納入書に統一QRコード（eL-QR）が印字されている場合は、スマートフォンアプリや地方税お支払サイトから読み取って納付することもできます。
出典・参考資料（1件）
- 参考資料：特別徴収の納入について｜江東区（https://www.city.koto.lg.jp/060601/kurashi/zekin/nofu/73286.html）
eLTAX（地方税共通納税システム）での納付手順
eLTAXの地方税共通納税システムを使うと、オフィスや自宅のパソコンから電子的に納付できます。準備から納付までを順に見ていきましょう。
利用者登録・電子証明書の準備
eLTAXを初めて使う場合は、利用届出（新規）を行い、納付先となる地方公共団体すべてに対して届出を提出する必要があります。eLTAXも「納付を行うためには、対象の地方公共団体全てに利用届出の提出が必要です」と案内しています。
利用届出（新規）の際には電子証明書の登録が必要です。法人はおもに商業登記に基づく電子証明書、個人事業主はマイナンバーカードなどが利用できます（顧問税理士に依頼する場合は省略できるケースもあります）。届出が受理されると利用者IDが発行され、納付手続きの操作用ソフト「PCdesk」を利用できるようになります。
届出の受理までには日数がかかることがあります。今月の納期限が迫っているときは、当月は納入書で納め、翌月以降にeLTAXへ切り替える段取りにすると確実です。
納付情報の発行から納付までの操作
準備が整えば、共通納税システムでの納付は次の流れで進みます。
- 納付情報の発行依頼を行う（特別徴収分の税額を指定する）
- 発行された納付情報を受け取る
- 納付を行う（ダイレクト納付・インターネットバンキング・ATM・クレジットカードから選ぶ）
ダイレクト納付は登録口座から振り替える方式で、振替のための手数料はかかりません。インターネットバンキングやATMの利用では金融機関により手数料がかかる場合があり、クレジットカードでは納付額に応じたシステム利用料が発生します。自社の運用に合う手段を選んでください。
出典・参考資料（2件）
- 出典：地方税共通納税システム（共通納税とは・納付の手順）｜eLTAX（https://www.eltax.lta.go.jp/kyoutsuunouzei/gaiyou/）
- 参考資料：個人住民税（特別徴収）の納付フロー｜eLTAX（https://www.eltax.lta.go.jp/support/manual/tokucho-flowchart）
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従業員が常時10人未満なら納期の特例で年2回にまとめられる
毎月の納付が負担になりやすい小規模の事業者には、納付回数を減らせる制度があります。給与の支払を受ける従業員が常時10人未満の事業所は、市区町村長の承認を受けることで、毎月の納入を年2回にまとめられます。これを納期の特例といいます。
第三百二十一条の四の特別徴収義務者は、〔中略〕給与の支払を受ける者が常時十人未満であるものに限る〔中略〕市町村の長の承認を受けた場合には、六月から十一月まで及び十二月から翌年五月までの各期間〔中略〕徴収した給与所得に係る特別徴収税額を、〔中略〕当該各期間に属する最終月の翌月十日までに当該市町村に納入することができる。
出典：地方税法 第321条の5の2第1項｜e-Gov法令検索
納期限は、6月から11月までに徴収した分を12月10日まで、12月から翌年5月までに徴収した分を6月10日までとなります。自治体によっては「11月分（12月10日納期限）と5月分（6月10日納期限）」といった表現で案内していますが、いずれも各期間の最終月の翌月10日を指しており、内容は同じです。利用には申請と市区町村長の承認が必要なため、対象になりそうな場合は各自治体の申請方法を確認してください。
出典・参考資料（1件）
- 出典：地方税法 第321条の5の2｜e-Gov法令検索（https://laws.e-gov.go.jp/law/325AC0000000226）
従業員の入社・退職・転勤があったときの徴収と納付
従業員に異動があると、徴収や納付の扱いが変わります。異動があった月の翌月10日までに、市区町村へ「給与所得者異動届出書」を提出するのが基本です。ここでは、手が止まりやすい入社・退職・退職金のケースを整理します。
入社時の手続き
入社した従業員について特別徴収を始める場合は、本人が普通徴収で納めていた分を特別徴収へ切り替える手続き（特別徴収切替届出書の提出など）が必要です。前職でも特別徴収されていた場合は、前の勤務先が作成する給与所得者異動届出書を通じて引き継ぎます。いったん特別徴収が始まった住民税は、原則として本人の希望だけで普通徴収へ切り替えることはできません。
退職時の扱い（退職月による違い）
退職時は、まだ徴収し終えていない住民税（未徴収分）の扱いが退職月によって変わります。地方税法は、退職などで給与から徴収できなくなった場合について次のように定めています。
- 1月1日〜4月30日に退職：残りの住民税を最後の給与などから一括徴収する（原則）
- 6月1日〜12月31日に退職：本人からの申し出があれば一括徴収、申し出がなければ残りは普通徴収へ切り替わる
- 5月に退職：通常どおり最後の月割分を徴収する
6月から12月の退職で本人が一括徴収を希望するかは、退職手続きの中で意向を確認するのが一般的です。一括徴収した場合も、徴収した月の翌月10日までに納入します（地方税法第321条の5第2項）。
退職金（退職所得）にかかる住民税の特別徴収
退職金（退職所得）にかかる住民税も特別徴収の対象で、毎月の給与とは別に区分して扱います。大田区は「退職所得に係る特別区民税・都民税（住民税）は、他の所得と区分して退職手当等の支払われる月に特別徴収していただきます」「退職金が支給された日の翌月10日までに納入をお願いします」と案内しています。退職金を支給する月に徴収し、翌月10日までに納入する点は給与の場合と同じです。
出典・参考資料（2件）
- 出典：地方税法 第321条の5第2項｜e-Gov法令検索（https://laws.e-gov.go.jp/law/325AC0000000226）
- 出典：給与所得者（サラリーマン）の方を対象とした特別徴収｜大田区（https://www.city.ota.tokyo.jp/seikatsu/zeikin/nouzei/kyuyosyotokusya.html）
住民税を納め遅れたときの扱い（督促・延滞金）
納期限を過ぎると、督促を受けるほか、延滞金が加算されます。延滞金の割合は、本則では納期限の翌日から1か月までが年7.3%、それを過ぎると年14.6%と定められていますが、実際には特例基準割合による軽減後の率が適用されます。
この軽減後の率は毎年見直されます。たとえば大田区の案内では、令和8年（2026年）の延滞金の割合は「納期限の翌日から1か月間：年2.8パーセント」「納期限の翌日から1か月を経過した日以降：年9.1パーセント」とされています。
率は年によって変わるため、実際に計算する際は、その年の割合を各自治体や総務省の案内で確認してください。延滞金には少額のときの不徴収や端数処理のルールもあり、必ずしも満額が課されるわけではありません。いずれにしても、納期限内に納めれば延滞金はかかりません。
出典・参考資料（1件）
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毎月の住民税納付・給与計算の事務を楽にする方法
ここまで見てきたとおり、住民税の特別徴収は毎月の納付に加えて、税額通知の反映や従業員の異動対応まで、担当者の手間が続きます。この事務負担は、仕組みやサービスを活用することで軽くできます。
給与計算ソフトで納付データ作成・電子納税を効率化する
まず取り組みやすいのが、給与計算ソフトの活用です。多くの給与計算ソフトは、特別徴収税額通知の内容を取り込んで毎月の天引き額を自動計算し、eLTAXでの電子納税に必要なデータ作成まで支援します。手計算や転記によるミスを減らし、納付事務を標準化できる点がメリットです。まずは自社が使っているソフトのeLTAX連携機能を確認してみるとよいでしょう。
eLTAX連携や住民税額の反映にどこまで対応しているかは製品によって差があります。これから導入・乗り換えを検討するなら、主要な給与計算ソフトの機能・料金・選び方を比較した次の記事も参考になります。
給与計算・住民税処理をまるごと任せる（アウトソーシング）
専任の担当者を置きにくい場合は、給与計算や住民税の処理そのものを外部に委託する選択肢もあります。給与計算アウトソーシング（経理・給与のBPO）を使えば、毎月の給与計算から住民税の更新・納付事務までを任せられ、担当者は本来の業務に集中できます。ここでは、給与・住民税まわりの事務に対応するサービスを紹介します。
| サービス名 | マネーフォワード おまかせ経理 | Wheat Accounting |
|---|---|---|
| 提供形態 | 経理アウトソーシング（BPO） | 経理アウトソーシング（BPO） |
| 給与計算 | ● | ●基本の対応業務として自社対応 |
| 住民税の更新・納付対応 | ●支払管理・振込代行に税金納付対応を含む | △給与計算に住民税額を反映（納付事務そのものは公式明記なし） |
| 賞与計算・年末調整 | △賞与計算に対応（年末調整は公式明記なし） | △オプション対応 |
| 対応業務範囲 | クラウド導入支援・記帳・請求書発行・支払管理／振込代行・入金消込・給与／賞与計算・月次試算表作成 | 記帳・請求書発行・支払（振込）・経費精算・給与計算・月次決算など経理全般（社保・労保は連携社労士） |
| 料金の目安 | 個別見積もり （一例：従業員5名程度で月額10万円） | 月額30,000円〜（プラン別） ※スモールは初年度キャンペーン価格。実額は工数・納期で決定 |
| 詳細情報 | 公式資料を見る | 公式資料を見る |
マネーフォワード おまかせ経理（株式会社マネーフォワード）
マネーフォワード おまかせ経理は、中小企業向けの経理業務アウトソーシングサービスです。「マネーフォワード クラウド」の導入支援を起点に、記帳代行、請求書発行、支払管理・振込代行、給与・賞与計算、月次試算表の作成までをオンラインで一括対応します。
支払管理・振込代行には税金の納付対応も含まれており、毎月の納付事務まで任せたい事業者に向いています。標準の料金表は公表されておらず、企業規模や業務範囲に応じた個別見積もりとなります（従業員5名程度で月額10万円という料金例が公式サイトに一例として示されています）。
Wheat Accounting（株式会社Wheat）
Wheat Accountingは、中小企業やスタートアップを主な対象とする経理アウトソーシングサービスです。記帳や請求書発行、支払（振込）対応、経費精算、月次決算などの経理業務全般に加え、給与計算も基本の対応業務として担い、賞与計算や年末調整はオプションとして柔軟に対応しています。
税務申告は連携する税理士、社会保険・労働保険の手続きは連携する社労士が担う体制です。住民税額は給与計算に反映されますが、納付事務そのものを代行範囲に含むかは個別の確認が必要です。給与計算を含むバックオフィス全体の効率化を検討する場合の選択肢になります。
給与計算をアウトソーシングした場合に、毎月の事務負担がどの程度変わるのか。同社は導入事例を次のように説明しています。
業務効率化の事例としては、従業員100名規模のお客様で、Excelを用いた手作業で、完了までに1週間を要していた給与計算業務の事例です。システムの最適化と人員配置の再設計を徹底した結果、2〜3日での完了を実現。コスト・工数ともに50%以上の削減に繋がりました。これは個人のスキルに頼るのではなく、業務プロセスを正しく組み立て直したことによる成果です。
ここで紹介したのは一例です。給与計算アウトソーシングの選び方や対応業務の範囲・料金をまとめて比較したい方は、次の記事もあわせてご覧ください。
給与計算アウトソーシングおすすめ34選を比較｜業務範囲・料金体系・規模別の選び方
毎月の給与計算や賞与計算、年末調整、社会保険の手続きに、特定の担当者が追われていないでしょうか。社会保険料率や税制は毎年のように改正され、その都度の確認作業まで含めると、経理や人事、総務の少人数体制では業務が属人化しやすくなります。担当者が…
まとめ
特別徴収した住民税は、徴収した月の翌月10日までに、従業員が住む市区町村へ納入します。納め方は、届いた納入書での窓口納付と、eLTAX（地方税共通納税システム）での電子納付の2通りで、eLTAXならダイレクト納付・インターネットバンキング・ATM・クレジットカードから手段を選べます。すぐ動くなら納入書、毎月の事務を省力化したいならeLTAXという使い分けが目安です。
従業員が常時10人未満なら、申請と承認により年2回にまとめる納期の特例も使えます。入退職時は異動届の提出と退職月による一括徴収の扱いを押さえ、納期限を守れば延滞金は発生しません。毎月の納付や給与計算の負担が大きい場合は、給与計算ソフトの活用や、給与・住民税処理のアウトソーシングも検討してみてください。
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住民税の特別徴収の納付に関するよくある質問（FAQ）
Q. 住民税（特別徴収）の納入書を紛失したときはどうすればよいですか？
A. 納入書を紛失した場合は、従業員が住む市区町村の税務担当課に連絡して、納入書の再発行を依頼するのが基本です。再発行には日数がかかることがあるため、納期限に間に合うよう早めに問い合わせてください。eLTAX（地方税共通納税システム）を利用すれば、紙の納入書がなくても電子的に納付できます。
Q. 住民税（特別徴収）はeLTAXと納入書を併用できますか？
A. 住民税（特別徴収）の納付では、月によってeLTAXと納入書を使い分けること自体は可能です。たとえば当面は届いた納入書で納めつつ、eLTAXの利用届出が済んだ月から電子納付に切り替える、という移行の仕方ができます。ただし、同じ月の同じ税額を両方の経路で二重に納付しないよう、どの月をどの経路で納めたかを記録しておきましょう。
Q. 住民税（特別徴収）の納期の特例を受けるにはどう申請すればよいですか？
A. 納期の特例は、従業員が常時10人未満であることを要件に、市区町村へ承認申請書を提出して承認を受けることで適用されます（申請書の名称や様式は自治体によって異なります）。承認されると、毎月の納入を年2回（6月から11月までに徴収した分は12月10日、12月から翌年5月までに徴収した分は6月10日）にまとめられます。申請方法や提出先は、お住まいの従業員が属する各自治体の案内で確認してください。
Q. 従業員が退職したとき、残りの住民税（特別徴収分）はどう納付しますか？
A. 退職者の未徴収分の住民税は、退職した月によって「一括徴収」と「普通徴収への切り替え」に分かれます。1月1日から4月30日の退職では原則として最後の給与などから残額を一括徴収し、6月1日から12月31日の退職では本人の申し出があれば一括徴収、申し出がなければ残りは普通徴収へ切り替わります。一括徴収した分も、徴収した月の翌月10日までに市区町村へ納入します。
Q. 住民税（特別徴収）の納付が期限に遅れるとどうなりますか？
A. 住民税（特別徴収）の納付が期限に遅れると、市区町村から督促を受けるほか、納期限の翌日から延滞金が加算されます。延滞金の割合は本則で年7.3%（1か月まで）・年14.6%（それ以降）ですが、実際には特例基準割合による軽減後の率が適用され、毎年見直されます。当年の具体的な割合は各自治体や総務省の案内で確認してください。
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マネックス証券 フィナンシャル・インテリジェンス部 暗号資産アナリスト
松嶋真倫
監修の範囲は記事の一般的な解説部分であり、比較表および各製品・サービスの紹介内容は監修の対象外です。
