通販の決済代行おすすめ比較｜EC・ネットショップの決済導入を手数料・決済手段で選ぶ

通販サイトで買い物かごまで進んだお客様が、使いたい支払い方法がないことを理由に購入をやめてしまう。そんな取りこぼしを防ぐために、クレジットカードやコンビニ払い、後払いなど複数の決済手段をまとめて導入できる「決済代行サービス」を検討する通販事業者が増えています。

ただし、決済代行会社は数多く、初期費用や決済手数料、対応できる決済手段、使っているECカートとの連携のしやすさはサービスごとに違います。自社のネット通販に本当に合う一社を見極めるのは簡単ではありません。

本記事では、EC・通販での決済導入という視点から、決済代行の仕組みと選び方、手数料の内訳と総コストの考え方を整理し、主要な決済代行サービスを横並びで比較します。自社の規模や売り方に合うサービスはどれか、比較表と診断ツールもあわせて検討の材料にしてください。

自社に合うタイプを早く絞り込みたい場合は、本記事内の「30秒でできる選定診断」もあわせてご活用ください。

本記事の対象範囲（EC・通販の決済導入）

本記事は、自社のECサイトやネットショップ、カタログ・電話を含む通販で商品を販売している、またはこれから販売する事業者が、購入者からの代金を受け取るための決済代行サービスを選ぶことを対象にしています。

非対面のオンライン決済を自社の販売チャネルに導入する場面を想定しているため、実店舗の対面決済に使う決済端末や、企業間取引の請求書払い（掛け払い）を主な用途とするサービスは、別の記事で扱います。オンライン決済全体を幅広く比較したい場合は、実店舗やサブスクも含めた選び方を解説した関連記事もあわせてご覧ください。

通販の決済代行とは？仕組みと決済の流れ

通販の決済代行とは、通販事業者とクレジットカード会社・コンビニ・金融機関などの決済機関の間に決済代行会社が入り、複数の決済手段の契約・審査・決済処理・入金管理をまとめて引き受けるサービスです。事業者は決済代行会社1社と契約するだけで、カード決済やコンビニ払いなど複数の支払い方法を自社の通販サイトに導入できます。

個別契約と決済代行の違い（決済の流れ）

決済手段ごとに各決済機関と個別契約する場合、事業者はカード会社・コンビニ各社・キャリアなどと別々に審査・契約を行い、それぞれのシステムに接続し、入金のタイミングや手数料も個別に管理することになります。導入する決済手段が増えるほど、契約や経理の負担は大きくなります。

決済代行会社を利用すると、この部分が1本化されます。購入者が通販サイトで支払い方法を選ぶと、決済情報は決済代行会社を経由して各決済機関へ送られ、承認・決済処理が行われます。売上は決済代行会社でまとめられ、あらかじめ決められた入金サイクルで事業者の口座へ入金されます。事業者から見ると、契約も管理画面も入金も1つにまとまるのが大きな違いです。

個別契約と決済代行の違いを図にすると、次のようになります。

決済代行会社は決済の受付・処理だけでなく、カード情報を安全に扱うためのセキュリティ対策や、売上・入金データの提供、継続課金や請求管理といった決済まわりの業務の自動化も担います。どこまでの機能を提供するかはサービスによって幅があります。

通販で使える主な決済手段

通販の決済代行で導入できる主な決済手段には、次のようなものがあります。購入者の層によって使われる決済手段は異なるため、自社のお客様が使いたい手段を揃えられるかが導入時の重要な観点になります。

• クレジットカード決済：通販で最も利用の多い決済手段。本人認証やカード情報の保護など、セキュリティ対応が特に重要になります。
• コンビニ決済：カードを持たない購入者や、カード情報を入力したくない購入者に利用されます。前払い・後払いの運用があります。
• 銀行振込・ペイジー（Pay-easy）：法人の購入者や高額商品で使われることがあります。
• キャリア決済：携帯電話料金と合算して支払う方式で、若年層や少額決済で利用されます。
• QRコード決済・ID決済：PayPayや各種ペイ、Amazon Payなどの事業者向けオンライン決済。既存のアカウントで住所入力を省けるため、購入時の離脱を抑える効果が期待できます。
• 後払い決済：商品到着後に請求書やコンビニで支払う方式。未回収のリスクを決済会社が引き受けるサービスが中心で、初めて利用する通販サイトでの購入のハードルを下げます。

EC・通販に合う決済代行の選び方

ここからは、通販事業者が自社に合う決済代行を選ぶときに確認したい観点を解説します。費用は選定を左右する大きな軸ですが、内訳と総コストの考え方は次章で詳しく扱うため、本章ではそれ以外の観点を取り上げます。

購入者に合う決済手段が揃うか（カゴ落ちを防ぐ揃え方）

決済手段の不足は、購入直前の離脱（カゴ落ち）につながります。自社のお客様がどの決済手段を使いたいかを起点に、必要な手段を揃えられるサービスかを確認することが重要です。

判断の手がかりは、自社の購入者層です。たとえば若年層が中心ならキャリア決済やQRコード決済、法人向けなら銀行振込や請求書払い、高単価で初回購入のハードルが高い商材なら後払いが効果的です。すべての決済手段を最初から導入する必要はありませんが、主要な手段をカバーでき、後から追加できる拡張性があるかを見ておくと、事業の成長に合わせて対応できます。

ECカートとの連携・接続方式に無理がないか

すでに利用しているECカートやサイトに、無理なく決済を組み込めるかも重要です。EC-CUBEやShopify、WooCommerceなど主要なECプラットフォームに対応したプラグインやモジュールが提供されていれば、開発の負担を抑えて導入できます。

接続方式には、自社サイトに決済画面を組み込むAPI型（トークン型を含む）、決済代行会社の画面へ遷移するリンク型・画面遷移型などがあります。自社で開発体制があり購入体験を作り込みたい場合はAPI型、開発を最小限にしたい場合はリンク型が向きます。自社の開発リソースと、どこまで購入画面を自社でコントロールしたいかに合わせて選ぶとよいでしょう。

カード情報の保護・不正利用対策に対応しているか

通販でクレジットカード決済を扱う事業者には、法律上、カード情報の適切な管理と不正利用の防止が義務づけられています。割賦販売法は、カード番号等を取り扱う事業者に対し、その適切な管理のために必要な措置を講じることを求めています。

クレジットカード番号等取扱業者……は、経済産業省令で定める基準に従い、その取り扱うクレジットカード番号等……の漏えい、滅失又は毀損の防止その他のクレジットカード番号等の適切な管理のために必要な措置を講じなければならない。

出典：割賦販売法 第三十五条の十六第一項（クレジットカード番号等の適切な管理）｜e-Gov法令検索

あわせて、同法第三十五条の十七の十五は、カード番号等の不正な利用を防止するために必要な措置を講じることを事業者に求めています。施行規則では、その基準の一つとして、取引をしているのが正規のカード会員本人かどうかを適切に確認することが挙げられています。これが通販サイトでの本人認証の法令上の根拠です。

この義務を実務でどう満たすかを定めた指針が、クレジット取引セキュリティ対策協議会の「クレジットカード・セキュリティガイドライン」です。同協議会の資料では、このガイドラインの位置づけを次のように説明しています。

2020年4月以降運用している「クレジットカード・セキュリティガイドライン」は、割賦販売法で義務づけられているカード番号等の適切管理及び不正利用防止措置の実務上の指針として位置づけられている。

出典：クレジットカード・セキュリティガイドライン【5.0版】の主なポイントについて｜クレジット取引セキュリティ対策協議会（内閣府 消費者委員会 第440回本会議 資料2-3、2024年7月）

このガイドラインにもとづき、原則すべてのEC加盟店に対して、本人認証（EMV 3-Dセキュア）の導入が求められています。導入の期限は2025年3月末に設定され、以後は新規だけでなくすべてのEC加盟店が対象とされています。

2025年3月末までに、原則、全てのEC加盟店のEMV3-Dセキュアの導入

出典：クレジットカード・セキュリティガイドライン【5.0版】の主なポイントについて｜クレジット取引セキュリティ対策協議会（内閣府 消費者委員会 第440回本会議 資料2-3、2024年7月）

そのため、決済代行サービスを選ぶときは、EMV 3-Dセキュア（本人認証）に対応しているか、不正検知の仕組みがあるかを確認しましょう。あわせて、カード情報保護の代表的な手段として、自社でカード情報を保持しない「非保持化」や、国際的なセキュリティ基準であるPCI DSSへの準拠に対応しているかも確認しておくと安心です。

決済代行会社を利用すると、これらのセキュリティ対応を自社で一から用意せずに済む点もメリットです。

なお、ガイドラインは改定が重ねられており、最新版の要件は公式資料で確認してください。

出典・参考資料（3件）

• 出典：割賦販売法 第三十五条の十六・第三十五条の十七の十五｜e-Gov法令検索（https://laws.e-gov.go.jp/law/336AC0000000159）
• 出典：割賦販売法施行規則 第百三十二条・第百三十三条の十四｜e-Gov法令検索（https://laws.e-gov.go.jp/law/336M50000400095）
• 出典：クレジットカード・セキュリティガイドライン【5.0版】の主なポイントについて｜クレジット取引セキュリティ対策協議会（内閣府 消費者委員会 第440回本会議 資料2-3、2024年7月）（https://www.cao.go.jp/consumer/iinkai/2024/440/doc/20240716_shiryou2-3.pdf）

EMV 3-Dセキュアの義務化は、自社のサイトが対象になるか・いつまでに何を対応すべきか・未対応のまま放置するとどんなリスクがあるかまで押さえておくと安心です。対象範囲と対応内容を次の記事で詳しく解説しています。

サポート体制・導入実績は十分か

決済は売上に直結するため、トラブル時の対応や導入時のサポートは重要です。問い合わせ窓口の対応時間や、導入時の技術サポートの有無を確認しておきましょう。

導入実績も判断材料になります。自社と同じ業種や規模の通販での導入実績があるサービスは、同様の課題に対応してきた経験が期待でき、運用のイメージも持ちやすくなります。

ここまでの観点に加えて、決済だけでなく請求・回収・入金管理の流れまで見据えて選ぶ考え方を整理しておくと、導入後のミスマッチを防ぎやすくなります。次の資料では、決済サービスを「決済特化型」と「業務管理特化型」に分けて捉える整理の仕方や、自社の請求・回収フローの棚卸しの進め方、入金確認が別管理になるといった導入後に起こりやすい失敗とその防ぎ方がまとまっています。

費用・手数料の相場と総コストの見積もり方

決済代行の費用は、サービスや契約内容によって幅があります。ここでは費用の内訳と、自社の規模で総コストをどう見積もるかを整理します。

初期費用・月額費用・決済手数料の内訳

決済代行の費用は、主に次の3つで構成されます。

• 初期費用：契約・導入時にかかる費用。無料のサービスもあれば、数万円程度かかるサービスもあります。
• 月額費用（固定費）：毎月かかる基本料金。無料のサービスから、機能やプランに応じて月額が設定されるサービスまで幅があります。
• 決済手数料：決済1件ごと、または決済金額に対してかかる手数料。クレジットカードは決済金額に対する料率で設定されることが多く、コンビニ決済や後払いは手段ごとに料率や固定額が異なります。

金額の目安としては、決済手数料はクレジットカードで決済金額の3〜3.6%程度、コンビニ決済はおおむね2%台後半（1件あたりの固定額の場合もあります）、後払いは手段ごとに別の料率が設定されます。初期費用は無料〜数万円程度、月額費用は無料〜1万円程度のサービスが見られます。

このほか、売上を口座へ入金する際の振込手数料や、オプション機能の利用料がかかる場合があります。表に出にくいこうした費用も含めて確認すると、導入後の想定とのずれを防げます。決済手数料は決済手段ごとに異なり、多くのサービスが個別見積もりとしているため、具体的な料率は各サービスの比較表や公式情報で確認してください。

月間売上・決済件数から総コストを考える

費用を比べるときは、初期費用・月額費用・決済手数料を別々に見るのではなく、自社の規模に当てはめた総コストで考えると、実態に近い比較ができます。

目安になるのは、月間の売上規模と決済件数です。決済手数料は決済金額や件数に比例して増えるため、売上が大きいほど手数料の料率が総コストに効いてきます。一方、売上や件数がまだ小さい段階では、月額の固定費が重くなりがちです。

たとえば「月額が高めでも決済手数料の料率が低いサービス」と「月額無料で決済手数料がやや高いサービス」では、自社の月間売上がどの水準かによって有利・不利が入れ替わります。自社の想定する月間売上と決済件数を当てはめて、固定費と手数料の合計で比べるのがポイントです。

具体的に試算すると、月商100万円・決済500件の通販で決済手数料が3.5%なら、手数料は月あたり約3万5,000円です。これに固定費を足すと、月額1万円・手数料3.2%のサービスは合計約4万2,000円、月額0円・手数料3.6%のサービスは約3万6,000円となります。

この規模では月額無料型がやや有利ですが、売上と決済件数が増えて手数料の差額が月額の差を上回ると、月額固定費のある低料率型が有利に転じます。自社の見込みに近い数字で一度計算してみることをおすすめします。

通販に決済代行を導入するメリット

通販事業者が決済代行を導入する主なメリットは、次のとおりです。

第一に、複数の決済機関と個別に契約・審査・システム接続を行う手間を省けます。決済代行会社1社との契約で、カード・コンビニ・後払いなど複数の決済手段をまとめて導入できるため、導入までの時間とコストを抑えられます。

第二に、購入者が使いたい決済手段を揃えることで、決済手段の不足による購入の取りこぼしを減らし、売上機会の拡大につなげられます。第三に、複数の決済手段の売上・入金が1つの管理画面と入金サイクルにまとまるため、経理・消込の負担が軽くなります。加えて、カード情報の保護や不正利用対策といったセキュリティ対応を決済代行会社の仕組みで利用できる点も、自社で一から整備する負担を考えると大きな利点です。

導入時の注意点

一方で、決済代行には決済ごとに手数料がかかります。売上規模によっては手数料の負担が大きくなるため、総コストの見積もりが欠かせません。

また、売上が事業者の口座に入金されるまでには一定の期間があり、サービスによって入金サイクルが異なるため、資金繰りへの影響の確認が必要です。導入時には加盟店審査があり、申し込みからすぐに使えるわけではない点も、スケジュールに織り込んでおく必要があります。

自社に合う決済代行を診断する

自社の通販にどのタイプの決済代行が合うか、次の診断で絞り込めます。いくつかの質問に答えると、重視するポイントに合ったサービスの候補が表示されます。

【比較表】通販の決済代行サービスおすすめ比較

通販向けの主な決済代行サービスを、対応する決済手段・費用・接続方式・ECカート連携・入金サイクルなどの観点で横並びに比較します。サービス名をクリックすると、各サービスの詳しい紹介に移動できます。強み・利用目的の近いサービスごとに並べているので、自社の重視する点から候補を絞り込んでください。

各サービスの特徴（タイプ別）

ここからは、比較表で取り上げた決済代行サービスを、強み・利用目的のタイプ別に個別に紹介します。自社の通販に近いタイプから読むと、候補を絞り込みやすくなります。

多様な決済手段をまとめて導入できるタイプ

クレジットカードやコンビニ払い、QRコード決済など、幅広い決済手段を1契約でまとめて導入したい通販事業者に向くタイプです。総合型の決済代行サービスが中心で、対応できる決済手段の範囲や接続方式、料金体系で比較します。

同じ総合型でも、重視する点によって候補は分かれます。幅広い決済手段と実績を求める中堅〜大規模の通販にはGMOペイメントゲートウェイ・SBペイメントサービス・VeriTrans4G・ゼウス・ペイジェント、開発をかけずに小さく始めたい場合はPaysys・Square・アルファノートが代表的です。

自社開発でAPIを使って組み込みたい場合はStripe・PAY.JP・fincode、越境ECや多通貨対応ではKOMOJU・Omiseなどが挙げられます。いずれも自社の通販サイトへオンライン決済として導入できるサービスです。以下では掲載順に各サービスを紹介します。

1. Paysys（ペイシス）（株式会社ペイメントフォー）

株式会社ペイメントフォーが提供するPaysys（ペイシス）は、システム開発をせずに導入できるオンライン決済サービスです。管理画面から請求用のURLやQRコードを発行し、メール・SMS・LINEなどで取引先に案内するだけで、クレジットカード決済などを完結できます。

対応する決済手段は、クレジットカード5ブランド・PayPayオンライン決済・コンビニ決済・ペイジー・バーチャル口座（銀行振込）です。導入方式はメールリンク型・フォーム型・API連携型の3つで、事業の成長段階に合わせて使い分けられます。

料金は、BtoB向けの限定プランが初期費用0円・決済手数料〜1.99%、BtoC向けは売上規模に応じた個別見積もりです。本人認証のEMV 3-Dセキュアは追加費用なしで標準対応します。

開発を必要としない決済サービスが生まれた背景について、提供元の株式会社ペイメントフォーはインタビューで次のように語っています。

2. PGマルチペイメントサービス（GMOペイメントゲートウェイ株式会社）

PGマルチペイメントサービスは、GMOペイメントゲートウェイ株式会社が提供する総合決済サービスです。クレジットカードを中心に、コンビニ・キャリア決済・各種ID/QR決済・後払いなど30以上の決済手段を、1契約・1つのAPI接続で導入できます。

接続方式は、カード情報が加盟店システムを通らない画面遷移型の「リンクタイプ Plus」や、自社デザインの決済画面を作れる「OpenAPIタイプ」などを用意し、ecbeing・Shopify・Salesforce Commerce Cloudなどのカートにも対応します。継続課金は3方式、33の現地通貨に対応する多通貨カード決済も提供します。

中堅〜大企業・公的機関向けに、営業担当が個別にヒアリングして導入を支援する形態です。初期費用・月額費用・決済手数料は、取扱高や業種に応じた個別見積もりで、セキュリティはPCI DSS Ver4.0.1準拠・EMV 3-Dセキュア2.0に対応します。

3. SBペイメントサービス（SBペイメントサービス株式会社）

SBペイメントサービス株式会社は、ソフトバンク株式会社の100%子会社として決済代行を手がける事業者です。EC・実店舗向けに40ブランド以上の決済手段を、単一契約・単一接続で提供します。

クレジットカードのほか、ソフトバンクまとめて支払いなどのキャリア決済、PayPay・楽天ペイ・Amazon PayなどのQR/ID決済、コンビニ決済、NP後払いに対応します。加盟店システムとの接続はリンク型とAPI型の2方式で、継続課金は簡易型と定期・従量型を用意します。

料金は初期費用・月額固定費・決済手数料などの個別見積もりです。入金サイクルは基本が月2回で、入金回数を増やすオプションも用意されています。年間の決済取扱高は11.4兆円（2025年度実績）です。

4. VeriTrans4G（ベリトランス4G）（株式会社DGフィナンシャルテクノロジー）

VeriTrans4G（ベリトランス4G）は、株式会社DGフィナンシャルテクノロジー（旧ベリトランス株式会社）が提供する総合決済プラットフォームです。オンラインから実店舗まで、クレジットカード・コンビニ・キャリア決済・ID/QR決済など30種類以上の決済手段を、1契約・1つの管理画面で扱えます。

接続方式は、API接続、カード情報を自社サーバーに通さないトークン決済、決済画面へ遷移させるリンク決済、ECサイトなしで請求できるメールリンク決済から、開発体制に応じて選べます。継続課金ではカード情報の自動更新（洗替）に対応し、有効期限切れによる決済失敗を抑えます。

初期費用・月額費用・決済手数料は、いずれも導入する決済手段に応じた個別見積もりです。入金は一括精算形式で、月1回または月2回から選べます。セキュリティはPCI DSS V4.0.1準拠・EMV 3-Dセキュア2.0に対応します。

5. ゼウス（ZEUS）決済サービス（株式会社ゼウス）

株式会社ゼウスは、SBI FinTech Solutionsの連結子会社として1994年から決済代行を手がける事業者です。クレジットカードを中核に、コンビニ・キャリア決済・銀行決済・あと払いなどを一括で導入できます。

BtoC向けに加え、BtoB専用の「Bizクレカ」や、学会PAY・士業PAY・賃貸決済などの業種特化メニューを持ちます。接続方式はリンク型・トークン型・API型・メールリンク型・個別処理型の5種で、継続課金は標準機能としてカード有効期限の自動更新に対応します。

料金は、クレジットカード決済のBtoC基本プランで初期費用0円・月額3,000円（税抜）・決済手数料〜3.5%・売上処理料30円/件です。サポートは24時間365日の有人コールセンターが対応します。

6. ペイジェント（株式会社ペイジェント）

NTTデータと三菱UFJニコスが折半出資する株式会社ペイジェントが提供する決済代行サービスです。クレジットカード・コンビニ・キャリア決済・QRコード決済など20種類以上の決済手段を一括で導入できます。

接続方式は、モジュール（API）・リンク・メールリンク・SMS・売上管理ツール・トークンから開発体制に応じて選べます。API接続はJava・PHPなど5言語に対応し、EC-CUBE・Welcart・WooCommerce・Shopifyなど24件の連携サービスを公式に掲載しています。

料金は初期費用・月額固定費・決済手数料とも個別見積もりです。入金は通常が締め日から9営業日後で、早期入金オプションを使うと締め日から最短5営業日後に入金できます。多通貨決済は23通貨に対応し、加盟店へは円建てで一括入金されます。

7. KOMOJU（コモジュ）（株式会社KOMOJU）

KOMOJU（コモジュ）は、株式会社KOMOJU（旧・株式会社DEGICA）が提供するマルチチャネル決済プラットフォームです。国内外65以上の決済方法を1つのAPIで導入でき、韓国・中国・東南アジア・ヨーロッパなどの現地決済手段に対応する点から、越境ECや海外向け販売での利用を主な訴求点としています。

国内ではクレジットカード・コンビニ決済・PayPay・楽天ペイ・銀行振込などに対応します。Shopify・WooCommerce・Wix・EC-CUBEへはノーコードで導入でき、API・ホストページ・コード不要の決済リンクも用意します。

初期費用・月額費用は無料で、費用は決済手段ごとの手数料のみです（クレジットカード3.25%、コンビニ2.75%、銀行振込1.4%など）。入金サイクルは週次・月次から選べ、セキュリティはPCI DSS Level 1 v4.0準拠・ISO/IEC 27001認証取得です。

8. SP.LINKS（e-SCOTT Smart）（SP.LINKS株式会社）

SP.LINKS株式会社（旧・ソニーペイメントサービス株式会社）は、決済代行プラットフォーム「e-SCOTT Smart」を主力とする決済・収納代行会社です。クレジットカード決済代行に加え、コンビニ収納代行や口座振替も扱い、カード各社との直接接続による決済基盤を持ちます。

カード情報を事業者側で保持しない非通過型として、決済画面へ遷移するリンク決済、決済URLをメールで送るメールリンク決済、カード番号をトークン化するトークン決済の3方式を用意します。対応する決済・回収手段はクレジットカード・コンビニ・コード決済・口座振替・電子マネーなど11種類です。

初期費用・月額費用・手数料はいずれも業種・業態に応じた個別見積もりです。契約からリリースまでは最短2週間程度、標準で約1.5か月が目安です。セキュリティは2006年からのPCI DSS準拠に加え、ISMS（ISO/IEC 27001）とプライバシーマークを取得しています。

9. Square（スクエア）（Square株式会社）

Squareは、米国Block, Inc.傘下のSquare株式会社が提供するキャッシュレス決済サービスです。初期費用・月額固定費・振込手数料がいずれも0円で、決済ごとの手数料のみという料金体系を特徴とし、対面とオンラインの売上を1つのアカウントで管理できます。

通販向けには、メール・SMSで送れる決済リンク（Squareオンラインチェックアウト）、都度請求のSquare請求書、月額課金のSquareサブスクリプション、ネットショップ構築のSquareオンラインビジネスを用意し、いずれも自社ECサイトがなくても代金を回収できます。

オンライン決済の手数料は、決済リンク・eコマースAPI・サブスクリプションが3.6%、Square請求書が3.25%（カード・Apple Pay・Google Pay）です。入金は三井住友銀行・みずほ銀行の口座なら決済日の翌営業日、その他の金融機関は毎週水曜締め・金曜振込で、振込手数料はかかりません。

10. fincode byGMO（GMOイプシロン株式会社）

自社サービスへの決済機能の実装を前提とした、開発者・事業者向けのオンライン決済サービス（決済API）です。運営はGMOイプシロン株式会社で、REST API・SDK・テスト環境を登録後すぐ無料で使える点を中核に訴求します。

接続方式はトークン型・リダイレクト型・WEB UIコンポーネント・モバイルSDKの4種で、いずれもカード情報を自社で保持しません。コードを書かずに決済URLをメール送付できる「メールリンク」も標準で備えます。対応決済手段はクレジットカード・コンビニ・PayPay・Apple Pay・口座振替・銀行振込です。

初期費用・月額費用は0円で、クレジットカード決済手数料は3.6%〜、費用は決済手数料のみです。入金は月末締め・翌月末の月1回で、サブスクリプション課金やカード情報の自動更新（洗替）にも対応します。

11. アルファノート（アルファノート株式会社）

アルファノート株式会社は、実店舗向けの決済端末と非対面のWeb決済の両方を扱う国内の決済代行事業者です。実店舗を持たない事業者でもWeb決済だけで利用でき、サイトを介さないメールリンク決済・SMS決済・LINEリンク決済・CSV決済も提供します。

オンライン決済の接続方式は、自社サイトから決済ページへ遷移させるリンク型と、自社デザインの決済画面でカード情報をトークン化するトークン型の2種です。対応決済手段はクレジットカード・PayPay・Paidy・ペイジー・キャリア決済・コンビニ払いなどで、WooCommerceとの連携ページも用意します。

クレジットカード決済手数料は通常3.24%からで、中小事業者向けの導入応援プログラムの条件を満たすと2.48%が案内されます（対象ブランド・年間決済額の上限などの条件あり）。入金サイクルは月1回から月8回まで選べ、セキュリティはPCI DSS ver 4.0準拠です。

12. Stripe（ストライプジャパン株式会社）

Stripeは、米国発のストライプジャパン株式会社が日本で提供する決済プラットフォームです。APIベースの開発者向け実装からノーコードのPayment Linksまで幅広い導入形態を持ち、EC・SaaS・マーケットプレイスなどのオンラインビジネスを主な対象とします。

カード決済に加え、コンビニ決済・銀行振込・PayPayなどの国内決済手段に対応します。導入は、コード不要で決済リンクを作れるPayment Links、Stripeがホストするページに遷移するCheckout、UIを自社サイトに埋め込むElements、フルカスタムのAPIから選べ、継続課金（Billing）や不正対策（Radar）もモジュールとして提供します。

初期費用・月額費用はなく、カード・ウォレット決済は一律3.6%（コンビニ3.6%、銀行振込などは1.5%、PayPayは3.98%）の従量課金です。入金は日本では既定が手動で、週次・月次のスケジュールも選べます。195カ国・135通貨以上に対応します。

13. PAY.JP（PAY株式会社）

ネットショップ作成サービス「BASE」を運営するBASE株式会社の100%子会社、PAY株式会社が提供するオンライン決済サービス（決済API）です。自社のWebサービス・アプリにAPI/SDKでクレジットカード決済を組み込む、開発者・事業者向けの設計が特徴です。

対応カードは6ブランドで、Apple PayとPayPay（2026年初頭導入予定）にも対応します。サーバーサイドは5言語、モバイル/フロントは4つのSDKを用意し、cron不要で実装できる定期課金（サブスクリプション）やEMV 3-Dセキュアを備えます。

料金は月商規模に応じた3プラン制です。月額0円・手数料3.3%のスタンダードから、月額50,000円・手数料2.59%（Visa/Mastercard）のエンタープライズまであり、月商の拡大に合わせて手数料率が下がります。初期費用は0円、振込手数料は250円/回です。

14. GMOイプシロン（イプシロン決済サービス）（GMOイプシロン株式会社）

GMOイプシロン株式会社は、EC事業者向けのオンライン決済代行サービスを提供しています。クレジットカードのほか、コンビニ・ネット銀行・キャリア・後払い・PayPayなど複数の決済手段を、1つの契約・システム連携で導入できます。

makeshop・カラーミーショップ・Shopify・EC-CUBE・WooCommerceなど主要なECカートとの連携実績を持ち、接続設定を同社が代行する方式もあります。決済URLをメール・SMS・QRコードで案内するメールリンクサービスもオプションで用意します。

料金は初期費用0円、月額2,980〜9,980円（税抜）の定額プランで、クレジットカード手数料は月間売上に応じた段階制（最安2.79%）です。導入実績は公式サイトによると42,000社以上、セキュリティはPCI DSS完全準拠・ISO 27001・EMV 3-Dセキュア2.0に対応します。

15. ペイメントフォー 総合決済サービス（株式会社ペイメントフォー）

ペイメントフォー 総合決済サービスは、株式会社ペイメントフォー（旧・株式会社メタップスペイメント）が提供する決済代行サービスです。同社のリンク決済特化サービス「Paysys」とは別のプロダクトにあたります。EC決済・リアル店舗決済・家賃決済の3領域に対応し、会員管理・チケット発券・給与即時払いなど決済と連携する業務管理システムを自社開発している点を訴求します。

EC決済ではクレジットカード決済・コンビニ決済・銀行口座振替などに対応し、複数の決済手段を同一の管理画面でまとめて管理できます。

初期費用・月額費用・決済手数料は公開されておらず、いずれも要問い合わせです。対応決済手段の詳細や入金サイクルも個別の確認が必要です。

16. Omise（旧Opn Payments）（Opn株式会社）

Omise（旧Opn Payments）は、Opn株式会社が提供するオンライン決済プラットフォームです。クレジットカードを中心に、Pay-easy・コンビニ・PayPay・Google Payなどに対応し、EC-CUBE・Magento・Shopify・WooCommerceなど6種類のECカート向けプラグインとAPI・SDKを用意します。

決済手数料は入金までの保留期間で料率が変わる体系で、保留期間が長いほど低くなります。カード決済は保留21日で2.95%から、保留1日では4.55%からで、コンビニ・ネットバンク（Pay-easy）は0.50%＋150円から、PayPayは3.40%からです。

振込手数料は1回260円（受取口座が三井住友銀行なら無料）です。セキュリティはOmise自身がPCI DSS Level 1認定を取得し、カード番号はAES-256で暗号化して保存します。

17. ユニバペイ（UnivaPay）（株式会社ユニヴァ・ペイキャスト）

株式会社ユニヴァ・ペイキャストは、オンライン決済代行と対面のQRコード決済を扱う決済事業者です。主力はリンク決済・API連携・継続課金・分割払い・コールセンター決済などのオンライン決済で、アプリによる店頭決済も提供します。

国内のQRコード決済（PayPay・d払い・au PAY・メルペイなど）から海外ウォレット（Alipay+・WeChat Payなど）まで、1つの事業者で横断して接続できる点が特徴です。カードは6ブランドに対応します。

料率・初期費用・月額費用は公開されておらず、事業ごとの個別見積もりです。入金は月末締め・翌月末振込（振込手数料400円・税別）で、有料オプションの早期入金も用意します。

18. elepay（エレペイ）（ELESTYLE株式会社）

elepay（エレペイ）は、ELESTYLE株式会社が提供するマルチ決済プラットフォーム（決済ゲートウェイ）です。事業者と各決済会社の間に立ち、最大40種類以上の決済ブランドを一括で導入できる点を中核とし、対応領域はEC・サブスク・越境ECから飲食・無人販売などの対面まで広がります。

導入形態はAPI・SDKに加え、コード不要のEasy Checkout、決済リンク、請求書払い、QR・対面POSと幅広く、開発者向けドキュメントやサンドボックス環境も整えます。クレジットカード・QR/コード決済・交通系電子マネー・後払い・ウォレットに対応します。

初期費用・月額費用は0円で、手数料はQR/コード決済が3.24%〜、クレジットカードが3.6%〜です。2024年12月にPCI DSS Ver.4.0とISMS（ISO/IEC 27001:2022）を取得しています。

19. ルミーズ（REMISE）（イージャイズ株式会社）

1986年設立のイージャイズ株式会社（旧・ルミーズ株式会社）は、2001年に始めたEC向けの決済代行サービス「ルミーズ」を提供しています。クレジットカード・コンビニ・電子マネー・銀行・口座振替・コード決済などを一括で導入できます。

接続方式は、決済画面に遷移させるリンク式と、カード番号をトークンに置き換えるトークン式の2種で、いずれもEC店舗はカード情報を保持しません。カードは6ブランドに対応してEMV 3-Dセキュア2.0を標準対応し、EC-CUBE・Welcart・CS-Cartの名称を公式サイトに掲載しています。

初期費用・月額費用・決済手数料は、商材や決済手段によって異なる個別見積もりです。導入は最短5営業日で、セキュリティはPCI DSS V4.0.1準拠に加え、PCI P2PEの認定を複数取得しています。

20. テレコムクレジット（テレコムクレジット株式会社）

テレコムクレジット株式会社が運営するオンライン向けの決済代行サービスです。クレジットカード決済を中心に、銀行振込・電子マネー・口座振替・後払い・継続課金などの決済手段をまとめて導入でき、最短即日導入を主な訴求点とします。

クレジットカードは5大国際ブランドに対応し、PayPayオンライン決済、Yahoo!ウォレット、ショッピングクレジット（分割払い）なども扱います。退会まで自動で課金を続ける継続課金にも対応し、有料会員サイトや月額制サービスでの利用を想定します。

料金は、開設契約金20,000円〜・月額3,000円〜・決済手数料3.0%〜・売上処理料15円〜で、業種やシステムによって変わります。入金は月末締め・翌月10日払いです。個人事業主や無形サービスなど審査の通りにくい業種にも相談ベースで対応すると公式に案内しています。

21. ASJペイメント／ショッパーP（株式会社ASJ）

株式会社ASJは、自社カートに組み込む決済代行「ASJペイメント」と、決済代行付きショッピングカート「ショッパーP」の2つの形態でEC向け決済を提供します。ASJが事業者と各金融機関の間に入り、金融機関との契約を代行します。

ASJペイメントはクレジットカードを基本に、コンビニ・銀行振込/ペイジー・後払い（後払い.com）・口座振替・定期課金をオプションで追加できます。EC-CUBE（2.13〜4.3系）・Welcart向けの決済モジュールを無料提供し、カートに連携できない場合はメールリンク決済でも導入できます。

ASJペイメント単体は初期費用0円・月額5,500円・クレジットカード決済手数料3.1%（Diners 4.5%）、ショッパーPは初期費用15,840円・月額15,840円・手数料3.2%（VISA/Master）です（いずれも税込）。セキュリティはPCI DSS Ver.4.0 Level1準拠・3Dセキュア2.0に対応します。

22. ナチュラルペイメント（エクストライノベーション株式会社）

ナチュラルペイメントは、エクストライノベーション株式会社が提供する、オンラインクレジットカード決済を中心としたEC向けの決済代行サービスです。追加費用なしで、クレジットカード・モバイルSuica・楽天Edy・コンビニ・ペイジー・iD・WebMoneyの7種類の決済手段を一括導入できる点を訴求します。

物販商材向けの「スペシャルコース」と情報商材向けの「アドバンスコース」の2コース制で、継続課金（クレジットカードのみ）にも対応します。

料金は初期費用92,000円・月額8,900円（クレジットカード決済のみの場合は6,000円）で、クレジットカード決済手数料はスペシャルコースが3.6%、アドバンスコースが4.3%です。トランザクション料・取消手数料は無料です。

継続課金・定期通販（サブスク）に強いタイプ

定期購入やサブスクリプションなど、継続的に代金を回収するビジネスモデルの通販に向くタイプです。自動の継続課金や顧客・課金管理の機能が充実しているかが比較のポイントになります。

定期通販・サブスクに絞ってサービスを比べたい場合は、カード情報の自動更新（洗替）や決済失敗時のリトライなど、継続課金ならではの運用軸でサービスを比較した記事もあわせてご覧ください。

23. サブスクペイ（株式会社ROBOT PAYMENT）

定期購入やサブスクリプションなど、継続的な代金回収に特化した自動課金システムと顧客・契約管理のプラットフォームです。株式会社ROBOT PAYMENTが提供し、化粧品や食品の定期通販、会員制サービスなどで利用され、公式サイトによると累計導入は14,000社以上です。

課金周期は毎週・毎月・毎年などから選べ、1日単位の課金日指定や、商品ごとに異なる周期の設定にも対応します。決済に失敗した場合は7日ごとに最大2回まで自動でリトライし、カードの有効期限が切れる前には更新用URLを自動送信するため、継続課金で起きやすい決済失敗による回収漏れを抑えられます。

クレジットカードに加え、全国1,000以上の金融機関に対応する口座振替やコンビニ払いも使え、クレジットカードを持たない購入者からも継続的に代金を回収できます。クレジットカード決済手数料は2.5%〜（別途トランザクション費用7円/件）、口座振替は85円/件で、いずれもStandardプランでの金額です。初期費用・月額費用は個別見積もりのため、資料で確認してください。

後払い決済に特化したタイプ

商品到着後に支払う後払いを導入したい通販事業者に向くタイプです。未回収のリスクを決済会社が引き受けるサービスが中心で、初めて利用する通販での購入のハードルを下げる効果が期待できます。与信の方式や保証の範囲、手数料で比較します。

24. Paidy（ペイディ）（Paidy合同会社）

クレジットカードを持たない購入者でも、メールアドレスと携帯電話番号だけで利用できる後払い決済です。PayPal傘下のPaidy合同会社が提供し、消費者は購入分を翌月にまとめて支払うか、3・6・12回の分割払い（分割手数料無料）を選べます。

加盟店の費用は初期費用・月額費用ともに0円で、かかるのは決済手数料のみです（料率は非公開で個別見積もり、入金時に1回あたり550円・税込の入金手数料が差し引かれます）。入金は月末締め・翌月20日払いで、消費者の支払いが分割であっても加盟店はこのサイクルで立替入金を受けられます。

公式サイトでは大手ECを中心に70万店舗以上が導入していると案内されており、Shopifyなど主要なECカートにも対応しています。

25. NP後払い / atone（株式会社ネットプロテクションズ）

株式会社ネットプロテクションズは、2002年から未回収リスク保証型の後払い決済を提供してきた、後払い分野の先行事業者です。同社は、会員登録が不要で届いた請求書を後から支払う「NP後払い」と、携帯番号などで会員登録して翌月にまとめて支払う「atone（アトネ）」の2方式を提供しています。

いずれも、加盟店はネットプロテクションズから代金を立替払いで受け取り、消費者の支払い遅延や貸し倒れによる未回収リスクを同社が100%保証します（同社所定の審査を通過し、規約所定の除外事由がない取引が対象）。請求や回収の業務も同社が代行するため、加盟店は与信・請求・回収の手間を負いません。

NP後払いは初期費用0円で、月間取引額に応じた4段階プランがあり、総合手数料は2.9%〜5.0%です。会員型のatoneはプレミアムプランの決済手数料が2.5%からとされています。NP後払い（air含む）の導入店舗数は17.9万店舗（2026年3月31日時点）です。

26. スコア後払い（@払い）（株式会社SCORE）

「通販会社がつくった通販会社のための後払いサービス」を掲げるBtoC向けの後払い決済です。デジタルガレージグループのDGフィナンシャルテクノロジーが2024年7月に完全子会社化した株式会社SCOREが運営しています。

与信・請求・回収をSCOREが代行し、代金の未回収リスクを100%保証するリスク保証型のモデルです。購入者は商品到着後にコンビニや郵便局のほか、楽天ペイ・d払い・FamiPayなどでも支払え、利用限度額は55,000円（税込）です。

加盟店の初期費用は無料で、取引額に応じた4プランにより決済手数料は2.7%〜4.7%、月額固定費は0円〜45,700円（税別）です。入金は毎週・月2回・月1回から選べ、資金繰りに合わせて最短で毎週入金を受けられます。

27. 後払い.com（株式会社キャッチボール）

ECサイトに加え、カタログ通販や電話通販でも使える後払い決済です。東証プライム上場のスクロールグループに属する株式会社キャッチボールが提供し、購入者は全国のコンビニ・郵便局・銀行のほかPayPay請求書払いで代金を支払えます。

与信審査を通過し着荷が確認できた注文について、支払いがなくても代金を立替・保証し、請求書の発行から回収・督促・問い合わせ対応までをキャッチボールが代行します。与信はリアルタイムで判定され、ShopifyやEC-CUBE、メイクショップなどカート・受注管理46製品を含む55件のシステムと連携できます。

初期費用0円で、決済手数料・月額・請求書発行手数料まで公式サイトで公開されている点も特徴です。EC向けは取引額の目安別の4プランで、決済手数料2.8%〜4.8%、月額5,500円〜55,000円（税込）、請求書発行手数料は別途132円〜246円（税込・1件）です。導入実績は30,000店舗以上とされています。

通販への決済代行導入の流れと審査期間

決済代行の導入は、申し込みからすぐに使えるわけではなく、加盟店審査を経て稼働します。一般的な流れは次のとおりです。

1. 問い合わせ・申し込み：導入したい決済手段や想定する取扱高を伝え、見積もり・申し込みを行います。
2. 加盟店審査：決済代行会社や各決済機関が、事業内容・取扱商材・サイトの表記などを審査します。取り扱う商材によっては審査に時間がかかる場合があります。
3. システム接続・テスト：ECカートへのプラグイン導入やAPI連携を行い、テスト決済で動作を確認します。
4. 稼働開始：本番環境で決済の受付を開始します。

審査から稼働までの期間はサービスや決済手段、商材によって異なり、数週間から2か月程度を見込むケースが一般的です。繁忙期やキャンペーンに合わせて導入したい場合は、余裕を持ったスケジュールで申し込むことをおすすめします。具体的な審査期間は各サービスに確認してください。

導入の早さは申し込みの判断材料になりますが、審査の進め方については決済代行各社で考え方に幅があります。Paysysを提供する株式会社ペイメントフォーは、審査を急ぐことのリスクについてインタビューで次のように指摘しています。

まとめ

通販の決済代行は、複数の決済手段を1契約でまとめて導入し、契約・入金・セキュリティ対応の負担を軽くできるサービスです。選ぶときは、自社の購入者が使いたい決済手段を揃えられるか、使っているECカートに無理なく連携できるか、カード情報の保護や本人認証（EMV 3-Dセキュア）に対応しているか、そして自社の規模での総コストを基準に比較することが大切です。

本記事の比較表と診断を参考に、自社の通販に合うサービスの候補を絞り込み、気になるサービスは資料を取り寄せて詳細を確認してみてください。

よくある質問（FAQ）

Q. 通販の決済代行とは何ですか？

A. 通販の決済代行とは、通販事業者と各決済機関の間に決済代行会社が入り、複数の決済手段の契約・審査・決済処理・入金管理をまとめて引き受けるサービスです。事業者は決済代行会社1社と契約するだけで、クレジットカードやコンビニ払い、後払いなど複数の支払い方法を自社の通販サイトに導入できます。契約・管理画面・入金が1つにまとまるため、決済手段ごとに各社と個別契約・接続する手間を省けます。

Q. 通販の決済代行の手数料相場はどのくらいですか？

A. 通販の決済代行の費用は初期費用・月額費用・決済手数料で構成され、決済手数料はクレジットカードで決済金額の3%台が一つの目安です。初期費用・月額費用が無料で決済手数料のみというサービスもあれば、月額固定費がかかる代わりに手数料率を抑えたサービスもあります。

多くのサービスが取扱高や業種に応じた個別見積もりのため、自社の月間売上と決済件数を当てはめ、固定費と決済手数料の合計（総コスト）で比べると実態に近い比較ができます。

Q. 個人事業主でも通販の決済代行を導入できますか？

A. 通販の決済代行は、個人事業主でも導入できるサービスが多くあります。ただし導入には加盟店審査があり、取り扱う商材や事業形態によっては審査に通りにくい場合もあります。審査基準や必要書類はサービスごとに異なり、審査の通りにくい業種にも相談ベースで対応すると案内するサービスもあるため、個人事業主や開業前の導入可否は申し込み前に各サービスへ確認しておくと安心です。

Q. 通販の決済代行は申し込みから利用開始までどのくらいかかりますか？

A. 通販の決済代行は申し込んですぐ使えるわけではなく、加盟店審査を経て稼働するまで、数週間から2か月程度を見込むのが一般的です。導入する決済手段の数や取り扱う商材によって審査期間は変わり、最短数営業日で導入できるサービスもあります。繁忙期やキャンペーンの開始に合わせて導入したい場合は、余裕を持ったスケジュールで申し込んでください。

Q. 通販の決済代行はEC-CUBEやShopifyなどのECカートと連携できますか？

A. 通販の決済代行は、EC-CUBE・Shopify・WooCommerceなど主要なECカート向けのプラグインやモジュールを用意しているサービスが多く、開発の負担を抑えて連携できます。対応するカートやプラグインの範囲はサービスによって異なるため、利用中のカートに対応しているかを事前に確認するとスムーズです。

接続方式は、自社サイトに決済を組み込むAPI型（トークン型を含む）と、決済画面へ遷移するリンク型があり、購入画面を自社で作り込みたいならAPI型、開発を最小限にしたいならリンク型が向きます。

Q. 通販の決済代行は後払いや定期通販（サブスク）の継続課金に対応できますか？

A. 通販の決済代行は、後払い決済や定期通販・サブスクリプションの継続課金にも対応できます。幅広い決済手段を1契約でまとめて導入できる総合型のほか、自動の継続課金や顧客・契約管理に強いタイプ、未回収リスクを決済会社が保証する後払いに特化したタイプもあります。定期購入が中心なら自動課金やカード有効期限の自動更新（洗替）の有無を、後払いを入れたいなら保証の範囲や与信の方式を確認して選ぶとよいでしょう。

Q. 通販の決済代行を導入するのにECサイトは必要ですか？

A. 通販の決済代行は、自社のECサイトがなくても導入できるサービスがあります。管理画面で発行した決済用のURLやQRコードをメール・SMS・LINEなどで購入者に送る「メールリンク型」や、請求書払いに対応したサービスなら、ネットショップを構えていなくても代金を回収できます。カタログ通販や電話通販での利用にも対応するサービスがあります。

Q. 通販の決済代行ではクレジットカード情報を自社で管理する必要がありますか？

A. 通販の決済代行を使えば、自社でカード情報を保持しない「非保持化」で運用でき、カード情報を自社で管理する必要は原則ありません。多くのサービスが、決済画面へ遷移させるリンク型や、カード番号をトークンに置き換えるトークン型など、カード情報が自社システムを通らない接続方式を用意しています。これにより、国際的なセキュリティ基準であるPCI DSSへの対応の負担も軽くなります。

Q. 通販の決済代行はEMV 3-Dセキュア（本人認証）に対応していますか？

A. 通販の決済代行の多くは、本人認証の仕組みであるEMV 3-Dセキュアに対応しています。クレジットカード・セキュリティガイドラインにもとづき、2025年3月末までに原則すべてのEC加盟店にEMV 3-Dセキュアの導入が求められているため、カード決済を扱う通販事業者にとって対応は必須です。

標準で追加費用なく対応するサービスもあれば、オプション扱いのサービスもあるため、対応の有無と費用は選定時に確認してください。

出典・参考資料（1件）

• 出典：クレジットカード・セキュリティガイドライン【5.0版】の主なポイントについて｜クレジット取引セキュリティ対策協議会（内閣府 消費者委員会 第440回本会議 資料2-3、2024年7月）（https://www.cao.go.jp/consumer/iinkai/2024/440/doc/20240716_shiryou2-3.pdf）

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