決済サービスの決済手数料を比較｜決済方法別の料率相場と自社に合う選び方

キャッシュレス決済を導入するとき、多くの事業者がまず気にするのが「売上から何パーセント引かれるのか」という決済手数料です。経済産業省の集計では、2025年の国内のキャッシュレス決済比率は58.0%（162.7兆円）に達し、そのうちクレジットカードが82.7%を占めています。店舗でもECでも、キャッシュレスへの対応はほぼ前提になりつつあります。

ただし、決済手数料はクレジットカード・QRコード・電子マネー・オンライン決済（決済代行）で料率が異なり、同じ決済手段でもサービスや業種・取扱高、適用されるプランによって変わります。大まかな相場の幅だけでは、自社がどのサービスでいくら負担するのかを判断できません。

本記事では、主要な決済サービスの決済手数料を決済方法別に一覧で比較し、手数料の仕組み・手段ごとの相場・手数料以外にかかる費用・自社に合うサービスの選び方までを整理しました。店舗・EC・サブスクのいずれを運営する担当者でも、決済サービスを選ぶ判断材料として使えます。

出典・参考資料（1件）

• 出典：2025年のキャッシュレス決済比率を算出しました｜経済産業省（https://www.meti.go.jp/press/2025/03/20260331006/20260331006.html）

主要な決済サービスの決済手数料を一覧比較

はじめに、主要な決済サービスの決済手数料を決済方法別に一覧でまとめます。店舗で使うキャッシュレス決済（クレジットカード・QRコード・電子マネー）と、ECやサブスクで使うオンライン決済・決済代行を横断し、料率と初期費用・月額費用をあわせて確認できるようにしました。

各料率は各社の公式料金に基づく値で、記載の時点を添えています。料金は改定されることがあるため、契約前には必ず各社の最新の料金ページで確認してください。

※ 料率・費用は各社公式サイトの公表内容にもとづく2026年8〜10月時点の値です。料金を個別見積りとするサービスは「要問い合わせ」としています。最新の料率・適用条件は各社の公式料金ページでご確認ください。

店舗での対面決済（クレジットカード・QRコード・電子マネー）が中心であれば、Square・Airペイ・楽天ペイ・STORES決済・stera packなどを月額費用と手数料率で比べて候補を絞れます。

ECやサブスクで複数の決済手段をまとめて導入したい場合は、PayPal・Stripe・Paysys・サブスクペイといったオンライン決済・決済代行が候補になります。以下では、料率の背景にある仕組みから、総コストでの比べ方・選び方までを順に解説します。

決済手数料とは？仕組みと誰が負担するのか

ここからは、決済手数料がそもそも何に対する費用で、なぜ業種や取扱高で料率が変わるのかを整理します。料率の数字だけを見ても判断しにくいため、背景の仕組みを押さえておくと比較がしやすくなります。

決済手数料（加盟店手数料）の仕組み

決済手数料は、キャッシュレス決済を受け付けた店舗（加盟店）が、決済1件ごとに売上の一定割合を負担する費用です。クレジットカードの場合は「加盟店手数料」とも呼ばれ、売上金はこの手数料が差し引かれたうえで入金されます。たとえば料率3%で1万円の支払いを受けると、手数料は300円、入金は9,700円という形です。

料率は一律ではなく、業種・事業規模・カードブランド・取扱高などによって変わります。一般に取扱高の大きい大手チェーンは低く、小規模な店舗や一部の業種では高くなる傾向があります。同じサービスでも、売上規模に応じて優遇料率が適用されたり、プランによって料率が分かれたりします。

この加盟店手数料が何%くらいが相場で、料率がどんな内訳で決まっているのか、交渉や乗り換えでどこまで下げられるのかは、次の記事で具体的に解説しています。

決済手数料は誰が負担するのか

決済手数料は、原則として加盟店（店舗・事業者）が負担します。利用者（消費者）が支払う代金に手数料は含まれず、店舗が売上から負担する費用です。そのため事業者にとっては、売上に対して何パーセントのコストがかかるかが、キャッシュレス導入の採算を左右します。

消費税の扱いと、顧客への上乗せ禁止

運用で迷いやすいのが、決済手数料を顧客に上乗せできるか、そして手数料に消費税がかかるかという2点です。

まず、キャッシュレス決済の手数料を理由に、現金で支払う客と異なる金額を請求することは、カードブランドの加盟店規約で認められていません。たとえば株式会社ジェーシービーの通信販売加盟店規約では、次のように定めています。

加盟店は、会員に対し、現金払いその他の決済手段を利用する顧客と異なる金額を請求したり、カードの取扱いに本規約に定める以外の制限を設ける等、会員に不利となる差別的取扱いを行わないものとします。

出典：JCB通信販売加盟店規約 第12条｜株式会社ジェーシービー

これは通信販売向けの規約の条文ですが、カード客に現金客と異なる取り扱いをしないという趣旨は、各カードブランドの加盟店規約に共通して置かれています。手数料分を上乗せして請求する運用は規約違反にあたるため、手数料は販売価格やコスト構造の中で吸収する前提で考える必要があります。

消費税については、一律に非課税と考えないよう注意が必要です。国税庁の質疑応答事例では、金銭債権の譲り受けに際して受け取る手数料の扱いについて、次のように示しています。

金銭債権の譲り受けの際に債権者から徴収する割引料、保証料又は手数料は、その名目の如何にかかわらず、金銭債権の譲受対価として非課税となります。

出典：質疑応答事例「金銭債権の買取り等に対する課税関係」｜国税庁

カード会社と直接契約し、店舗が売掛債権を譲渡する形の加盟店手数料は、この考え方にもとづき非課税となります。一方で、決済代行会社を介する場合などは、役務提供の対価として課税扱いとなることがあり、契約形態によって課否が分かれます。自社の決済手数料が課税か非課税かは、契約先や請求明細、顧問税理士に確認するのが確実です。

決済方法別の決済手数料の相場

決済手数料は決済方法によって水準が異なります。おおまかな目安を手段別に整理すると、次のようになります。個別のサービスごとの正確な料率は、記事冒頭の比較表で確認してください。

これらはあくまで目安の幅で、実際の料率はサービス・プラン・業種・取扱高で変わります。QRコード決済のように条件によって無料から数パーセントまで開きがある手段もあるため、相場の幅だけで判断せず、自社が候補とするサービスの実際の料率を確認することが大切です。

決済手数料以外にかかる費用と総コストの考え方

決済サービスのコストは、決済手数料の料率だけでは決まりません。初期費用や月額費用、入金のたびにかかる振込手数料なども含めた総額で比べないと、実際の負担を見誤ります。ここでは、料率以外にかかる費用と、総コストでの比べ方を整理します。

初期費用・月額費用・振込手数料・端末代

決済手数料のほかに発生しやすい費用は、次の4つです。初期費用は、申込時や決済端末の導入時にかかる費用で、無料のサービスもあれば数万円かかる場合もあります。月額費用は、決済システムの利用料として毎月発生する固定費で、0円のプランから数千円程度までさまざまです。

振込手数料は、売上金を自社の口座へ入金する際にかかる費用です。1件あたり数十円から数百円の固定額が多く、指定の銀行口座を使うと無料になるサービスもあります。店舗で対面決済を行う場合は、カードリーダーやQRコード読み取り用の端末代も必要になることがあります。これらは料率には表れないため、見落とすと想定より総コストが膨らみます。

決済代行で発生する手数料の種類

複数の決済手段をまとめて導入できる決済代行サービスでは、手数料が次のように細分化されていることがあります。見積りを比べるときは、料率だけでなくこれらの合計で捉えると実態に近づきます。

• 決済手数料：決済金額に対して一定割合でかかる、もっとも基本的な手数料
• トランザクション費用：決済1件ごとにかかる固定額（数円〜）
• 振込手数料：売上金を入金する際にかかる費用
• 取消手数料：決済を取り消す際にかかる費用

「1,000円の会計で何円引かれるか」で総コストをつかむ

料率をイメージしやすくするには、具体的な金額に置き換えて考えると分かりやすくなります。たとえば決済手数料が3.25%のサービスで1,000円の会計を受けると、手数料は約33円、入金は約967円です。月の売上が100万円であれば、手数料はおよそ3万2,500円になります。

ここに月額費用や振込手数料が加わると、総コストはさらに変わります。月額費用が無料で振込手数料もかからないサービスと、月額数千円・振込ごとに手数料がかかるサービスでは、料率が同じでも年間の負担に差が出ます。料率の低さだけで選ばず、自社の月間の決済件数・売上規模で総額を試算して比べることが重要です。

自社に合う決済サービスの選び方

ここからは、料率以外も含めて自社に合うサービスを選ぶための観点を整理します。決済サービスは一度導入すると乗り換えに手間がかかるため、手数料の安さだけでなく、資金繰りや運用のしやすさまで含めて判断すると失敗が少なくなります。

料率と料金プランで選ぶ

決済手数料の料率は、サービスだけでなくプランや業種・売上規模によって変わります。たとえば比較表でも、Squareは通常3.25%でも年間決済額が一定規模未満の中小事業者向けプログラムで2.5%、楽天ペイは「最強プラン」適用で2.20%〜、STORES決済・stera packはVisa・Mastercardで1.98%〜と、プランや条件によって料率が下がります。

売上規模が大きい事業者には優遇料率が用意されていることもあるため、自社の業態・想定売上を伝えたうえで適用される料率を確認するのが実態に近い比べ方です。初期費用や月額費用を含めた総コストで見る視点も、ここで合わせて持っておきたいところです。

決済サービスを「決済特化型」と「業務管理特化型」に分けて捉える考え方や、請求・回収フローの棚卸し、導入後に起こりやすい失敗パターンと防ぎ方は、以下の資料で整理しています。

入金サイクルで選ぶ

売上金がいつ入金されるかは、資金繰りに直結します。入金サイクルは「月1回」「月2回」「翌営業日」などサービスによって異なり、サイクルが長いほど手元資金が入るまでの期間が延びます。仕入れや支払いのタイミングが早い事業では、料率がやや高くても入金が早いサービスのほうが資金繰りの面で有利になることがあります。振込手数料の有無とあわせて確認しておくと安心です。

主要なオンライン決済サービスの締め日・入金日を一覧で比べたい方や、入金を早める方法を知りたい方は、以下の記事で具体的に確認できます。

審査・サポート体制で選ぶ

決済サービスの利用には加盟店審査があり、業種や取扱商材によっては審査に時間がかかったり、通らなかったりすることがあります。審査を終える前に利用を始めてしまい、後から決済や入金を止められるトラブルを避けるには、審査の手順や必要書類を事前に確認しておくと安心です。導入時の設定や運用でつまずいたときに、専任担当や電話で相談できるかなど、サポート体制も判断材料になります。

セキュリティで選ぶ（ECはEMV 3-Dセキュアへの対応が前提）

ECサイトでクレジットカード決済を導入する場合は、本人認証の仕組みであるEMV 3-Dセキュア（カード決済時に追加の本人確認を行う仕組み）への対応が前提になります。クレジットカード・セキュリティガイドライン【6.1版】では、EC加盟店の対策として次のように示されています。

イシュアーによる本人確認が適切に行われるための措置として、EC 加盟店は EMV 3-D セキュアを導入する。

出典：クレジットカード・セキュリティガイドライン【6.1版】｜クレジット取引セキュリティ対策協議会（事務局：一般社団法人日本クレジット協会）

このガイドラインは割賦販売法にもとづくセキュリティ対策の実務指針で、原則としてすべてのEC加盟店にEMV 3-Dセキュアの導入が求められています（導入の期限は旧版で2025年3月末とされていました）。ECで決済を導入するなら、検討するサービスがEMV 3-Dセキュアに対応しているか、追加費用がかかるかを確認しておきましょう。

EMV 3-Dセキュアの仕組みや旧3Dセキュア（1.0）との違い、導入後にかご落ち（決済前の離脱）を増やさない運用のポイントは、次の記事で詳しく解説しています。

複数の決済をまとめて導入するなら決済代行という選択肢

クレジットカード・QRコード・コンビニ払い・口座振替など複数の決済手段を扱いたい場合、それぞれの事業者と個別に契約すると、審査や管理の手間が増えます。決済代行サービスを使えば、複数の決済手段を1つの契約でまとめて導入でき、入金や請求の管理も一元化できます。手数料を抑えつつ決済の選択肢を広げたい事業者にとって、有力な選択肢になります。

決済代行を含め、オンライン決済システムを実店舗・EC・サブスクといった業態別に手数料や機能、選び方まで見比べたい方は、以下の比較記事もあわせてご覧ください。

ここでは、決済代行サービスを2つ紹介します。冒頭の一覧表では料率を中心に並べましたが、ここでは対応する決済手段や入金サイクルなど、導入を判断するための項目まで掲載しています。

1. Paysys（ペイシス）（株式会社ペイメントフォー）

システム開発をせずに導入できるオンライン決済サービスが、株式会社ペイメントフォーのPaysys（ペイシス）です。管理画面から請求用のURLやQRコードを発行し、メール・SMS・LINEなどで取引先に案内するだけで、クレジットカードなどの決済が完結します。メールリンク型・フォーム型・API連携型の3方式があり、スモールスタートから自社システムとの統合まで、事業の成長に合わせて使い方を変えられます。

対応する決済手段は、クレジットカード5ブランド（VISA・Mastercard・JCB・American Express・Diners）に加え、PayPayオンライン決済・コンビニ決済・ペイジー・バーチャル口座と幅広く、継続課金にも対応します。

料金は個別見積りですが、BtoB向けの限定プランでは初期費用0円・決済手数料〜1.99%が提示されています（2026年10月時点）。

本人認証のEMV 3-Dセキュアを追加費用なしで標準提供する点も、EC事業者には確認しておきたいポイントです。他社から切り替えた大手企業で、年間600万円以上の手数料削減につながった事例も公表されています（削減額は切り替え前の料率や取扱高によって異なります）。

この決済手数料がどのように決まるのかについて、同社はインタビューで次のように説明しています。

2. サブスクペイ（株式会社ROBOT PAYMENT）

継続課金・サブスクリプションの代金回収に強いのが、株式会社ROBOT PAYMENTのサブスクペイです。クレジットカード決済と口座振替を軸に、顧客情報・契約情報・請求や入金の管理までを1つのプラットフォームで扱えます。定期購入やスクール、コンテンツ配信など、毎月の課金が発生するビジネスで使われています。

料金は個別見積りで、クレジットカード決済手数料は2.5%〜、決済1件ごとのトランザクション費用が7円、口座振替手数料が85円（いずれもStandardエディション）と、費用の内訳が公開されています。決済処理に特化したStandard、会員サイト構築まで含むProfessional、インボイス制度対応の領収書自動発行に対応するインボイスの3エディションがあり、自社の運用に合わせて選べます。

累計導入企業は14,000社以上で、サブスクリプション管理市場で継続的に高いシェアを公表している点も、継続課金を扱う事業者には判断材料になります。

まとめ

決済手数料は、クレジットカード・QRコード・電子マネー・オンライン決済で料率が異なり、同じ手段でもサービスや業種・取扱高、プランによって変わります。大まかな相場だけで判断せず、候補とするサービスの実際の料率を、初期費用・月額費用・振込手数料まで含めた総コストで比べることが大切です。

複数の決済手段をまとめて導入したい場合は、決済代行サービスが選択肢になります。料率だけでなく、入金サイクル・審査やサポート・EMV 3-Dセキュアへの対応まで含めて比べ、自社に合うサービスを選んでください。気になるサービスの料金や機能は、資料をまとめて取り寄せて比較できます。

よくある質問（FAQ）

Q. 決済手数料とは何ですか？

A. 決済手数料とは、キャッシュレス決済を受け付けた店舗（加盟店）が、決済1件ごとに売上から一定割合を負担する費用です。クレジットカードの場合は「加盟店手数料」とも呼ばれ、売上金はこの手数料が差し引かれたうえで入金されます。料率は一律ではなく、業種・事業規模・カードブランド・取扱高などによって変わります。

Q. 決済手数料は経費になりますか？勘定科目は何ですか？

A. 決済手数料は、事業のために支払う費用として経費に計上でき、勘定科目は一般に「支払手数料」を使います。売上金から差し引かれて入金される形でも、差し引かれた手数料分は費用として扱えます。ただし、勘定科目の設定や仕訳の方法は会計処理の方針によって異なるため、具体的な処理は顧問税理士や会計ソフトの区分に合わせて確認してください。

Q. 決済手数料に消費税はかかりますか？

A. 決済手数料に消費税がかかるかは、契約の形態によって課税・非課税が分かれ、一律に非課税とは言い切れません。カード会社と直接契約し店舗が売掛債権を譲渡する形の加盟店手数料は、金銭債権の譲受対価として非課税となる一方、決済代行会社を介する場合などは役務提供の対価として課税扱いとなることがあります。

自社の決済手数料が課税か非課税かは、契約先や請求明細、顧問税理士に確認するのが確実です。詳しくは消費税の扱いと、顧客への上乗せ禁止をご覧ください。

Q. 決済手数料を顧客に上乗せして請求できますか？

A. 決済手数料を顧客に上乗せして請求することは、カードブランドの加盟店規約で認められていません。キャッシュレス決済の手数料を理由に、現金で支払う客と異なる金額を請求する運用は規約違反にあたります。手数料は顧客に転嫁せず、販売価格やコスト構造の中で吸収する前提で考える必要があります。

Q. 決済サービスの入金サイクルはどれくらいですか？

A. 決済サービスの入金サイクルは、「月1回」「月2回」「翌営業日」などサービスによって異なります。サイクルが長いほど売上金が手元に入るまでの期間が延びるため、資金繰りに直結します。仕入れや支払いのタイミングが早い事業では、料率がやや高くても入金が早いサービスのほうが有利になることもあります。振込手数料の有無とあわせて確認しておくと安心です。

Q. QRコード決済の手数料は本当に無料ですか？

A. QRコード決済の手数料は、条件やキャンペーン期間に限って無料・低率になる場合はありますが、常に無料とは限りません。相場はおおむね1%前後〜3.3%程度で、サービスやプラン・キャンペーンによる差が大きく、無料や低率は一定の条件や期間に限られることがあります。候補とするサービスの実際の料率と適用条件を、記事冒頭の比較表で確認してください。

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