保険診療のレセプト請求はレセコンで回っているものの、健診・予防接種・産業医・委託検査・施設利用料や自治体・法人宛の請求書は、いまも紙やExcelで作成し、印刷・封入・郵送していませんか。こうした取引先・法人向けの請求は月末月初に集中しやすく、担当者が1〜2名に偏って不在時に止まる、という悩みを抱える病院・クリニックは少なくありません。
請求書発行システムを使えば、取引先・法人宛の請求書の作成から送付、入金管理までをまとめて効率化できます。ただし、レセコンや会計ソフトとの住み分け、発行だけで足りるのか入金管理まで任せたいのか、月の発行件数に料金が見合うか、電子帳簿保存法やインボイス制度への対応、患者情報を扱う医療機関として権限管理が十分かなど、医療機関ならではの確認事項があります。
本記事では、病院・クリニックの取引先・法人宛の請求業務に使える請求書発行システムを、どこまでを任せるかというタイプ別に比較・解説します。レセコン・会計ソフトとの違い、主な機能、医療機関向けの選び方、費用相場、法令・セキュリティ対応まで整理しました。院内の請求業務に合うシステムを絞り込むための検討材料としてご活用ください。
また、貴院の状況に合わせて最適なサービスを最短で見つけられるよう、「30秒で終わる選定診断ツール」をご用意しています。ぜひこちらもご活用ください。
目次
一括ダウンロードする
本記事の対象範囲
病院・クリニックの請求は、大きく2系統に分かれます。まず押さえておきたいのが、この住み分けです。
1つは、患者からの集金です。窓口での自己負担分の支払い、払込票や口座振替による医療費の回収がこれにあたり、収納代行・決済サービスの領域になります。もう1つが、取引先・法人宛の請求書発行です。健診・予防接種・産業医契約・委託検査・施設利用料などを、企業・自治体・他の医療機関といった取引先に請求するもので、一般的な法人間（B2B）の請求書発行にあたります。
本記事が扱うのは、後者の取引先・法人宛の請求書発行です。患者からの集金（窓口・払込票・口座振替）や、保険診療のレセプト請求は対象外とし、院内の取引先・法人向け請求を紙・Excelからシステム化したい方に向けて、発行・送付・入金管理に使えるサービスを比較します。自院が解きたいのがどちらの系統かを最初に確かめると、製品選びを取り違えずに進められます。
患者からの集金（窓口・払込票・口座振替）を効率化したい場合は、口座振替やコンビニ払いなどの回収を代行する集金代行サービスが対象です。選び方は「集金代行サービスおすすめ16選を徹底比較」で解説しています。
病院・クリニックという絞り込みを外して、請求書発行システム全般を広く比較・検討したい場合は、以下の記事もあわせてご覧ください。医療機関に限らないタイプ別の選び方や、各社のインボイス・電帳法対応を幅広く確認できます。
病院・クリニックの請求業務と請求書発行システムの役割
自院のどの請求がこのシステムの対象になるのかを、まず整理しておきましょう。
請求書発行システムとは
請求書発行システムは、取引先・法人宛の請求書を作成し、メール送付・郵送代行・Web公開などの方法で届け、発行後の入金状況の管理までを担うクラウドサービスです。Excelや会計ソフトの請求書テンプレートでは追いつかなくなった、発行件数の増加・送付作業の負担・インボイス制度や電子帳簿保存法への対応・経理工数の削減といった課題に応えます。
医療機関では、保険診療のレセプト請求がレセコンで完結する一方、保険外の健診・予防接種や、産業医・委託検査・施設利用料などの取引先・法人宛の請求は別の仕組みが必要になります。この取引先・法人宛の請求を引き受けるのが請求書発行システムです。
レセコン・電子カルテ・会計ソフトとの役割分担
医療機関の事務システムは、担う業務で役割が分かれています。どこまでが請求書発行システムの守備範囲かを押さえると、重複投資や機能不足を避けられます。
- レセコン（レセプトコンピュータ）・電子カルテ：保険診療の医事会計と、審査支払機関へのレセプト（診療報酬明細書）請求を担います。患者ごとの保険点数計算・窓口会計が中心で、取引先・法人宛の請求書発行は対象外です。
- 請求書発行システム：保険外の健診・予防接種や、産業医・委託検査・施設利用料など、取引先・法人・自治体に宛てた請求書の作成・送付・入金管理を担います。本記事で比較する領域です。
- 会計ソフト：仕訳・総勘定元帳・決算書の作成といった会計処理を担います。請求書発行システムと連携すると、発行した請求データを会計へ取り込み、二重入力を減らせます。
このように、患者分はレセコン、取引先・法人宛の請求書は請求書発行システム、仕訳・決算は会計ソフト、という住み分けになります。自院で紙・Excelのまま残っているのが取引先・法人宛の請求書なら、請求書発行システムが検討対象です。
請求書発行システムの主な機能
製品によって得意領域は異なりますが、取引先・法人宛の請求で使う主な機能は次のとおりです。
- 請求書の作成：取引先・品目・金額を登録し、インボイス制度に対応した請求書を作成します。定期的な請求はテンプレートや自動発行で繰り返し作れます。
- 送付・郵送代行：メール送付・Web公開のほか、紙で届ける必要がある取引先には印刷・封入・投函を代行するサービスもあります。取引先ごとに受け取り方法を振り分けられる製品もあります。
- 入金管理（消込・督促）：発行した請求に対する入金を照合（消込）し、未入金の取引先への督促まで支援する製品があります。
- 既存システムとの連携：会計ソフトやレセコン・電子カルテとデータをやり取りし、二重入力や転記ミスを減らします。
- 法令対応：インボイス制度（適格請求書）の記載要件や、電子帳簿保存法に沿った電子保存に対応します。
病院・クリニックが請求書発行システムを導入するメリット
取引先・法人宛の請求を紙・Excelからシステムに移すと、医療機関の請求事務でよくある負担が次のように軽くなります。
月末月初に集中する請求事務を平準化できます。健診の受託が増える時期は請求も集中しやすく、作成・印刷・封入・投函が締め日前後に重なると、通常業務を圧迫して残業が増えます。テンプレートからの一括作成や定期請求の自動化、送付のオンライン化で、特定の時期に偏っていた作業を分散できます。
請求事務の属人化を解消できます。事務職員が限られる診療所では特に、作成手順やExcelの計算式が担当者1〜2名の頭の中にあると、休暇や退職・異動で業務が止まります。発行の流れと取引先マスタをシステムに載せれば、担当者が代わっても同じ手順で回せます。
紙・印刷・封入・郵送のコストと手間を減らせます。メール送付やWeb公開に切り替えられる取引先が増えるほど、用紙・封筒・切手・投函の作業が減ります。紙でなければ受け取れない取引先には、郵送代行で院内の作業だけを外に出す選択肢もあります。
請求漏れや入力ミスを防げます。手作業の請求では、発行忘れや金額の転記ミス、入金の確認漏れが起こりがちです。発行状況と入金状況を一画面で管理すれば、未発行・未入金の取引先に気づきやすくなります。
「どこまで任せるか」で選ぶ請求書発行システムのタイプ
請求書発行システムは、請求業務のどこまでをシステムに任せたいかで選ぶと絞り込みやすくなります。自院に合う範囲から、次の4つのタイプを見比べてください。
作成・発行に特化（低コストで作って送る）
取引先・法人宛の請求書を作成し、メールやWebで送るところまでを低コストで任せたいタイプです。入金管理は会計ソフトや手作業に委ね、まずは作成・送付の手間を減らしたいクリニックや、発行件数がそれほど多くない医療機関に向きます。無料プランや低価格で始められる製品が中心です。
発行・送付の自動化（郵送代行・送付代行）
作成だけでなく、送付の工数そのものを外に出したいタイプです。印刷・封入・投函を代行する郵送代行や、取引先ごとにメール・Web・FAX・郵送を自動で振り分ける送付代行が中心で、紙で受け取る取引先が一定数残る医療機関の送付負担を軽くします。
発行から入金管理まで一元化（請求管理）
請求書の発行に加えて、入金の消込・督促・債権管理までを一気通貫で回したいタイプです。月末月初の請求事務と、未収金の追跡をまとめて軽くできます。取引先数が多く、承認フローや内部統制を整えたい病院・医療法人に向きます。
大量発行・取引先ネットワーク型／請求を広く任せる
発行件数が多い、または取引先側も電子での受領を求める医療機関に向くタイプです。発行と受領の双方向をつなぐネットワーク型のプラットフォームや大規模な帳票基盤でさばけます。さらに、与信から発行・集金・消込・督促までを丸ごと代行し、請求業務そのものを外部に任せるサービスも、この「広く任せる」端に含まれます。
医療機関向けの請求書発行システムの選び方
比較表や診断ツールを読むときに、医療機関として何を確かめればよいかを5つの観点で整理します。
自院の請求業務（取引先・法人宛）に合う機能があるか
最初に確認するのは、自院の請求の形にシステムが合うかどうかです。健診や産業医のように毎月同じ取引先へ繰り返し請求するなら定期請求・自動発行が、都度の委託検査や施設利用料のように単発が多いなら個別作成のしやすさが効いてきます。
自院の請求が「定期中心か、単発中心か」「件数は月あたりどの程度か」を書き出し、その形に素直に対応する製品かで判断できます。入金管理まで必要かは次のタイプの話なので、ここでは発行・送付の形が合うかに絞って見ます。
自治体や法人の取引先が指定の請求書様式や公費請求の書式を求める場合は、その様式に合わせた帳票を作れるか、テンプレートとして登録できるかもあわせて確認します。対応可否は製品ごとに異なるため、資料請求や問い合わせで自院の様式を示して確かめるのが確実です。
既存のレセコン・会計ソフトとデータ連携できるか
連携の可否は、導入後に二重入力が残るかどうかを左右します。発行した請求データを会計ソフトへ取り込めないと、仕訳や入金記録を手作業で転記することになり、システム化の効果が薄れます。
自院が使っている会計ソフトの名前を挙げ、その製品との連携実績があるか、連携方式（API連携・CSV連携）がどこまで自動かを確認しましょう。同じ提供元の会計ソフトと組み合わせる場合は連携がスムーズなことが多く、他社製品との連携では対応状況を事前に確かめるのが分岐点になります。
患者情報を扱うための権限管理・セキュリティが十分か
医療機関は患者情報・個人情報を扱うため、誰がどの操作をできるかを制御できるかを確認しましょう。具体的には、職員ごとに閲覧・作成・発行・承認の権限を分けられるか、操作の履歴（ログ）が残るか、通信や保存データが暗号化されているか、といった点です。
承認者を通さないと発行できない設定にできれば、担当者任せの発行を避けられます。情報セキュリティの第三者認証（ISO/IEC 27001 など）の取得状況も、社内の稟議や取引先への説明の材料になります。
月の発行件数に料金が見合うか
料金は、自院の月あたりの発行件数に照らして見合うかで判断できます。料金体系には、月額固定・発行件数に応じた従量・郵送代行の1通あたりの料金などがあり、同じサービスでも件数が増えると総額が変わります。
発行件数が少ないクリニックは無料枠や低価格の固定料金で足り、件数の多い病院は従量部分や郵送代行の単価が総額に効きます。自院の月あたり件数（と、そのうち郵送が必要な通数）を当てはめて総額を試算し、比較表の料金を読むのが確実です。
電子帳簿保存法・インボイス制度に対応しているか
取引先・法人宛の請求書は、インボイス制度（適格請求書）と電子帳簿保存法に関わります。適格請求書発行事業者であれば、登録番号や税率ごとの消費税額などを記載した請求書を出せるかを確認しましょう。電子で請求書をやり取りする場合は、その電子データを法令の要件に沿って保存できるかも確認対象です。
制度の中身と各社の対応状況は後の章で詳しく扱うため、ここでは「自院の請求に必要な対応が標準で備わっているか」を確認する観点として押さえておきます。
しかし、自院がどのタイプに適しているか、といった判断が難しいケースも存在します。そのような場合でも貴院の状況に合わせて最適なサービスを最短で見つけられるように、「30秒で終わる選定診断ツール」を以下にご用意しています。ぜひこちらもご活用ください。
一括ダウンロードする
【比較表】病院・クリニック向け請求書発行管理システム比較
ここからは、自院の課題や要件に合わせて客観的に比較・選定できるよう、請求書発行システムを「どこまで任せるか」の4タイプ別に整理してご紹介します。機能・発行件数に応じた料金・法令対応・セキュリティを横並びで見比べてください。料金が公開されていない項目や、公式に非公開の項目は「要お問い合わせ」と記載しています。
作成・発行に特化（低コストで作って送る）タイプの比較表
| サービス名 | freee請求書 | Misoca | 請求QUICK | INVOY | Square 請求書 | Zoho Invoice | マネーフォワード クラウド請求書 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 提供会社 | フリー株式会社 | 弥生株式会社 | SBIビジネス・ソリューションズ株式会社 | FINUX株式会社 | Square株式会社 | ゾーホージャパン株式会社 | 株式会社マネーフォワード |
| 対応範囲 | 作成・発行・送付（上位プランで入金消込） | 作成・発行・送付 | 作成・発行・送付（入金消込も対応） | 作成・発行・送付 | 作成・発行・送付（決済一体型。郵送代行なし） | 作成・発行・送付（郵送代行なし） | 作成・発行・送付 |
| 初期費用 | 0円 | 0円 | 0円 | 0円 | 0円 | 無料 | 0円 |
| 月額費用 | 無料プランあり／有料は月6,730円〜（スタンダード） | 無料プランあり（月10通）／有料は年8,800円+税〜 | 0円（発行50通まで無料、以降従量） | 無料プランあり／有料は月980円（税込） | 無料（フリープラン）／プラスは月3,000円 | 無料（0円。2ユーザー・年間500通までの上限あり） | 個人900円/月〜・法人2,480円/月〜（年払い、常時無料プランなし） |
| 発行単価・郵送代行 | 郵送代行あり（送付単価 約100円/通） | 郵送代行1通210円（税抜） | 発行51通目〜1通30円／郵送代行1通285円（税別） | 郵送代行あり（単価は要お問い合わせ） | 発行無料・無制限（郵送代行なし／決済手数料3.25%） | 郵送代行なし（メール・SMS・顧客ポータル送付） | 郵送代行あり（上位プラン。単価は要お問い合わせ） |
| 電子帳簿保存法 | ● | ● | ● | ● | 要お問い合わせ | △電子取引のみ対応（スキャナ保存は非対応） | ● |
| インボイス制度 | ● | ● | ● | ● | ● | ● | ● |
| 会計・システム連携 | freee会計と連携（他社会計はCSV・API） | 弥生会計と自動仕訳連携（freee・マネーフォワードとも連携） | 弥生会計・勘定奉行の仕訳テンプレート標準（マネーフォワードにも取込） | freee・マネーフォワード・弥生会計と連携（CSV） | freee・マネーフォワードと連携 | Zoho製品と連携（国内会計ソフト連携は要お問い合わせ） | マネーフォワード クラウド会計・確定申告と連携 |
| 権限管理・承認 | 要お問い合わせ | 承認欄つきテンプレートのみ（承認ワークフローは要お問い合わせ） | 承認経路を所属・役職・担当者ごとに設定可（作成・承認・発行・督促） | 要お問い合わせ | 要お問い合わせ | 要お問い合わせ（社内の多段階承認は公式に記載なし） | 要お問い合わせ（承認ワークフローは上位版の請求書Plusが対応） |
| 第三者認証 | TRUSTe取得（プライバシー保護。ISMS等は要お問い合わせ） | 要お問い合わせ | 要お問い合わせ | JIIMA認証（スキャナ保存ソフト法的要件認証） | 要お問い合わせ | 要お問い合わせ | 要お問い合わせ |
| 無料プラン・無料トライアル | 無料プランあり | 無料プランあり（月10通） | 無料で使える（月額0円・発行50通まで） | 無料プランあり | 無料プランあり（発行無制限） | 無料プランあり（上限あり） | 1か月無料お試し（常時無料プランなし） |
| 詳細情報 | サービス詳細を見る | サービス詳細を見る | サービス詳細を見る | サービス詳細を見る | サービス詳細を見る | サービス詳細を見る | 公式サイト |
発行・送付の自動化（郵送代行・送付代行）タイプの比較表
| サービス名 | マネーフォワード クラウドインボイス | 楽楽明細 | MakeLeaps | @Tovas | バクラク請求書発行 | 奉行Edge 発行請求書DXクラウド |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 提供会社 | 株式会社マネーフォワード | 株式会社ラクス | メイクリープス株式会社 | コクヨ株式会社 | 株式会社LayerX | 株式会社オービックビジネスコンサルタント |
| 対応範囲 | 送付特化（Web・メール・郵送代行を自動振り分け） | 発行・送付（入金消込はオプション） | 作成・発行・送付＋入金消込（口座連携・バーチャル口座で自動照合まで可能） | 帳票配信（電子・FAX・郵送を宛先別に選択） | 作成・発行・送付（入金消込は姉妹製品） | 発行・送付（Web・メール・郵送代行・Peppol） |
| 初期費用 | 要お問い合わせ | 100,000円（税抜） | 0円 | 120,000円〜（要見積り） | 要お問い合わせ | 0円 |
| 月額費用 | 発行件数に応じて設定（要お問い合わせ） | 25,000円（税抜）〜 | 無料プランあり／有料は1ユーザー1,000円〜（税抜） | 12,000円〜＋配信通数従量 | 要お問い合わせ | 年額126,000円〜（300件/年） |
| 発行単価・郵送代行 | 郵送代行あり（単価は要お問い合わせ） | 郵送代行1通198円〜（税抜） | 郵送代行1郵送ポイント195円〜（税抜、5ページまで） | 郵送代行あり（単価は要お問い合わせ） | 郵送代行1通180円〜 | 郵送代行は別オプション（単価は要お問い合わせ） |
| 電子帳簿保存法 | ● | ● | ●無料プランのみ非対応 | ● | ● | ● |
| インボイス制度 | ● | ● | ● | 要お問い合わせ | ● | ● |
| 会計・システム連携 | 基幹・販売管理システムとAPI・CSV連携 | 販売管理・基幹システム30社以上と連携 | 勘定奉行・PCA会計・弥生会計と連携 | kintone等と連携（各種API） | 会計ソフトへ売上仕訳連携（CSV・API） | 奉行シリーズ（勘定奉行・商蔵奉行・債権奉行クラウド）とAPI連携 |
| 権限管理・承認 | ユーザー権限設定（管理者・編集者ほか）・IPアドレス制限／申請承認ワークフロー（オプション） | 承認フロー・権限管理に対応（操作ログ最大5年保存） | 承認ワークフロー・権限機能（法人プラン以上）／2要素認証 | 要お問い合わせ | 権限管理・閲覧制限（書類種類×部署・取引先単位）／申請・承認ワークフロー | 要お問い合わせ |
| 第三者認証 | JIIMA認証（電子書類ソフト法的要件認証） | JIIMA認証（電子取引ソフト法的要件認証）・プライバシーマーク取得 | JIIMA認証（2022年6月取得） | JIIMA認証（電子取引ソフト法的要件認証） | JIIMA認証（バクラクシリーズで電子取引・スキャナ保存ソフト認証を取得） | SOC1・SOC2報告書／FISC安全対策基準準拠（JIIMAは要お問い合わせ） |
| 無料プラン・無料トライアル | 要お問い合わせ | 無料トライアルあり | 無料プランあり（取引先3社・30通/月）／30日間無料トライアル | 要お問い合わせ | 無料プランあり（件数・機能に制限） | 30日間無料トライアル |
| 詳細情報 | オンライン相談を予約 | サービス詳細を見る | サービス詳細を見る | サービス詳細を見る | サービス詳細を見る | サービス詳細を見る |
発行から入金管理まで一元化（請求管理）タイプの比較表
| サービス名 | 請求管理ロボ | マネーフォワード クラウド請求書Plus | invox発行請求書 | board（ボード） |
|---|---|---|---|---|
| 提供会社 | 株式会社ROBOT PAYMENT | 株式会社マネーフォワード | 株式会社invox | ヴェルク株式会社 |
| 対応範囲 | 発行・送付〜集金・入金消込・督促 | 発行・送付＋消込（内部統制・承認ワークフロー） | 発行・送付＋入金消込・督促 | 作成・発行＋受発注・支払・損益管理が主（受取債権の入金消込・督促は実質非対応） |
| 初期費用 | 要お問い合わせ（導入・運用支援費用） | 要お問い合わせ | 0円 | 0円 |
| 月額費用 | 要お問い合わせ（月額＋請求件数従量） | 従業員数・発行件数連動（要お問い合わせ） | 無料プランあり／有料は月1,980円〜（税抜） | 月1,200円〜（税抜、Personalプラン） |
| 発行単価・郵送代行 | 郵送対応（印刷・封入・投函不要。単価は要お問い合わせ） | 郵送代行あり（オプション。単価は要お問い合わせ） | 発行1件50円（税抜）／郵送代行172円〜 | 郵送代行1通195円（税込） |
| 電子帳簿保存法 | ● | ● | ● | 要お問い合わせ |
| インボイス制度 | ● | ● | ● | ● |
| 会計・システム連携 | PCA・勘定奉行・弥生・マネーフォワード会計、Salesforce・kintoneと連携 | マネーフォワード クラウド会計Plus・Salesforceと連携 | 会計システムと連携（API連携はプロプラン） | freee・マネーフォワード・弥生・勘定奉行など計8サービスと連携 |
| 権限管理・承認 | 承認ワークフローは公式に記載なし（要お問い合わせ） | 申請・承認ワークフロー（最大10ステップ、組織・役職・個人単位）・消込権限ロール | 承認ワークフロー（承認グループ・承認パス、ベーシックプラン以上） | カスタム権限・2段階認証・シングルサインオン（アドオン） |
| 第三者認証 | ISMS（ISO/IEC 27001）・プライバシーマーク・PCI DSS準拠 | JIIMA認証（電子取引・電子書類ソフト）／SOC報告書（マネーフォワード クラウド） | ISMS（ISO/IEC 27001）取得（JIIMA認証は姉妹サービスinvox電子帳簿保存が取得） | ISMS（ISO/IEC 27001）取得（ヴェルク本体） |
| 無料プラン・無料トライアル | 無料トライアルあり | 要お問い合わせ | 無料プランあり（月15件まで） | 30日間無料トライアル |
| 詳細情報 | 公式資料を見る | オンライン相談を予約 | サービス詳細を見る | サービス詳細を見る |
大量発行・取引先ネットワーク型／請求を広く任せるタイプの比較表
| サービス名 | Bill One（ビルワン） | 請求まるなげロボ | RP掛け払い | BtoBプラットフォーム 請求書 | invoiceAgent（SVF Transact） |
|---|---|---|---|---|---|
| 提供会社 | Sansan株式会社 | 株式会社ROBOT PAYMENT | 株式会社ROBOT PAYMENT | 株式会社インフォマート | ウイングアーク1st株式会社 |
| 対応範囲 | 受領＋発行（一括発行・郵送代行。発行は別途申込み） | 与信〜請求・集金・消込・督促を代行（売掛金100%保証） | 与信〜請求・回収・消込・督促を代行（掛け払い決済。売掛金100%保証） | 発行・受取＋入金消込・督促（取引先ネットワーク型） | 帳票配信（Web・メール・郵送・Peppol、大量配信） |
| 初期費用 | あり（要お問い合わせ） | 要お問い合わせ | 要お問い合わせ | 要お問い合わせ（無料プランあり） | 20万円〜（税別） |
| 月額費用 | 年額制・請求書件数連動（要お問い合わせ） | 手数料1.0%〜＋月額固定費（要お問い合わせ） | 手数料2.0%〜＋月額利用料（要お問い合わせ） | 通数・オプションで変動（要お問い合わせ） | 5.5万円〜（税別、月700通まで） |
| 発行単価・郵送代行 | 郵送代行あり（単価は要お問い合わせ） | 請求書郵送費0円（与信通過分） | 請求書郵送費0円 | 郵送代行あり／無料プランは月100件発行まで無料 | 郵送はオプション／配信700通超は従量 |
| 電子帳簿保存法 | ● | 要お問い合わせ | 要お問い合わせ | ● | ● |
| インボイス制度 | ● | ● | 要お問い合わせ | ● | ● |
| 会計・システム連携 | 勘定奉行・弥生・freee・PCA・マネーフォワード会計ほかと連携 | 要お問い合わせ | 要お問い合わせ | 弥生・マネーフォワード・PCA会計・kintoneなど多数と連携 | SAP・Salesforce・mcframe等と連携 |
| 権限管理・承認 | シングルサインオン・2要素認証・IPアドレス制限／AI自動承認 | 要お問い合わせ（請求〜回収をまるごと代行） | 要お問い合わせ（与信〜回収を代行する掛け払い決済型） | 承認リレー（発行前の社内承認フロー） | 電子押印・承認ボタン（私書箱配信で対応。社内の権限分けは要お問い合わせ） |
| 第三者認証 | ISMS（ISO/IEC 27001）・JIIMA認証（電帳法対応ソフト） | ISMS（ISO/IEC 27001）・プライバシーマーク・PCI DSS準拠（ROBOT PAYMENT本体） | ISMS（ISO/IEC 27001）・プライバシーマーク・PCI DSS準拠（ROBOT PAYMENT本体。専用ページには記載なし） | ISMS（ISO/IEC 27001）・ISO/IEC 27017・ISMAP登録・JIIMA認証（電子取引ソフト） | JIIMA認証3区分（スキャナ保存・電子書類・電子取引ソフト法的要件認証） |
| 無料プラン・無料トライアル | 要お問い合わせ | 要お問い合わせ | 要お問い合わせ | 無料プランあり（月100件発行まで） | 無料トライアルあり（無料プランなし） |
| 詳細情報 | 公式資料を見る | 公式資料を見る | オンライン相談を予約 | サービス詳細を見る | サービス詳細を見る |
請求書発行システムの個別紹介
各サービスの機能・料金・送付方法・入金管理・連携・法令対応を、タイプ別に紹介します。気になるサービスは資料請求で詳細を確認してください。
作成・発行に特化（低コストで作って送る）タイプのサービス
まずは、取引先・法人宛の請求書を低コストで作成・送付したい医療機関に向くサービスです。
1. freee請求書（フリー株式会社）
フリー株式会社が提供するクラウド請求書サービスです。取引先・法人宛の請求書を無料で作成できるプランがあり、有料のスタンダードプランは月額6,730円から利用できます。
健診や産業医契約のように毎月発生する請求は、合算請求書の作成や定期請求の機能で繰り返し発行できます。インボイス制度・電子帳簿保存法に対応し、送付はメール送信と郵送代行から選べます。
同社の会計ソフトfreee会計とそのまま連携できるほか、他社の会計ソフトにもCSVやAPIで請求データを渡せます。
2. Misoca（弥生株式会社）
月10通までの請求書作成を恒常的に無料で続けられる、弥生株式会社のクラウド請求書作成ソフトです。見積書・納品書・請求書・領収書など7種類の帳票に対応します。
請求書の自動作成予約と自動メール送信で定期請求に対応し、CSVアップロードによる一括作成もできます。送付はメールが無料、郵送代行は1通210円（税抜）で利用できます。
弥生会計などの弥生製品と連携して請求から仕訳までを自動化できるほか、スマホアプリから請求書の作成・送付・郵送代行まで行えます。
3. 請求QUICK（SBIビジネス・ソリューションズ株式会社）
初期費用と月額基本料がいずれも0円で、請求書の発行が月50通までなら無料で使えるクラウド請求書システムです。運営はSBIグループのSBIビジネス・ソリューションズ株式会社で、継続利用の申込は7,000社を突破しています（2026年2月時点）。
インボイス制度・電子帳簿保存法に対応し、請求書の作成・承認・発行・督促の担当者を所属や役職ごとに設定できる承認経路の機能を備えます。郵送代行は1通285円（税別）です。
対応する帳票は請求書のみで、見積書・納品書・領収書の作成機能はありません。またPCからの利用が前提で、スマートフォンでの操作には対応していません。
4. INVOY（FINUX株式会社）
請求書に加えて見積書・納品書・発注書・領収書まで、5種類の帳票を無料プランで作成・発行できるクラウドサービスです。提供元はFINUX株式会社です。
見積書から納品書・請求書へワンクリックで変換でき、明細を入力し直す手間がありません。インボイス制度・電子帳簿保存法に対応し、スキャナ保存ソフトのJIIMA認証（令和3年改正法令基準）を取得しています。
送付はメール送信とPDF出力に対応し、郵送代行も利用できます。freee・マネーフォワード クラウド・弥生会計との会計データ連携にも対応します。
5. Square 請求書（Square株式会社）
請求書の作成・送付を無料・無制限で行え、費用は決済が発生したときの手数料だけという、決済サービス一体型の請求書発行サービスです。提供はSquare株式会社です。
メールやSMSで送った請求書から、受け取った取引先がそのままクレジットカードなどでオンライン決済でき、入金は最短翌営業日です。請求書経由の決済手数料は3.25%で、定期請求書や自動リマインダーにも対応します。
一方で、送付はメール・SMSが中心で、紙の郵送代行は提供されていません。紙でなければ受け取れない取引先が多い場合は、送付方法が合うかを確認しておく必要があります。
6. Zoho Invoice（ゾーホージャパン株式会社）
ゾーホージャパン株式会社が提供する、多言語・多通貨にも対応したクラウド請求書作成ソフトです。基本機能を0円で使える一方、グローバル版の記載では2ユーザー・年間500通までといった利用上限があります。
見積書から請求書への変換（手動・自動）や、支払期日の自動通知に対応します。インボイス制度には登録番号のカスタム項目と税区分表示で対応し、電子帳簿保存法は電子取引データの保存に対応（スキャナ保存は非対応）です。
送付はメール・SMS・顧客ポータル経由が中心で、郵送代行には対応していません。iOS・Androidのアプリから請求書の作成・送信まで行えます。
7. マネーフォワード クラウド請求書（株式会社マネーフォワード）
見積書から納品書・請求書・領収書までをワンクリックで変換しながら作成できる、株式会社マネーフォワードの請求書作成製品です。毎月発生する請求書の自動作成にも対応します。
インボイス制度・電子帳簿保存法に対応し、上位プランでは一括郵送・一括メール送信を利用できます。マネーフォワード クラウド会計・確定申告と連携し、売掛金の仕訳作成や入金消込と連動させられます。
常時無料のプランはなく、利用は1か月の無料お試しから始めます。料金は個人向けが月額900円から、法人向けはひとり法人プランの月額2,480円から（いずれも年払い、2026年10月時点）です。
発行・送付の自動化（郵送代行・送付代行）タイプのサービス
続いて、印刷・封入・投函や宛先別の送付そのものを自動化したい医療機関に向くサービスです。
印刷・封入・投函を外に出す郵送代行について、1通あたりの料金相場や単体で使えるサービスの選択肢もまとめて把握しておきたい場合は、以下の記事が参考になります。
8. マネーフォワード クラウドインボイス（株式会社マネーフォワード）
株式会社マネーフォワードが提供する、請求書・納品書・支払通知書などの帳票の送付業務に特化したクラウドサービスです。既存の販売管理システムや基幹システムで作成した帳票を取り込み、送付の工程だけを切り出して効率化する構成で、院内の発行の仕組みは変えずに送付負担を軽くしたい医療機関に向きます。
取引先ごとにWeb送付・メール送付・郵送代行の3つの送付方法を自動で振り分け、一括送付できます。紙でなければ受け取れない取引先には郵送代行で印刷・封入・発送を任せ、電子で受け取れる取引先にはWeb・メールを使うといった混在運用に、宛先ごとの設定だけで対応できます。既存の帳票レイアウトを再現する帳票成形機能も備えます。
インボイス制度と電子帳簿保存法に対応し、電子書類ソフト法的要件認証（JIIMA）を取得しています。月額費用は発行件数に応じて設定され、郵送代行の1通あたりの料金とあわせて公開されていないため、自院の発行・郵送件数での総額は問い合わせで確認します。
送付業務をデジタルに切り替えると、どの程度の手間やコストが減るのか。提供元のマネーフォワードは、導入企業での成果を次のように説明しています。
船井総研デジタル様では請求書発行コストの30%削減、メイコー様では債権関連業務の約3割の工数削減、奈良機械製作所様では月間33時間以上の郵送業務削減といった成果が出ています。
一番わかりやすい効果は、郵送や紙で行っていた送付業務をデジタルに置き換えることによる業務コストと郵送コストの削減です。送付していた帳票の件数が多いほど、導入効果は大きくなります。
9. 楽楽明細（株式会社ラクス）
累計16,000社以上（2026年3月末時点）が導入する、株式会社ラクスの電子帳票発行システムです。請求書・納品書・領収書のほか、健診や委託検査の支払明細といった帳票を、既存の販売管理システムが出力したCSVやPDFを取り込んで発行します。帳票を新規に作成するのではなく、確定済みのデータを取り込んで送付する仕組みです。
送付方法はWeb発行・メール送付・郵送代行・FAXの4手段で、取引先ごとに個別設定でき、紙とWebが混在する宛先を自動で振り分けられます。郵送代行は1通198円（税抜）からで、印刷・封入・投函に封筒代・紙代・印刷費まで含み、1通からの発行にも対応します。
初期費用100,000円（税抜）、月額25,000円（税抜）からで、発行件数やオプションにより変動します。インボイス制度・電子帳簿保存法に対応し、電子取引ソフト法的要件認証（JIIMA）を取得しています。無料で試せるトライアル環境も用意されています。
10. MakeLeaps（メイクリープス株式会社）
見積書から請求書、支払通知書まで10種類の書類に対応する、クラウド型の請求管理サービスです。運営するメイクリープス株式会社は株式会社リコーの100%子会社で、作成から送付、入金消込までを1つのサービスで扱えます。
作成した帳票は、Web上の取引ポータル・メールのセキュア送信・郵送代行・Peppol送信（法人プラン以上）から送付方法を選べます。郵送代行は印刷・封入・切手貼付・投函までを代行し、1郵送ポイント195円（税抜、5ページまで）で利用できます。取引先3社・送付30通/月までの無料プランや、30日間の無料トライアルから試せます。
月額料金は、1ユーザーあたり個人プラン1,000円、法人プラン1,300円（いずれも税抜、法人は取引先数に応じた従量が加わる）です。インボイス制度に対応し、電子帳簿保存法にも対応します（無料プランのみ非対応、2022年6月にJIIMA認証を取得）。
11. @Tovas（コクヨ株式会社）
請求書や支払通知書などの帳票データ（CSVなど）をアップロードすると帳票を自動生成し、取引先ごとの方法で配信する、コクヨ株式会社の電子帳票配信システムです。2004年のクラウド提供開始以来、利用件数は60,000件以上（2023年1月時点）です。
取引先ごとに電子ファイル（Web・メール）・FAX・郵送の受け取り方法を選べる点が特徴です。FAXはクラウド型のFAX基盤を使うため専用サーバーがいらず、郵送は印刷・仕分け・封入封かんから投函までを代行します。FAXや紙で請求書を受け取る取引先が残る医療機関でも、宛先ごとに送付方法を使い分けられます。
2025年5月からは帳票を「受け取る」機能の提供も順次始まっています。電子帳簿保存法については、アーカイブオプションが電子取引ソフト法的要件認証（JIIMA）を取得しています。料金は初期費用120,000円・月額12,000円からの例が公開され、配信通数に応じた従量課金が加わるため、総額は帳票の種類や件数に応じた個別見積もりで確認します。
12. バクラク請求書発行（株式会社LayerX）
株式会社LayerXが提供する「バクラク」シリーズの帳票発行システムです。請求書・見積書・納品書・支払通知書などの帳票を、既存の基幹システムや業務を変えずに作成・送付・管理まで電子化でき、CSV・PDFの取り込みによる一括・個別作成に対応します。
送付方法はメール・Web（送付先ポータル）・郵送代行の3経路で、取引先ごとに郵送かメールかを指定して一括送付できます。郵送代行は1通180円（封入枚数に応じて変動）からで、当日18:30までの依頼で最短翌営業日に発送され、Web上から1件単位で依頼できます。
月次で同じ内容を発行する書類の定期作成（2025年6月提供）や、取引先がWeb上で承認・差し戻しできる機能（2026年1月提供）など、発行後のやり取りまで機能が広がっています。入金消込・督促は姉妹製品のバクラク債権管理が担います。インボイス制度・電子帳簿保存法に対応し、初期費用・月額は公開されていないため資料請求で確認します。
13. 奉行Edge 発行請求書DXクラウド（株式会社オービックビジネスコンサルタント）
奉行シリーズとのAPI連携を前提に、請求書の発行業務をデジタル化する、株式会社オービックビジネスコンサルタント（OBC）のクラウドサービスです。勘定奉行・商蔵奉行・債権奉行クラウドと連携し、販売管理システムから出力した請求書データの取り込み以降を自動化します。
対応帳票は請求書・納品書・支払明細書・支払通知書・注文書などで、見積書の作成には対応しません。送付方法はWeb配信・メール配信・郵送代行・Peppol配信の4系統で、郵送代行は基本料金に含まれない別オプションとして提供されます。
初期費用は0円で、料金は年額制です。年300件で126,000円、600件で198,000円、1,200件で284,400円（いずれも税抜）からで、月25件から利用できます。インボイス制度・電子帳簿保存法に対応し、30日間の無料トライアルも用意されています。
発行から入金管理まで一元化（請求管理）タイプのサービス
次に、発行から入金消込・督促・債権管理までを一気通貫で任せたい病院・医療法人に向くサービスです。
14. 請求管理ロボ（株式会社ROBOT PAYMENT）
株式会社ROBOT PAYMENTが提供する、請求書の発行・送付から集金・入金消込・未入金の督促までをまとめて自動化するクラウド型の請求管理システムです。単発・定期定額・定期従量の請求タイプを設定でき、取引先ごとにメール送付と郵送を使い分けられます。郵送の場合も印刷・封入・投函は不要です。
発行後の入金管理では、全銀データ・CSVのほか、追加オプションのバンクチェック（バーチャル口座）で入金情報を取り込み、請求と入金を自動で照合します。振込名義が一致しない入金も、一度手動で紐付ければ次回から自動で消し込むAI消込学習に対応し、消込精度は99%以上（バンクチェック利用時の自社データ）としています。
未入金の取引先には、期限前のリマインドと期限後の催促を日数指定で自動送信する催促メールで対応できます。PCA会計・勘定奉行・弥生会計などの会計ソフトやSalesforce・kintoneと連携し、インボイス制度・電子帳簿保存法にも対応します。料金は月額基本料に請求件数の従量を加えた体系で、初期費用とともに公式サイトでは非公開のため、資料請求での確認が必要です。
15. マネーフォワード クラウド請求書Plus（株式会社マネーフォワード）
マネーフォワード クラウドシリーズのうち、中堅・上場企業やIPO準備企業に向けた請求書発行システムです。CRMや販売管理システムと連携して受注データを取り込み、契約期間に応じて売上を按分したり、複数データを合算したりして請求書を作成できます。
内部統制に必要な申請・承認ワークフローを備え、最大10ステップで組織・役職・個人単位に承認者を指定できます。送付済みの請求データと入金データは消込画面で消し込め、消込が完了すると消込仕訳が自動で作成されます（入金データは事前に個別入力またはCSVで登録します）。
売上仕訳はマネーフォワード クラウド会計Plusへワンクリックで連携でき、インボイス制度・電子帳簿保存法にも対応します（JIIMA認証取得）。作成できる帳票は請求書と見積書で、料金は契約形態により従業員数または発行件数に応じて決まり、初期費用とともに公式サイトでは非公開のため問い合わせが必要です。
16. invox発行請求書（株式会社invox）
請求データを取り込んで送信方法を指定すると、紙・電子を問わずインボイス制度に対応した請求書を発行できる、株式会社invoxの請求書発行システムです。請求書に加えて見積書・納品書・支払通知書も自由なレイアウトで作成でき、見積書から納品書・請求書へ情報を引き継げます。
発行後は売上計上・入金消込・督促までを自動化できます。自動消込は、入金金額と請求金額の一致、取引内容と得意先の口座名義の一致を条件に実行され、同一得意先への合算入金にも対応します。未入金の得意先には入金確認メールを送れるほか、GMOあおぞらネット銀行のバーチャル口座を使った消込も利用できます。
料金は初期費用0円で、月額はフリーの0円からミニマム1,980円、ベーシック9,800円、プロフェッショナル29,800円（いずれも税抜）の4段階です。入金消込やオンラインバンク連携、申請・承認ワークフローはベーシックプラン以上で利用できます。請求書の発行は1件50円（税込55円）の従量で、郵送代行やFAX・SMS送付にも対応します。
17. board（ボード）（ヴェルク株式会社）
ヴェルク株式会社が開発・運営するクラウド型の業務・経営管理システムです。見積書・請求書など11種類以上の書類作成に加え、受注・発注・支払管理、売上見込み・キャッシュフロー予測、案件単位の損益管理までを一元的に扱えます。
在庫管理機能を持たず、モノを在庫として持たない受託・サービス業向けに機能を絞った設計です。インボイス制度には、適格請求書発行事業者の登録番号表示や税率別の金額・消費税額の表示、適格返還請求書の作成で対応します。会計ソフトはfreee会計・マネーフォワード クラウド会計とAPI連携、弥生会計・勘定奉行とはCSV連携など計8サービスにつながります。
料金は初期費用0円で、月額はPersonalプランの1,200円（1名まで）からPremiumプランの7,900円（50名まで、いずれも税抜）まで、利用人数に応じた4プランです。郵送代行は1通195円（税込）、無料トライアルは30日間です。運営会社のヴェルク株式会社はISMS（ISO/IEC 27001）認証を取得し、有料導入は6,000社を突破しています（公式サイト記載）。
大量発行・取引先ネットワーク型／請求を広く任せるタイプのサービス
最後に、大量発行や取引先の電子受領に対応したい、あるいは請求業務そのものを広く任せたい医療機関に向くサービスです。
18. Bill One（ビルワン）（Sansan株式会社）
請求書の受領と発行を同じプラットフォームで扱えるのが、Sansan株式会社が提供するBill One（ビルワン）です。2025年5月末時点で20万社を超える企業が同社の請求書ネットワーク上で請求書を取り交わしており、取引先側の電子受領とあわせて請求業務を基盤上でデータ化できます。
発行機能では、メール送付と郵送代行による一括発行、メール送付分の開封状況の確認、CSVの取込・出力などに対応します。インボイス制度と電子帳簿保存法に対応し、電帳法対応ソフトとしてJIIMA認証を取得しています。年額費用は請求書の件数に応じて決まり、利用ユーザー数による追加料金や保存件数の上限はありません。
発行機能の利用には受領とは別の申込みが必要で、料金は初期費用と年額費用で構成され、具体的な金額は要お問い合わせです。会計ソフトは勘定奉行クラウド・弥生会計・freee会計・PCAクラウド 会計・マネーフォワード クラウド会計などと連携でき、導入時には専任担当者が設定から定着まで伴走します。
19. 請求まるなげロボ（株式会社ROBOT PAYMENT）
請求業務そのものを外部に委託したい医療機関に向くのが、株式会社ROBOT PAYMENTの請求まるなげロボです。取引先の与信審査から請求書の発行・送付、代金回収、入金消込、督促までを同社が代行する、請求〜回収業務に特化したアウトソーシングサービスです。
与信を通過し適格債権と判断された債権については、入金遅延や貸し倒れが生じても売掛金が100%保証されます。督促は同社の担当窓口によるメール・電話に加えて弁護士法人が対応します。契約は法人に限られ、与信を通過しなかった取引先分は同じプラットフォーム上で自社管理できます。
料金は手数料・月額固定費・請求書郵送費用の3要素で構成され、手数料は1.0%〜、与信通過企業分の請求書郵送費は0円です。具体的な月額や初期費用は料金表の取り寄せが必要な要お問い合わせです。毎月5営業日までに依頼した請求は当月末に入金され、導入時は専任担当による3か月の支援が付きます。
20. RP掛け払い（株式会社ROBOT PAYMENT）
RP掛け払いは、株式会社ROBOT PAYMENTが提供する企業間取引向けの掛け払い（後払い）決済代行サービスです。取引先への与信審査、請求書の作成・送付、決済管理、入金確認・消込、催促・督促、問い合わせ対応までをまとめて代行します。利用対象は法人間取引に限られます。
毎月5営業日までに依頼した請求は当月末に入金され、早払いオプションを使うと最短5営業日まで前倒しできます。与信を通過した適格債権は、入金遅延や貸し倒れが起きても上限枠なしで100%保証されます。取引先ごとに銀行振込・口座振替・クレジットカードなど複数の決済手段を一元管理できます。
手数料は料金ページで2.0%〜とされ、取り扱う商材や販売方法に応じて個別に算出されます。初期費用・月額利用料は要お問い合わせで、請求書の郵送費用は0円です。利用開始までは通常1か月ほどで、運用が安定するまで3か月のオンボーディングが行われます。
21. BtoBプラットフォーム 請求書（株式会社インフォマート）
株式会社インフォマートが運営する電子請求書サービスで、請求書の発行・受取から支払通知書・支払明細書の発行まで、請求業務全体をクラウド上でデータ化します。PDFなどへの変換を介さずデータのまま授受する方式を採用し、2025年8月時点で利用企業数120万社を突破したと発表されています。
送付はWeb・メール・PDF・郵送代行・Peppol（デジタルインボイス）に対応し、学習型の自動入金消込や督促も利用できます。発行側には月間100件まで発行無料・受取無制限の無料プランがあり、取引先は発行・受取とも無料で利用できます。有料プランでは発行枚数やユーザー数の上限はありません。
インボイス制度と電子帳簿保存法に対応し（電子データは最長12年間保管）、請求書サービスとしてJIIMA認証を取得しています。会計ソフトは弥生会計・マネーフォワード クラウド会計・PCA会計シリーズ・kintoneなど多数と連携できます。初期費用・月額は通数やオプションに応じて変動するため要お問い合わせです。
22. invoiceAgent（ウイングアーク1st株式会社）
invoiceAgent（現：SVF Transact）は、自社で使っている請求書・納品書などの帳票フォーマットを変えずに、取引先ごとに異なる方法で電子交付できる帳票流通プラットフォームです。帳票基盤SVFを手がけるウイングアーク1st株式会社が提供しています。
私書箱配信・受信者サイト配信・リンク配信・メール添付・郵送（オプション）・BtoBプラットフォーム連携・Peppolなど、複数の配信方法から取引先ごとに選べます。製造業では月間約2万通の請求書・納品書の発送をWeb配信へ移行し、年間約1,700万円のコスト効果が出た導入事例が紹介されています。
料金は初期費用20万円〜・月額5.5万円〜（いずれも税別）で、基本プランに月700通の配信・10ユーザー・ストレージ5GBを含み、超過分は従量課金です。配信通数に応じて単価が決まる従量制のため、利用通数を事前に確定する必要はありません。年間契約で、電子帳簿保存法・インボイス制度に対応しJIIMAの3区分の認証を取得しているほか、AI OCR・タイムスタンプは有償オプションとして用意されています。
費用相場
請求書発行システムの費用は、どこまでを任せるかで相場が変わります。2026年10月時点の料金体系の傾向を、タイプ別に示します。
作成・発行に特化したタイプは、無料プランから使えるものが多く、有料でも月額1,000〜数千円程度から始められます。
発行件数が少ないクリニックや、まず作成・送付だけを効率化したい場合に、コストを抑えて導入できます。ただし無料プランは月あたりの発行件数や使える機能に制限があることが多く、自院の件数に合うかを確かめる必要があります。
発行・送付の自動化や、発行から入金管理まで一元化するタイプは、月額数千円から数万円程度に、郵送代行の1通あたりの料金や発行件数に応じた従量課金が加わる構成が一般的です。郵送代行は1通あたりおよそ170〜285円が目安です。
システム利用料は製品によって幅があります。郵送が必要な通数が多いほど、また入金消込・督促まで任せるほど総額は上がるため、自院の発行件数と郵送通数を当てはめて試算するのが確実です。
大量発行・取引先ネットワーク型や、請求業務を広く代行するタイプは、発行件数・取引規模に応じた従量課金や、要お問い合わせの個別見積もりが中心です。帳票配信型では、初期費用に月額基本料と配信通数の従量が加わる構成が一般的です。
年額制を採るサービスもあり、請求代行では回収額に対する手数料がかかる形もあります。導入前に自院の規模で見積もりを取り、他タイプと総額で比べましょう。各サービスの個別の料金は、上の比較表をご確認ください。
電子帳簿保存法・インボイス制度への対応と医療機関のセキュリティ要件
取引先・法人宛の請求には、法令対応と、患者情報を扱う医療機関ならではのセキュリティという2つの論点があります。制度の中身を押さえたうえで、各社の対応状況を確認しましょう。
電子帳簿保存法・インボイス制度への各社の対応
電子帳簿保存法（電帳法）は、国税関係の帳簿・書類を電子データで保存する際のルールを定めた法律です。注意したいのは、「電子保存が義務」となるのは、メールやWebでやり取りした請求書などの電子取引データに限られる点です。
電帳法は第7条で、「電子取引を行った場合には、財務省令で定めるところにより、当該電子取引の取引情報に係る電磁的記録を保存しなければならない」と定めています。
一方で、紙で受け取った書類をスキャンして保存するスキャナ保存や、自社で作成する帳簿の電子保存は、法律上「電磁的記録の保存をもって（紙の保存に）代えることができる」とされる任意の方法です（同法第4条）。したがって、電帳法への対応は一律にすべてが必須というわけではなく、まずは電子でやり取りした請求書データの電子保存が自院に必要か、という観点で確認するのが出発点になります。
電子取引データを保存する際の原則的なルールは、国税庁が次の3つに整理しています。
原則的な電子取引データ保存のルールは３つ！！
出典：電子取引データを適切に保存できていますか？（令和6年11月）｜国税庁
① 改ざん防止のための措置をとること
② 保存データを確認するためのディスプレイやプリンタ等を備え付けること
③ 「日付・金額・取引先」の３つの要素で検索できること
また、③の検索要件には、基準期間（2年〈期〉前）の売上高が5,000万円以下であるなど一定の条件を満たし、ダウンロードの求めに応じられる場合は不要とする緩和措置があります。自院の規模が該当するかは、上記リーフレットの注記で確認できます。
インボイス制度は、令和5年（2023年）10月1日から始まった制度で、正式には「適格請求書等保存方式」といいます。国税庁は適格請求書を次のように説明しています。
「売手が、買手に対し正確な適用税率や消費税額等を伝えるための手段」であり、適用税率や消費税額のほか、登録番号などの一定の事項が記載された請求書や納品書その他これらに類するものをいいます。
出典：適格請求書等保存方式の概要 ‐インボイス制度の理解のために‐｜国税庁
適格請求書には、次の事項を記載する必要があります。システムが「インボイス対応」とは、これらを満たした請求書を出力できることを指します。
出典：適格請求書等保存方式の概要 ‐インボイス制度の理解のために‐｜国税庁
- ① 適格請求書発行事業者の氏名又は名称及び登録番号
- ② 取引年月日
- ③ 取引内容（軽減税率の対象品目である旨）
- ④ 税率ごとに区分して合計した対価の額（税抜き又は税込み）及び適用税率
- ⑤ 税率ごとに区分した消費税額等
- ⑥ 書類の交付を受ける事業者の氏名又は名称
各サービスが電帳法・インボイス制度にどこまで対応しているか、またJIIMA認証を取得しているかは、上の比較表の対応列で見比べられます。JIIMA認証は、公益社団法人日本文書情報マネジメント協会が、ソフトウェアが電帳法の要件を満たしているかをチェックして付与するものです。
ただし認証は電子取引ソフト・スキャナ保存・電子帳簿など用途別に系統が分かれており、「認証があれば電帳法の全要件を自動的に満たす」わけではなく、運用面を含めた要件を別途満たす必要がある点に注意してください。
出典・参考資料（1件）
紙・Excelの請求書を電子に切り替える方法や、電子帳簿保存法に沿った保存の進め方そのものをさらに詳しく確認したい場合は、以下の記事で3つの電子化の方法と要件・手順を解説しています。
患者情報を扱う医療機関のセキュリティ要件（権限管理・アクセス制御・JIIMA等の認証）
医療機関は患者情報・個人情報を扱うため、請求書発行システムにも相応のセキュリティが求められます。確認したいのは、職員ごとに閲覧・作成・発行・承認の権限を分けられるか（アクセス制御）、誰がいつ何をしたかの操作履歴（ログ）が残るか、通信や保存データが暗号化されているか、といった点です。承認を経ないと発行できない設定にできれば、担当者任せの発行や誤発行を防ぎやすくなります。
提供元が情報セキュリティの第三者認証（ISO/IEC 27001 など）やプライバシーマークを取得しているかも、社内の稟議や取引先への説明に使える判断材料です。各社のセキュリティ・認証の状況は、比較表の該当列で確認してください。
病院・クリニックで導入する際の注意点
導入でつまずきやすい点を、あらかじめ押さえておきましょう。
レセプト請求用のシステムではありません。請求書発行システムが扱うのは取引先・法人宛の請求で、保険診療のレセプト請求はレセコン・電子カルテの領域です。レセプト業務の効率化を期待して導入すると用途が合わないため、自院で紙・Excelのまま残っている請求が取引先・法人宛かどうかを確かめてから選びます。
導入前に請求フローを整理します。誰が請求内容を確定し、誰が承認し、いつ発行・送付するのか、という流れが曖昧なままシステムを入れると、現場で運用が定着しません。現状の作業を書き出し、システムに載せる手順を決めてから導入すると、移行がスムーズです。
帳票の形式や承認ルールを確認します。取引先によっては請求書の様式や押印・送付方法に指定があることがあります。自院が出している請求書の形式を再現できるか、必要な承認の段階を設定できるかを、導入前に確かめておきます。
取引先の電子対応も確認します。電子での受け取りに対応していない取引先には、引き続き紙での送付が必要です。メール・Web・郵送を宛先ごとに振り分けられるか、郵送代行があるかを確認し、電子化できる取引先とそうでない取引先の両方に対応できる形にします。
データ移行と権限設定も計画に入れます。既存の取引先マスタや過去の請求データの移行には一定の工数がかかります。あわせて、患者情報を扱う医療機関として、職員ごとの権限をどう設定するかも導入時に決めておくと、運用開始後の手戻りを防げます。
病院・クリニックの導入事例と削減できた手間・コスト
請求書発行システムを導入した医療機関では、紙・印刷・封入・郵送に割いていた手間がどのように変わるのかを見ておきましょう。
取引先・法人宛の請求を紙で運用していると、締め日のたびに請求書を印刷し、封入し、宛名を確認して投函する、という作業が発生します。発行件数が増えるほどこの単純作業に時間と人手が取られ、用紙・封筒・切手の費用も積み上がります。
メール送付やWeb公開に切り替えられる取引先が増えるほど、こうした作業と費用を減らせます。紙でなければ受け取れない取引先には郵送代行を使い、院内の印刷・封入・投函だけを外に出す運用も選べます。
病院・クリニックそのものの公表事例は多くありませんが、同じ電子帳票発行の仕組みを使う医療・福祉分野では、削減実績が公表されています。
たとえば、ある電子帳票発行システムを導入した会員向け福利厚生サービス事業の団体では、帳票発行に関わる事務作業を月間約10時間以上、郵送コストなどを含めて年間約50万円削減できたとしています。
治験業務を支援する医療関連企業でも、印刷・封入などの単純作業にかかる時間が、月約40時間から8時間へと5分の1に短縮された例があります。
削減できる手間やコストの幅は、自院の発行件数・郵送比率・選ぶサービスのタイプによって変わります。自院に近い規模・業種の導入事例があれば、どの作業がどれだけ減ったかを具体的に確認できるため、各サービスの資料請求や導入事例で照らし合わせると、導入後のイメージをつかみやすくなります。
まとめ
本記事では、病院・クリニックの取引先・法人宛の請求業務に使える請求書発行システムを、「どこまで任せるか」の4タイプ別に比較・解説しました。
選定でまず重要なのは、自院が解きたいのが患者からの集金か、取引先・法人宛の請求書発行かを切り分けることです。そのうえで、作成・送付だけで足りるのか、入金管理まで任せたいのか、大量発行や請求代行まで広く任せたいのかという守備範囲を決めると、候補を絞り込めます。
あわせて、既存のレセコン・会計ソフトとの連携、月あたりの発行件数に見合う料金、電子帳簿保存法・インボイス制度への対応、患者情報を扱う医療機関としての権限管理・セキュリティを確認すれば、自院に合うタイプが見えてきます。
MCB FinTechカタログでは、これらの請求書発行システムの詳細な資料を無料で請求できます。各社の資料を見比べて、院内の請求業務に合うシステムの検討を進めてください。
一括ダウンロードする
よくある質問（FAQ）
Q. 病院・クリニック向けの請求書発行管理システムとは何ですか？
A. 病院・クリニック向けの請求書発行管理システムとは、健診・予防接種・産業医・委託検査・施設利用料など、取引先・法人・自治体に宛てた請求書の作成から送付、入金管理までを担うクラウドサービスです。保険診療のレセプト請求や患者からの窓口集金は守備範囲が異なり、院内に紙・Excelで残っている取引先・法人向けの請求業務を効率化するために使います。
Q. レセコンがあれば請求書発行システムは不要ですか？
A. レセコンがあっても、取引先・法人宛の請求書を発行しているなら請求書発行システムは検討に値します。レセコン（レセプトコンピュータ）が担うのは保険診療の医事会計と審査支払機関へのレセプト請求で、健診や産業医契約、委託検査、施設利用料などを企業・自治体に請求する業務は対象外です。この取引先・法人宛の請求を紙・Excelで回しているなら、両者は役割が重ならないため併用します。
Q. 請求書発行システムで患者からの医療費も集金できますか？
A. 本記事で扱う請求書発行システムは取引先・法人宛の請求書発行が対象で、患者からの窓口集金や医療費の回収は守備範囲が異なります。患者の自己負担分の支払いや、払込票・口座振替による回収は、収納代行・決済サービスの領域です。自院が解きたいのが患者集金か取引先・法人宛の請求かを最初に切り分けると、製品選びを取り違えずに進められます。
Q. 小規模なクリニックでも請求書発行システムは必要ですか？
A. 小規模なクリニックでも、法人・自治体宛の請求や委託費の請求書発行があるなら導入する価値があります。発行件数が少なくても、請求書の作成・印刷・封入・郵送や、担当者1〜2名への属人化といった手間は件数に関係なく発生します。件数が少ない場合は、無料プランや低価格の作成・発行特化タイプから始めると、コストを抑えて効果を確かめられます。
Q. 無料で使える請求書発行システムはありますか？
A. 無料プランを備えた請求書発行システムはあります。本記事で紹介した製品では、Misocaが月10通まで、請求QUICKが月50通まで、BtoBプラットフォーム 請求書が発行側で月100件まで無料で利用でき、freee請求書・INVOY・Zoho Invoice・MakeLeapsにも無料プランがあります。
ただし無料プランは発行件数や使える機能（郵送代行・入金管理など）に制限があることが多いため、自院の月あたり件数と必要な機能に合うかを確認してください。
Q. 請求書発行システムの電子帳簿保存法への対応は必要ですか？
A. 電子帳簿保存法で電子保存が義務となるのは、メールやWebでやり取りした請求書などの電子取引データに限られ、紙の書類をスキャンするスキャナ保存や自社で作る帳簿の電子保存は任意の方法です。取引先・法人宛の請求書を電子でやり取りするなら、その電子データを改ざん防止措置や「日付・金額・取引先」での検索要件などに沿って保存する必要があります。
各製品が電子取引データの保存に対応しているか、JIIMA認証を取得しているかは、本記事の比較表の対応列で確認できます。
出典・参考資料（2件）
Q. 請求書発行システムはインボイス制度への対応が必要ですか？
A. 自院が適格請求書発行事業者として取引先に適格請求書（インボイス）を交付するなら、対応は必要です。インボイス制度（適格請求書等保存方式）は令和5年（2023年）10月1日から始まり、登録番号や税率ごとの消費税額などの記載事項を満たした請求書が求められます。システムが「インボイス対応」とは、これらの事項を満たした請求書を出力できることを指すため、導入前に比較表のインボイス列で確認してください。
出典・参考資料（1件）
Q. 発行件数が多い病院でも郵送代行に対応できますか？
A. 紙でなければ受け取れない取引先が多い病院でも、郵送代行で印刷・封入・投函を任せられる製品が複数あります。本記事で紹介した製品では、楽楽明細が1通198円（税抜）から、バクラク請求書発行が1通180円から、MakeLeapsが1郵送ポイント195円（税抜）からなど、1通あたりの料金で利用できます。
電子で受け取れる取引先にはメール・Web送付を使い、紙の取引先だけ郵送代行に回す混在運用もでき、発行件数が増えるほど院内の印刷・封入・投函の負担を抑えられます。
Q. 請求書発行システムは既存の会計ソフトと連携できますか？
A. 多くの請求書発行システムは会計ソフトと連携でき、発行した請求データを会計へ取り込んで二重入力を減らせます。同じ提供元の会計ソフト（freee会計、マネーフォワード クラウド会計、弥生会計など）との組み合わせは連携がスムーズなことが多く、他社製品とはAPI連携やCSV連携で対応する形が一般的です。自院が使っている会計ソフト名を挙げ、その製品との連携実績と連携方式を導入前に確認してください。
病院・クリニック向け請求書発行管理システムの料金・資料を一括チェック
MCB FinTechカタログでは、病院・クリニックの取引先・法人宛請求に使える請求書発行システムの最新資料を無料で一括請求できます。発行件数に見合う料金や電子帳簿保存法・インボイス制度への対応を見比べられます。
一括ダウンロードする
MCB FinTechカタログに掲載しませんか？
MCB FinTechカタログでは、掲載企業様を募集しています。マネックスグループの金融実務ノウハウを活かした独自の評価軸と検索設計により、導入検討者が最適なサービスを効率的に発見できる法人向け比較プラットフォームです。掲載後は管理画面から料金表や導入事例を随時更新でき、常に最新の情報を訴求可能。まずは下記フォームより、お気軽にお問い合わせください。
マネックス証券 フィナンシャル・インテリジェンス部 暗号資産アナリスト
松嶋真倫
監修の範囲は記事の一般的な解説部分であり、比較表および各製品・サービスの紹介内容は監修の対象外です。
