ネットショップの決済手数料を比較｜総コスト・手取りで選ぶカート標準決済と決済代行

ネットショップを始める、あるいは運営しているとき、決済手数料の料率がサービスごとにバラバラで、結局いくら引かれるのか総額が読めずに迷っていませんか。「月額無料」「初期費用0円」とうたうサービスでも、売れたときには決済手数料や販売手数料が差し引かれ、手元に残る金額は想像より少ないこともあります。

料率の数字だけを比べても、初期費用・月額費用・販売手数料・振込手数料まで合わせた総コストで見なければ、どのサービスが自社の売上規模で一番得なのかは判断できません。さらに、カートに標準で付いている決済をそのまま使うか、決済代行を別途入れて決済会社を選ぶかによっても、手数料の負担は変わってきます。

本記事では、主要なネットショップ作成サービスの標準決済と決済代行の決済手数料を横並びで比較し、売上規模別に「手元にいくら残るか」を試算しながら、総コスト・手取りで損をしない決済の選び方を整理します。自社に合った決済の入れ方を見つけるための検討材料としてご活用ください。

また、自社の状況に合わせて最適なサービスを最短で見つけられるよう、「30秒で終わる選定診断ツール」をご用意しています。ぜひこちらもご活用ください。

ネットショップの決済手数料とは｜料金に含まれる5つの費用

ここからは、ネットショップの決済にかかる費用の全体像を整理します。決済手数料という言葉はクレジットカードの料率を指して使われがちですが、実際に手元へ残る金額を左右するのは、料率だけではありません。

ネットショップの運営でかかる費用は、大きく次の5つに分けられます。どれが発生し、どれが無料になるかはサービスによって異なり、この組み合わせで総コストが決まります。

• 初期費用：ショップ開設時に一度だけかかる費用。無料のサービスも多い
• 月額費用：毎月定額でかかる利用料。0円のプランから数万円まで幅がある
• 決済手数料：商品が売れたとき、クレジットカードなどの決済処理に対してかかる費用。売上に対する料率（例：3.6%＋40円）で設定される
• 販売手数料（サービス利用料・システム利用料）：売上に対してサービス運営側に支払う費用。決済手数料とは別に差し引かれる
• 振込手数料：売上金を自社の銀行口座へ引き出すときにかかる費用。1回あたり定額のことが多く、入金サイクルと合わせて確認したい

決済手数料の料率が同じでも、販売手数料の有無や月額費用の大きさで、1年間に支払う総額は大きく変わります。料率を1つずつ比べる前に、まず「どの費用が発生するサービスなのか」を押さえておくと、見かけの安さに惑わされずに判断できます。

「月額無料」「初期費用0円」の実態

「初期費用0円・月額無料」をうたうサービスは、固定費をかけずに開業できる入り口になります。ただし、無料なのは初期費用と月額費用であって、売れたときにかかる決済手数料や販売手数料まで無料になるわけではありません。

たとえば月額0円で始められるサービスでも、売上に対して決済手数料3.6%前後に加え、サービス利用料として数%が上乗せされる料金体系が一般的です。この場合、売上が増えるほど従量の手数料が積み上がり、ある売上規模を超えると、月額定額のプランや決済代行を使ったほうが総額を抑えられる水準に達します。

「無料」という言葉は固定費がかからないという意味であって、総コストが安いことを保証するものではありません。売上がまだ小さいうちは従量型が有利ですが、売上が伸びてきたら、固定費を払ってでも料率を下げるプランへの切り替えを検討する価値があります。

決済手数料と販売手数料・振込手数料の違い

総コストを正しく読むには、売上から差し引かれる3つの手数料の違いを分けて理解しておく必要があります。名前が似ているため混同しやすいものの、発生のしかたが異なります。

決済手数料は、クレジットカードやコンビニ決済などの決済処理に対してかかる費用です。決済手段ごとに料率が異なり、カードは3%台、コンビニ決済やQRコード決済は別の料率が設定されることもあります。

販売手数料（サービス利用料）は、決済処理とは関係なく、売上そのものに対してサービス運営側へ支払う費用です。決済手数料が無料でも販売手数料が高ければ、手元に残る金額は少なくなります。

一方、振込手数料は売上金を銀行口座へ引き出すときにかかる費用で、1回あたり数百円の定額が多く見られます。振込回数が増えるほど負担がかさむため、入金サイクル（締めから入金までの日数や回数）と合わせて確認すると、資金繰りへの影響まで見通せます。

主要ネットショップ・決済サービスの決済手数料を横並び比較【比較表】

ここからは、主要なサービスの決済手数料を横並びで比較します。決済の入れ方は大きく、カートに標準で付く決済をそのまま使う方法、決済代行を別途導入して決済会社を選ぶ方法、ECモールに出店する方法の3つに分けられます。この3つのタイプごとに、表を分けて整理します。

各サービスの決済手数料・初期費用・月額費用・販売手数料・振込手数料・対応決済手段を、公式情報にもとづき2026年10月時点の数値で掲載しています。料率が個別見積りのサービスは「要お問い合わせ」とし、交渉の余地がある点も含めて示しています。

ネットショップ作成サービス標準の決済の比較

カートに決済が標準で組み込まれているタイプです。導入は最速ですが、決済会社や料率は基本的に固定で、利用者が選ぶことはできません。

決済代行を別途導入する場合の比較

カートや自社サイトに決済代行を接続するタイプです。決済会社を選べるため、売上規模に応じて料率交渉の余地があり、対応できる決済手段も広げやすいのが特徴です。

※決済代行はカート/自社サイトに接続して使うため、別途カートまたは自社サイトの費用がかかります。「要お問い合わせ」の料率は不透明というより、取扱高・業種に応じて逓減・交渉できる余地があるためで、売上がまとまってきたら見積りを取って比べる前提で捉えてください。

ECモール出店の手数料の比較（参考）

モールに出店するタイプは、集客力を借りられる一方で、売上に対する販売手数料・システム利用料が重く、手数料の性格が前の2タイプと異なります。比較の参考として、主要なモールの費用構造を並べます。

売上規模別の手取り・総コストをシミュレーション

ここからは、料率の違いが実際の手取りにどう響くかを、売上規模別に試算して確認します。同じ決済手数料でも、月額費用の有無や料金体系によって、手元に残る金額は売上帯ごとに逆転します。

下表は、クレジットカードで月商5万円・20万円・50万円を売り上げたときに、手数料を差し引いて手元に残る金額の目安です。従量課金型（売れた分だけ手数料がかかるカート標準決済のフリープラン）、月額定額型（月額を払う代わりに料率が低いカート標準決済のプラン）、決済代行＋カート（カート・自社サイトに料率の低い決済代行を接続する）の3パターンで比べています。

決済代行はカートや自社サイトがあって初めて使えるため、カート側の費用も加えて比べるのが実態に近い見方です。

※仕組みの違いを示すための試算です（2026年10月時点）。従量課金型・月額定額型は大手ASPカートの代表料率（フリープラン クレジットカード決済手数料5.5%・月額0円／スタンダードプラン 決済手数料3.6%・月額3,300円）を、決済代行＋カートはカート/自社サイト（月額4,950円程度のプランを想定）に決済代行（クレジットカード決済手数料3.25%・初期月額0円の公表料率の一例）を接続する前提で計算しました。振込手数料は3パターンとも一律275円・月1回として控除しています。実際の料率・費用は各サービスで異なり、決済代行は取扱高に応じた料率交渉の余地もあるため、正確な数値は上記の比較表と各社の見積りをご確認ください。

月商5万円では、固定費のかからない従量課金型（フリープラン）が最も手元に残り、月額や別途のカート費用がかかる定額型・決済代行は固定費の重さで手取りが下がります。月商10万円台の後半を境に、月額を払って料率を下げた定額型が逆転し、50万円規模では決済代行が定額型と並ぶ水準まで有利になります。一方、固定費のない従量課金型は料率の高さがそのまま効くため、売上が大きくなるほど手取りで見劣りします。

このように、どの決済の入れ方が得かは売上規模で入れ替わります。固定費ゼロで始められる従量課金型は小規模のうちは有利ですが、月商が十数万円を超えるあたりから月額定額型が、さらに売上が伸びると決済代行＋カートが総コストで有利になります。

開業直後は従量課金型で始め、売上が安定してきたら料率の低い定額プランや決済代行へ段階的に見直すのが、総コストを抑える基本の考え方です。加えて決済代行は取扱高に応じた料率交渉の余地があり、売上が大きいほど下げしろが生まれるため、上表の数字以上に差が開く余地もあります。

カート標準決済と決済代行、どちらが手取りで有利か

前章の試算が示すとおり、手取りで有利な入れ方は売上規模で入れ替わります。月商が小さいうちは固定費のかからないカート標準決済（従量課金型）が有利で、売上が伸びて月額を払っても料率を下げたい規模になれば、料率の低い定額プランや、決済会社を選べて交渉もできる決済代行が有利になります。

ここからは、その判断の前提となる「決済の入れ方」を3つのタイプに分けて掘り下げ、自社がどれに当てはまるかを見極められるよう整理します。手数料の下げ方や交渉の余地も、タイプごとに具体的に見えてきます。

ネットショップ作成サービス標準の決済（カート付属・料率は基本固定）

ネットショップ作成サービスに最初から組み込まれている決済を、そのまま使う方法です。ショップ開設と同時にクレジットカードやコンビニ決済などが使えるようになり、決済会社への個別の申し込みや審査を自分で進める必要がありません。専門知識がなくても最短即日で販売を始められる手軽さが、このタイプの最大の利点です。

その代わり、決済会社や料率はサービス側があらかじめ決めており、利用者が選んだり交渉したりすることはできません。料率は決済手数料3%台に販売手数料が上乗せされる体系が多く、売上が伸びても料率は下がりにくいのが基本です。売上が小さいうちの手軽さを優先する段階では、有力な選択肢といえます。

決済手数料だけでなく、カート自体の機能や構築方式・事業規模との相性まで含めてネットショップ作成サービス（ECカート）を選びたい場合は、以下の比較記事が参考になります。

決済代行を別途導入（決済会社を選べる・料率交渉の余地・決済手段拡充）

カートや自社サイトに、決済代行サービスを別途接続する方法です。複数のカード会社や決済手段を1つの契約でまとめて導入でき、クレジットカードだけでなくコンビニ決済・キャリア決済・後払い・継続課金（サブスクリプション）まで、扱う商材に合わせて決済手段を広げやすいのが特徴です。

決済代行では、決済手数料が個別見積りとなるサービスも多く、料率は「要お問い合わせ」と表記されます。これは料率が不透明というより、売上規模や業種に応じて交渉の余地があるためで、取扱高が大きくなるほど料率を下げられる可能性があります。導入形態も、カート連携・API組み込み・決済リンク型など複数あり、自社サイトの作りに合わせて選べます。

手数料を下げる最も実効的な手段が、この料率交渉です。売上がまとまってきたら、現在の料率を基準に複数の決済代行から見積りを取り、条件を比べて切り替える・交渉することで、カート標準の固定料率より負担を抑えられるケースが出てきます。

この切り替えによる負担軽減が実際にどの程度の規模になりうるかについて、決済代行サービス「Paysys（ペイシス）」を提供する株式会社ペイメントフォーは、MCB FinTechカタログの取材に対し、他社からの切り替え事例を次のように述べています。

決済代行の料率がどの程度の水準で、交渉や乗り換えで実際にどこまで下げられるのかは、以下の記事で相場の内訳と具体的な進め方を詳しく解説しています。

ECモール出店（販売手数料型・参考比較）

大手のECモールに出店する方法は、前の2タイプとは手数料の性格が異なります。決済手数料というより、売上に対して販売手数料・システム利用料がかかる体系が中心で、カテゴリによって売上の数%から十数%に及ぶこともあります。さらに、ポイント原資の負担など、売上に連動する変動費が重なる場合もあります。

その分、モール自体が持つ集客力を借りられるため、手数料の高さと集客の手間を天秤にかけて判断する対象です。本記事は決済手数料の比較が主眼のため、モールは手数料の性格を理解するための参考として位置づけ、カート標準決済・決済代行との費用構造の違いを押さえる材料として扱います。

自社がどのタイプに適しているか、といった判断が難しいケースも存在します。そのような場合でも自社の状況に合わせて最適なサービスを最短で見つけられるように、「30秒で終わる選定診断ツール」を以下にご用意しています。ぜひこちらもご活用ください。

あなたに合う決済の入れ方を30秒で診断

気になるサービスが絞り込めたら、料金や対応決済手段の詳細を資料でまとめて確認すると、比較検討がスムーズに進みます。

サービス個別紹介

ここからは、比較表で取り上げた各サービスを、決済の入れ方のタイプごとに個別に紹介します。料金体系や対応決済手段、導入のしやすさといった特徴を踏まえ、自社に合う候補を見つける手がかりとしてご覧ください。

ネットショップ作成サービス標準の決済

まずは、決済が標準で組み込まれたネットショップ作成サービスを紹介します。開設と同時に決済を始められる手軽さと、プラン別の料率・費用に注目してご覧ください。

1. STORES（ネットショップ）（STORES株式会社）

決済が最初から組み込まれたASP（インターネット経由で利用するクラウド型サービス）カート型のネットショップ作成サービスで、運営はSTORES株式会社です。決済は自社の「STORES 決済」として標準装備され、クレジットカード・コンビニ・PayPay残高・あと払い（ペイディ／atone）などをまとめて導入できます。決済会社を個別に選ぶ方式ではありません。

料金プランは2本立てで、初期費用・月額0円のフリープランはクレジットカード決済手数料5.5%〜、月額3,300円（税込・年間契約）のスタンダードプランは3.6%〜に下がります。月額を払ってでも料率を下げたい売上規模なら、スタンダードプランのほうが手数料を抑えられます。振込手数料は275円/回です。

2. Shopify（Shopify Inc.）

世界的に展開するクラウド型ECプラットフォームで、Shopify Inc.が提供します。日本では日本円建ての決済に対応し、個人事業主から大規模事業者まで4つのプラン（Basic〜Plus）を用意しています。

月額費用はBasicが年払い3,650円〜で、Grow・Advanced・Plusと段階的に上がります。オンラインの標準カード決済手数料はBasic 3.55%／Grow 3.4%／Advanced 3.25%と、上位プランほど下がる設計です（JCB・Amex・海外カードは別料率）。

Shopifyペイメント以外の外部決済を使う場合は、別途取引手数料がBasic 2%／Grow 1%／Advanced 0.6%として加算されます。決済手段の選び方で総コストが変わる点に注意が必要です。

3. カラーミーショップ（GMOペパボ株式会社）

GMOペパボ株式会社が運営するASP型のネットショップ作成サービスです。初期費用・月額0円のフリープランから、決済手数料を抑えた有料プラン（レギュラー・ラージ・プレミアム）まで、4段階の料金構成を持ちます。

自社決済「カラーミーペイメント」のクレジットカード決済手数料は、フリー6.6%＋30円〜からプレミアム2.99%〜まで、上位プランほど料率が下がります。後払いは4.0%〜、Amazon Payは3.9%です。月額費用はレギュラー4,950円、ラージ9,595円などで、初期費用はレギュラー・ラージが3,300円です。

4. MakeShop（GMOメイクショップ株式会社）

サイト構築から決済・物流・集客までを1つのプラットフォームでカバーするASP/SaaS型（クラウドで提供されるソフトウェア）のサービスで、GMOメイクショップ株式会社が提供します。BtoC・BtoB双方の構築に対応しています。

プレミアムプランは初期費用11,000円（税込）・月額13,750円（税込）で、makeshop決済のクレジットカード決済手数料は3.19%〜、上位のエンタープライズプランは3.14%〜です。売上に対する販売手数料は0円の月額固定制のため、売上規模が大きいほど手数料負担を抑えやすい料金モデルです。無料トライアルは15日間用意されています。

5. futureshop（株式会社フューチャーショップ）

株式会社フューチャーショップが提供するSaaS型のネットショップ作成サービスです。CMS機能「commerce creator」によるデザインの自由度と、実店舗連携の上位プラン「futureshop omni-channel」を備えます。

料金は本体料金・オプション料金・決済機能料金の組み合わせで、2026年8月改定後の基本料金はfutureshop 50が初期22,000円・月額27,000円（税抜）からです。売上手数料（ロイヤリティ）は全プラン0円ですが、決済手数料の料率は公式料金ページに明示がなく、決済手段ごとに別途発生します（要お問い合わせ）。

決済機能は手段ごとに月額が設定され、クレジットカード決済（SBPSオプション）は月額1,500円、Amazon Payは月額3,000円、楽天ペイは月額1,000円などです（いずれも税抜）。

6. EC-CUBE（株式会社イーシーキューブ）

2006年に公開された国内発のオープンソース型EC構築パッケージで、株式会社イーシーキューブが開発・運営します。ソースコードを無償で入手して自社サーバーで構築する形態のため、決済はプラグインを通じて決済代行各社を自由に選べる点が、決済会社と料率が固定されるカート型と異なります。

提供形態は、ライセンス無料のオープンソース版（別途サーバー・構築費が必要）、構築不要のクラウド版「ec-cube.co」、大規模向けの「EC-CUBE Enterprise」の3つです。クラウド版スタンダードプランは初期70,000円・月額49,800〜84,800円（税別、販売額に応じて変動）で、決済手数料は接続する決済代行各社の条件によります。

7. イージーマイショップ（株式会社システムリサーチ）

セット販売・オーダーメイド商品・定期販売（頒布会含む）への対応を強みとするASP型のネットショップ作成サービスで、株式会社システムリサーチが運営します。無料プランから有料プランまで幅広い料金帯を用意しています。

料金は無料プランのほか、スタンダード（初期3,300円・月額3,900円〜）、プロフェッショナル（初期3,300円・月額8,700円〜）などを用意します（いずれも年間契約時の月額）。売上手数料は全プラン0円で、クレジットカード決済手数料の料率は利用する決済方法に応じて別途発生します（公式料金ページに記載なし）。

8. BASE（BASE株式会社）

決済が標準装備されたASPカート型のネットショップ作成サービスで、BASE株式会社が運営します。決済は自社標準決済「BASEかんたん決済」として組み込まれ、クレジットカード・コンビニ・PayPay・あと払い（Pay ID）などをまとめて使えます。決済会社は個別に選べません。

料金は2プランで、初期費用・月額0円のスタンダードプランは決済手数料3.6%＋40円に加えサービス利用料3%がかかります。月額16,580円〜（年払いの月額換算）のグロースプランは決済手数料2.9%・サービス利用料0円となり、売上規模が大きくなると定額制が有利になります。

売上は振込申請から10営業日で入金され、「最速振込」を使うと最短当日（土日祝含む）に入金されます。入金のたびに振込手数料などがかかるため、料率だけでなく入金まわりのコストも確認しておきたい観点です。

決済代行を別途導入

続いて、カートや自社サイトに接続して使う決済代行サービスを紹介します。対応できる決済手段の広さや導入形態、料率交渉の余地といった観点で比べてみてください。

9. Paysys（ペイシス）（株式会社ペイメントフォー）

システム開発を必要とせずに導入できる点を主眼にしたオンライン決済サービスで、運営は株式会社ペイメントフォーです。管理画面から請求用のURLやQRコードを発行し、メール・SMS・LINEなどで取引先に案内するだけで、クレジットカード決済などを完結できます。

決済手段はクレジットカード5ブランド・PayPay・コンビニ・ペイジー・バーチャル口座に対応し、継続課金も扱えます。料金は個別見積りで、法人間取引（BtoB）向けの限定プランは初期費用0円・決済手数料〜1.99%、個人向け（BtoC）は売上規模に応じて変動します。入金は月1回または月2回です。

本人認証の仕組みであるEMV 3-Dセキュアを追加費用なしで標準提供し、導入から運用まで専任担当者がサポートします。

10. サブスクペイ（株式会社ROBOT PAYMENT）

継続課金やサブスクリプションの代金回収に特化した決済・顧客管理システムで、東証グロース上場の株式会社ROBOT PAYMENTが提供します。クレジットカード・口座振替・コンビニ決済・メールリンク決済などを1つの管理画面で扱えます。

クレジットカード決済手数料は2.5%〜（トランザクション費用7円/件）、口座振替は1件85円〜で、初期費用・月額費用は都度見積りです。残高不足時に他の決済手段へ自動で切り替える仕組みや、決済失敗時の自動リトライにより、継続課金の取りこぼしを抑えられます。累計14,000社以上の導入実績があります。

勘定奉行・弥生・マネーフォワードなどの会計ソフトと連携でき、PCI DSS（カード情報を安全に扱うための国際セキュリティ基準）4.0.1準拠・EMV 3-Dセキュア2.0に標準対応します。クレジットカード決済は最短5営業日で導入できます。

11. PGマルチペイメントサービス（GMOペイメントゲートウェイ株式会社）

1つの契約・1つの接続で30以上の決済手段を導入できる決済代行サービスで、GMOペイメントゲートウェイ株式会社が提供します。クレジットカードを中心に、コンビニ・キャリア決済・各種QR決済・口座振替・後払いなどをまとめて扱えます。

接続方式は、開発なしで導入できる画面遷移型の「リンクタイプ Plus」からOpenAPI型まで複数を用意し、自社システムの作りに合わせて選べます。料金は業種・商材・取扱高・契約条件によって決まる個別見積りのため、売上規模に応じて条件を相談できます（公式に料率の掲載はありません）。

対象は中堅〜大企業・公的機関が中心で、営業担当が個別にヒアリングして最適なプランを提示するエンタープライズ寄りの導入体制をとります。33の現地通貨に対応する多通貨決済も扱え、PCI DSS・EMV 3Dセキュアにも対応します。

12. SBペイメントサービス（SBペイメントサービス株式会社）

ソフトバンク株式会社の100%子会社であるSBペイメントサービス株式会社が運営する決済代行サービスです。クレジットカード・キャリア決済・QRコード決済・コンビニ決済・後払いなど40ブランド以上の決済手段を、単一の契約・接続で導入できます。

キャリア決済「ソフトバンクまとめて支払い」の供給元をグループ内に持つのが特徴で、継続課金は簡易型と定期・従量型の2方式に対応します。料金は決済手段・商材・取扱高に応じた個別見積りで、公式サイトに料率の掲載はありません（要問い合わせ）。

入金サイクルは月2回が基本で、オプションで最大6回まで増やせます。2025年度の年間決済取扱高は11.4兆円と公表されています。

13. ゼウス（ZEUS）決済サービス（株式会社ゼウス）

1994年設立の株式会社ゼウスが提供する決済代行サービスで、SBI FinTech Solutionsの連結子会社としてSBIグループ傘下にあります。クレジットカードに加え、コンビニ・キャリア・銀行（振込・ペイジー・口座振替）・後払い決済まで幅広く扱います。学会・士業・賃貸向けなど業種特化の決済メニューをそろえる点が、汎用的な決済代行との違いです。

クレジットカード決済（個人向けプラン）は初期費用0円・月額3,000円（税抜）・決済手数料〜3.5%に売上処理料30円/件で、EC-CUBEやWelcart向けには初期・月額0円のプランもあります。継続課金はカード有効期限の自動更新に標準対応し、月謝制サービスの決済失敗を防げます。

サポートは24時間365日の有人コールセンターで、審査は最短3営業日での導入をうたいます（審査期間は決済手段により異なります）。各種セキュリティ認証（PCI DSS・ISO27001・プライバシーマーク）も取得済みです。

14. VeriTrans4G（ベリトランス4G）（株式会社DGフィナンシャルテクノロジー）

現在は株式会社DGフィナンシャルテクノロジー（デジタルガレージグループ）が提供する決済代行サービスで、1997年設立の旧ベリトランス株式会社を前身とします。オンラインから実店舗まで、クレジットカード・コンビニ・キャリア決済・ID/QR決済・電子マネー・後払いなど30種類以上の決済手段を、1契約・1つの管理画面で扱えます。

接続方式は、API・トークン決済・画面遷移型のリンク決済・メールリンク決済から、開発体制やカード情報を自社で持たない要件に応じて選べます。料金は導入する決済手段ごとの個別見積りで、公式に料率の掲載はありません（要問い合わせ）。

継続課金ではカード情報の自動更新で有効期限切れによる失敗を抑えられます。契約対象は法人で、EMV 3-DセキュアやPCI DSSにも対応します。

15. ペイジェント（株式会社ペイジェント）

NTTデータと三菱UFJニコスが各50%を出資する株式会社ペイジェントが提供する決済代行サービスです。クレジットカード・コンビニ・銀行ネット決済・口座振替・後払い・各種QR決済など20種類以上の決済手段を一括で導入でき、売上の入金も一本化できます。

接続方式は、API連携のモジュール型から、開発不要のメールリンク・SMS、画面遷移型のリンク型まで用意し、開発体制に応じて選べます。料金は決済手段ごとの個別見積りで、公式サイトに標準料率の掲載はありません（要問い合わせ）。

入金は通常で締め日の翌月9営業日後ですが、早期入金オプションを使うと締め日から最短5営業日後に受け取れます。継続課金や23通貨の多通貨決済に対応し、PCI DSSに準拠します。

16. KOMOJU（コモジュ）（株式会社KOMOJU）

国内外65以上の決済手段を1つのAPIで導入できる決済サービスで、株式会社KOMOJU（旧・株式会社DEGICA）が提供します。クレジットカード・コンビニ・QR/スマホ決済・銀行振込・後払いに加え、韓国・中国・東南アジア・欧州などの現地決済手段に対応します。海外の買い手に現地のなじんだ方法で支払ってもらえるため、越境EC・海外向け販売の決済に適します。

初期費用・月額費用は0円で、コストは決済手数料のみです。2026年10月時点の公式料率は、クレジットカード3.25%・コンビニ決済2.75%・QR/スマホ決済3.5%〜・銀行振込1.4%で、入金は週次・月次から選べます。

Shopify・WooCommerce・Wix・EC-CUBEなどにノーコードで接続でき、PCI DSS Level 1 v4.0準拠・3Dセキュア2.0に対応します。

17. Square（スクエア）（Square株式会社）

対面の決済端末を提供してきたSquareは、Block, Inc.傘下のSquare株式会社が日本で展開し、ネットショップ向けのオンライン決済も扱えます。自社サイトへの組み込み（eコマースAPI）、コード不要の決済リンク、メールで送る請求書、月額課金のサブスクリプションに対応し、対面売上とオンライン売上を同じ管理画面でまとめて管理できます。

初期費用・月額固定費・振込手数料はいずれも0円です。オンラインの決済手数料は、決済リンク・eコマースAPI・サブスクリプションが3.6%、請求書がカード決済3.25%（保存済みカード・手入力は3.75%）です（2026年10月時点）。入金は三井住友銀行・みずほ銀行なら決済日の翌営業日、その他の銀行は週1回で、いずれも振込手数料はかかりません。

18. PayPal（ペイパル）（PayPal Pte. Ltd.）

世界200以上の市場で使われるオンライン決済サービスで、日本ではPayPal Pte. Ltd.（登録所在地は東京都港区）が提供します。事業者はビジネスアカウントを開設し、自社ECサイト・請求書・プラットフォーム連携を通じてクレジットカード・デビットカード決済を受け付けられます。対応通貨は130以上で、海外の買い手が自国のアカウントでそのまま支払えるため、越境EC・海外向け販売に向きます。

初期費用・月額費用はかからず、受け取った分だけ手数料が発生します。2026年1月時点の商用取引の決済手数料は、国内が3.60%＋40円/件、海外が4.10%＋40円/件で、拡張チェックアウトのカード決済は3.20%＋40円です。ECプラットフォームへのストア接続、REST API・SDK、リンク・ボタン・QRコードから導入方法を選べます。

19. fincode byGMO（GMOイプシロン株式会社）

GMOペイメントゲートウェイの連結子会社であるGMOイプシロン株式会社が提供する、自社サービスに決済機能を組み込むための決済API（PaaS＝事業者がサーバーを用意せず使える決済基盤）です。開発者向けにREST API・モバイルSDK・WEB UIコンポーネントをそろえ、コードを書かずに使えるメールリンク機能も用意しています。

初期費用・月額費用・売上金の振込手数料はいずれも0円で、クレジットカード決済手数料は3.6%です（コンビニ・口座振替なども3.6%で、決済手段ごとに最低手数料あり。2026年10月時点）。入金は月末締め・翌月末日で、テスト環境はアカウント登録後すぐに無料で使えます。

接続はトークン型・リダイレクト型などカード情報を自社で保持しない4方式に対応し、本番利用は全カードブランドで最短4営業日です。ASPカート向けの公式プラグインは提供しておらず、カートに組み込む場合は自社開発が前提となります。

20. SP.LINKS（e-SCOTT Smart）（SP.LINKS株式会社）

旧ソニーペイメントサービスのSP.LINKS株式会社が運営する決済代行サービスで、決済プラットフォーム「e-SCOTT Smart」を主力にしています。カード会社と直接接続する決済基盤を持ち、クレジットカード決済代行に加え、コンビニ収納代行や口座振替まで1社で扱えます。

カード情報を自社で保持しない非通過型の接続方式として、画面遷移型のリンク決済・メールリンク決済・トークン決済の3方式を用意します。料金は業種・業態・取扱規模に応じた個別見積りで、公式に料率の掲載はありません（要問い合わせ）。入金は月1回（当月末日締め・翌月末日入金）が基本です。

各種セキュリティ認証（PCI DSS・ISMS・プライバシーマーク）を取得済みで、契約からサービス開始までは最短2週間、標準で約1.5ヶ月が目安です。

21. アルファノート（アルファノート株式会社）

対面の決済端末と非対面のWeb決済を1社で扱う決済代行サービスで、アルファノート株式会社が提供します。ネットショップ向けのオンライン決済では、自社の決済画面へ遷移させるリンク型と、自社サイト内で決済画面をデザインできるトークン型の2方式を用意します。

クレジットカード決済手数料は通常3.24%〜で、中小事業者向けの「導入応援プログラム」の条件を満たすと2.48%が案内されます（対象ブランドや年間決済額の上限などの条件があります）。入金サイクルは月1回から月8回まで、業種に応じて選べます。

メール・SMS・LINEやCSVファイルを使った、ECサイトを持たなくても請求できる決済手段もそろえます。WooCommerceとの連携ページを用意し、PCI DSS ver4.0に準拠しています。

ECモール出店（参考）

最後に、参考として主要なECモールを紹介します。販売手数料型の費用構造と集客力を、ここまでの2タイプと見比べる材料としてご覧ください。

22. Amazon出品サービス（アマゾンジャパン合同会社）

Amazon.co.jpのマーケットプレイスに商品を出品し、Amazonの集客基盤と購入導線を借りて販売する出店サービスです。運営はアマゾンジャパン合同会社で、決済はAmazon側に統一されるため、決済会社や料率を自分で選ぶ方式ではありません。

費用は出品プラン料金と販売手数料で構成され、決済手数料という独立した項目はありません。出品プランは大口が月額4,900円、小口は1商品売れるごとに100円です（いずれも税抜）。商品が売れるとカテゴリー別の販売手数料が差し引かれ、本・メディアは15.4%、多くのカテゴリーは8.4〜15.4%（商品代金750円超が対象、最低30円）です。カート標準決済の3%台とは手数料の性格が異なります。

在庫保管から梱包・配送・返品対応までを任せられるFBA（フルフィルメント by Amazon）を使う場合は、配送代行手数料・在庫保管手数料が別途かかります。集客力を借りられる一方で、売上に対する手数料負担は重めになる費用構造です。

23. Yahoo!ショッピング（出店）（LINEヤフー株式会社）

LINEヤフー株式会社が運営するECモール「Yahoo!ショッピング」への出店サービスは、2026年9月に料金体系が改定されました。長年の「初期費用・月額・売上ロイヤリティすべて無料」から、月額システム利用料と売上ロイヤリティが新設された点が、出店を検討するうえでの変化です。

改定後は初期費用0円のまま、月額システム利用料10,000円（税抜）と売上ロイヤリティ2.5%が新設されました。これに決済サービス利用料（決済手段別）、ストアポイント原資1%〜（必須）、アフィリエイト報酬原資2%〜（必須）が、売上に応じて加わります。

ここでも決済手数料は単独では現れず、決済サービス利用料として売上発生時に課金されます。モール型のなかでは固定費が低めですが、ポイント原資やロイヤリティといった売上連動の変動費が重なる点は、カート標準決済・決済代行と費用の性格が異なります。

手数料で損しないネットショップ決済の選び方

ここからは、料率だけで決めないための選び方を、確認したい観点ごとに整理します。手数料の安さは重要ですが、入金のタイミングや対応できる決済手段、セキュリティ要件まで含めて見ると、自社にとっての本当の総コストが見えてきます。

料率以外の観点をどう自社に当てはめて判断すればよいか迷うときは、決済サービスを特徴から2つのタイプに分けて捉える考え方や、自社の請求・回収フローの棚卸しのしかた、導入後に起こりやすい失敗とその防ぎ方まで整理した資料も、選定を一歩進める手がかりになります。

売上規模・事業フェーズで選ぶ

決済の入れ方は、現在の売上規模とこれからの見通しで選ぶのが基本です。開業直後や月商が小さいうちは、固定費のかからない従量課金型のカート標準決済が、リスクを抑えて始められます。売上が伸びて手数料の総額が月額費用を上回るようになったら、料率の低い定額プランや決済代行への切り替えを検討する段階です。

切り替えの目安は、毎月支払っている決済手数料・販売手数料の合計が、上位プランや決済代行の月額費用を上回るかどうかです。前章の試算のように、同じ売上でも入れ方しだいで手取りは変わるため、半期や通期の売上が見えてきたタイミングで一度試算し直すと、乗り換えの判断がしやすくなります。

入金サイクル・資金繰りへの影響で選ぶ

手数料と並んで見落としやすいのが、売上金が実際に口座へ入るまでの日数です。サービスによって、締めから入金までの日数や月あたりの入金回数が異なり、入金が遅いほど手元資金が拘束される期間が長くなります。

仕入れや外注費の支払いが先行する事業では、入金が遅いと資金繰りが苦しくなりやすく、料率がわずかに高くても入金の早いサービスのほうが実務上は有利になることがあります。振込回数が増えると振込手数料もかさむため、入金サイクルと振込手数料はセットで確認すると、資金繰りへの影響まで見通せます。早期入金オプションの有無も、選定時に押さえておきたい観点です。

主要なオンライン決済サービスの締め日・入金日を一覧で見比べたい場合は、以下の記事で早期入金の選択肢とあわせて整理しています。

対応決済手段の広さで選ぶ

クレジットカードだけで十分とは限りません。顧客層や商材によっては、コンビニ決済・キャリア決済・後払い・QRコード決済などを用意できるかで、購入のしやすさ（かご落ちの防ぎやすさ）が変わります。カードを持たない層や、定期的に購入する顧客への継続課金に対応したい場合は、対応決済手段の幅が選定の分かれ目になります。

カート標準決済は、用意された決済手段をまとめて使える手軽さがある一方、手段を自由に足すことは難しいのが一般的です。扱いたい決済手段が明確にあるなら、手段を選んで組み合わせられる決済代行のほうが、商材や顧客に合わせやすくなります。サブスクリプションや定期購入を扱うなら、継続課金に対応しているかも確認しておきましょう。

セキュリティ要件（本人認証）で選ぶ

決済サービスを選ぶときは、不正利用対策として本人認証に対応できるかも確認したい観点です。クレジットカードの不正利用が増えるなか、EC加盟店には本人認証の仕組みであるEMV 3-Dセキュアへの対応が求められるようになりました。

その現状を踏まえ、クレジットカード取引にかかわる事業者が実施するべきセキュリティ対策を定めた「クレジットカード・セキュリティガイドライン【5.0版】」において、2025年3月末までに、原則全てのEC加盟店にEMV 3-Dセキュアの導入が求められることになりました。

出典：カード決済時の本人認証サービス（EMV 3-Dセキュア）導入のご案内｜JCB加盟店向けサイト

この要請の期限である2025年3月末はすでに過ぎており、現在はEC加盟店が本人認証に対応していることが前提となっています。したがって、決済サービスを選ぶ際は、EMV 3-Dセキュアに対応しているかを確認しておく必要があります。

この要請の法的な裏づけは、割賦販売法にあります。同法は、クレジットカード決済を受け付けて商品を販売する事業者（EC加盟店を含む）に対し、「利用者によるクレジットカード番号等の不正な利用を防止するために必要な措置を講じなければならない」（割賦販売法第35条の17の15）と定めています。

この「必要な措置」の実務指針として、クレジットカード・セキュリティガイドラインがEMV 3-Dセキュアの原則導入を求めている、という関係です。決済代行やカートを選ぶときは、この本人認証への対応を任せられるかが、実務上の確認ポイントになります。

出典・参考資料（1件）

• 出典：割賦販売法 第三十五条の十七の十五｜e-Gov法令検索

EMV 3-Dセキュアそのものの仕組みや、1.0との違い、導入後にかご落ちを防ぐ運用まで詳しく知りたい方は、以下の記事をご覧ください。

まとめ

ネットショップの決済手数料は、クレジットカードの料率だけでなく、初期費用・月額費用・販売手数料・振込手数料まで合わせた総コストで比べることが、損をしない判断の基本です。「月額無料」「初期費用0円」は固定費がかからないという意味であり、売れたときの手数料まで無料になるわけではありません。

どの決済の入れ方が有利かは売上規模で入れ替わります。売上が小さいうちは固定費ゼロの従量課金型、売上が伸びたら料率の低いプランや、決済会社を選べて料率交渉の余地がある決済代行へ、という段階的な見直しが総コストを抑えます。あわせて、入金サイクル・対応決済手段・本人認証への対応まで確認すると、自社の売上規模と商材に合った決済を選べます。

気になるサービスが見つかったら、料金や対応決済手段の詳細を資料で確認し、自社の条件に当てはめて比べてみてください。

よくある質問（FAQ）

Q. ネットショップの決済手数料とは何ですか？

A. ネットショップの決済手数料とは、商品が売れたときに、クレジットカードなどの決済処理に対してかかる費用です。売上に対する料率（例：3.6%＋40円）で設定されるのが一般的です。

ネットショップの運営でかかる費用は、決済手数料のほかに初期費用・月額費用・販売手数料・振込手数料があり、この5つの組み合わせで総コストが決まります。手元に残る金額を正しく読むには、決済手数料の料率だけでなく、これらを合わせた総額で比べることが大切です。

Q. ネットショップの決済手数料と販売手数料の違いは何ですか？

A. 決済手数料は決済処理に対してかかる費用、販売手数料は売上そのものに対してサービス運営側へ支払う費用で、発生のしかたが異なります。

決済手数料は決済手段ごとに料率が異なり、カードは3%台が目安です。一方の販売手数料（サービス利用料・システム利用料）は決済処理とは関係なく売上に課されるため、決済手数料が無料や低料率でも販売手数料が高ければ手取りは減ります。両者を分けて確認することが、総コストを読み違えないコツです。

Q. ネットショップの「月額無料・初期費用0円」は本当にお得ですか？

A. 月額無料・初期費用0円でも、売れたときにかかる決済手数料や販売手数料まで無料になるわけではなく、総コストが最も安いとは限りません。

「無料」は固定費がかからないという意味で、売上が小さいうちは有利です。ただし売上に対して決済手数料に加えサービス利用料が上乗せされる体系が多く、売上が伸びるほど従量の手数料が積み上がります。ある売上規模を超えると、月額定額で料率の低いプランや決済代行を使ったほうが総額を抑えられる水準に達します。

Q. ネットショップの決済手数料が一番安いのはどのサービスですか？

A. 一番安いサービスは一つに決まらず、売上規模と使う決済手段によって最も有利な選択肢は入れ替わります。

本記事の試算のとおり、月商が小さいうちは固定費のかからない従量課金型のカート標準決済が手元に多く残り、売上が伸びると料率の低い決済代行が最も手取りを確保しやすくなります。料率の数字だけで選ぶのではなく、自社の売上規模で総コスト・手取りがどうなるかを基準に比べることをおすすめします。

Q. ネットショップではカート標準の決済と決済代行、どちらが手取りで有利ですか？

A. 売上が小さいうちは固定費ゼロのカート標準決済、売上が伸びたら料率が低く交渉の余地もある決済代行のほうが、手取りで有利になりやすいです。

カート標準決済は開設と同時に使える手軽さが利点ですが、決済会社・料率は基本固定で下げにくいのが特徴です。決済代行は決済会社を選べて料率交渉の余地があり、決済手段も広げやすい反面、カート・サイト側の費用が別途かかります。月商が数十万円規模に安定してきたあたりが、決済代行への切り替えを検討する一つの目安です。

Q. ネットショップの決済代行は料率（決済手数料）を交渉できますか？

A. 決済代行は決済会社を選べるため、取扱高が大きくなるほど料率を下げる交渉の余地があります。

決済代行の料率が「要お問い合わせ」と表記されるのは、不透明というより、売上規模や業種に応じて個別に条件を決めるためです。売上がまとまってきたら、現在の料率を基準に複数の決済代行から見積りを取り、条件を比べて切り替える・交渉することで、カート標準の固定料率より負担を抑えられるケースが出てきます。これが手数料を下げる最も実効的な手段です。

Q. ネットショップの無料プランから有料プランへ切り替える目安はいつですか？

A. 毎月支払う決済手数料・販売手数料の合計が、上位プランや決済代行の月額費用を上回るタイミングが切り替えの目安です。

一般には月商30〜50万円あたりが一つの判断ラインとされますが、料金体系はサービスごとに異なるため、自社の売上で試算し直すのが確実です。半期や通期の売上が見えてきたタイミングで、従量課金型を続ける場合と定額プラン・決済代行に切り替えた場合の総コストを比べると、乗り換えの判断がしやすくなります。

Q. ネットショップの決済選びでは入金サイクルも確認したほうがよいですか？

A. 入金サイクルは資金繰りに直結するため、決済手数料の料率と合わせて必ず確認したい観点です。

締めから入金までの日数や月あたりの入金回数はサービスで異なり、入金が遅いほど手元資金が拘束される期間が長くなります。仕入れや外注費の支払いが先行する事業では、料率がわずかに高くても入金の早いサービスのほうが実務上は有利なこともあります。振込回数が増えると振込手数料もかさむため、入金サイクルと振込手数料、早期入金オプションの有無をセットで見ておくとよいでしょう。

Q. ネットショップはEMV 3-Dセキュア（本人認証）に対応する必要がありますか？

A. 現在はEC加盟店が本人認証に対応していることが前提となっており、EMV 3-Dセキュアへの対応が必要です。

クレジットカード・セキュリティガイドライン【5.0版】では、2025年3月末までに原則すべてのEC加盟店にEMV 3-Dセキュアの導入が求められました。この期限はすでに過ぎており、本人認証への対応が前提となっています。決済代行やカートを選ぶときは、この本人認証への対応を任せられるかを確認しておくと安心です。

Q. ECモールへの出店とネットショップの開設では、手数料にどんな差がありますか？

A. ECモール出店は販売手数料やポイント原資など売上連動の変動費が重く、カート標準決済・決済代行の「月額＋決済手数料」とは費用の性格が異なります。

モールでは決済手数料が単独の項目として現れず、売上に対する販売手数料・システム利用料・ポイント原資などに組み込まれ、カテゴリによっては売上の十数%に及ぶこともあります。その分モール自体の集客力を借りられるため、手数料の重さと集客の手間を天秤にかけて判断する対象です。手数料の負担を抑えつつ自社で集客する前提なら、ネットショップ開設（カート標準決済・決済代行）のほうが費用を読みやすくなります。

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