EC決済代行サービスおすすめ18選｜ECカート連携と手数料で選ぶ比較

ネットショップにクレジットカードやコンビニ払い、キャリア決済、後払いといった支払い方法を増やしたいものの、カード会社や各決済事業者と1社ずつ契約・審査を進める手間に頭を悩ませていませんか。決済手段が足りずにカゴ落ち（購入直前の離脱）が起きたり、逆に増やしすぎて管理が煩雑になったりと、EC運営のなかで決済まわりは後回しにしづらい課題です。

複数の支払い方法を1社にまとめて任せられるのが、EC決済代行サービスです。とはいえ各社で決済手数料・初期費用・入金サイクル・対応できるECカートは大きく異なり、自社のECにどのサービスが合うのかは一見して分かりにくいのが実情でしょう。

本記事では、EC決済代行サービスの役割と必要性を押さえたうえで、主要18サービスをECカート連携・決済手数料・入金サイクル・対応決済手段で比較します。多機能な大規模EC、定期購入・サブスク、後払い重視、低コストでのスモールスタートという事業モデル別の選び方も整理しました。自社のネットショップに合う依頼先を見極める材料としてご活用ください。

また、自社の状況に合わせて最適なサービスを最短で見つけられるよう、「30秒で終わる選定診断ツール」をご用意しています。ぜひこちらもご活用ください。

本記事の対象範囲（ECサイトの決済を任せたい方へ）

本記事は、自社で運営するECサイト・ネットショップに決済機能を導入・見直ししたい事業者に向けて、ECサイトへ組み込めるオンライン決済代行サービスを比較します。クレジットカード・コンビニ払い・キャリア決済・後払いなど複数の支払いを1社にまとめて導入でき、利用中のECカートに連携できるサービスを中心に取り上げます。

実店舗のPOSレジ・対面決済を主目的とするサービスや、企業間取引の掛け払い（請求書払い）を専業とするサービスは、選び方や比較軸が異なるため、別の記事で扱っています。実店舗も含めた決済全体の比較や、掛け払いに特化した比較は、それぞれの関連記事をご覧ください。

EC決済代行とは？自社のECサイトになぜ必要か

EC決済代行とは、ネットショップで必要になる複数の支払い方法を、事業者に代わって一括で導入・運用できるようにするサービスです。本来は決済手段ごとに必要になる契約・審査・システム接続を、決済代行会社との1本の契約に集約できる点が核になります。

個別に契約する場合と決済代行を使う場合の違いを図で整理すると、次のようになります。

決済代行サービスが担う役割と仕組み

決済代行会社は、ECサイトと各決済手段の提供元（カード会社やコンビニ、キャリアなど）の間に立ち、決済に関わる処理を仲介します。利用者がカード情報を入力してから、カード会社への与信確認、売上の確定、代金の回収、事業者への入金までの一連の流れを、1つの管理画面と1本の契約で扱えるようにするのが基本的な仕組みです。

事業者側は、決済代行会社が用意する決済画面や接続用のプログラムを自社のECサイトに組み込むことで決済機能を追加できます。カード情報の取り扱いについても、決済代行会社の仕組みを通すことで、カード番号を自社のサーバーに保存せずに済む構成を取りやすくなります。

複数の決済手段を1社にまとめるメリット

1つ目は、契約・審査の一本化による導入負担の軽減です。決済手段ごとに書類準備や審査が発生する個別契約に対し、決済代行では申し込みと審査をまとめて進められるため、立ち上げまでの事務作業を圧縮できます。

2つ目は、決済手段の幅を広げられることです。利用者が使いたい支払い方法が用意されていないと、購入直前での離脱（カゴ落ち）につながります。クレジットカードに加えてコンビニ払いや後払い、QRコード決済などを揃えることで、幅広い購入者の支払いニーズに応えられます。

3つ目は、入金管理の一元化です。決済手段ごとに入金日や明細がばらばらだと経理処理が煩雑になりますが、決済代行では複数手段の売上を1つの明細・入金にまとめられるため、売上の照合や資金管理がしやすくなります。

ECサイトで対応したい決済手段の種類

EC決済代行を選ぶ前に、自社のECサイトでどの支払い方法を用意すべきかを押さえておくと、必要な対応範囲が明確になります。ネットショップでよく使われる決済手段は、おおむね次の6種類です。

クレジットカード決済は、EC利用者が最も多く使う支払い方法で、ほぼすべてのECサイトで必須といえます。VisaやMastercardなど主要ブランドへの対応が基本となります。コンビニ決済は、カードを持たない利用者や、カード情報を入力したくない利用者が選ぶ支払い方法で、注文後に発行される番号をもとに店頭で支払います。

キャリア決済は、携帯電話の利用料金とまとめて支払う方式で、若年層やスマートフォン中心の購入者に利用されます。電子マネー・ウォレット決済は、各種電子マネーやオンラインウォレットを使う方法で、少額決済や定期的な購入で選ばれる傾向があります。

QRコード決済は、スマートフォンアプリを使った支払いで、対応アプリの利用者層を取り込めます。後払い（BNPL）は、商品が届いた後に請求書やアプリで支払う方式で、カードを使いたくない利用者の購入ハードルを下げられる一方、未回収のリスクを決済代行側が保証する仕組みのサービスもあります。

自社の顧客層や商材に照らして、どの決済手段が必要かを整理しておくと、後述の比較で「対応できる決済手段の範囲」を見極めやすくなります。

EC決済代行サービスの選び方（比較する軸）

ここからは、自社のECに合うサービスを見極めるための比較軸を解説します。どの軸をどの程度重視するかは事業モデルによって変わるため、自社の状況に当てはめながら確認してください。

利用中のECカートに連携できるか

EC決済代行を選ぶうえで、まず確認したいのが、利用中（または導入予定）のECカートに連携できるかどうかです。Shopify・EC-CUBE・MakeShop・カラーミーショップ・futureshopといった主要なECカートは、それぞれ連携できる決済代行サービスが決まっています。いくら機能や手数料が魅力的でも、自社のカートに対応していなければ導入できません。

確認の方法は2通りあります。決済代行会社の公式サイトにある「対応カート一覧」を見るか、利用中のECカート側が公開している「決済連携一覧」を確認するかです。自社がパッケージやフルスクラッチでECサイトを構築している場合は、接続用プログラム（API）での連携可否と、開発にかかる工数も見ておく必要があります。

決済手数料・初期/月額費用・入金サイクル

費用面では、決済手数料（売上に対する料率）・初期費用・月額費用・入金サイクルの4点を押さえておきましょう。決済手数料は売上が増えるほど金額が大きくなるため、取扱高の大きいECでは料率の差が利益に直結します。一方、取扱高がまだ小さいうちは、初期費用・月額費用の負担のほうが重く感じられることもあります。

入金サイクルは、売上が事業者に振り込まれるまでの期間です。入金が遅いと、仕入れや広告費の支払いとの間に資金の立て替えが必要になり、資金繰りに影響します。月に何回入金されるか、締めから入金までが何日かを確認し、自社のキャッシュフローに合うかを見ておきましょう。実際の料率や費用の相場、総額の考え方は後の章で具体的に整理します。

対応できる決済手段の範囲

前章で整理した決済手段のうち、自社の顧客が使う支払い方法に対応しているかを確認しましょう。多くのサービスはクレジットカードに対応していますが、コンビニ払い・キャリア決済・後払い・QRコード決済への対応状況はサービスごとに差があります。

とくに定期購入・サブスクを扱うECでは継続課金への対応が、後払いを主力にしたいECでは未回収を保証する後払いへの対応が欠かせません。越境ECを視野に入れる場合は、海外発行カードや多通貨決済への対応も確認軸になります。自社の商材と販売方法に必要な決済手段を、過不足なくカバーできるかで判断します。

接続方式（リンク型・トークン型・API型・データ転送型）

決済代行サービスをECサイトに組み込む方式にはいくつかの種類があり、必要な開発工数とカード情報の扱いが変わります。代表的なのは次の4方式です。

リンク型は、決済代行会社の決済画面に遷移させる方式で、開発の負担が最も軽く、カード情報を自社サイトで扱いません。トークン型は、自社サイトのデザインを保ちつつ、カード情報を暗号化した文字列（トークン）に置き換えて送る方式です。

API型は、接続用プログラムで柔軟に組み込む方式で、カスタマイズ性が高い一方、開発工数とカード情報保護の責任が大きくなります。データ転送型は、売上データをまとめて連携する方式で、大量の取引を扱う大規模ECで使われます。

自社のECサイトの構築方法と、かけられる開発リソースに合わせて、無理なく導入・運用できる方式を選ぶことが重要です。

セキュリティ・信頼性・サポート

カード情報を扱うECサイトには、法令にもとづくセキュリティ対応が求められます。割賦販売法は、クレジットカード番号等を取り扱う事業者に対し、情報の漏えいや不正利用を防ぐための措置を義務づけています。EC加盟店もこの義務の対象で、同法第35条の16はカード番号等の適切な管理を、第35条の17の15は不正な利用の防止を求めています。

これらの法律上の義務に対して、具体的に何をすればよいかの実務指針となるのが、クレジット取引セキュリティ対策協議会がまとめる「クレジットカード・セキュリティガイドライン」です。EC加盟店のカード情報保護対策としては、カード情報を自社で保持しない「非保持化」、または保持する場合はセキュリティ基準「PCI DSS」への準拠が指針として示されています。

決済代行サービスを利用してカード情報を自社サーバーに持たない構成を取ることが、この非保持化を実現する代表的な手段です。

不正利用の防止策としては、同ガイドラインがEC加盟店に本人認証「EMV 3-Dセキュア」の導入を指針対策として求めています。2025年3月末が原則的な導入期限とされ、現在はEC加盟店が実施すべき標準の対策として位置づけられています。ガイドラインは、EC加盟店が講じる不正利用防止策を次のように定めています。

①EC 加盟店の指針対策【指針対策】　不正利用防止策として、オーソリゼーション処理の体制整備、加盟店契約上の善良なる管理者の注意義務の履行、EMV 3-D セキュアの導入及び適切な不正ログイン対策を実施する。

出典：クレジットカード・セキュリティガイドライン【6.1版】｜クレジット取引セキュリティ対策協議会（2026年3月）

決済代行サービスを選ぶ際は、PCI DSSへの準拠状況や、本人認証・不正検知の仕組みを備えているかを確認します。あわせて、トラブル時の問い合わせ窓口や導入時のサポート体制も、安心して運用を任せられるかの判断材料になります。

出典・参考資料（3件）

• 出典：割賦販売法（昭和三十六年法律第百五十九号）第35条の16・第35条の17の15｜e-Gov法令検索（https://laws.e-gov.go.jp/law/336AC0000000159）
• 参考資料：クレジットカード・セキュリティガイドライン【6.1版】｜クレジット取引セキュリティ対策協議会（https://www.j-credit.or.jp/security/document/index.html）
• 参考資料：PCI DSS｜PCI Security Standards Council（https://www.pcisecuritystandards.org/standards/pci-dss/）

EC決済代行の手数料・費用はいくら？総額の考え方

EC決済代行の費用は、決済手数料・初期費用・月額費用・振込（入金）手数料の組み合わせで決まります。ここでは、各費用の相場観と、総額で見たときの考え方を整理します。

決済手数料は、クレジットカードでおおむね3%台が一つの目安ですが、取扱高や業種、審査結果によって個別に決まるため、公表されていないサービスも少なくありません。初期費用・月額費用は、無料のサービスから、数千円〜数万円の月額がかかるサービスまで幅があります。振込手数料は、入金のたびに一定額が差し引かれる場合があるため、入金回数とあわせて確認します。

重要なのは、料率と月額費用のどちらが総額に効くかが、取扱高によって変わる点です。月商が小さいうちは、料率が多少高くても月額無料のサービスのほうが総額を抑えられることがあります。逆に月商が大きくなると、わずかな料率差でも手数料の総額が膨らむため、料率の低いサービスが有利になります。

自社の現在と将来の月商を想定し、料率と固定費のバランスで総額を見積もることが、費用面で失敗しないポイントです。

たとえば、決済手数料3.6%で月額0円のサービスと、決済手数料3.0%で月額5,000円のサービスを比べてみます。月商100万円なら前者の手数料は月3万6,000円、後者は3万5,000円（手数料3万円＋月額5,000円）でほぼ同じです。

月商500万円では前者が18万円、後者が15万5,000円（15万円＋5,000円）となり、固定費のある低料率サービスのほうが月2万5,000円ほど安くなります。自社の月商がどのあたりで両者が逆転するかを把握しておくと、長く使える依頼先を選べます。

各サービスの具体的な料率・初期費用・月額費用・入金サイクルは、後述の比較表とサービス個別紹介で整理しています。公表されていない項目は「要お問い合わせ」としていますので、候補を絞ったうえで見積もりを取得して比較してください。

費用は総額で見積もることが大切ですが、手数料や決済種別の比較だけでは自社に合うかを判断しきれないこともあります。自社の請求・回収フローの棚卸し方や、取引形態（単発・継続）に応じた決済手段の選び方、導入後に起きやすい失敗とその防ぎ方まで、請求・回収・入金管理を見据えた選定の考え方を整理した資料もあわせてご覧ください。

事業モデル・強み別のタイプと選び方

EC決済代行サービスは、得意とする事業モデルや強みによって、大きく4つのタイプに分けられます。自社のECがどのタイプに当てはまるかを確認すると、候補を効率よく絞り込めます。

多様な決済手段・多機能タイプ（大規模EC向け）

クレジットカード・コンビニ・キャリア・電子マネー・QRコードなど幅広い決済手段を1社で揃えられ、多様なECカートや基幹システムとの連携にも対応できるタイプです。取扱高が大きく、顧客の支払いニーズを幅広くカバーしたい大規模ECや、複数ブランド・複数サイトを運営する事業者に向いています。接続方式の選択肢も豊富で、自社の構築方法に合わせて柔軟に導入できます。

継続課金・サブスク対応タイプ

定期購入やサブスクリプションの自動継続課金、課金管理に強みを持つタイプです。毎月・毎年など決まった周期で自動的に決済を行い、カードの有効期限切れや決済失敗時の再請求といった継続課金特有の運用を支援します。定期通販・会員制サービス・サブスクECなど、継続的な売上を扱う事業者に適しています。

後払い（BNPL）特化タイプ

商品到着後に支払う後払いに特化し、未回収リスクを保証する仕組みを持つタイプです。カードを持たない・使いたくない利用者の購入ハードルを下げ、カゴ落ちを防ぐ効果が期待できます。与信や請求書の発行、未回収時の保証までを代行会社が担うため、後払いを主力の決済手段にしたいECに向いています。

低コスト・スモールスタートタイプ

初期費用・月額費用を抑えて始められ、主要なECカートにすぐ連携できるタイプです。審査や導入の手続きが簡素で、短期間で決済機能を立ち上げられるものが多く見られます。これからECを立ち上げる小規模事業者や、まずコストを抑えて決済を始めたい事業者に適しています。

とはいえ、自社がどのタイプに当てはまるかの判断が難しいこともあります。そうしたときは、以下の選定診断ツールをお使いください。いくつかの質問に答えるだけで、自社の条件に近いサービスを絞り込めます。

30秒で終わる選定診断ツール

【比較表】主要EC決済代行サービスの比較

ここからは、自社の課題や要件に合わせた客観的な比較・選定ができるよう、主要なEC決済代行サービス18社を、決済手数料・初期/月額費用・入金サイクル・対応決済手段・対応ECカート・接続方式・継続課金/後払い対応・本人認証の観点で横並びに整理します。

※上記は各サービスの一般的な機能・費用の傾向です。実際の料率・費用・対応状況は、取扱高や契約条件によって異なる場合があるため、各社の最新情報をご確認ください。

おすすめのEC決済代行サービス（タイプ別・サービス個別紹介）

比較表で取り上げたサービスを、事業モデル・強み別のタイプごとに個別で紹介します。各サービスの対応決済手段・費用・対応ECカート・特徴を確認し、自社に合う候補を絞り込んでください。

多様な決済手段・多機能タイプ（大規模EC向け）

幅広い決済手段と多様な連携に対応し、取扱高の大きいECを支える多機能なサービスです。

1. PGマルチペイメントサービス（GMOペイメントゲートウェイ株式会社）

GMOペイメントゲートウェイ株式会社が提供する、クレジットカードからコンビニ・キャリア・各種ID/QR決済・後払いまで30以上の決済手段を1契約・1接続で導入できるオンライン総合決済サービスです。中堅から大企業、公的機関を対象に、営業担当が個別にヒアリングしたうえで導入プランを提案する形を取ります。

システムとの接続はOpenAPI・プロトコル型・リンク型など複数の方式から選べ、開発者向けドキュメント「マルペイDocs」やトークン化SDK、無償のテスト環境も用意されています。クレジットカードの継続課金は一括決済・一括オーソリ・自動売上の3方式に対応し、33の現地通貨で受けた売上を円建てで入金する多通貨決済も扱えます。

決済処理環境はPCI DSS Ver4.0.1に準拠し、EMV 3-Dセキュア2.0やカード情報の非保持化にも対応します。初期費用・月額費用・決済手数料はいずれも取扱高や決済手段に応じた個別見積りのため、公式サイトに料金の掲載はなく要問い合わせです。

2. SBペイメントサービス（SBペイメントサービス株式会社）

ソフトバンク株式会社の100%子会社であるSBペイメントサービス株式会社が運営する決済代行サービスです。クレジットカード・キャリア決済・QR/ID決済・コンビニ・後払いなど40ブランド以上の決済手段を、単一の契約・接続で導入できます。

複数の決済手段の入金を一本化でき、入金の頻度は契約内容に応じて設定します。継続課金は簡易型と定期・従量型の2方式に対応し、カード情報を毎月更新する洗替サービスで、有効期限切れによる決済失敗も抑えられます。

システムとの接続はAPI型・リンク型の2方式があり、加盟店専用のテスト環境も利用できます。初期費用・月額費用・決済手数料は決済手段や取扱高によって変わる個別見積りのため、公式に料金の掲載はなく要問い合わせです。

3. ペイジェント（株式会社ペイジェント）

株式会社NTTデータと三菱UFJニコスの折半出資で設立された株式会社ペイジェントが提供する決済代行サービスです。クレジットカード・コンビニ・銀行ネット決済・口座振替・キャリア決済・後払い・各種QR決済など20種類以上の決済手段に対応し、複数手段の売上を一本化して入金できます。

事業者側の接続方式は、API（モジュール）・リンク・メールリンク・SMS・売上管理ツール・トークンの6種類から開発体制に応じて選べます。API接続ではJava・PHP・Ruby・.NET・Perlの5言語のモジュールが用意されています。

入金は通常で毎月末締めの翌月9営業日後ですが、早期入金オプションでは締め日から最短5営業日後に入金されます。継続課金やカード情報の自動更新、23通貨に対応する多通貨決済（加盟店へは円建てで一括入金）にも対応します。初期費用・月額費用・決済手数料は要問い合わせです。

4. VeriTrans4G（株式会社DGフィナンシャルテクノロジー）

株式会社DGフィナンシャルテクノロジー（旧ベリトランス）が提供する総合決済プラットフォームです。クレジットカード・コンビニ・キャリア・ID/QR・電子マネー・銀行系・後払い・越境まで30種類以上の決済手段を、1契約・1つの管理画面で導入・運用できます。

接続方式はAPI・トークン・リンク（ポップアップ／画面遷移）・メールリンクから選べ、カード情報の非保持化の要件や開発体制に合わせて導入できます。都度課金と継続課金の両方に対応し、カード情報の自動更新で有効期限切れによる決済失敗も抑えます。

決済処理環境はPCI DSS Ver4.0.1に準拠（2025年11月更新と会社概要に記載）し、EMV 3-Dセキュア2.0にも対応します。契約は法人のみが対象で、初期費用・月額費用・決済手数料は導入する決済手段に応じた個別見積りのため要問い合わせです。

5. SP.LINKS（SP.LINKS株式会社）

旧ソニーペイメントサービスから2025年10月に商号変更したSP.LINKS株式会社が運営する、決済代行プラットフォーム「e-SCOTT Smart」を軸にしたサービスです。クレジットカード決済代行に加え、コンビニ収納代行や口座振替まで1社で提供します。

カード情報を事業者側に通さない非通過型決済として、決済画面へ遷移するリンク決済、決済URLをメールで送るメールリンク決済、カード番号をトークン化するトークン決済の3方式を用意しています。ECサイトを持たない事業者でも、管理画面からURLを発行して非対面決済を始められます。

PCI DSSには2006年から準拠し、ISMS（ISO/IEC 27001）やプライバシーマークも取得しています。契約からサービス開始までは最短2週間程度、標準で約1.5か月程度が目安です。初期費用・月額費用・手数料は業種や取扱規模により異なる個別見積りで、公式に料金の掲載はありません。

6. ゼウス（ZEUS）決済サービス（株式会社ゼウス）

SBI FinTech Solutions（SBIグループ）傘下の株式会社ゼウスが提供する、1994年設立の決済代行サービスです。クレジットカードを中核に、コンビニ・キャリア・銀行（振込・ペイジー・口座振替）・後払い・端末決済まで幅広い手段をまとめて導入できます。

学会PAY・士業PAY・賃貸決済・サブスクリプション決済といった業種特化メニューや、企業間取引向けのBtoB決済（Bizクレカ・Biz口振など）も展開しています。継続課金は標準機能として用意され、カード有効期限の自動更新により有効期限切れでの決済失敗を防ぎます。

クレジットカード決済のBtoC向けプランは初期費用0円・月額3,000円（税抜）・決済手数料〜3.5%で、決済成功時のみ売上処理料30円がかかります。サポートは24時間365日の有人コールセンターが事業者・購入者の双方に対応します。

7. ルミーズ（Remise）（ルミーズ株式会社）

1986年に設立されたルミーズ株式会社のサービスです。クレジットカード（国際6ブランド）を軸に、コンビニ・電子マネー・銀行・キャリア・後払い（Paidy）・口座振替・PayPayオンライン決済などを1契約で導入できます。

EC（オンライン）だけでなく、実店舗向け（pCAT）やコールセンター向け（MOTO）、自動精算機・IoT決済まで対面・非対面の双方をカバーします。カード情報を端末からの送信区間で暗号化するPCI P2PE（Point-to-Point Encryption）のソリューション認定を複数保有し、PCI DSS V4.0.1にも準拠（2024年12月認定）しています。

導入実績は20,000社以上（2026年5月時点）で、申し込みからサービス開始までは最短5営業日とされています。初期費用・月額費用・決済手数料は商材や決済手段により変わり、公式サイトに掲載はないため問い合わせが必要です。

継続課金・サブスク対応タイプ

定期購入・サブスクの自動継続課金と課金管理に強みを持つサービスです。

8. サブスクペイ（株式会社ROBOT PAYMENT）

サブスクペイは、株式会社ROBOT PAYMENTが運営する、継続課金型ビジネスに特化した決済・顧客管理システムです。クレジットカード・口座振替・コンビニ決済・銀行振込・メールリンク決済など多様な支払い方法を1つの管理画面で一元管理でき、毎月変動する金額の定期課金にも対応します。

定期購入で課題になりやすい代金の回収漏れに対して、決済が失敗した際は7日ごとに最大2回まで自動で再決済を行い、残高不足のときは他の決済手段へ自動で切り替えます。カードの有効期限が切れる前には更新用URLを自動で送付し、継続課金が途切れにくい仕組みを備えています。

初期費用・月額費用はStandard・Professional・インボイスの3エディションごとに都度見積りで、クレジットカード決済手数料は2.5%〜、口座振替は1件85円〜です。累計14,000社以上の導入実績（公式サイト表記）があり、PCI DSS 4.0.1準拠や3Dセキュア2.0の標準対応といったセキュリティ面も公式に明示しています。

9. Stripe（ストライプジャパン株式会社）

Stripeは、ノーコードの決済リンクからAPIによるフルカスタム実装まで、幅広い導入形態を選べるオンライン決済プラットフォームです。米国のStripe, Inc.が開発し、日本ではストライプジャパン株式会社が提供しています。クレジットカードに加え、コンビニ決済・銀行振込・PayPayなど国内の決済手段にも対応します。

継続課金はStripe Billing（継続課金管理）機能が担い、サブスクリプションの請求書発行や、決済が失敗した際の自動再試行（Smart Retries）、有効期限切れカードの自動更新などに対応します。使用量に応じた従量課金の計測機能も備え、定額・従量いずれの課金モデルを扱えます。

料金は初期費用・月額費用がなく、取引が発生した分のみ課金される従量制です。国内発行カードの決済手数料はブランドやカード種別を問わず一律3.6%で、継続課金のBillingを使う場合は取引額に対して0.7%が加算されます。

後払い（BNPL）特化タイプ

未回収リスクの保証を含め、後払いを主力にしたいECを支えるサービスです。

10. NP後払い／atone（株式会社ネットプロテクションズ）

株式会社ネットプロテクションズが2002年に国内で初めて提供を開始した、未回収リスク保証型の後払い決済サービスです。会員登録が不要で請求書払いに対応する「NP後払い」と、携帯番号で会員登録し翌月にまとめて支払う会員型の「atone（アトネ）」の2方式を展開しています。

加盟店は代金を立替払いで受け取れ、消費者の支払い遅延や貸し倒れによる未回収リスクは同社が保証します。保証の対象は、同社の審査を通過し、規約所定の除外事由がない取引です。与信・請求・回収の業務も同社が代行します。

支払い手段は全国のコンビニ・銀行・郵便局・スマホ決済に対応し、NP後払いでは消費者は会員登録なしで利用できます。事業者向けの手数料は月間取引額に応じた4プラン制で、総合手数料2.9%〜5.0%（初期費用0円、プランAは月額固定費0円）です。

11. スコア後払い（@払い）（株式会社SCORE）

「通販会社がつくった通販会社のための後払いサービス」をキャッチコピーに掲げる、BtoC向けの後払い決済代行サービスです。運営する株式会社SCOREは、2024年7月に株式会社DGフィナンシャルテクノロジー（DGFT）の完全子会社となりました。

与信・請求・回収をSCOREが代行し、消費者の代金未収リスクを100%保証するため、加盟店は未回収リスクを負いません。購入者は商品到着後に、全国のコンビニや郵便局のほか、楽天ペイ・d払い・FamiPay・楽天銀行アプリで支払えます。

初期費用は無料で、決済手数料率は取引額帯に応じた4プランの2.7%〜4.7%（月額固定費は0円〜45,700円・税別）です。立替金の入金サイクルは、毎週・月2回・月1回から選べます。

12. 後払い.com（株式会社キャッチボール）

株式会社キャッチボールが運営する後払いドットコム（後払い.com）は、ECサイト・カタログ通販・電話通販向けの後払い決済サービスです。同社は東証プライム上場のスクロールグループに属し、導入実績は30,000店舗以上と公表しています。

購入者の代金はキャッチボールが立替・保証し、請求書の発行から回収・督促、購入者からの問い合わせ対応までを代行します。未払い保証の対象は、与信審査を通過し、着荷の確認が取れた注文に限られます。与信はリアルタイムで判定されます。

支払い手段はコンビニ・郵便局・銀行・MMK設置店とPayPay請求書払いに対応します。ショッピングカートや受注管理など55件のシステムとCSV・APIで連携でき、決済手数料は取引額の目安別に2.8%〜4.8%（初期費用0円、月額5,500円〜55,000円・税込）です。

低コスト・スモールスタートタイプ

初期費用・月額費用を抑え、短期間で決済を始めたいECに向くサービスです。

13. Paysys（ペイシス）（株式会社ペイメントフォー）

株式会社ペイメントフォーが提供するPaysys（ペイシス）は、システム開発を必要とせずに導入できるオンライン決済サービスです。管理画面から請求用のURLやQRコードを発行し、メール・SMS・LINEなどで取引先に案内するだけで、クレジットカード決済などを完結できます。自社ECサイト・ネットショップには、フォーム型の決済ページを設置する方法や、API連携で購入フローに組み込む方法で導入できます。

導入初期は開発不要のメールリンク型・フォーム型で始め、事業が拡大したらAPI連携で自社システムへ統合する形に広げられます。BtoB向けの限定プランは初期費用0円・決済手数料1.99%で、BtoC向けは売上規模に応じた個別見積もりです（月額費用は要見積もり）。

対応する決済手段は、クレジットカード5ブランドのほかPayPay・コンビニ決済・ペイジー・バーチャル口座（銀行振込）に及びます。利用開始までの目安は申込後およそ1ヵ月前後（公式サイト）、カタログ掲載情報では最短3週間で、導入から運用まで専任の担当者がサポートします。

導入までの期間はサービス選びで気になる点ですが、スピードの速さだけで判断してよいのかという論点もあります。この点について、同社の仙名氏はインタビューで次のように述べています。

14. Square（スクエア）（Square株式会社）

Square（スクエア）は、米Block, Inc. 傘下のSquare株式会社が提供するキャッシュレス決済サービスです。ECサイト向けには、ネットショップを構築できる「Square オンラインビジネス」と、コーディング不要で決済リンクを発行する「Square オンラインチェックアウト」を用意し、ショップ開設から代金回収までをまかなえます。

初期費用・月額固定費・振込手数料がいずれも0円で、費用は決済ごとの手数料のみです。オンライン決済の手数料は、リンク決済やネットショップ（フリー／プラス）で3.6%、請求書はカード決済で3.25%です。

売上代金の入金は、三井住友銀行またはみずほ銀行の口座なら決済日の翌営業日、その他の金融機関でも毎週水曜締め・金曜振込で、いずれも振込手数料はかかりません。対面決済とオンライン決済を、一つのアカウント・管理画面で統合して管理できます。

15. KOMOJU（コモジュ）（株式会社KOMOJU）

株式会社KOMOJUが運営するKOMOJU（コモジュ）は、国内外65種類以上の決済手段を1つのAPIで導入できるマルチチャネル決済プラットフォームです。Shopify・WooCommerce・Wixなどの主要ECプラットフォームには、管理画面の操作だけで設定できるノーコード導入に対応します。

初期費用・月額費用はかからず、費用は決済手数料のみです。国内の料率はクレジットカード3.25%、コンビニ決済2.75%、PayPayなどのスマホ決済3.5%〜、銀行振込1.4%で、入金サイクルは月次または週次から選べます。

韓国・中国・東南アジア・欧州などの現地決済手段と20種類の通貨に対応するため、越境ECや海外向け販売を行う事業者にも向いています。2026年7月にはWooCommerceの公式パートナーに認定されています。

16. アルファノート（アルファノート株式会社）

アルファノート株式会社が提供する決済代行サービスで、ECサイトや予約サービスの事前決済など、実店舗を持たない事業者でも利用できます。自社ECサイトを介さずに代金を回収できるメールリンク決済・SMS決済・CSV決済を備えている点が特徴です。

初期費用・月額費用は0円から利用でき（プランや決済手段により変動）、クレジットカード決済の手数料は3.24%からです。決済手段はクレジットカードのほか、メールリンク決済を経由してコンビニ決済やPayPayにも対応します。

月末・月初・15日など課金日や周期を自由に設定できる継続課金にも対応し、月謝制のサービスでも使えます。加盟店審査は最短即日でのスピード導入が可能と公式サイトで訴求しています。

17. PAY.JP（PAY株式会社）

PAY.JPは、ネットショップ作成サービス「BASE」を運営するBASE株式会社の100%子会社、PAY株式会社が提供するオンライン決済サービスです。WebサービスやモバイルアプリにAPI・SDKでクレジットカード決済を組み込む、開発者向けの決済基盤として設計されています。

料金は月商規模に応じた3プラン構成で、月商400万円未満向けのスタンダードは初期費用・月額費用ともに0円から始められます。決済手数料はスタンダードで3.3%、月商が増えるとビジネス（月額20,000円）で2.78%、エンタープライズ（月額50,000円）で2.59%へと下がります。

月額・年額の定期課金をcronなしで組み込め、トライアル設定や日割り課金、プラン変更にも対応します。対応ブランドはVISA・Mastercardなど6ブランドで、Apple Payも利用できます。

18. GMOイプシロン（GMOイプシロン株式会社）

GMOイプシロン株式会社が提供するイプシロン決済サービスは、クレジットカードに加えてコンビニ・ネット銀行・キャリア・後払い・PayPayなど複数の決済手段を、1つの契約とシステム連携でまとめて導入できるEC事業者向けの決済代行です。GMOペイメントゲートウェイ株式会社の100%子会社が運営します。

初期費用・トランザクション処理料は0円で、月額費用はビギナー2,980円・スタンダード5,980円・プレミアム9,980円（いずれも税抜）の定額制です。クレジットカード決済の手数料は月間売上に連動する段階制で、2.79%から3.6%の範囲で設定されています。

makeshop・カラーミーショップ・Shopify・EC-CUBE・WooCommerceといった主要なECカートと連携でき、makeshopやShopifyなどは接続設定をGMOイプシロン側が代行します。導入実績は42,000社以上と公式サイトに記載しています。

まとめ

EC決済代行サービスは、複数の支払い方法を1社にまとめて導入でき、個別契約の手間やカゴ落ちのリスクを抑えられるサービスです。選ぶ際は、利用中のECカートに連携できるか、決済手数料・初期/月額費用・入金サイクルが自社の取扱高に見合うか、必要な決済手段を網羅できるかを軸に確認します。

そのうえで、多様な決済手段を揃えたい大規模EC、定期購入・サブスク、後払い重視、低コストでのスモールスタートという自社の事業モデルに合うタイプから候補を絞り込むと、選定がスムーズです。料率と固定費のバランスは取扱高によって総額への効き方が変わるため、現在と将来の月商を想定して見積もりを比較しましょう。気になるサービスは資料を取り寄せ、自社の要件と照らし合わせて検討してください。

よくある質問（FAQ）

Q. EC決済代行とは何ですか？

A. EC決済代行とは、ネットショップで必要になる複数の支払い方法を、事業者に代わって一括で導入・運用できるようにするサービスです。クレジットカード会社・コンビニ・携帯キャリア・後払い事業者などと1社ずつ契約・接続する代わりに、決済代行会社1社と契約するだけで多様な決済手段をまとめて利用できます。

複数手段の売上を1つの明細・入金にまとめられ、カード番号を自社サーバーに保存しない構成も取りやすくなります。

Q. EC決済代行の決済手数料の相場はどれくらいですか？

A. EC決済代行の決済手数料は、クレジットカードでおおむね3%台が一つの目安です。ただし料率は取扱高・業種・審査結果によって個別に決まり、公表していないサービスも少なくありません。手数料のほかに初期費用・月額費用・振込手数料がかかる場合もあるため、料率単体ではなく総額で比較することが大切です。

Q. 初期費用・月額費用が無料のEC決済代行サービスはありますか？

A. 初期費用・月額費用をかけずに始められるEC決済代行サービスはあります。初期費用・月額費用が0円で、決済ごとの手数料のみで利用できるサービスが複数あります。比較表の「初期費用・月額費用」列で0円のサービスを確認できます。ただし月額無料のサービスは料率がやや高めのことも多く、取扱高が大きくなると月額のかかる低料率のサービスのほうが総額を抑えられる場合があります。

Q. EC決済代行の入金サイクルはどれくらいですか？早期入金はできますか？

A. EC決済代行の入金サイクルは、月1回を基本とするサービスが多く、オプションで入金回数を増やしたり早期入金に対応できたりするサービスもあります。本記事の例では、月1回から月2回へ入金回数を選べるサービスや、締め日から最短5営業日で入金するオプション、決済日の翌営業日に入金するサービスもあります。

入金の遅れは仕入れや広告費の立て替えにつながるため、締めから入金までの日数と回数を確認しましょう。

Q. 利用中のECカートに対応しているかは、どう確認すればよいですか？

A. 対応の有無は、決済代行会社の「対応カート一覧」か、利用中のECカート側が公開する「決済連携一覧」で確認するのが確実です。前述した主要なECカートは、連携できる決済代行サービスが決まっています。

パッケージやフルスクラッチでECサイトを構築している場合は、接続用プログラム（API）での連携可否と開発工数もあわせて確認しておきましょう。

Q. EC決済代行の導入にはどれくらいの期間がかかりますか？

A. EC決済代行の導入期間は、クレジットカードの加盟店審査に数週間かかるのが一般的で、サービスによっては最短数日〜即日で始められるものもあります。本記事の例では、最短2週間程度・標準で約1.5か月程度を目安とするサービスや、加盟店審査が最短即日とするサービスもあります。繁忙期やセールに間に合わせたい場合は、審査期間を見込んで早めに申し込むのが安全です。

Q. EC決済代行の審査では何が見られ、落ちることはありますか？

A. EC決済代行の契約には加盟店審査があり、取扱商材が規約や法令に反しないか、事業実態や販売ページが適切かなどが確認されます。取扱商材が各社の禁止・制限業種に該当する場合や、販売ページの表記に不備がある場合は、審査に通らないこともあります。クレジットカード決済はカード会社側の審査も入るため、コンビニ払いなど他の決済手段より審査に時間がかかる傾向があります。

Q. 定期購入・サブスクのECには、どのEC決済代行が向いていますか？

A. 定期購入・サブスクのECには、継続課金の自動決済や課金管理、決済失敗時の再請求に強いサービスが向いています。継続課金・サブスク対応タイプのサービスが該当し、カードの有効期限切れを防ぐ自動更新や、決済が失敗した際の自動リトライを備えます。継続的な売上の取りこぼしを防ぐため、再決済や有効期限切れ対策の仕組みがあるかを確認しましょう。

Q. 後払いに対応したEC決済代行では、未回収リスクはどうなりますか？

A. 後払いに特化したEC決済代行では、与信・請求・回収を代行会社が担い、購入者の代金未回収リスクを代行会社が保証する仕組みが一般的です。後払い（BNPL）特化タイプのサービスは、加盟店が代金を立替で受け取れ、未回収分を保証します。ただし保証の対象は、審査を通過し着荷確認など所定の条件を満たした取引に限られるため、保証の範囲を契約前に確認してください。

Q. 越境EC・海外顧客向けには、どのEC決済代行が向いていますか？

A. 越境EC・海外顧客向けには、海外発行カードや多通貨決済、海外で使われる現地決済手段に対応したサービスが向いています。多通貨決済や海外発行カード、海外で使われる現地決済手段に対応するサービスが該当します。比較表の「対応決済手段」や各社の個別紹介で、対応する通貨・決済手段を確認しましょう。対応している国・通貨・決済手段が、販売を狙う地域と合うかを確認しましょう。

Q. BtoBのECでもEC決済代行は使えますか？

A. BtoBのECでもEC決済代行は利用でき、請求書払い（掛け払い）や銀行振込に対応したサービスを選ぶのが基本です。請求書払いや銀行振込に対応するサービスを選べば、BtoBのECでも利用できます。ただし企業間の掛け払い（請求書払い）を専業とするサービスは選び方や比較軸が異なるため、掛け払いを中心に検討する場合は、掛け払いに特化した比較記事もあわせてご覧ください。

Q. EC決済代行を使えば、PCI DSSや本人認証（EMV 3-Dセキュア）への対応は任せられますか？

A. EC決済代行の利用は、カード情報を自社で保持しない「非保持化」を実現する代表的な手段で、PCI DSS準拠や本人認証への対応負担を大きく軽減できます。

カード情報の保護は割賦販売法がEC加盟店に求める義務で、実務指針である「クレジットカード・セキュリティガイドライン」は、非保持化またはPCI DSS準拠と、本人認証「EMV 3-Dセキュア」の導入を指針対策として示しています。

EMV 3-Dセキュアは2025年3月末が原則的な導入期限とされ、現在はEC加盟店が実施すべき標準の対策として位置づけられています。ただし加盟店側にも適切な運用や不正対策の責任は残るため、決済代行サービスのPCI DSS準拠状況や、本人認証・不正検知の機能を確認しましょう。

出典・参考資料（2件）

• 出典：割賦販売法（第35条の16・第35条の17の15）｜e-Gov法令検索（https://laws.e-gov.go.jp/law/336AC0000000159）
• 参考資料：クレジットカード・セキュリティガイドライン【6.1版】｜クレジット取引セキュリティ対策協議会（https://www.j-credit.or.jp/security/document/index.html）

Q. EC決済代行は途中で解約できますか？違約金はかかりますか？

A. EC決済代行は解約できますが、最低利用期間や解約時の手数料を定めているサービスもあり、条件はサービスごとに異なります。初期費用・月額費用をかけずに始められるサービスは解約時の負担も軽い傾向がある一方、個別契約型では契約期間の縛りや解約の手続き・費用が設定されている場合があります。将来の乗り換えや事業縮小に備え、契約期間・解約条件・違約金の有無を申し込み前に確認しておくと安心です。

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