産業廃棄物の処理を委託すると、委託先とのやり取りで交付・返送されるマニフェスト（産業廃棄物管理票）が手元にたまっていきます。監査や行政の立入、担当者の引き継ぎのタイミングで「この控え、いつまで残す義務があるのか」を確認したい場面は少なくありません。
マニフェストの保管期間は、紙・電子を問わず5年間と定められています。ただし「いつから5年か」という起算日は、自分が交付した控えと、委託先から返送されて受け取った写しとで異なります。この違いを取り違えると、まだ保管が必要な票を誤って廃棄してしまうおそれがあります。
本記事では、マニフェストの保管期間5年の根拠となる条文、票ごとに異なる起算日、保存義務に違反したときの罰則、電子マニフェスト（JWNET）を使う場合の扱いまでを整理します。返送期限（90日・180日・60日）と保管期間の起算日を混同しないための整理も加えます。
古い伝票を廃棄してよいかの判断や、監査で根拠を問われたときの備えとして、自社の立場に当てはめながら確認していきましょう。
目次
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マニフェストの保管期間は5年間【立場・票別の一覧表】
マニフェスト（産業廃棄物管理票）の保管期間は、排出事業者・収集運搬業者・処分業者のいずれの立場でも5年間です。廃棄物の処理及び清掃に関する法律（以下、廃棄物処理法）が「環境省令で定める期間」保存すべきことを定め、その期間を同法施行規則が5年と定めています。
ここからは、どの立場が・どの票を・いつから5年保管するのかを一覧で見ていきます。まず、自社が該当する立場の行を見てください。
| 立場 | 排出事業者 | 収集運搬業者 | 処分業者 |
|---|---|---|---|
| 保管する主なマニフェスト（票） | 交付時の控え（A票）／返送された写し（B2・D・E票） | 運搬終了を報告した票（B1・C2票） | 処分終了を報告した票（C1票） |
| 保管期間 | 5年 | 5年 | 5年 |
| 起算日（いつから5年か） | A票は交付した日から／B2・D・E票は送付を受けた日から | 写しを送付した日、または送付を受けた日から | 写しを送付した日から |
A票・B2票などの票の呼称は実務上の通称で、廃棄物処理法の条文そのものには記載がありません。条文は「交付した控え」「送付を受けた写し」で区分しています。
いずれの立場でも年数は5年で共通し、特別管理産業廃棄物のマニフェストも同じ5年です。違いが出るのは「いつから5年を数えるか」という起算日で、ここが実務で最も間違えやすいポイントです。次章以降で、排出事業者が保管する票と起算日を詳しく見ていきます。
排出事業者が保管するマニフェスト（A票・B2票・D票・E票）
産業廃棄物の運搬や処分を他人に委託する排出事業者は、委託時にマニフェストを交付する義務があります（廃棄物処理法第12条の3第1項）。マニフェストを交付した排出事業者は、法律上「管理票交付者」と呼ばれます。
排出事業者が保管するのは、次の2種類です。1つは交付したときに手元に残る控え（実務でいうA票）、もう1つは運搬や処分が終わったことの報告として委託先から返送され、受け取った写し（同じくB2票・D票・E票）です。B1票・C2票は収集運搬業者、C1票は処分業者がそれぞれ保管する票であり、排出事業者の保管対象ではありません。
つまり排出事業者は、「自分が出した控え」と「戻ってきた写し」の両系統を5年間保管することになります。この2系統で起算日が変わるため、次章で分けて見ていきます。
保管期間の起算日は票ごとに異なる（交付した日／送付を受けた日）
「5年」は全票で共通ですが、その5年を数え始める日は票によって異なります。排出事業者の場合、交付時の控え（A票）は交付した日から、委託先から返送された写し（B2票・D票・E票）は送付を受けた日から、それぞれ5年です。廃棄物処理法は、この2つの起算点を条文で書き分けています。
前項の規定により管理票を交付した者（以下「管理票交付者」という。）は、当該管理票の写しを当該交付をした日から環境省令で定める期間保存しなければならない。（第十二条の三第二項）
管理票交付者は、前三項又は第十二条の五第六項の規定による管理票の写しの送付を受けたときは、当該運搬又は処分が終了したことを当該管理票の写しにより確認し、かつ、当該管理票の写しを当該送付を受けた日から環境省令で定める期間保存しなければならない。（第十二条の三第六項）
出典：廃棄物の処理及び清掃に関する法律 第12条の3｜e-Gov法令検索
実務では、返送された写しを受け取ってすぐに交付時の控えとまとめて綴じることが多いため、起算日が数か月ずれる場合があります。廃棄可否を判断するときは、最も遅い起算日（多くは最終処分終了を示すE票を受け取った日）を基準にすると、必要な票を誤って処分するリスクを避けられます。
返送期限（90日・180日・60日）と保管起算日の違い
起算日と混同しやすいのが「返送期限」です。マニフェストには保管期間の起算日とは別に返送期限という期間があり、この2つは起算点も目的も異なるため、分けて理解しておく必要があります。
返送期限とは、委託先から運搬・処分終了の写しが返ってこない場合に、排出事業者が処理状況を把握し必要な措置を講じなければならない期限です。廃棄物処理法施行規則は、この期限を管理票の交付の日から起算して、運搬・処分終了の写し（B2票・D票）は90日、最終処分終了の写し（E票）は180日と定めています。特別管理産業廃棄物では、この90日区分が60日に短縮されます。
出典：廃棄物の処理及び清掃に関する法律施行規則 第8条の28｜e-Gov法令検索
- 一 法第十二条の三第三項前段又は第四項前段の規定による管理票の写しの送付 管理票の交付の日から九十日（特別管理産業廃棄物に係る管理票にあつては、六十日）
- 二 法第十二条の三第五項又は第十二条の五第六項の規定による最終処分が終了した旨が記載された管理票の写しの送付 管理票の交付の日から百八十日
返送期限が「交付の日から」を起算点とするのに対し、保管期間は「交付した日」または「送付を受けた日」から5年です。返送期限は処理が適正に終わったかを確認・措置するための期限、保管期間は確認済みの票を証拠として残す期間、と目的が違います。返送期限が過ぎたからといって保管期間の起算が始まるわけではない点に注意してください。
保管期間の根拠となる条文と、保存義務違反の罰則
監査や行政の立入で保管状況を確認されたときに根拠を示せるよう、条文と罰則を整理します。
保管義務の根拠となる条文
マニフェストの保存義務は廃棄物処理法第12条の3が定め、その保存期間である「5年」は同法施行規則が定めています。法律が「環境省令で定める期間」と委任し、施行規則が具体的な年数を示す構造です。
法第十二条の三第二項の環境省令で定める期間は、五年とする。（第八条の二十一の二）
法第十二条の三第六項の環境省令で定める期間は、五年とする。（第八条の二十六）
出典：廃棄物の処理及び清掃に関する法律施行規則 第8条の21の2・第8条の26｜e-Gov法令検索
収集運搬業者の保存期間は施行規則第8条の30、処分業者は同第8条の30の2でそれぞれ5年と定められており、立場が変わっても年数は変わりません。特別管理産業廃棄物のマニフェストについても、これらの条文は年数を区別していないため、保管期間は同じ5年です。
保存義務に違反したときの罰則
マニフェストを保存しなかった場合、廃棄物処理法第27条の2第5号により1年以下の拘禁刑または100万円以下の罰金の対象になります。これは、マニフェストの不交付や虚偽記載（同条第1号〜第4号）と同じ条・同じ法定刑であり、保存義務違反だけが軽く扱われるわけではありません。
次の各号のいずれかに該当する者は、一年以下の拘禁刑又は百万円以下の罰金に処する。
五 第十二条の三第二項、第六項、第九項又は第十項の規定に違反して、管理票又はその写しを保存しなかつた者（第二十七条の二第五号）
出典：廃棄物の処理及び清掃に関する法律 第27条の2｜e-Gov法令検索
条文の刑罰は「拘禁刑」と表記されています。これは懲役と禁錮を一本化した改正刑法が2025年（令和7年）6月1日に施行されたことによるもので、それ以前の「1年以下の懲役」と同じ枠を指します。2025年5月以前の情報では「懲役」と記載されている場合がありますが、現行法の表記は拘禁刑です。
電子マニフェスト（JWNET）を使う場合の保管義務と義務化の対象
電子マニフェストを利用すると、排出事業者が紙の管理票を保管する必要はなくなります。電子マニフェストでは委託先へ紙の管理票そのものを交付しないため（廃棄物処理法第12条の5）、排出事業者に紙の写しの保存義務がそもそも生じないからです。
紙の写しの代わりに、登録・報告のデータは情報処理センターが保存します。この情報処理センターは、廃棄物処理法にもとづき全国で1つ指定されている公益財団法人日本産業廃棄物処理振興センターが運営するJWNETを指します。
情報処理センターがデータを保存する期間も、紙の場合と同じく5年間です（施行規則第8条の35）。したがって電子マニフェストへ移行すると、排出事業者は紙の控えを5年間探し出せる状態で管理する負担がなくなります。
なお、電子マニフェストの利用は一部の事業者に義務づけられています。対象は前々年度に特別管理産業廃棄物を年間50トン以上排出した事業場を設置している事業者で、その事業場から生じる産業廃棄物の運搬・処分を委託する場合です。通常の産業廃棄物だけを排出する事業者は義務化の対象ではなく、任意で利用できます。
法第十二条の五第一項の環境省令で定める事業者は、当該年度の前々年度において産業廃棄物（前条に規定するものに限る。以下この条において同じ。）の発生量が五十トン以上である事業場を設置している事業者（当該事業場から生ずる産業廃棄物の運搬又は処分を他人に委託する場合に限る。）とする。（第八条の三十一の三）
出典：廃棄物の処理及び清掃に関する法律施行規則 第8条の31の3｜e-Gov法令検索
引用中の「前条に規定するもの」とは、施行規則第8条の31の2が対象と定める特別管理産業廃棄物（一部を除く）を指します。したがって義務化されるのは、通常の産業廃棄物ではなく特別管理産業廃棄物を多量に排出する事業者に限られます。
電子マニフェストや情報処理センターの制度概要は、JWNETの公式情報でも確認できます。
マニフェストの保管方法と紛失・破損時の対処
保管期間を守るには、5年間探し出せる状態で管理することが欠かせません。ここでは紙・電子それぞれの保管方法と、紛失・破損してしまった場合の対処を整理します。
紙・電子それぞれの保管方法
紙のマニフェストは、交付した控えと返送された写しを対応づけて綴じ、いつでも取り出せる形で保管します。委託先別・交付月別にファイリングすると、監査時や行政への報告時に必要な票を素早く確認できます。多拠点で事業を行う場合は、拠点ごとにばらばらに保管すると探索に時間がかかるため、保管場所とルールを統一しておくと安全です。
確実に電子で管理したい場合は、前章のとおり電子マニフェスト（JWNET）へ移行すると、情報処理センター側でデータが保存され、紙の控えを保管する負担そのものがなくなります。
紛失・破損してしまった場合の対処
紙のマニフェストには、いったん交付したものを同じ番号で再発行する制度上の仕組みは設けられていません。紛失や破損に気づいたら、まずは本当に手元に無いかを確認し、収集運搬業者・処分業者など同じ取引の他の保存義務者が保管している控えの写しで内容を照合するのが一般的な対処です。
写しで補う際は、原本を紛失した経緯と対応内容を記録として残しておくと、監査時の説明に役立ちます。判断に迷う場合は、管轄する自治体の産業廃棄物担当窓口に相談すると確実です。
マニフェスト制度全般の取り扱いは、環境省の情報も参考になります。
出典・参考資料（1件）
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マニフェスト管理の負担を減らす廃棄物管理システム
マニフェストを5年間、票と起算日を取り違えずに管理し続けるのは、拠点数が多い企業ほど負担が大きくなります。紙の伝票が拠点ごとに分散すると、監査や年次の報告に必要な票を探し出すだけでも時間がかかります。
こうした紙ベースの運用が今も残る背景について、産業廃棄物管理システムを手がける株式会社CBAの宇佐見氏は、業界の現状を次のように述べています。
現在でもFAXや電話によるやり取りが残っているケースは少なくありません。有害物を扱うメーカーなど、法令対応が求められる業界では比較的デジタル化が進んでいますが、それ以外の業界では、処理業者主導で書類のやり取りを行い、署名して完了するような運用が残っている場合もあります。DXの観点では、まだ改善の余地が大きい業界の一つだと考えています。
こうした負担を減らす基本の手段が、前述の電子マニフェスト（JWNET）への移行です。さらに、電子マニフェストと連携しながら、許可証・契約書の期限管理や複数拠点の処理状況の可視化までまとめて行いたい場合は、排出事業者向けの廃棄物管理システムの導入が選択肢になります。ここでは、代表的なサービスを比較します。
| サービス名 | CBA wellfest | PBasis | 電子マニフェスト先生 | GENESYS-ECO | Wing | e-reverse.com | musub（ムスブ） | エコロジネットプラス |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 提供会社 | 株式会社CBA | 三井住友ファイナンス＆リース | リンクイノベーションズ | 株式会社JEMS | マツダ株式会社 | 株式会社リバスタ | 株式会社SHOUTEC | 株式会社イーコス |
| 対応廃棄物 | 産業廃棄物 一般廃棄物 有価物 | 産業廃棄物 一般廃棄物 有価物 専ら物 | 産業廃棄物 | 産業廃棄物 一般廃棄物 有価物 専ら物 | 産業廃棄物 有価物 | 産業廃棄物 （建設系に強み） | 産業廃棄物 | 産業廃棄物 |
| 電子マニフェスト（JWNET）連携 | ● | ● | ● | ● | ● | ●電子マニフェスト本体 | ●電子契約と一体 | ● |
| 許可証・契約書の管理 | ● | ● | ● | ● | ● | △電子契約に対応 | △電子契約に対応 | － |
| 料金 | 要問い合わせ | 要問い合わせ | 要問い合わせ （発行数等で変動） | 要問い合わせ （4段階プラン） | 要問い合わせ | 入会金10万円＋ 月額1万円〜 | 従量制 （要問い合わせ） | 要問い合わせ |
| 詳細情報 | 公式資料を見る | 公式サイト | 公式サイト | 公式サイト | 公式サイト | 公式サイト | 公式サイト | 公式サイト |
CBA wellfest（株式会社CBA）
CBA wellfestは、産業廃棄物・一般廃棄物・有価物を1つのシステムで一元管理できる、排出事業者向けの廃棄物総合管理クラウドです。マニフェストの起票・管理から集計レポートまでを紙・電子の両方でカバーし、電子マニフェストはJWNETと自動連携します。
特徴は、マニフェスト管理にとどまらず、処理委託先の許可証・契約書の更新期限管理まで業務フローに組み込む点にあり、排出事業者のコンプライアンス対応を支えます。本社が複数拠点・現場の処理状況を横断的に可視化できるため、多拠点で運用ルールがばらついている企業の標準化に向いています。
導入企業は製造業や建設、大学・研究機関など、産業廃棄物の遵法管理を必要とする事業者を中心に100社を突破しています（2025年4月時点、無償トライアルを除く）。料金は要問い合わせで、無料デモの申し込みが可能です。
紙管理の負担軽減を目的にシステム導入まで検討する場合は、上の比較表で挙げた8サービスの選び方・機能の違いを次の記事で詳しく解説しています。電子マニフェスト連携の有無や対応する廃棄物の範囲、拠点をまたいだ管理のしやすさなど、自社の運用に合う一本を見極める参考にしてください。
まとめ
マニフェスト（産業廃棄物管理票）の保管期間は、排出事業者・収集運搬業者・処分業者のいずれも5年間です。排出事業者は、交付時の控え（A票）を交付した日から、返送された写し（B2票・D票・E票）を送付を受けた日から、それぞれ5年保管します。特別管理産業廃棄物も同じ5年で、保存義務に違反すると1年以下の拘禁刑または100万円以下の罰金の対象になります。
古い伝票を廃棄してよいかは、最も遅い起算日から5年を過ぎているかで判断すると安全です。紙の管理に負担を感じる場合は、電子マニフェスト（JWNET）や廃棄物管理システムの活用で、保管と可視化の手間を大きく減らせます。自社の拠点数や管理体制に合わせて、無理なく続けられる管理方法を検討してください。
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よくある質問（FAQ）
Q. マニフェストの保管期間は何年ですか？
A. マニフェストの保管期間は、排出事業者・収集運搬業者・処分業者のいずれの立場でも5年間です。廃棄物処理法第12条の3が保存義務を定め、その期間を同法施行規則が5年と定めています。排出事業者の場合は、交付時に手元へ残る控えと、委託先から返送されて受け取る写しの両方を、それぞれ5年間保管します。
Q. マニフェストの保管期間は、いつから5年を数えますか？
A. マニフェストの5年は、交付時の控えは「交付した日」から、委託先から返送された写しは「送付を受けた日」から、それぞれ起算します。年数はどの票も5年で共通ですが、この起算日だけが票によって異なります。廃棄物処理法第12条の3は、第2項（交付した日から）と第6項（送付を受けた日から）で2つの起算点を書き分けています。
出典・参考資料（1件）
Q. マニフェストは保管期間の5年を過ぎたら廃棄してよいですか？
A. マニフェストは、保管している票のすべてで起算日から5年が経過していれば廃棄して問題ありません。ただし票ごとに起算日が異なるため、最も遅い起算日（多くは最終処分終了を示すE票を受け取った日）を基準に5年の経過を確認すると、まだ保管が必要な票を誤って処分せずに済みます。
Q. 特別管理産業廃棄物のマニフェストも保管期間は同じ5年ですか？
A. 特別管理産業廃棄物のマニフェストも、保管期間は通常の産業廃棄物と同じ5年間です。保存期間を定める施行規則の各条が、特別管理産業廃棄物とそれ以外を区別していないためです。なお、写しが返送されない場合の確認期限は特別管理産業廃棄物で60日（通常は90日）に短縮されますが、これは保管期間とは別の期限です。
出典・参考資料（1件）
Q. 電子マニフェスト（JWNET）にすれば、マニフェストの保管は不要になりますか？
A. 電子マニフェストを使うと、排出事業者が紙の管理票を保管する必要はなくなります。紙の管理票を交付せず、登録・報告のデータを情報処理センター（JWNET）が5年間保存する仕組みだからです。ただし電子マニフェストの利用が義務づけられるのは、前々年度に特別管理産業廃棄物を年間50トン以上排出した事業場を設置する事業者に限られ、それ以外の事業者は任意で利用できます。
Q. マニフェストを紛失した場合はどうすればよいですか？
A. マニフェストを紛失した場合は、同じ番号で再発行する制度上の仕組みがないため、収集運搬業者や処分業者など同じ取引の他の保存義務者が保管する控えの写しで内容を照合して補うのが一般的な対処です。写しで補う際は、原本を紛失した経緯と対応内容を記録に残しておくと監査時の説明に役立ちます。判断に迷う場合は、管轄する自治体の産業廃棄物担当窓口に相談すると確実です。
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マネックス証券 フィナンシャル・インテリジェンス部 暗号資産アナリスト
松嶋真倫
監修の範囲は記事の一般的な解説部分であり、比較表および各製品・サービスの紹介内容は監修の対象外です。
