スキャナ保存を始めると、キャビネットにたまった紙の請求書や領収書を「スキャンしたのだから、もう捨ててよいのではないか」と考える場面が出てきます。一方で、後から税務調査で「原本は残っていますか」と問われたときに困らないか、という不安もつきまといます。
結論から言えば、電子帳簿保存法（電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律）の要件を満たしてスキャナ保存を行い、最低限の同等確認を済ませた紙の原本は、即時に廃棄して差し支えありません。2022年（令和4年）1月の改正で、廃棄までに定期的な検査を終える必要がなくなったためです。
本記事では、スキャンした原本を破棄できる要件を条番号つきで整理し、破棄する前にやること、そして捨ててはいけない・破棄できないケースを解説します。請求書・領収書・契約書といった書類の種類ごとに「捨ててよいか」を判断できる状態を目指します。
目次
スキャンした原本は破棄してよい？結論と捨てられる時点
まず、多くの担当者が最初に知りたい「捨ててよいか・いつ捨てられるか」から答えます。
スキャナ保存の要件を満たしたうえで、スキャンした画像と紙の記載事項を照らし合わせる「最低限の同等確認」を行えば、その紙の原本は即時に廃棄できます。廃棄までに一定期間の保管や定期検査の完了を待つ必要はありません。
ただし、入力期間を過ぎた書類や、届出前の過去分の書類など、原本を残さなければならない例外もあります。自社の書類に当てはまる例外がないかは、捨ててはいけない・破棄できない場合で確認してください。
要件を満たせば捨ててよいという結論は、国税庁の一問一答でも明確に示されています。
令和４年１月１日以後に保存を行う国税関係書類については、（中略）スキャナで読み取り、最低限の同等確認（電磁的記録の記録事項と書面の記載事項とを比較し、同等であることを確認（折れ曲がり等がないかも含みます。）することをいいます。以下同じです。）を行った後であれば、即時に廃棄して差し支えありません。
出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【スキャナ保存関係】令和7年6月」問3
「即時に廃棄できる」ようになった背景には、2021年度（令和3年度）の税制改正があります。この改正で、税務署長の事前承認制度と「適正事務処理要件」が廃止されました。適正事務処理要件とは、相互けん制・定期的な検査・再発防止策の社内規程整備を求めるもので、これがあるうちは検査を終えるまで紙の原本を保存しておく必要がありました。
令和３年度の税制改正により、令和４年１月１日以後に保存を行う国税関係書類については承認制度が廃止されたほか、次のような改正がされました。（中略）適正事務処理要件（相互けんせい、定期的な検査及び再発防止策の社内規程整備等をいいます。）が廃止されたこと。
出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【スキャナ保存関係】令和7年6月」問1
この定期的な検査が不要になったことで、スキャンと同等確認を終えた原本はその場で廃棄できるようになりました。以前の「検査が終わるまで原本を残す」運用のまま紙を溜め込んでいる場合は、現行のルールで見直せます。
捨ててよい条件と、逆に紙で残すケースを一枚に整理すると次のとおりです。
原本を破棄できる要件（数字入りチェックリスト）
原本を廃棄できるのは、あくまでスキャナ保存の保存要件を満たしている場合です。スキャナ保存は、電子帳簿保存法が定める3つの区分（帳簿の電子保存・スキャナ保存・電子取引データ保存）のうち、紙で受け取った書類を画像データで残す任意の制度です。ここでは、自社の運用が要件を満たしているかを突き合わせられるよう、施行規則の条番号とともに一覧にします。
スキャナ保存の保存要件（重要書類）
契約書・領収書・請求書・納品書などの「重要書類」に求められる要件は次のとおりです。かっこ内は根拠となる施行規則第2条第6項の号数です。
| 要件 | 入力期間の制限 | 解像度 | カラー階調 | タイムスタンプ | 訂正・削除の履歴 | 相互関連性 | 見読可能装置 | 検索機能 | システム関係書類の備付け |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 内容 | 受領等の後、速やかに（または業務処理サイクル後、速やかに）入力する | 200dpi以上（25.4mm当たり200ドット以上）で読み取る | 赤・緑・青それぞれ256階調（約1,677万色）以上で読み取る | 受領後、速やかにタイムスタンプを付与する（入力期間内の入力事項が確認できる場合は付与に代えられる） | 訂正・削除の事実と内容を確認できる、または訂正・削除ができないこと | スキャン文書と帳簿の記録事項の関連性を確認できること | 14インチ（映像面の最大径35cm）以上のカラーディスプレイ・カラープリンタと操作説明書を備える | 取引年月日・取引金額・取引先で検索でき、範囲指定や項目の組み合わせができること | システムの概要書・仕様書・操作説明書などを備え付ける |
| 根拠（施行規則第2条第6項） | 第1号イ・ロ | 第2号イ | 第2号イ | 第2号ロ | 第2号ハ | 第3号 | 第4号 | 第5号 | 第6号 |
解像度200dpi以上・256階調以上・見読可能装置14インチ以上といった数値は、国税庁「はじめませんか、書類のスキャナ保存」や一問一答の要件表でも同じ表現で示されています。とくにタイムスタンプは、訂正や削除の履歴が残る（あるいは訂正・削除ができない）システムに保存する場合は、付与に代えられる点を押さえておくと運用の選択肢が広がります。
出典・参考資料（2件）
タイムスタンプの付与を省ける「訂正・削除の履歴が残るシステム」や事務処理規程が具体的にどのような条件を指すのかは、以下の記事で施行規則の条文とともに整理しています。
電子帳簿保存法でタイムスタンプが不要になる条件｜訂正削除履歴システムと事務処理規程の要件を条文で解説
電子帳簿保存法（電帳法）の対応で、タイムスタンプ付与の仕組みを新しく入れると、時刻認証局との契約や既存システムの改修が必要になり、月々の付与件数に応じた費用も上乗せされます。「規程を整備すれば付与しなくて済む」と社内で話題になり、その根拠を…
いつまでにスキャンすればよいか（入力期間）
「いつ捨てられるか」を左右するのが、この入力期間です。スキャンして保存する（入力する）までの期限には、2つの方式があります。
- 早期入力方式：書類を受領した日などを起点に、速やか（おおむね7営業日以内）に入力する
- 業務処理サイクル方式：業務の処理に係る通常の期間を経過した後、速やかに入力する。最長で、受領等から2か月とおおむね7営業日以内であれば認められる（この方式は、各事務の処理に関する規程を定めている場合に限る）
規程を整えて業務処理サイクル方式をとれば、受領から最長で2か月とおおむね7営業日以内にスキャンすればよいことになります。この期間を過ぎて入力した書類の扱いは、後述の「捨ててはいけない・破棄できない場合」で解説します。
出典・参考資料（1件）
- 出典：電子帳簿保存法一問一答【スキャナ保存関係】令和7年6月 問22・問23｜国税庁（PDF）
重要書類と一般書類で要件が変わる
スキャナ保存の対象書類は、資金や物の流れに直結する「重要書類」と、そうでない「一般書類」に分かれます。重要書類は契約書・領収書・請求書・納品書などで、前掲の要件がそのまま適用されます。
一方の一般書類は、国税庁長官が告示で定めた書類で、見積書・注文書・検収書・自己が作成した納品書の写しなどが該当します。一般書類は入力期間の制限がなく適時に入力でき、グレースケール（白黒）での読み取りも認められるなど、要件が緩和されています。自社の書類がどちらに当たるかで、破棄までの進め方が変わります。
出典・参考資料（1件）
- 出典：電子帳簿保存法一問一答【スキャナ保存関係】令和7年6月 問47｜国税庁（PDF）
捨ててはいけない・破棄できない場合
要件を満たせば原本を廃棄できますが、逆に紙のまま残さなければならないケースもあります。ここを押さえておかないと、捨ててはいけない書類を捨ててしまう事故につながります。まず紙で残すべき2つのケースを挙げ、そのうえで「捨ててはいけない」と誤解されやすい契約書・印紙税の課税文書を整理します。
1. 入力期間を過ぎた・要件を満たせなかった書類
入力期間を過ぎてスキャンした書類は、電磁的記録での保存に加えて紙のまま保存する必要があります。入力期間の制限を満たしていないため、その電子データだけでは保存に代えられないからです。
より広く、スキャナ保存の要件を満たさずに保存された電子データは、税法上の保存書類として扱われません。要件を満たさないのに紙の原本を捨ててしまうと、次のようなリスクが生じます。
スキャナ保存の要件を満たさず保存されている電磁的記録については、各税法上の保存書類としては取り扱われません。（中略）そのような場合には、スキャナ保存に係る国税関係書類（紙原本）の保存がある場合を除き、仕入税額控除の否認や青色申告の承認の取消しがされる可能性があります。
出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【スキャナ保存関係】令和7年6月」問59
要件を満たせるか確証が持てないうちは、原本を残しておくのが安全です。
出典・参考資料（1件）
- 出典：電子帳簿保存法一問一答【スキャナ保存関係】令和7年6月 問24・問59｜国税庁（PDF）
2. 過去分重要書類（届出前は破棄できない）
スキャナ保存を始めた日より前に受領・作成した重要書類（過去分重要書類）をスキャナ保存する場合は、あらかじめ所轄税務署長へ「適用届出書」を提出する必要があります。届出をしないままでは過去分の書類をスキャナ保存で残せないため、原本を廃棄できません。
逆に言えば、適用届出書を提出すれば、過去にさかのぼって溜まっている紙の重要書類もスキャナ保存でき、原本を廃棄できます。過去分重要書類には入力期間の制限がないため、数か月かけて少しずつ電子化することも可能です。
出典・参考資料（1件）
- 出典：電子帳簿保存法一問一答【スキャナ保存関係】令和7年6月 問54｜国税庁（PDF）
契約書・印紙税の課税文書は「捨てられない」のか
契約書や印紙税の課税文書について「紙の原本は捨ててはいけない」と説明されることがありますが、電子帳簿保存法の観点では正確ではありません。契約書も領収書と同じ重要書類で、要件を満たしてスキャナ保存し同等確認を行えば、原本を廃棄できます。
印紙税の課税文書も同様です。紙の文書を作成した時点で収入印紙の貼付は必要ですが、収入印紙を貼付した後にスキャンして同等確認を行えば、その紙を廃棄しても差し支えありません。
ただし、収入印紙を貼りすぎた場合や課税文書に当たらなかった場合など、印紙税の過誤納があったときの還付申請では、過誤納の事実を証する文書（原本）の提示が求められます。こうした還付を見込む場合は、その原本を残しておきます。
税務上は廃棄できる契約書でも、民事上の紛争に備える観点では扱いが分かれます。スキャンした画像は原本の写しで、裁判での証拠としての扱いは税務とは別の問題になるためです。重要な契約は、税務上の要件とは切り離して原本の保存も検討し、自社の法務方針をふまえて判断してください。
出典・参考資料（1件）
- 出典：電子帳簿保存法一問一答【スキャナ保存関係】令和7年6月 問3｜国税庁（PDF）
書類の種類ごとの「捨てていい・残す」早見
ここまでの要件と例外を、身近な書類に当てはめて整理します。いずれも「要件を満たしてスキャナ保存し、同等確認を済ませている」ことが前提です。
| 書類の種類 | 請求書（受領） | 領収書 | 契約書 | 見積書・注文書・検収書 | 過去分の重要書類（届出前） | 入力期間を過ぎた書類 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 区分 | 重要書類 | 重要書類 | 重要書類 | 一般書類 | 重要書類 | ― |
| 要件充足後の扱い | 要件を満たせば原本を廃棄できる | 要件を満たせば原本を廃棄できる | 税務上は要件を満たせば廃棄できる（重要な契約は民事上の観点から原本保存も検討） | 入力期間の制限なく適時に入力し、原本を廃棄できる | 適用届出書の提出前は残す（届出後は要件を満たせば廃棄できる） | 電子データと合わせて紙の原本も保存する |
自社で扱う書類を、この早見にならって「捨ててよいもの」「残すもの」に仕分けると、迷わず処理を進められます。
原本を破棄する前にやること（同等確認・事務処理規程）
「捨ててよい」と判断した書類を実際に廃棄する前に、次の手順を踏むと安全です。
- 同等確認を行う：担当者が、スキャンした画像の記録事項と紙の記載事項が同じかを1件ずつ比較します。折れ曲がりや読み取り漏れで記載事項が確認できない箇所がないかも含めて確認します。国税庁の一問一答は確認の様式までは定めていないため、いつ・誰が確認したかを事務処理規程に沿って記録に残す運用にしておくと、税務調査でも説明しやすくなります。
- 事務処理規程を整える：業務処理サイクル方式で入力する場合は、各事務の処理に関する規程が必要です（入力期間の項で触れた「規程を定めている場合に限る」の規程がこれにあたります）。国税庁が「各種規程等のサンプル」を公開しているので、自社の運用に合わせて整備します。
- 要件の充足を確認する：解像度・タイムスタンプ・検索機能などの要件を、入力期間内に満たせているかを点検します。
- 原本を廃棄する：上記を確認できたら、紙の原本を廃棄します。
原本を廃棄しても、スキャンした電子データは保存期間中（法人は原則7年、青色申告で欠損金が生じた事業年度は10年など）保存し続ける必要があります。「原本を捨てられる」ことと「データを消してよい」ことは別なので、保存期間の管理は続けてください。
出典・参考資料（3件）
要件を満たすスキャナ保存の進め方
ここまで見てきたとおり、原本を廃棄するには、タイムスタンプの付与や訂正・削除の履歴、検索機能といった要件を満たし続ける仕組みが欠かせません。これらを手作業で担保するのは負担が大きいため、要件を満たすスキャナ保存に対応したシステムを使うのが実務的です。導入の目安としては、公益社団法人日本文書情報マネジメント協会（JIIMA）による法的要件認証を受けているかが参考になります。
要件を満たすシステムは、対応する保存区分や電子化できる書類の範囲で選択肢が分かれます。電子帳簿保存法に対応した電子帳票システムを、3区分（帳簿の電子保存・スキャナ保存・電子取引）の要件と対応書類・業務範囲で比較した記事もあわせてご覧ください。
ここからは、スキャナ保存に対応した電子帳票システムの例を紹介します。まずは対応内容を表で確認します。
| 比較項目 | マネーフォワード クラウド債務支払 | マネーフォワード クラウドインボイス |
|---|---|---|
| JIIMA電帳法認証 | スキャナ保存・電子取引の両認証を取得 | スキャナ保存ソフト認証を取得 |
| 電帳法の対応区分 | スキャナ保存・電子取引 | スキャナ保存・電子取引 |
| タイムスタンプ付与 | ●アップロード時に自動付与 | 要問い合わせ |
| 電子化の対象 | 受け取った支払請求書 （債務管理・支払） | 請求書の受領・送付 の両面 |
| 初期費用 | 0円 | 要問い合わせ |
| 月額費用 | 月2,480円〜 ※プラン体系は要確認 | 要問い合わせ （発行・受領件数に応じた従量制） |
| 詳細情報 | ミーティングを予約する | ミーティングを予約する |
※表の内容は2026年9月時点の各社公式情報にもとづきます。最新の料金・仕様は各社公式サイトでご確認ください。
1. マネーフォワード クラウド債務支払（株式会社マネーフォワード）
マネーフォワード クラウド債務支払は、受け取った支払請求書のデータ化から承認ワークフロー、会計仕訳までを一元管理する債務管理システムです。郵送・メール・Web受け取りや一括アップロード、受領代行など多様な方法で紙の請求書を電子化できます。
スキャナ保存の観点では、JIIMAの「電帳法スキャナ保存ソフト法的要件認証」と「電子取引ソフト法的要件認証」の両方を取得しており、法的要件の充足をシステム側で担保できます。タイムスタンプはファイルをアップロードしたタイミングで自動的に付与され、付与のタイミングを利用者が変更できない設計です。
AI-OCRが支払先・支払期日・請求金額に加えて適格請求書発行事業者の登録番号まで読み取り、その有効性も自動で判定します。
2. マネーフォワード クラウドインボイス（株式会社マネーフォワード）
取引先とやり取りする請求書などの帳票を、受領と送付の両面で電子化できるのがマネーフォワード クラウドインボイスです。受領側では紙・メール・Webで届く請求書をAI-OCRとオペレーターの補正でデータ化し、送付側ではWeb送付・メール送付・郵送代行に対応します。
こちらもJIIMAの「電帳法スキャナ保存ソフト法的要件認証」を取得済みで、受け取った紙の請求書をスキャナ保存する際に、解像度などが要件を満たしているかをシステムが判定します。紙の運用から段階的に移行したい企業に向く選択肢です。料金は請求書の発行・受領の件数に応じた個別見積もりのため、詳細は問い合わせが必要です。
まとめ
スキャナ保存の要件を満たし、最低限の同等確認を行えば、スキャンした紙の原本は即時に廃棄できます。2022年1月の改正で定期検査などが不要になったことが、その背景にあります。一方で、入力期間を過ぎた書類や要件を満たせなかった書類は紙のまま保存が必要で、過去分の重要書類は事前の届出が前提です。
まずは自社の書類を「捨ててよいもの」「残すもの」に仕分けし、要件を満たす仕組みと事務処理規程を整えることが、紙の保管負担を減らす近道です。要件を確実に満たすシステムを比較検討する際は、以下から複数サービスの資料をまとめて請求できます。
よくある質問（FAQ）
Q. スキャナ保存とは何ですか？
A. スキャナ保存とは、紙で受け取った請求書や領収書などの国税関係書類を、スマホやスキャナで読み取った画像データとして保存する、電子帳簿保存法上の任意の制度です。帳簿の電子保存・電子取引データ保存と並ぶ3つの保存区分の一つで、要件を満たして保存すれば、読み取った後の紙の原本を廃棄できます。
Q. スキャナ保存した原本の紙は、いつ捨てられますか？
A. スキャナ保存の要件を満たし、画像と紙の記載事項を照らし合わせる最低限の同等確認を済ませれば、その紙の原本は即時に廃棄できます。2022年（令和4年）1月の改正で定期的な検査が不要になったため、廃棄までに一定期間保管したり検査の完了を待ったりする必要はありません。
出典・参考資料（1件）
- 出典：電子帳簿保存法一問一答【スキャナ保存関係】令和7年6月 問3｜国税庁（PDF）
Q. スキャナ保存の要件を満たさないまま原本を捨てるとどうなりますか？
A. 要件を満たさずに保存された電子データは税法上の保存書類として扱われないため、紙の原本も残っていないと、仕入税額控除の否認や青色申告の承認の取消しがされる可能性があります。解像度・タイムスタンプ・検索機能などの要件を満たせるか確証が持てないうちは、原本を残しておくのが安全です。
出典・参考資料（1件）
- 出典：電子帳簿保存法一問一答【スキャナ保存関係】令和7年6月 問59｜国税庁（PDF）
Q. 契約書や印紙税の課税文書も、スキャナ保存すれば原本を捨てていいですか？
A. 電子帳簿保存法の観点では、契約書も印紙税の課税文書も、要件を満たしてスキャナ保存し同等確認を行えば原本を廃棄できます。契約書は領収書と同じ重要書類で、印紙税の課税文書も収入印紙を貼付した後にスキャンして同等確認をすれば、その紙を廃棄しても差し支えありません。
ただし、印紙税の過誤納還付を申請する場合は原本（過誤納の事実を証する文書）の提示が必要です。また、重要な契約は民事上の証拠の観点から、税務上の要件とは切り離して原本保存を検討する余地があります。
出典・参考資料（1件）
- 出典：電子帳簿保存法一問一答【スキャナ保存関係】令和7年6月 問3｜国税庁（PDF）
Q. スキャナ保存を始める前に受け取った過去分の書類も、原本を捨てられますか？
A. 過去分の重要書類は、あらかじめ所轄税務署長へ適用届出書を提出すればスキャナ保存でき、原本を廃棄できます。届出をしないままでは過去分の書類をスキャナ保存で残せないため、原本を捨てられません。過去分重要書類には入力期間の制限がないため、数か月かけて少しずつ電子化することも可能です。
出典・参考資料（1件）
- 出典：電子帳簿保存法一問一答【スキャナ保存関係】令和7年6月 問54｜国税庁（PDF）
Q. スキャナ保存には必ずタイムスタンプが必要ですか？
A. タイムスタンプは必須ではなく、訂正・削除の履歴が残る（または訂正・削除ができない）システムに保存する場合は、付与に代えられます。入力期間内に入力した事実が確認できるクラウドサービスなどを使えば、タイムスタンプの付与自体を省いた運用も可能です。
出典・参考資料（2件）
Q. 紙の書類は、すべてスキャナ保存しなければいけませんか？
A. スキャナ保存は任意の制度のため、紙で受け取った書類をすべてスキャナ保存する義務はありません。書類の種類ごとに、スキャナ保存して原本を廃棄するか、紙のまま保存するかを選べます。ただし、スキャナ保存するものは前掲の要件を満たす必要があり、要件を満たせない書類は紙のまま残します。
Q. 原本を捨てた後、スキャンした電子データはいつまで保存すればよいですか？
A. 原本を廃棄しても、スキャンした電子データは帳簿書類の保存期間（法人は原則7年）が終わるまで保存し続ける必要があります。「原本を捨てられる」ことと「データを消してよい」ことは別なので、保存期間の管理は原本の廃棄後も続けてください。
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監修の範囲は記事の一般的な解説部分であり、比較表および各製品・サービスの紹介内容は監修の対象外です。
