マイナンバー収集サービスを比較｜システム導入型・収集代行BPO型の違いと選び方

従業員や扶養家族、報酬の支払先からマイナンバーを集める作業に、手間や漏えいの不安を感じていませんか。紙の提出書類や表計算ソフトでの管理は、本人確認の手間や未提出者への督促、安全な保管・廃棄まで考えると負担が大きく、担当者に業務が集中しがちです。収集から保管・廃棄までを仕組み化・代行できるマイナンバー収集サービスを検討する企業が増えています。

マイナンバー収集サービスには、自社で効率的に集める「システム導入型」と、集める作業ごと外部に任せる「収集代行・BPO型」があり、収集方法やどこまで任せられるか、料金、安全管理措置の手厚さが大きく異なります。自社の運用に合うサービスを選ぶには、どのような観点で比べればよいのでしょうか。

本記事では、マイナンバー収集サービス17サービスをタイプ別に比較・解説します。収集方法と代行範囲の違いや、公開されている料金の横並び、安全管理措置・給与計算や法定調書への連携という選定観点を整理しました。自社に合うサービスを判断するための材料としてご活用ください。

また、自社の状況に合わせて最適なサービスを最短で見つけられるよう、「30秒で終わる選定診断ツール」をご用意しています。ぜひこちらもご活用ください。

マイナンバー収集サービスとは

マイナンバー収集サービスは、従業員・扶養家族・報酬の支払先などからマイナンバー（個人番号）を集め、本人確認・安全な保管・廃棄までの一連の実務を、システムやアウトソーシングで支える仕組みです。源泉徴収票や支払調書といった法定調書の作成に向けて、散在しがちな番号を安全に集約し、担当者の作業と漏えいリスクを減らす役割を持ちます。

マイナンバーは、行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律（以下、番号法）によって、集められる場面も持てる期間も限定されています。番号法第20条は、源泉徴収や社会保険の手続きなど法律で定められた事務のためでなければ、マイナンバーを集めることも保管することもできないと定めています。

何人も、前条各号のいずれかに該当する場合を除き、特定個人情報（他人の個人番号を含むものに限る。）を収集し、又は保管してはならない。

出典：行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律 第20条（e-Gov法令検索）

さらに、従業員のマイナンバーを扱う一般の企業は「個人番号関係事務実施者」にあたり、番号法第12条により、漏えい・滅失・毀損を防ぐための安全管理措置を講じる義務を負います。

個人情報保護委員会のガイドラインは、この安全管理措置を「基本方針の策定」「取扱規程等の策定」に加えて、組織的・人的・物理的・技術的の4区分で整理しています。収集サービスは、この安全管理措置の負担を軽くし、担当者が本来の業務に集中できるようにする点に価値があります。

集めたマイナンバーは、必要がなくなれば速やかに廃棄しなければなりません。ガイドラインは、事務を処理する必要がなくなり、所管法令で定められた保存期間を過ぎた場合には、できるだけ速やかに廃棄・削除するよう求めています。保管期間は書類ごとに異なるため、どの書類をいつまで保管するかを管理し、期限が来たら確実に廃棄する運用が欠かせません。

出典・参考資料（1件）

• 出典：特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン（事業者編）（令和7年6月一部改正）｜個人情報保護委員会

マイナンバーの収集方法と代行範囲の違い

ここからは、マイナンバー収集サービスを比べるうえで中心になる「どうやって集めるか（収集方法）」と「どこまで任せられるか（代行範囲）」の違いを整理します。自社の拠点や雇用形態、担当者の体制によって、合う方法は変わります。

収集方法の種類と、向いている運用シーン

マイナンバーの集め方は、大きく次の5つの方式に分かれます。従業員がオフィスに集まっているか、拠点が分散しているか、スマートフォンの利用に慣れているか、パートや派遣、社外の支払先など提出者の層が多様かといった運用の実態に合わせて選ぶと、提出のハードルと担当者の確認作業を同時に下げられます。

• Web画面入力：従業員本人がパソコンやスマートフォンのブラウザから番号を入力する方式。拠点が分散していても提出でき、本人が入力するため転記ミスが起きにくいのが利点です。
• ID・パスワード方式：発行したIDとパスワードでログインして提出する方式。アカウント管理ができ、継続的に従業員情報を扱うシステムと相性がよい方法です。
• ワンタイムURL方式：提出のたびに有効期限付きのURLを送る方式。アカウントを持たない扶養家族や社外の支払先にも依頼しやすく、提出後にリンクが無効になるため漏えいのリスクを抑えられます。
• スマホ撮影・アプリ提出：本人がスマートフォンで番号確認書類を撮影して送る方式。パソコンを持たないスタッフが多い現場や、短期・多数の提出が発生する場面で提出が進みやすくなります。
• 郵送キット・紙からの入力代行：申請用キットを郵送し、返送された書類の内容確認や入力を代行事業者が行う方式。デジタルでの提出が難しい層が多い場合や、収集作業そのものを外部に任せたい場合に向きます。

いずれの方式でも、番号法第16条により、マイナンバーを本人から受け取るときは「番号確認（正しい番号かの確認）」と「身元確認（本人かの確認）」の2つを行う必要があります。マイナンバーカードがあれば1枚で両方を兼ねられますが、それ以外の場合は番号確認書類と身元確認書類の組み合わせが求められます。多くのサービスは、この本人確認書類のアップロードや突き合わせを支援し、担当者の確認作業を軽くします。

どこまで任せられるか（収集代行の範囲）

「代行範囲」は、収集にまつわる作業のうち、どこまでをサービス側に任せられるかを指します。自社で収集・管理する仕組みを使う場合でも、申請依頼の送付や本人確認の一部は自動化できます。収集代行・BPO型では、次のような工程までまとめて委託できるサービスもあります。

• 申請用キットの印刷・封入・郵送、提出依頼メールの送付
• 提出者からの問い合わせに対応するコールセンター
• 番号と本人確認書類の突き合わせ、システムへの入力
• 不備があった場合の再提出依頼、未提出者への督促
• 保管期間が過ぎたデータの廃棄

ただし、収集や保管を外部に委託しても、委託した企業（委託者）の責任がなくなるわけではありません。番号法第11条とガイドラインは、委託者に対して委託先への「必要かつ適切な監督」を求めています。どこまで任せるかを決めるときは、任せた後の監督まで含めて体制を考えることが大切です。詳しくは後述の「導入時の注意点」で解説します。

マイナンバー収集サービスのタイプ

ここからは、マイナンバー収集サービスを自社の方針に合わせて選べるよう、タイプごとに整理します。まず「自社で効率的に集める」か「集める作業ごと任せる」かで大きく分かれ、前者はさらに2つのタイプに分かれます。

システム導入型（自社で収集・管理する）

システム導入型は、自社にクラウドサービスを導入し、従業員本人のWeb提出などで番号を集めて管理する方式です。収集の効率化と安全な保管を自社の運用に取り込めるのが特徴で、重視する機能によってさらに2つに分かれます。

マイナンバー特化・既存システム連携タイプ

マイナンバーの収集・保管・廃棄に機能を絞ったタイプです。画面入力やワンタイムURLで番号を集め、暗号化して保管し、給与計算ソフトや法定調書作成ソフトとデータ連携します。すでに使っている給与・会計システムに番号管理だけを足したい場合や、低コストで必要な機能だけをそろえたい場合に向きます。

労務・HR統合タイプ

入退社手続きや年末調整、従業員情報の管理といった労務全体のクラウドの中で、マイナンバーも一元的に扱うタイプです。従業員情報とまとめて管理できるため、労務業務全体をデジタル化したい企業に適しています。マイナンバー管理は幅広い機能の一部として提供されるため、収集方法の細かな仕様は製品ごとに確認が必要です。

収集代行・BPO型（集める作業ごと任せる）

収集代行・BPO型は、申請キットの郵送やスマホ提出の受付、コールセンター、本人確認、入力、未提出者への督促、廃棄までを外部の事業者に委託する方式です。番号を自社のサーバーで持たず、委託先が管理する運用を選べるサービスもあります。

収集にかかる担当者の作業をできるだけ減らしたい企業や、提出者の数が多く督促まで手が回らない企業に向きます。委託先の監督という責任は残るため、契約内容と管理体制の確認が前提になります。

3つのタイプの違いを押さえても、自社がどれに当てはまるか迷う場合は、以下の「30秒で終わる選定診断ツール」で絞り込めます。収集方法や代行範囲、収集対象の希望に沿っていくつかの質問に答えると、条件に近いサービスが分かります。

【比較表】主要マイナンバー収集サービスを横断比較

ここからは、主要なマイナンバー収集サービスを3つのタイプ別に比較表で紹介します。システム導入型（マイナンバー特化／労務・HR統合）は収集方法・収集対象・セキュリティ・料金・連携で、収集代行・BPO型はそれらに「どこまで任せられるか（代行範囲）」を加えて比較できます。

システム導入型（マイナンバー特化・既存システム連携）の比較

システム導入型（労務・HR統合）の比較

収集代行・BPO型の比較

※上記は2026年10月時点の各社公式情報にもとづく記載です。料金・機能・提供形態は改定される場合があり、扶養家族や支払先への対応可否など各項目の詳細は各社の公式情報をご確認ください。

マイナンバー収集サービスの選び方・比較ポイント

ここからは、サービスを絞り込むための比較ポイントを解説します。収集方法と代行範囲は「マイナンバーの収集方法と代行範囲の違い」、料金は後述の「料金・費用相場」で詳しく扱うため、ここではそれ以外に差が出やすい、セキュリティ・安全管理措置、給与や法定調書との連携、サポート体制の3つの観点を取り上げます。

自社では、まず収集方法が運用に合うかを前提に、扱う番号の件数や体制に応じてこれらの重みづけを変えて絞り込むとよいでしょう。

セキュリティ・安全管理措置で比較する

マイナンバーは漏えい時の影響が大きく、安全管理措置は選定の要です。保管データの暗号化、アクセスできる担当者を限定する権限設定、誰がいつ閲覧・操作したかを記録するログ、通信の暗号化といった技術的な対策が備わっているかを確認することが大切です。

収集代行・BPO型では、外部監査を定期的に受けているか、監査結果を開示しているかも判断材料になります。自社に専任の情報システム担当者を置きにくい場合は、安全管理措置の多くをサービス側に任せられる構成が負担軽減につながります。

給与・法定調書システムとの連携で選ぶ

集めたマイナンバーは、源泉徴収票や支払調書といった法定調書の作成、年末調整の手続きで使います。普段使っている給与計算ソフトや会計システムとデータ連携できると、番号を手で転記する作業がなくなり、入力ミスも防げます。

すでに特定の給与・会計システムを使っているなら、同じシリーズや連携実績のあるサービスを選ぶと、収集から帳票作成までの流れがつながります。連携の方式（自動のAPI連携か、CSVの取り込みか）も、運用の手間に関わる確認ポイントです。

サポート・導入支援で選ぶ

初めてマイナンバーの収集を仕組み化する場合、導入時の設定支援や運用開始後の問い合わせ対応があると安心です。提出者からの質問に答えるコールセンターを備えるサービスは、担当者が問い合わせ対応に追われずに済みます。専任担当者による導入支援の有無、電話・メールの対応時間、運用開始までの目安期間を確認し、自社の体制で無理なく回せるかを見極めるとよいでしょう。

マイナンバー収集サービスの料金・費用相場

ここからは、料金の目安を公開されている情報で整理します。マイナンバー収集サービスの料金は、大きく「従業員数に応じた月額・年額」「収集1件あたりの従量課金」「初期費用」の組み合わせで決まります。料金体系はサービスによって幅があり、公開している会社と、見積もりを問い合わせる会社に分かれます。以下は2026年10月時点で各社が公開している料金の例です（いずれも税別表記の有無は各社の記載に準じます）。

• システム導入型（従業員数に応じた月額・年額）：自社に導入して使うタイプは、従業員数の区分ごとに月額・年額が決まる料金が中心です。初期費用が無料で月額数千円から始められる低コストな製品もあれば、数万円〜十数万円の登録料（初期費用）に人数区分ごとの月額を組み合わせる製品もあります。一定人数までは無料で、超えると定額の月額になる製品もあります。
• 収集代行・BPO型（1件あたり・従業員規模別）：集める作業ごと委託するタイプは、従業員規模別の年額や、収集1件あたりの従量課金に初期費用を組み合わせる料金が中心です。公開されている例では、従業員50〜150名規模で年額数万円、または初期費用10万円前後に1件あたり数百円を加える形などがあります。督促や廃棄まで含む代行範囲が広いほど費用は上がる傾向です。
• 料金を公開せず見積もりで対応するサービス：利用人数や契約内容、必要な代行範囲で料金が変わるため、価格を公開せず「要お問い合わせ」としているサービスも多くあります。特に大企業向けや労務・HR統合型では見積もり対応が中心です。複数社から見積もりを取り、収集対象の人数と必要な代行範囲で比べるとよいでしょう。

従業員数十〜数百名の規模であれば、システム導入型は月額数千円〜1万円台（または年額数万円）、収集代行・BPO型は収集件数や代行範囲によってそれ以上になるのが目安です。

料金を比べるときは、表示価格だけでなく、初期費用の有無、扶養家族や支払先の分が人数にどう数えられるか、退職者の番号を保管し続ける場合の費用まで含めて確認すると、実際の負担に近い比較ができます。各サービスの具体的な料金は、上記の比較表と個別紹介にまとめています。

マイナンバー収集サービスを導入するメリットと注意点

ここからは、導入で得られる効果と、導入前に確認しておきたい注意点を整理します。社内で検討を進める際の判断材料としてご覧ください。

導入するメリット

マイナンバー収集サービスを導入する主なメリットは、次の3点です。手作業で集めていた場合と比べ、担当者の負担と漏えいリスクを下げながら、法定調書の作成までの流れを整えられます。

• 安全管理措置の負担軽減：暗号化保管やアクセス制限、操作ログといった技術的な対策を自社で一から整える代わりに、サービス側の仕組みを使えます。情報システムの専任担当者を置きにくい中小規模の企業ほど効果が大きくなります。
• 収集の効率化：従業員本人のWeb提出や依頼メールの一括送信、未提出者の自動把握によって、督促や突き合わせの手間が減ります。拠点が分散している企業や、パート・派遣・支払先など提出者が多い企業で特に差が出ます。
• 法定調書作成への接続：集めた番号を給与計算ソフトや法定調書作成ソフトへ連携でき、源泉徴収票や支払調書への番号転記を自動化できます。手入力による記載ミスや転記漏れを防げます。

導入時の注意点

一方で、導入前に確認しておきたい注意点もあります。マイナンバーは番号法で扱いが厳しく定められているため、サービス任せにできない部分を理解しておくことが大切です。

委託しても監督責任は残る：収集代行・BPO型に委託する場合、委託先を適切に管理する責任は委託した企業に残ります。ガイドラインは、委託者が行うべき「必要かつ適切な監督」として、委託先の適切な選定、安全管理措置を守らせる委託契約の締結、委託先での取扱状況の把握の3つを挙げています。

個人番号関係事務又は個人番号利用事務の全部又は一部の委託をする者（以下「委託者」という。）は、委託した個人番号関係事務又は個人番号利用事務で取り扱う特定個人情報の安全管理措置が適切に講じられるよう「委託を受けた者」に対する必要かつ適切な監督を行わなければならない。

出典：特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン（事業者編）第4-2-(1)（個人情報保護委員会）

利用目的・社内規程との整合を確認する：マイナンバーは、法律で定められた事務のためにしか使えません。番号法は、本人の同意があっても利用目的を超えて使ってはならないと定めています。サービス導入にあわせて、利用目的の特定と通知、取扱規程との整合がとれているかを確認することが求められます。

法改正への対応を確認する：本人確認や保管のルールは制度改正で変わります。例えば、かつて番号確認に使えた通知カードは令和2年（2020年）5月25日に廃止されました（記載事項に変更がない場合の経過措置あり）。サービスが最新のルールに対応しているか、ガイドラインの最新版（令和7年6月一部改正）に沿っているかを確認しておくと安心です。

出典・参考資料（2件）

• 出典：行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律｜e-Gov法令検索
• 出典：特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン（事業者編）（令和7年6月一部改正）｜個人情報保護委員会

マイナンバー収集サービスの個別紹介

ここからは、タイプ別に各サービスの収集方法・代行範囲・料金・特徴を紹介します。自社の運用に合うサービスを絞り込む際の参考にしてください。

システム導入型（マイナンバー特化）のサービス

マイナンバーの収集・管理に機能を絞り、給与・会計システムと連携して使うタイプです。

1. マネーフォワード クラウドマイナンバー（株式会社マネーフォワード）

「マネーフォワード クラウド」の統合プランに含まれるマイナンバー管理モジュールです。従業員・扶養家族・取引先・株主の番号を本人のWeb入力で集められ、単体では契約せず、会計・給与などをまとめた統合プランの一部として利用する点が前提になります。

収集方式はワンタイムURL・マネーフォワード ID・QRコード・管理者の手入力の4種類から使い分けます。特定個人情報は暗号化してクラウド上に保管し、通信は256bit SSL、ログインは二段階認証を設定できます。ログイン・表示・出力の各履歴も記録されます。

同一契約内のクラウド給与・年末調整・社会保険と連携し、源泉徴収票などの法定調書へ番号を出力できます（他社ソフト向けはCSV出力）。料金は統合プランに含まれ、年払いで月額2,480円（税抜）のひとり法人プランから用意されています。

2. オフィスステーション マイナンバー（株式会社エフアンドエム）

エフアンドエムが提供する「オフィスステーション」シリーズの一製品で、従業員本人がPC・スマートフォンから番号を入力するWeb収集に対応します。顧問弁護士など支払調書が必要な個人の支払先の番号も登録できます。

保管データは暗号化し、個人番号へのアクセス時には二段階認証を実施、利用目的を付けた操作履歴を自動で残します。情報セキュリティの ISO/IEC 27001 と、個人情報を扱うクラウドの ISO/IEC 27018 を取得しています。削除予約と削除証明書の発行にも対応します。

本製品自体に法定調書の作成機能はなく、「年調・法定調書の達人」などの外部製品とAPIまたはCSVで連携します。料金は登録料110,000円に月額3,300円〜（〜100名、税込）を加える体系で、「オフィスステーション 労務」の契約中は本製品を無料で利用できます。

3. 奉行Edge マイナンバークラウド（株式会社オービックビジネスコンサルタント）

奉行シリーズを手がけるオービックビジネスコンサルタント（OBC）のクラウドサービスです。従業員や個人支払先が本人のスマートフォン・PCから提出するWeb収集で、担当者が送る依頼メールのURLからID／パスワードとワンタイムパスワードの2段階認証で登録します。対面・郵送で受け取った番号は代理入力もできます。

マイナンバーと本人確認書類はAES暗号化のうえ個人情報と分離して保管し、担当者の操作には電子証明書を加えた3段階認証がかかります。本体はSOC1・SOC2 Type2の報告書を取得し、政府情報システムのためのセキュリティ評価制度ISMAPのクラウドサービスリストに登録されています。

給与奉行・法定調書奉行・人事奉行シリーズと直接連携し、他社の給与ソフトとはAPIまたはCSVでつなげます。料金は製品ページに20名想定で初年度年額33,600円との記載がある一方、公式サイト内で料金表記に揺れがあるため、適用される金額は問い合わせでの確認が必要です。

4. ジンジャーマイナンバー（jinjer株式会社）

統合人事システム「ジンジャー」のうち、ジンジャー人事労務の機能の一つとしてマイナンバーの収集・管理を担います。単体ではなく人事労務システムの導入が前提で、従業員本人のフォーム提出と管理者による直接登録の両方に対応し、扶養家族の番号も集められます。

集めた番号は同じデータベースの社会保険手続きや年末調整の帳票作成時に自動参照されます。本人確認書類はPDF・JPG・JPEG・PNGで添付でき、マイナンバーの操作時には二重のパスワード入力、閲覧権限の限定、アクセス元IPアドレス付きの操作ログを備えます。

運営するjinjer株式会社は、ISO/IEC 27001（ISMS）とプライバシーマークを取得しています。料金は「利用する製品×利用人数」で決まる体系で、公式の料金ページに具体額の掲載はなく、問い合わせでの確認が必要です。

5. MJSマイナンバー（株式会社ミロク情報サービス）

会計・給与システムを手がけるミロク情報サービス（MJS）のマイナンバー管理システムで、中堅・中小企業や会計事務所を主な対象とします。オンプレミス版・クラウド版・登録や管理を代行するBPOの3形態から選べます。

クラウド版は、従業員がセルフエントリー画面で仮登録し、本部部門が内容を確認して本登録する流れです。本人確認書類の添付や、個人マスターからの一括登録にも対応します。番号は業務システムと分離して保管し、削除予定日のアラートと一括削除、操作履歴の記録を備えます。

MJSの給与・税務システムと連携し、源泉徴収票や支払調書へ番号を印字できます。料金は導入する機能や事業規模によって変わるため、要お問い合わせとなっています。

6. かんたんHRマイナンバー（セイコーソリューションズ株式会社）

セイコーソリューションズが「かんたんHR」シリーズの一製品として提供する、従業員と扶養家族のマイナンバーを収集・管理・廃棄するクラウドサービスです。収集から廃棄までの作業をシステム内で完結させます。

収集は、管理者が提供依頼を一括送信し、従業員がシステム内で提出する方式です。PC・スマートフォンを持たない従業員には管理者が代理登録できます。機密データの暗号化、IPアドレス制限と2段階認証、ログイン・操作履歴の記録を標準で備えます。

現時点で示されている外部連携は、同じシリーズの「かんたんHR 雇用契約」とのAPI連携で、雇用契約の締結時点から番号を集められます。料金は基本料金なしの従量課金で、月額プランと年間プランの2種類があります。具体額や初期費用は要お問い合わせです。

7. マイナクラウド（株式会社ビットスクリプト）

従業員に加えて、短期スタッフや外部委託先の番号も扱える、株式会社ビットスクリプトのマイナンバー収集・保管クラウドです。本人のスマートフォン提出、収集依頼メールの一斉送信、紙で集めた番号を最大10人分まとめて入力する連続入力ツールに対応します。

番号確認書類は本人がスマートフォンで撮影した画像をアップロードします。データはAES暗号化、通信経路も暗号化し、二段階認証、社外の専門家向けなどの閲覧専用アカウント、操作ログの自動保存を備えます。扶養家族は人数に数えず、人数の制限もありません。

初期費用は無料で、月額は10人までの1,000円から（税別）、退職者の番号保管は月10円です。30日間の無料トライアルがあり、少人数や短期スタッフ中心の運用で番号を集めたい場合に向く料金体系です。

8. PCAマイナンバー収集サービス（ピー・シー・エー株式会社）

本人がPC・スマートフォン・タブレットのブラウザから番号を入力する方式で、郵送や対面での収集が不要になります。従業員のほか、個人事業主の取引先からの収集にも対応します。

番号は分割して暗号化され、一部はサービス上に、残りは担当者へメールで送られ、専用の管理ツールでのみ結合できます。番号の結合・保管・管理は自社の担当者が専用ツールで行う構成で、収集作業ごと委託する完全代行型とは異なります。

料金は従業員50名までが年額24,000円、100名まで48,000円、150名まで72,000円（いずれも税抜・年間前払い）で、150名を超える場合は要お問い合わせです。収集した番号はPCA給与・PCA人事管理・PCA Dream21・PCA法定調書と連携します。

システム導入型（労務・HR統合）のサービス

入退社・年末調整など労務全体のクラウドの中で、マイナンバーも一元管理できるタイプです。

9. SmartHR（株式会社SmartHR）

株式会社SmartHRが提供するクラウド人事労務ソフトです。入退社手続き・雇用契約・年末調整といった労務管理を中核に、2025年6月からは給与計算機能も加わり、これらの労務機能の一つとしてマイナンバー管理機能を備えます。

デロイト トーマツ ミック経済研究所の調査では労務管理クラウド市場で7年連続シェア1位とされ、登録社数は80,000社を超えます（2026年4月時点）。年末調整はアンケート形式の申告収集に対応し、保険料控除証明書はスマートフォンで撮影するとAIが内容を自動入力します。

初期費用は無料で、月額は従業員数や課題に応じた見積もり制のため実額は公式に掲載されていません。15日間の無料トライアルがあり、マイナンバーを労務手続き全体と同じシステム内で扱いたい企業に向きます。

10. freee人事労務（フリー株式会社）

会計ソフト「freee会計」を手がけるフリー株式会社が提供する、クラウド型の労務管理・給与計算ソフトです。勤怠管理・給与計算・年末調整・社会保険や雇用保険の手続きを一つにまとめ、マイナンバーの収集・管理は全プランで利用できます。

freee会計との給与仕訳連携に対応し、同じフリー株式会社のSaaS群と組み合わせて使えます。年末調整は管理者入力が全プラン、従業員がスマートフォンなどで分散入力する電子申告はスタータープラン以上で対応します。

料金は5名分を最低単位とし、ミニマムプランは年払いで月額2,000円から、6名目以降は1名ごとに月額400円（税抜）が加算されます（初期費用なし）。契約前のはじめの1か月間は、有料プランの機能を無料で試せます。

11. ジョブカン労務HR（株式会社DONUTS）

勤怠管理などで知られる「ジョブカン」シリーズの労務管理クラウドで、株式会社DONUTSが運営しています。従業員情報の一元管理を軸に、社会保険・労働保険の書類作成から電子申請までを扱い、年末調整は労務HRと給与計算のどちらからも利用できます。

年末調整はスマートフォンやPCからのWeb申告に対応し、ステータス一覧で従業員ごとの進捗を確認して未入力者へリマインドを送れます。マイナンバーは、書類への反映を労務HRの全権管理者や給与計算の管理者に限って操作する権限設定が設けられています。

料金ページでは「中・小規模」「大規模（500名目安）」の区分が示されるのみで、1人あたりの実額は公式に掲載されていません。30日間の無料トライアルが用意されており、具体的な費用は要お問い合わせです。

12. カオナビ労務（株式会社カオナビ）

タレントマネジメントシステム「カオナビ」の労務領域を担う機能で、株式会社カオナビが提供します（旧ロウムメイト）。人材データベースに、入社手続きや年末調整、社会保険手続きといった労務機能をオプションとして組み合わせて使います。

労務手続きで収集した情報がカオナビの人材データベースに反映され、マイナンバー管理も労務業務の一つとして扱えます。年末調整はWeb上で作成から回収まで行え、電子的控除証明書のアップロードや前年データのCSV一括登録に対応します。

月額は登録人数によって変動する見積もり制で、実額は公式に掲載されていません。利用企業数はカオナビ全体で4,500社を超えます（2025年9月末時点）。無料体験も用意されています。

13. HRBrain 労務管理（株式会社HRBrain）

株式会社HRBrainが2022年10月に提供を開始した、「HRBrain」シリーズの労務管理プロダクトです。入退社手続き・年末調整・Web給与明細・電子申請などをクラウドで扱います。

マイナンバーは別機能の「マイナンバー管理」で、オンラインでの収集と保管に対応します。年末調整は回答フォームに沿って従業員が入力する方式で、提出が遅れている社員へ一括で催促を送り、収集した情報はCSVで給与システムへ連携できます。

料金は利用人数に応じて変動する月額制で、実額は公式に掲載されていません。HRBrainシリーズの累計導入社数は4,000社以上（2026年4月時点）で、問い合わせへの初回対応は5分以内とされています。

収集代行・BPO型のサービス

収集・本人確認・督促・廃棄までの実務を外部に委託できるタイプです。

14. セコムあんしんマイナンバー収集サービス（セコムトラストシステムズ株式会社）

セコムトラストシステムズが、企業が行政手続きで扱う従業員等のマイナンバーを代行して収集するサービスです。申請用キットの印刷・封入・郵送とWeb登録で集め、収集後の保管・利用・廃棄は同社の別サービスが担う構成です。

申請書類やWeb登録の操作を案内するコールセンター、マイナンバーと本人確認資料の突き合わせ、システム登録、不備の再申請依頼、未提出者へのハガキによる提出勧奨、申請書類の廃棄まで、収集の全工程を代行範囲としています。企業側の担当者は対象者情報の提供が中心になります。

運用は同社のデータセンター内で行い、特定個人情報ガイドラインへの適合状況を3カ月に1回、外部監査で確認して証明書を公開しています。収集代行の料金は公式では非公開で、要お問い合わせです。

15. マイナンバー収集・保管・提出支援サービス（株式会社NTTデータ）

収集件数1万件以上の大企業を対象とした、NTTデータの規模別マイナンバーソリューションのうち大企業向けのサービスです。郵送とWebブラウザで集め、スマートフォンアプリによる収集にも対応します（アプリの利用には条件があります）。

収集から保管、帳票への番号付与、法定調書の提出までを一括して扱い、番号を自社のサーバーで持たずNTTデータが管理するサーバーで保管する運用を選べます。従業員の登録時に扶養家族も1レコードに含め、扶養家族分の追加課金はありません。

運用は株式会社ベルシステム24の松江ソリューションセンターが担当し、正式な内示から運用開始までの目安は約3カ月です。料金は要お問い合わせです。

16. マイナンバー収集・保管サービス（株式会社シーイーシー）

収集から保管、法定調書の出力までを「収集・保管」「収集代行」「登録・保管」「法定調書出力」の4つのメニューに分けて提供する、株式会社シーイーシーのサービスです。従業員・扶養家族・パート・アルバイト・社外の支払先まで幅広く集められます。

収集はオンラインの個別収集、収集キットの郵送、スマートフォンの3経路に対応し、名寄せや現況確認で不要な収集を減らせます。法定調書は紙への印刷・郵送と、e-Tax/eLTAX用のデータ出力の両方に対応します。

料金は、収集・保管メニューの従業員100名の例で初期費用10万円＋年間9万円（いずれも税別）です。他の従業員規模やメニューの料金は要お問い合わせです。

17. CAMマイナンバー収集＆保管サービス（ユニテックシステム株式会社）

人材サービス業向けのシステムを手がけるユニテックシステムが提供する、マイナンバーの収集＆保管サービスです。本人がスマートフォン等でマイナンバー確認書類を撮影して提出する方式で、郵送での提出にも対応します。

提出された画像はOCRで番号を自動読み取りしたうえで、オペレーター2名が目視で確認するWチェックを経て登録・保管されます。1件で扶養家族10人分まで取得できます。

同社の派遣管理システム「スタッフナビゲーター」「キャスティングナビ」と連携し、スタッフ検索画面から収集を依頼して番号を自動で取り込めます。料金は初期費用10万円＋1件あたり350円です。

マイナンバー収集後の実務（法定調書・年末調整・委託先連携）

マイナンバーの収集は、それ自体が目的ではなく、法定調書の作成や年末調整の手続きにつなげるための入り口です。ここからは、集めた番号をその後の実務へどう流すかを整理します。

集めたマイナンバーは、源泉徴収票や支払調書といった法定調書の作成、健康保険・厚生年金などの社会保険手続きで使います。収集サービスが給与計算ソフトや法定調書作成ソフトと連携していれば、番号を手で転記せずに帳票へ反映でき、記載漏れや誤りを防げます。年末調整の時期に合わせて扶養家族の番号も集めておくと、一連の手続きがスムーズに進みます。

給与計算そのものを外部に委託している場合は、収集したマイナンバーを委託先と安全に受け渡す仕組みも重要になります。給与計算アウトソーシングの委託先がマイナンバーの収集・保管まで対応していることもあり、その場合は収集から帳票作成までを一社に任せられます。

委託する範囲が広がるほど、前述の委託先の監督という責任の範囲も確認しておく必要があります。給与計算の委託先選びから見直す場合は、業務範囲や料金体系、規模別の選び方をまとめた以下の記事で、給与計算アウトソーシング全体を比較できます。

まとめ

マイナンバー収集サービスは、自社で効率的に集める「システム導入型」と、集める作業ごと任せる「収集代行・BPO型」に大きく分かれます。システム導入型は、マイナンバーに機能を絞って給与・会計システムと連携するタイプと、労務全体の中で一元管理するタイプに分かれます。

自社の収集対象の人数、拠点や雇用形態、担当者の体制、既存の給与・会計システムとの連携を基準に、収集方法が運用に合うものを選ぶことが出発点になります。

番号法や安全管理措置のルールを踏まえると、収集・保管・廃棄・本人確認までを仕組みで支えられるかどうかが、担当者の負担と漏えいリスクを左右します。気になるサービスは、収集対象の人数と任せたい代行範囲を伝えて資料請求し、料金と安全管理措置の中身を横並びで比べてみてください。自社に合うタイプの見当をつけるには、以下の診断ツールや比較表もご活用ください。

よくある質問（FAQ）

Q. マイナンバー収集サービスは、自社で集めるシステム導入型と収集代行・BPO型のどちらを選べばよいですか？

A. マイナンバー収集サービスは、自社の担当者が収集・管理まで担えるならシステム導入型、収集作業そのものを任せたいなら収集代行・BPO型が向いています。システム導入型は、従業員本人のWeb提出などで番号を集めて自社のクラウドで管理する方式で、給与・会計システムと連携でき費用を抑えやすいのが特徴です。

一方の収集代行・BPO型は、申請キットの郵送・コールセンター・本人確認・未提出者への督促・廃棄までを外部に委託でき、提出者が多く担当者の手が回らない企業に適します。拠点の分散やパート・派遣・社外の支払先など提出者の多様さ、担当者の体制を基準に選ぶとよいでしょう。

Q. マイナンバー収集サービスで、扶養家族や報酬の支払先のマイナンバーも集められますか？

A. マイナンバー収集サービスは、従業員本人だけでなく、扶養家族や報酬の支払先（講師・個人事業主など）の番号も集められるものが多くあります。ただし対応範囲はサービスによって異なり、従業員と扶養家族までのもの、取引先や株主まで対応するもの、扶養家族を人数にどう数えるか（追加課金の有無）もまちまちです。

源泉徴収票だけでなく支払調書の作成まで見据えるなら、支払先の収集に対応し、扶養家族分の料金の扱いが明確なサービスを選ぶと、実際の運用に近い比較ができます。

Q. マイナンバー収集サービスでは、本人確認はどのように行いますか？

A. マイナンバーを本人から受け取るときは、「番号確認（正しい番号かの確認）」と「身元確認（本人かの確認）」の2つを行う必要があります。

これは番号法第16条が定める本人確認の措置で、マイナンバーカードがあれば1枚で両方を兼ねられますが、それ以外の場合は番号確認書類と身元確認書類の組み合わせが求められます。多くの収集サービスは、本人確認書類のアップロードや番号との突き合わせを支援し、担当者の確認作業を軽くします。

出典・参考資料（1件）

• 出典：行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律 第16条｜e-Gov法令検索

Q. 集めたマイナンバーの保管期間と廃棄はどうなりますか？

A. マイナンバーは、その事務に使う必要がなくなり、所管法令で定められた保存期間を過ぎたら、できるだけ速やかに廃棄・削除しなければなりません。保存期間は書類ごとに異なり、たとえば扶養控除等申告書は、所得税法施行規則により提出期限の属する年の翌年1月10日の翌日から7年を経過する日まで保存することとされています。

必要がなくなった番号を持ち続けることは番号法が認めていないため、どの書類をいつまで保管し、期限が来たら確実に廃棄するかを管理できる仕組み（廃棄まで代行するサービスを含む）が重要になります。

出典・参考資料（1件）

• 出典：特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン（事業者編）（令和7年6月一部改正）｜個人情報保護委員会

Q. 従業員がマイナンバーを提出しないときはどうすればよいですか？

A. マイナンバーが未提出でも、企業側の法定調書の作成・提出義務はなくならないため、提出を求め続けつつ、求めた経緯を記録しておくのが実務上の対応です。

多くの収集サービスは、未提出者の自動把握や督促メール・ハガキの送付に対応しており、収集代行・BPO型では督促そのものを外部に委託できます。提出が思うように進まない場合に備えて、督促の機能や代行範囲が自社の人数・体制に合うかを確認しておくとよいでしょう。

Q. 収集代行・BPOに委託すれば、マイナンバーの管理責任はなくなりますか？

A. 収集や保管を外部に委託しても、委託した企業（委託者）の責任はなくならず、委託先への「必要かつ適切な監督」が求められます。

番号法第11条と個人情報保護委員会のガイドラインは、この監督の具体的な内容として、①委託先の適切な選定、②安全管理措置を守らせる委託契約の締結、③委託先での取扱状況の把握の3つを挙げています。収集代行・BPO型を選ぶときは、委託後も残るこの監督まで含めて、契約内容と委託先の管理体制を確認することが大切です。

出典・参考資料（1件）

• 出典：特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン（事業者編）第4-2-(1)｜個人情報保護委員会

Q. マイナンバー収集サービスの安全管理措置は、何を確認すればよいですか？

A. マイナンバー収集サービスでは、保管データの暗号化、担当者を限定するアクセス権限、閲覧・操作の履歴（ログ）、通信の暗号化といった技術的な対策が備わっているかを確認します。収集代行・BPO型では、外部監査を受けているかや監査結果の開示も判断材料になります。

個人情報保護委員会のガイドラインは、安全管理措置を「基本方針の策定」「取扱規程等の策定」と、組織的・人的・物理的・技術的の4区分で整理しており、サービスはこのうち技術的・物理的な対策の多くを肩代わりします。収集代行・BPO型では、外部監査を定期的に受けているか、その結果を開示しているかも判断材料になります。

出典・参考資料（1件）

• 出典：特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン（事業者編）（別添）安全管理措置｜個人情報保護委員会

Q. マイナンバー収集サービスの料金の目安はどのくらいですか？

A. マイナンバー収集サービスの料金は、「従業員数に応じた月額・年額」「収集1件あたりの従量課金」「初期費用」の組み合わせで決まり、公開されている例では月額数千円から、代行型で従業員50〜150名規模の年額数万円や、初期費用10万円前後に1件あたり数百円を加える形などがあります。

初期費用が無料で月額数千円から始められる製品もあれば、人数区分ごとの月額に登録料（初期費用）を組み合わせる製品もあります。大企業向けや労務・HR統合型は「要問い合わせ」が中心のため、扶養家族や支払先の人数の数え方、退職者の番号を保管し続ける費用まで含めて、複数社の見積もりを比べるとよいでしょう。

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