取引先からメールで届くPDFの請求書や、自社がPDFで発行した請求書を、これまで印刷してファイルに綴じていないでしょうか。2024年（令和6年）1月以降、電子でやり取りした請求書の扱いは大きく変わり、印刷して紙で保管するだけでは電子帳簿保存法の要件を満たさなくなりました。
本記事では、PDF請求書を電子帳簿保存法に沿って正しく保存する方法を、受け取り方ごとの線引きから整理します。専用システムを導入しなくても、国税庁が公開する事務処理規程のひな型と検索できるファイル名の付け方で、お金をかけずに自社で要件を満たす手順まで具体的に解説します。
保存期間や、要件を満たす体制がすぐ整わない場合の猶予措置、受け取る・送る請求書の件数が多い場合にシステムで自動化する選択肢も取り上げます。自社の保存ルールを見直すための判断材料としてご活用ください。
目次
【結論】電子で受け取った・送ったPDF請求書は電子データのまま保存する
メールやクラウドサービスを通じて電子でやり取りしたPDF請求書は、電子データのまま保存する必要があります。これは電子帳簿保存法が定める「電子取引」に当たるためで、同法第7条は、電子取引を行った場合に取引情報に係る電磁的記録を保存しなければならないと定めています。
第七条 所得税（源泉徴収に係る所得税を除く。）及び法人税に係る保存義務者は、電子取引を行った場合には、財務省令で定めるところにより、当該電子取引の取引情報に係る電磁的記録を保存しなければならない。
出典：電子帳簿保存法 第7条｜e-Gov法令検索
ポイントは、受け取ったPDFを印刷して紙だけで保管するのは認められない点です。以前は電子データを出力した書面での保存も認められていましたが、税制改正でこの出力書面による保存の措置は廃止されました。国税庁の「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】」問5は、次のように説明しています。
所定の方法により取引情報（請求書や領収書等に通常記載される日付、取引先、金額等の情報）に係るデータを保存しなければなりません（令和３年度の税制改正前はそのデータを出力した書面等により保存することも認められていましたが、令和３年度の税制改正後は、当該出力した書面等の保存措置が廃止され、当該出力した書面等は、保存書類（国税関係書類以外の書類）として取り扱わないこととされました。）。
出典：電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】問5（令和8年7月）｜国税庁
この取り扱いは、受け取った請求書だけでなく、自社がPDFで発行・送付した請求書の控えにも及びます。国税庁のリーフレットも「受け取った場合だけでなく、送った場合についても保存が必要です」と明記しています。一方で、紙で郵送されてきた請求書は、これまでどおり紙のまま保存できます（スキャナ保存でデータ化する選択肢もあります）。受け取り方ごとの線引きは次章の早見表で確認してください。
よく「2024年1月から義務化された」と説明されるのは、印刷出力での保存を当面認めていた猶予期間（令和4年1月から令和5年12月まで）が終わり、令和6年1月1日以後は税制改正後の要件に従った電子データ保存が必要になったためです。印刷した紙を手元の控えとして併用すること自体は差し支えありませんが、その場合も元の電子データは消さずに残す必要があります。
出典・参考資料（3件）
受け取り方別・PDF請求書の正しい保存方法
ここからは、請求書をどう受け取ったか・どう発行したかによって保存方法がどう変わるかを整理します。まず電子帳簿保存法の全体像をおさえた上で、自社のケースを早見表で当てはめてください。
電子帳簿保存法の3つの保存区分
電子帳簿保存法は、帳簿や書類を電子的に保存する方法を3つの区分に分けて定めています。PDF請求書の扱いは、このうちどの区分に当てはまるかで変わります。
- 電子帳簿等保存：会計ソフトなどで自社が最初から電子的に作成した帳簿・書類を、電子データのまま保存する区分です。
- スキャナ保存：紙で受け取った・作成した書類を、スキャナやスマートフォンで読み取ってデータ化し保存する区分です。
- 電子取引データ保存：メール添付やクラウドなど、電子でやり取りした取引情報を電子データのまま保存する区分です。メールで届いたPDF請求書はここに当たります。
このうち、電子帳簿等保存とスキャナ保存は任意ですが、電子取引データ保存はすべての事業者に義務づけられています。請求書・領収書・契約書・見積書などを電子でやり取りした場合が対象です。
【早見表】受け取り方 × 正しい保存方法
自社が請求書をどのように受け取った・発行したかに当てはめて、正しい保存方法を確認してください。
| 受け取り方・発行方法 | 取引先からメールでPDFを受領 | 取引先サイト・クラウドからPDFをダウンロード | 自社がPDFで発行して送付（控え） | 取引先から紙で郵送・手渡しで受領 |
|---|---|---|---|---|
| 電子帳簿保存法上の区分 | 電子取引 | 電子取引 | 電子取引 | 紙保存またはスキャナ保存 |
| 正しい保存方法 | 電子データ（PDF）のまま保存する。印刷して紙だけで保管するのは不可 | 電子データ（PDF）のまま保存する。印刷して紙だけで保管するのは不可 | 送った側も電子データ（控え）のまま保存する | 紙のまま保存してよい。データ化するならスキャナ保存の要件に従う |
次章では、すべての事業者に義務づけられている電子取引データ保存の要件を、費用をかけずに満たす手順を解説します。紙で受け取った請求書のスキャナ保存は任意で、求められる要件も電子取引とは異なるため、本記事では電子（PDF）でやり取りした請求書の保存に絞って扱います。
電子取引データ保存の2つの要件を「無料で」満たす手順
電子取引データを保存するときは、「真実性の確保」と「可視性の確保」という2つの要件を満たす必要があります。制度の言葉だけ見ると難しく感じますが、いずれも専用システムを買わずに自社の運用で満たせます。ここでは、具体的に何をすればよいかを順に説明します。
要件①：真実性の確保（事務処理規程なら無料で満たせる）
真実性の確保とは、保存したデータが後から改ざんされないようにする措置です。国税庁の一問一答問18は、次の4つの措置のいずれかを行えばよいとしています。
次のいずれかの措置を行う（規４①）
出典：電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】問18（令和8年7月）｜国税庁
一 タイムスタンプが付された後の授受
二 速やかに（又はその業務の処理に係る通常の期間を経過した後、速やかに）タイムスタンプを付す
三 データの訂正削除を行った場合にその記録が残るシステム又は訂正削除ができないシステムを利用して、授受及び保存を行う
四 訂正削除の防止に関する事務処理規程を定め、備付け、運用する
一から三はタイムスタンプや専用システムの利用が前提になりますが、四の「事務処理規程を定めて運用する」は費用がかかりません。訂正や削除のルールを定めた社内規程を用意して備え付け、そのとおりに運用すれば、それだけで真実性の要件を満たせます。
規程はゼロから作る必要はなく、国税庁が「電子取引データの訂正及び削除の防止に関する事務処理規程」のWordサンプルをWebサイトで配布しています。法人の例と個人事業者の例があり、ダウンロードして自社の名称などを埋めるだけで使えます。
出典・参考資料（3件）
事務処理規程のほかに、タイムスタンプの付与や訂正削除の履歴が残るシステムでも真実性は満たせます。これらの措置の具体的な中身や、タイムスタンプが不要になる条件を条文レベルで確認したい場合は、次の記事で詳しく解説しています。
電子帳簿保存法でタイムスタンプが不要になる条件｜訂正削除履歴システムと事務処理規程の要件を条文で解説
電子帳簿保存法（電帳法）の対応で、タイムスタンプ付与の仕組みを新しく入れると、時刻認証局との契約や既存システムの改修が必要になり、月々の付与件数に応じた費用も上乗せされます。「規程を整備すれば付与しなくて済む」と社内で話題になり、その根拠を…
要件②：可視性の確保（検索できるファイル名とフォルダ運用）
可視性の確保とは、保存したデータを画面やプリンタですぐ確認でき、必要なものを検索して取り出せる状態にすることです。検索の条件は、取引年月日・取引金額・取引先の3項目を設定できることが求められます。
この検索機能も、専用システムがなくてもファイル名とフォルダの運用で満たせます。国税庁の一問一答問19は、次のような方法で保存すれば要件を満たすとしています。
例えば、以下のような方法で保存すれば要件を満たしていることとなります。
出典：電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】問19（令和8年7月）｜国税庁
１ 請求書データ（ＰＤＦ）のファイル名に、規則性をもって内容を表示する。
例）2021年（令和３年）１月31日に株式会社霞商店から受領した110,000円の請求書 ⇒「20210131_㈱霞商店_110000」
２ 「取引の相手先」や「各月」など任意のフォルダに格納して保存する。
具体的には、PDFのファイル名を「日付_取引先_金額」の形式に統一し、取引先別や月別のフォルダに整理して保存すれば、検索の要件を満たせます。表計算ソフトで索引簿を作って管理する方法も認められています。
検索要件が不要・緩和になる条件
小規模な事業者には、検索機能の確保そのものが不要になる緩和措置があります。基準期間（通常は2年前）の売上高が5,000万円以下で、税務調査の際にデータのダウンロードの求めに応じられるようにしている場合は、ファイル名や索引簿による検索機能の確保は不要です。
判定期間に係る基準期間（通常は２年前です。）の売上高が 5,000 万円以下であり、上記のダウンロードの求めに応じることができるようにしている場合又は電磁的記録を出力した書面を取引年月日その他の日付及び取引先ごとに整理されたものを提示・提出できるようにしておき、上記のダウンロードの求めに応じるようにしている場合には、上記１の設定等による検索機能の確保が不要となります。
出典：電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】問19・問51（令和8年7月）｜国税庁
売上高が5,000万円を超えるかどうかは、個人事業者は電子取引を行った日の属する年の前々年、法人は前々事業年度の売上高で判定します。該当する場合でも、電子データそのものを保存する義務は変わらない点に注意してください。
お金をかけずに今すぐ整える最短手順
ここまでの要件を、費用をかけずに満たすための手順を整理します。次の3ステップで、電子取引データ保存の体制を自社で整えられます。
- 国税庁のサイトから事務処理規程のWordサンプルをダウンロードし、自社名などを記入して備え付ける（真実性の確保）。
- 受け取った・発行したPDF請求書のファイル名を「日付_取引先_金額」の形式に統一するルールを社内で決める（可視性の検索要件）。
- 取引先別や月別のフォルダに整理して保存し、決めたルールどおりに運用を続ける。
保存先は、普段使っているパソコンのフォルダ・社内の共有サーバー・クラウドストレージのいずれでも構いません。電子帳簿保存法は特定の保存システムを求めていないため、専用のシステムを新たに導入する必要はありません。ただし、パソコンの故障でデータを失わないよう、共有サーバーやクラウドへの保管やバックアップをあわせて習慣にしておきましょう。
基準期間の売上高が5,000万円以下の事業者であれば、2のファイル名ルールを省き、データをそのまま保存して税務調査時のダウンロードに応じられるようにしておくだけでも対応できます。無理なく続けられる運用から始めるとよいでしょう。
PDF請求書の保存期間（法人・個人事業主）
PDF請求書を電子データで保存する期間は、紙の請求書と同じです。法人と個人事業主で年数が異なります。
- 法人：原則7年間（法人税法施行規則第67条第2項）。欠損金の繰越控除の適用を受ける事業年度は10年間の保存が必要です（法人税法施行規則第26条の3第1項）。
- 個人事業主：原則5年間（青色申告は所得税法施行規則第63条第1項、白色申告は同規則第102条第4項）。ただし、消費税の仕入税額控除を受ける課税事業者は、請求書等を7年間保存する必要があります（消費税法施行令第50条第1項）。
保存期間の起算日は、法人は事業年度終了の日の翌日から2か月を経過した日、個人事業主は申告期限の翌日が基準です。消費税の課税事業者である個人事業主は、所得税の5年ではなく消費税の7年に合わせておくと、区分管理の手間を避けられます。
出典・参考資料（3件）
保存期間が10年になる具体的な条件や、起算日の数え方をさらに詳しく確認したい場合は、請求書の保存期間だけを掘り下げた次の記事もあわせてご覧ください。
「相当の理由」がある場合の猶予措置
要件を満たす体制がすぐに整わない場合でも、救済のしくみがあります。令和5年度の税制改正で設けられた猶予措置により、「相当の理由」があると認められる場合は、保存時の要件を満たせないままでも電子データを保存しておけば差し支えないとされています。
令和５年度の税制改正において創設された新たな猶予措置の「相当の理由」とは、例えば、その電磁的記録そのものの保存は可能であるものの、保存時に満たすべき要件に従って保存するためのシステム等や社内のワークフローの整備が間に合わない等といった、自己の責めに帰さないとは言い難いような事情も含め、要件に従って電磁的記録の保存を行うための環境が整っていない事情がある場合については、この猶予措置における「相当の理由」があると認められ、保存時に満たすべき要件に従って保存できる環境が整うまでは、そうした保存時に満たすべき要件が不要となります。
出典：電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】問93（令和8年7月）｜国税庁
この猶予措置を受けるために、税務署への事前申請は必要ありません。ただし注意したいのは、猶予措置の対象でも電子データそのものの保存は必須で、印刷した書面だけで済ませることは認められない点です。また、システムやワークフローが整っているのに資金繰りや人手不足といった理由なく要件に従っていない場合は、猶予措置の適用を受けられません。
この猶予措置には、令和4年から令和5年までの経過措置のような期限の定めが設けられていません。とはいえ恒久的に使い続けることを前提にするのではなく、負担の少ない事務処理規程とファイル名ルールで、できる範囲から要件を満たす運用に移しておくと、税務調査の際にも自社の保存方法を説明しやすくなります。
出典・参考資料（1件）
受け取る・送るPDF請求書が多い場合は電子帳票システムで自動化
事務処理規程とファイル名ルールがあれば無料で要件を満たせますが、受け取る・送る請求書の件数が増えると、ファイル名の統一やフォルダ整理を手作業で続けるのは負担が大きくなります。保存までを仕組みで自動化したい場合は、電子帳簿保存法に対応した電子帳票システムが選択肢になります。
これらのシステムは、受け取った請求書のデータ化・保存や、発行した請求書の控えの保存を、タイムスタンプ付与や検索機能とあわせて自動で行います。特に、日本文書情報マネジメント協会（JIIMA）の法的要件認証を受けた製品は、保存の要件を満たしているかを自社で個別に確認する負担を減らせます。
保存だけが目的で件数も少ないうちは前章の無料の手動運用で十分で、受領や発行の業務もまとめて効率化したい場合に特にこうしたシステムが向いています。ここからは、受け取る側・送る側それぞれで使えるサービスを紹介します。
受け取ったPDF請求書を保存・データ化するサービス
1. Bill One（ビルワン）請求書受領（Sansan株式会社）
Sansan株式会社が運営するクラウド請求書受領サービスです。取引先から届く紙・メール・PDF・アップロードなどあらゆる形式の請求書を代理で受け取り、スキャン技術と入力オペレーターを組み合わせてデータ化し、クラウド上で一元管理します。受け取った請求書を紙・電子の形式ごとに判別し、それぞれの保存要件を満たして電子保存する点が特徴です。
電子帳簿保存法への対応では、JIIMAの「電帳法スキャナ保存ソフト法的要件認証」と「電子取引ソフト法的要件認証」の両方を取得しています。日付・取引先名称・取引金額での検索に対応し、電子取引分についてはタイムスタンプ付与と改ざん検知により、利用企業側で事務処理規程を用意しなくても要件を満たせる設計です。
インボイス制度では、国税庁システムとのAPI連携による登録番号の照会や適格請求書の自動判定にも対応しています。
2. マネーフォワードクラウド債務支払（株式会社マネーフォワード）
受け取った請求書の受領から支払までを一つの流れで管理できる、株式会社マネーフォワードのクラウドサービスです。受領した請求書のデータ化と保存に加え、支払依頼の申請・承認まで扱えます。
電子帳簿保存法のスキャナ保存と電子取引の両区分に対応し、JIIMAの「電帳法スキャナ保存ソフト法的要件認証」（認証番号000801-02）と「電子取引ソフト法的要件認証」（認証番号600800-01）の両方を取得しています。請求書をアップロードしたタイミングでタイムスタンプが自動付与される設計で、付与のタイミングを利用者が任意に変更できないため、真実性の確保を日々の運用の注意に頼らず担保できます。
料金はマネーフォワード クラウドの利用プランに応じて決まり、初期費用は0円、月額はひとり法人プランで年払い2,480円からです（2026年10月時点）。利用人数や必要な機能に合わせてプランを選べます。
発行したPDF請求書の控えを保存するサービス
3. マネーフォワードクラウド請求書Plus（株式会社マネーフォワード）
請求書の発行側に向けた、株式会社マネーフォワードのクラウド請求書発行サービスです。見積書・納品書・請求書の作成から電子送付、発行した控えの保存までを扱い、承認フローや他システムとの連携にも対応します。複数拠点・複数部門での請求業務を標準化したい中堅企業や上場準備企業での利用を想定した設計です。
電子帳簿保存法に対応し、JIIMAの「電子取引ソフト法的要件認証」（認証番号601200-01）を取得しています。自社がPDFで発行・送付した請求書の控えを、電子取引の要件を満たした形で保存できるため、発行側の保存義務に仕組みで対応したい場合に適しています。料金は請求書の発行件数や利用人数に応じて設定されるため、詳細は問い合わせで確認するとよいでしょう。
電子帳票システムの比較
ここまで紹介した3サービスを、受領・発行の別や電子帳簿保存法への対応で一覧にまとめました。自社が受け取る側・送る側のどちらを自動化したいかで見比べてください。
| サービス名 | Bill One（ビルワン）請求書受領 | マネーフォワードクラウド債務支払 | マネーフォワードクラウド請求書Plus |
|---|---|---|---|
| 対応する側 | 受領 | 受領・支払 | 発行 |
| 主な役割 | あらゆる形式の請求書を代理受領しデータ化・電子保存 | 請求書の受領から支払申請・承認までを一元管理 | 発行した請求書の控えを電子保存（請求書発行システム） |
| 電子帳簿保存法対応 | ● | ● | ● |
| JIIMA認証（保存区分） | スキャナ保存・電子取引 | スキャナ保存・電子取引 | 電子取引 |
| インボイス制度対応 | ● | ● | ● |
| 初期費用 | 要お問い合わせ | 0円 | 要お問い合わせ |
| 月額費用 | 要お問い合わせ （受領件数に応じた年額制） | 2,480円〜 （年払い・ひとり法人プラン） | 要お問い合わせ （従業員数・発行件数に応じる） |
| 詳細情報 | 公式資料を見る | オンライン相談を予約 | オンライン相談を予約 |
ここで紹介した3つ以外にも電子帳票システムは数多くあります。無料で使えるものを含め、受け取る側・発行する側の両面から選び方や機能、料金を比較して導入を検討したい場合は、次の記事で主要なサービスを詳しく解説しています。
まとめ
電子でやり取りしたPDF請求書は、受け取った側も送った側も、電子データのまま保存する必要があります。印刷して紙だけで保管するのは認められません。保存にあたっては真実性と可視性の2つの要件がありますが、国税庁が配布する事務処理規程のサンプルと「日付_取引先_金額」のファイル名ルールを使えば、専用システムを導入しなくても自社で満たせます。
保存期間は法人が原則7年、個人事業主が原則5年で、消費税の課税事業者は7年です。要件を満たす体制がすぐ整わない場合は、事前申請なしで使える猶予措置もあります。受け取る・送る請求書の件数が多く手作業での管理が難しい場合は、JIIMA認証を受けた電子帳票システムで保存を自動化する方法も検討してください。
よくある質問（FAQ）
Q. PDF請求書の保存でいう「電子取引」とは何ですか？
A. 電子取引とは、メール添付・クラウドサービス・Webサイトからのダウンロードなど、紙を介さずに電子データでやり取りした取引情報のことです（電子帳簿保存法第2条第5号）。メールで届いたPDF請求書や、自社がPDFで送った請求書はこの電子取引に当たり、電子データのまま保存する義務があります。紙で郵送されてきた請求書は電子取引には当たりません。
Q. 受け取ったPDF請求書を印刷して、紙でも控えを残しておいてよいですか？
A. PDF請求書を印刷して紙の控えを併用すること自体は問題ありませんが、元の電子データは必ず残す必要があります。電子取引データを紙に出力した書面だけで保存する措置はすでに廃止されており、印刷した書面は正式な保存書類として扱われません（国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】」問5）。紙はあくまで社内で見やすくするための補助と位置づけ、原本の電子データを削除しないよう運用してください。
Q. 紙で郵送された請求書は、わざわざデータ化して保存しなければなりませんか？
A. 紙で受け取った請求書は、紙のまま保存すればよく、データ化は義務ではありません。電子データでの保存が義務づけられているのは、メールやクラウドなど電子でやり取りした電子取引に当たる請求書だけです。紙の請求書をスキャナやスマートフォンで読み取ってデータ化し、紙の原本を廃棄したい場合は、別途スキャナ保存の要件（タイムスタンプの付与や解像度など）を満たす必要があります。
Q. システムが発行するPDFでファイル名を「日付_取引先_金額」に変更できない場合はどうすればよいですか？
A. ファイル名を自由に変更できない場合は、表計算ソフトなどで索引簿を作り、取引年月日・取引金額・取引先と保存先を一覧で管理すれば検索の要件を満たせます。国税庁もファイル名で内容を表示する方法に加え、索引簿を使う方法を認めています（一問一答問19）。
また、基準期間（通常2年前）の売上高が5,000万円以下で、税務調査時にデータのダウンロードの求めに応じられる場合は、そもそも検索機能の確保自体が不要です。
Q. 取引情報が添付PDFではなく、メール本文に書かれている場合はどう保存すればよいですか？
A. 取引金額や取引年月日などの取引情報がメール本文に記載されている場合は、そのメール本文自体を電子取引データとして保存する必要があります。国税庁は、データをメールソフト上で閲覧できるだけでは保存として十分とはいえないとしています（一問一答問5）。メール本文をPDF化する、画面を画像として保存するなどして、取引年月日・取引金額・取引先で検索できる状態にして残してください。
Q. PDF以外の画像ファイルやExcelで受け取った請求書も、電子データのまま保存が必要ですか？
A. 請求書・領収書・契約書・見積書などの取引情報であれば、ファイル形式がPDFでなくても電子データのまま保存する義務があります。電子取引データ保存の対象は形式を問わず、JPEGやPNGなどの画像ファイル、Excelファイルなどで電子的に受け取った・送った場合も同じ扱いです。紙で受け取ったものだけは、紙のまま保存するかスキャナ保存でデータ化するかを選べます。
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松嶋真倫
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